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棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选
被引量：
1
1
作者
乔丹
白冰楠
+12 位作者
葛群
刘小芳
栾玉娟
牛皓
龚举武
巩万奎
闫浩亮
李俊文
刘爱英
石玉真
Elsamman Elameer
陈全家
袁有禄
《中国棉花》
2024年第4期25-34,共10页
棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个...
棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个重组自交系(recombinant inbred line,RIL)的群体,在2年2个地点(河南省安阳县、河北省威县)对棉籽粒长、粒宽、籽粒面积、籽粒周长、籽粒圆度和籽指这6个棉籽大小相关性状进行表型鉴定,结合液相芯片基因分型RIL群体得到的高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),挖掘控制相关性状的数量性状核苷酸(quantitative trait nucleotide,QTN)位点并筛选候选基因。结果发现:在4个环境下,6个棉籽大小性状的表型数据均符合正态分布,除籽粒圆度外,其他性状均呈显著正相关,且在RIL群体中存在丰富的表型变异,变异系数范围为3.46%~10.82%。GWAS共检测到47个与6个棉籽性状关联的SNP位点,分布于21条染色体上,其中有8个SNP位点在2个或2个以上环境中能被稳定检测。通过分析置信区间内基因的功能和转录组表达数据,初步推测Gh_D05G1018和Gh_A10G1731为控制棉籽生长发育的候选基因。这些研究结果为棉籽大小相关性状的遗传改良奠定基础。
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关键词
陆地棉
棉籽大小
全基因组关联分析
重组自交系群体
单
核苷
酸
多态性
数量性状核苷酸
候选基因
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职称材料
猪重要性状全基因组关联分析的研究进展
被引量：
9
2
作者
赵谦
浦亚斌
+2 位作者
关伟军
赵倩君
马月辉
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期873-881,共9页
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是在关联分析的基础上对全基因组范围内的遗传标记进行检测,以研究复杂疾病和性状遗传的一种有效方法。国内外许多研究人员针对猪重要性状展开GWAS,鉴定出大量单核苷酸多态性(Sing...
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是在关联分析的基础上对全基因组范围内的遗传标记进行检测,以研究复杂疾病和性状遗传的一种有效方法。国内外许多研究人员针对猪重要性状展开GWAS,鉴定出大量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记、数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)和候选基因为猪育种提供必要的分子基础,同时有助于后续相关功能基因的研究和数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotide,QTN)的鉴定。本文主要对GWAS在猪重要性状上的研究进展进行综述,同时简单介绍猪重要性状QTN的研究进展。
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关键词
猪
全基因组关联分析(GWAS)
单
核苷
酸
多态性(SNP)
数量
性状
基因座(QTL)
数量性状核苷酸
(QTN)
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职称材料
高粱千粒重全基因组关联分析和候选基因预测
被引量：
2
3
作者
邹桂花
丁延庆
+5 位作者
徐建霞
曹宁
陈合云
刘合芹
郑学强
张立异
《核农学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期2124-2136,共13页
千粒重是作物产量构成的三要素之一。增加粒重是提高作物产量的重要途径。为阐明高梁千粒重的遗传机理,本试验以主要来自于我国16个高粱种植省份的242份高粱品种(系)组成的关联群体为研究材料,借助覆盖全基因组的2015850个高质量SNPs标...
千粒重是作物产量构成的三要素之一。增加粒重是提高作物产量的重要途径。为阐明高梁千粒重的遗传机理,本试验以主要来自于我国16个高粱种植省份的242份高粱品种(系)组成的关联群体为研究材料,借助覆盖全基因组的2015850个高质量SNPs标记,采用多位点分析软件mrMLM 4.0 R软件包中的mrMLM、FASTmrMLM、FASTmrEMMA、ISIS EM-BLASSO、pLARmEB、pKWmEB 6种模型,对2018—2020年贵州贵阳、浙江杭州、海南乐东、海南陵水3年4点7个环境的高梁千粒重进行全基因组关联分析。结果表明,7个环境的高梁千粒重均表现连续正态分布,呈现明显的数量性状遗传特性,变异范围于10~50 g之间。利用6个模型共检测到323个与千粒重显著关联的数量性状核苷酸位点(QTNs),这些位点不均匀地分布在10条染色体上。单个QTN可解释0.4%~26.6%的表型变异。不同模型检测到的位点数目不同,FASTmrMLM模型最多,然后依次是pKWmEB模型、pLARmEB模型、mrMLM模型、ISIS EM-BLASSO模型和FASTmrEMMA模型。合并共同QTNs后得到96个显著影响千粒重的QTNs,其中4个QTNs与前人报道的高粱基因位点重叠,另有4个QTNs包含与水稻中克隆的粒重相关基因qGW7/GL7、BG2、OsARF4、RSR1、TGW6等同源的基因。本研究结果为探究高粱千粒重性状分子遗传机理和高粱分子设计育种提供了科学依据。
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关键词
高粱
千粒重
多位点全基因组关联分析
数量性状核苷酸
(QTNs)
候选基因
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职称材料
题名
棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选
被引量：
1
1
作者
乔丹
白冰楠
葛群
刘小芳
栾玉娟
牛皓
龚举武
巩万奎
闫浩亮
李俊文
刘爱英
石玉真
Elsamman Elameer
陈全家
袁有禄
机构
新疆农业大学/棉花教育部工程研究中心
中国农业科学院棉花研究所/棉花生物育种与综合利用国家重点实验室
喀什大学现代农学院
出处
《中国棉花》
2024年第4期25-34,共10页
基金
国家自然科学基金(32070560)
中国农业科学院科技创新工程(CAAS-ASTIP-2016-ICR)
+3 种基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金(2021D01B114)
