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棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选
1
作者
乔丹
白冰楠
+12 位作者
葛群
刘小芳
栾玉娟
牛皓
龚举武
巩万奎
闫浩亮
李俊文
刘爱英
石玉真
Elsamman Elameer
陈全家
袁有禄
《中国棉花》
2024年第4期25-34,共10页
棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个...
棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个重组自交系(recombinant inbred line,RIL)的群体,在2年2个地点(河南省安阳县、河北省威县)对棉籽粒长、粒宽、籽粒面积、籽粒周长、籽粒圆度和籽指这6个棉籽大小相关性状进行表型鉴定,结合液相芯片基因分型RIL群体得到的高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),挖掘控制相关性状的数量性状核苷酸(quantitative trait nucleotide,QTN)位点并筛选候选基因。结果发现:在4个环境下,6个棉籽大小性状的表型数据均符合正态分布,除籽粒圆度外,其他性状均呈显著正相关,且在RIL群体中存在丰富的表型变异,变异系数范围为3.46%~10.82%。GWAS共检测到47个与6个棉籽性状关联的SNP位点,分布于21条染色体上,其中有8个SNP位点在2个或2个以上环境中能被稳定检测。通过分析置信区间内基因的功能和转录组表达数据,初步推测Gh_D05G1018和Gh_A10G1731为控制棉籽生长发育的候选基因。这些研究结果为棉籽大小相关性状的遗传改良奠定基础。
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关键词
陆地棉
棉籽大小
全基因组关联分析
重组自交系群体
单
核苷
酸
多态性
数量性状核苷酸
候选基因
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职称材料
猪重要性状全基因组关联分析的研究进展
被引量：
9
2
作者
赵谦
浦亚斌
+2 位作者
关伟军
赵倩君
马月辉
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期873-881,共9页
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是在关联分析的基础上对全基因组范围内的遗传标记进行检测,以研究复杂疾病和性状遗传的一种有效方法。国内外许多研究人员针对猪重要性状展开GWAS,鉴定出大量单核苷酸多态性(Sing...
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是在关联分析的基础上对全基因组范围内的遗传标记进行检测,以研究复杂疾病和性状遗传的一种有效方法。国内外许多研究人员针对猪重要性状展开GWAS,鉴定出大量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记、数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)和候选基因为猪育种提供必要的分子基础,同时有助于后续相关功能基因的研究和数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotide,QTN)的鉴定。本文主要对GWAS在猪重要性状上的研究进展进行综述,同时简单介绍猪重要性状QTN的研究进展。
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关键词
猪
全基因组关联分析(GWAS)
单
核苷
酸
多态性(SNP)
数量
性状
基因座(QTL)
数量性状核苷酸
(QTN)
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职称材料
题名
棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选
1
作者
乔丹
白冰楠
葛群
刘小芳
栾玉娟
牛皓
龚举武
巩万奎
闫浩亮
李俊文
刘爱英
石玉真
Elsamman Elameer
陈全家
袁有禄
机构
新疆农业大学/棉花教育部工程研究中心
中国农业科学院棉花研究所/棉花生物育种与综合利用国家重点实验室
喀什大学现代农学院
出处
《中国棉花》
2024年第4期25-34,共10页
基金
国家自然科学基金(32070560)
中国农业科学院科技创新工程(CAAS-ASTIP-2016-ICR)
+3 种基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金(2021D01B114)
新疆维吾尔自治区重大科技专项计划(2021A02001-3)
新疆喀什地区科技计划(KS2023003)
国家现代农业产业技术体系(CARS-15-02)。
文摘
棉籽是陆地棉(Gossypium hirsutum L.)生物产量的重要决定因素之一,棉籽大小影响种子的生长发育,最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因,以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个重组自交系(recombinant inbred line,RIL)的群体,在2年2个地点(河南省安阳县、河北省威县)对棉籽粒长、粒宽、籽粒面积、籽粒周长、籽粒圆度和籽指这6个棉籽大小相关性状进行表型鉴定,结合液相芯片基因分型RIL群体得到的高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)数据进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),挖掘控制相关性状的数量性状核苷酸(quantitative trait nucleotide,QTN)位点并筛选候选基因。结果发现:在4个环境下,6个棉籽大小性状的表型数据均符合正态分布,除籽粒圆度外,其他性状均呈显著正相关,且在RIL群体中存在丰富的表型变异,变异系数范围为3.46%~10.82%。GWAS共检测到47个与6个棉籽性状关联的SNP位点,分布于21条染色体上,其中有8个SNP位点在2个或2个以上环境中能被稳定检测。通过分析置信区间内基因的功能和转录组表达数据,初步推测Gh_D05G1018和Gh_A10G1731为控制棉籽生长发育的候选基因。这些研究结果为棉籽大小相关性状的遗传改良奠定基础。
关键词
陆地棉
棉籽大小
全基因组关联分析
重组自交系群体
单
核苷
酸
多态性
数量性状核苷酸
候选基因
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
猪重要性状全基因组关联分析的研究进展
被引量：
9
2
作者
赵谦
浦亚斌
关伟军
赵倩君
马月辉
机构
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期873-881,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31201765)
国家科技基础条件平台家养动物种质资源共享平台
文摘
全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是在关联分析的基础上对全基因组范围内的遗传标记进行检测,以研究复杂疾病和性状遗传的一种有效方法。国内外许多研究人员针对猪重要性状展开GWAS,鉴定出大量单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记、数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)和候选基因为猪育种提供必要的分子基础,同时有助于后续相关功能基因的研究和数量性状核苷酸(Quantitative trait nucleotide,QTN)的鉴定。本文主要对GWAS在猪重要性状上的研究进展进行综述,同时简单介绍猪重要性状QTN的研究进展。
关键词
猪
全基因组关联分析(GWAS)
单
核苷
酸
多态性(SNP)
数量
性状
基因座(QTL)
数量性状核苷酸
(QTN)
Keywords
pig
GWAS
SNP
QTL
QTN
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选
乔丹
白冰楠
葛群
刘小芳
栾玉娟
牛皓
龚举武
巩万奎
闫浩亮
李俊文
刘爱英
石玉真
Elsamman Elameer
陈全家
袁有禄
《中国棉花》
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
猪重要性状全基因组关联分析的研究进展
赵谦
浦亚斌
关伟军
赵倩君
马月辉
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
9
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
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引用分析
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引证文献
统计分析
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