新疆维吾尔自治区重大科技专项计划(2021A02001-3)
新疆喀什地区科技计划(KS2023003)
国家现代农业产业技术体系(CARS-15-02)。
文摘
棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个重组自交系(recombinant inbred line,RIL)的群体,在2年2个地点(河南省安阳县、河北省威县)对棉籽粒长、粒宽、籽粒面积、籽粒周长、籽粒圆度和籽指这6个棉籽大小相关性状进行表型鉴定,结合液相芯片基因分型RIL群体得到的高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),挖掘控制相关性状的数量性状核苷酸(quantitative trait nucleotide,QTN)位点并筛选候选基因。结果发现:在4个环境下,6个棉籽大小性状的表型数据均符合正态分布,除籽粒圆度外,其他性状均呈显著正相关,且在RIL群体中存在丰富的表型变异,变异系数范围为3.46%~10.82%。GWAS共检测到47个与6个棉籽性状关联的SNP位点,分布于21条染色体上,其中有8个SNP位点在2个或2个以上环境中能被稳定检测。通过分析置信区间内基因的功能和转录组表达数据,初步推测Gh_D05G1018和Gh_A10G1731为控制棉籽生长发育的候选基因。这些研究结果为棉籽大小相关性状的遗传改良奠定基础。
关键词
陆地棉
棉籽大小
全基因组关联分析
重组自交系群体
单
核苷
酸
多态性
数量性状核苷酸
候选基因
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
猪重要性状全基因组关联分析的研究进展
被引量：
9
2
作者
赵谦
浦亚斌
关伟军
赵倩君
马月辉
机构
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期873-881,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31201765)
国家科技基础条件平台家养动物种质资源共享平台
文摘
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是在关联分析的基础上对全基因组范围内的遗传标记进行检测,以研究复杂疾病和性状遗传的一种有效方法。国内外许多研究人员针对猪重要性状展开GWAS,鉴定出大量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记、数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)和候选基因为猪育种提供必要的分子基础,同时有助于后续相关功能基因的研究和数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotide,QTN)的鉴定。本文主要对GWAS在猪重要性状上的研究进展进行综述,同时简单介绍猪重要性状QTN的研究进展。
关键词
猪
全基因组关联分析(GWAS)
单
核苷
酸
多态性(SNP)
数量
性状
基因座(QTL)
数量性状核苷酸
(QTN)
Keywords
pig
GWAS
SNP
QTL
QTN
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
在线阅读
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职称材料
题名
高粱千粒重全基因组关联分析和候选基因预测
被引量：
2
3
作者
邹桂花
丁延庆
徐建霞
曹宁
陈合云
刘合芹
郑学强
张立异
机构
浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所/浙江省数字旱粮重点实验室
贵州省农业科学院贵州省旱粮研究所
出处
《核农学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期2124-2136,共13页
基金
国家重点研发计划(2018YFD1000706-11)
浙江省农业新品种选育重大科技专项资助(2021C02064-6)
+1 种基金
浙江省数字旱粮重点实验室(2022E10012)
贵州省科技计划项目(黔科合基础[2020]1Y103)。
文摘
千粒重是作物产量构成的三要素之一。增加粒重是提高作物产量的重要途径。为阐明高梁千粒重的遗传机理,本试验以主要来自于我国16个高粱种植省份的242份高粱品种(系)组成的关联群体为研究材料,借助覆盖全基因组的2015850个高质量SNPs标记,采用多位点分析软件mrMLM 4.0 R软件包中的mrMLM、FASTmrMLM、FASTmrEMMA、ISIS EM-BLASSO、pLARmEB、pKWmEB 6种模型,对2018—2020年贵州贵阳、浙江杭州、海南乐东、海南陵水3年4点7个环境的高梁千粒重进行全基因组关联分析。结果表明,7个环境的高梁千粒重均表现连续正态分布,呈现明显的数量性状遗传特性,变异范围于10~50 g之间。利用6个模型共检测到323个与千粒重显著关联的数量性状核苷酸位点(QTNs),这些位点不均匀地分布在10条染色体上。单个QTN可解释0.4%~26.6%的表型变异。不同模型检测到的位点数目不同,FASTmrMLM模型最多,然后依次是pKWmEB模型、pLARmEB模型、mrMLM模型、ISIS EM-BLASSO模型和FASTmrEMMA模型。合并共同QTNs后得到96个显著影响千粒重的QTNs,其中4个QTNs与前人报道的高粱基因位点重叠,另有4个QTNs包含与水稻中克隆的粒重相关基因qGW7/GL7、BG2、OsARF4、RSR1、TGW6等同源的基因。本研究结果为探究高粱千粒重性状分子遗传机理和高粱分子设计育种提供了科学依据。
关键词
高粱
千粒重
多位点全基因组关联分析
数量性状核苷酸
(QTNs)
候选基因
Keywords
Sorghum
1000-grain weight
multi-locus genome-wide association studies
quantitative trait nucleotides(QTNs)
candidate gene
分类号
S514 [农业科学—作物学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选
乔丹
白冰楠
葛群
刘小芳
栾玉娟
牛皓
龚举武
巩万奎
闫浩亮
李俊文
刘爱英
石玉真
Elsamman Elameer
陈全家
袁有禄
《中国棉花》
2024
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
猪重要性状全基因组关联分析的研究进展
赵谦
浦亚斌
关伟军
赵倩君
马月辉
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
9
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
高粱千粒重全基因组关联分析和候选基因预测
邹桂花
丁延庆
徐建霞
曹宁
陈合云
刘合芹
郑学强
张立异
《核农学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
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