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利用重组自交系群体定位玉米种子活力相关生理性状的QTL 被引量:2
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作者 韩赞平 陈彦惠 +4 位作者 张亚奇 张良坤 任真真 苏慧慧 赵西拥 《种子》 北大核心 2016年第7期1-4,9,共5页
种子是农作物生产的物质基础,种子质量直接影响农业生产的成效。种子活力是衡量种子质量和应用价值最重要的指标之一,活力高的种子发芽迅速整齐、幼苗均匀、生长健壮,同时可以节约播种量,减少劳力投入,降低生产成本,提高农业生产效益。... 种子是农作物生产的物质基础,种子质量直接影响农业生产的成效。种子活力是衡量种子质量和应用价值最重要的指标之一,活力高的种子发芽迅速整齐、幼苗均匀、生长健壮,同时可以节约播种量,减少劳力投入,降低生产成本,提高农业生产效益。QTL定位和克隆是解析玉米农艺性状遗传基础的重要手段。本研究以基于豫537A×沈137构建的一个RILs群体的212个家系为材料,利用SNP分子标记技术构建的高密度的分子遗传连锁图谱,采用复合区间作图法定位了超氧化物歧化酶活性、过氧化物酶活性、过氧化氢酶活性、丙二醛含量等玉米种子活力相关生理指标的QTL,共检测到11个QTLs,分别分布在第1、2、4、6、7、8条等6条染色体上,单个QTL的贡献率介于5.52%-12.10%之间,这些QTL的确定有助于开展分子标记辅助选择种子活力相关性状。 展开更多
关键词 玉米 种子活力 数量性状位点定位 重组自交系 生理性状
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陆地棉株型及生育期相关性状QTL定位 被引量:6
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作者 贾晓昀 王士杰 +3 位作者 赵红霞 朱继杰 李妙 王国印 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2021年第2期124-133,共10页
【目的】为了深入分析棉花株型及生育期相关性状的分子遗传机制,加速适机采棉花新品种分子标记辅助育种进程。【方法】通过构建包含413个单株的F2群体,结合高密度SNP(Single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)遗传图谱,开展株高(... 【目的】为了深入分析棉花株型及生育期相关性状的分子遗传机制,加速适机采棉花新品种分子标记辅助育种进程。【方法】通过构建包含413个单株的F2群体,结合高密度SNP(Single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)遗传图谱,开展株高(Plant height,PH)、第一果枝节位(Node of the first fruiting branch,NFFB)及其高度(Height of NFFB,HNFFB)、第四果枝第一果节长度(First node length of the forth fruiting branch,FNLFFB)、第七果枝第一果节长度(First node length of the seventh fruiting branch,FNLSFB)等5个株型性状和开花期(Flowering time,FT)、花铃期(Flowering to boll-opening period,FBP)、全生育期(Whole growth period,WGP)等3个生育期性状的QTL(Quantitative trait loci,数量性状位点)定位研究。【结果】8个性状均呈现连续的双向超亲分布,性状之间存在广泛的正向相关性,PH与其他株型性状均为极显著正相关,NFFB与3个生育期相关性状均为显著或极显著正相关。共定位到36个加性QTL(Additive QTL,aQTL)位点,包括14个PH相关aQTL、6个NFFB相关aQTL、3个HNFFB相关aQTL、5个FNLFFB相关aQTL、3个FNLSFB相关aQTL、2个FT相关aQTL、2个FBP相关aQTL、1个WGP相关aQTL,单个aQTL贡献率为1.70%~10.38%。这些aQTL分布于20条染色体,每条染色体有1~4个aQTL。发现3个aQTL重叠区段,分别为A11染色体的qNFFB-A11-1与qWGP-A11-1、D3染色体的qHNFFB-D3-1与qPH-D3-1、D8染色体的qNFFB-D8-1与qFNLSFB-D8-1。检测到263个上位性QTL(Epistatic QTL,eQTL),单个eQTL的贡献率为1.17%~6.19%;19个aQTL与21个eQTL位置重叠;At基因组分布有17个aQTL和202个eQTL,Dt基因组分布有19个aQTL和61个eQTL。【结论】本研究为探索棉花株型的分子遗传机制奠定了研究基础,为机采棉分子标记辅助育种提供理论指导。 展开更多
关键词 陆地棉 株型 生育期 数量性状位点定位
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基于组LASSO的重组近亲杂交合作小鼠基因位点定位研究
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作者 熊思灿 胡桂开 阮周生 《应用数学》 CSCD 北大核心 2021年第2期489-497,共9页
重组近亲杂交合作小鼠品系(CC-RIX)具有很多优点,特别是在复杂疾病的数量性状位点定位方面,具有较高功效.本文在现有研究基础上,考虑了仅含主基因效应的混合线性定位模型,并通过组LASSO惩罚函数法对问题进行转换,然后采用迭代加权最小... 重组近亲杂交合作小鼠品系(CC-RIX)具有很多优点,特别是在复杂疾病的数量性状位点定位方面,具有较高功效.本文在现有研究基础上,考虑了仅含主基因效应的混合线性定位模型,并通过组LASSO惩罚函数法对问题进行转换,然后采用迭代加权最小二乘法对转换后的问题进行求解.从而克服了设计矩阵容易奇异,计算速度慢等计算上的难题.模拟计算表明,本文所提模型和方法在CC-RIX品系的数量性状位点定位中能快速、准确地识别出数量性状位点,并具有较高的真阳性率,以及较低的假阳性率. 展开更多
关键词 重组近亲杂交合作小鼠 数量性状位点定位 组LASSO 迭代加权最小二乘法
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利用9311来源的粳型染色体片段代换系定位控制稻米糊化温度的微效QTL 被引量:7
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作者 刘鑫燕 朱孔志 +5 位作者 张昌泉 洪燃 孙鹏 汤述翥 顾铭洪 刘巧泉 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1740-1747,共8页
糊化温度(gelatinization temperature,GT)是评价稻米蒸煮与食味品质的重要因素之一,除受一主效基因控制外,还受多个微效基因的影响。本研究利用粳稻品种日本晴和籼稻品种9311作为受体和供体来源的38个染色体片段代换系为研究对象,于2... 糊化温度(gelatinization temperature,GT)是评价稻米蒸煮与食味品质的重要因素之一,除受一主效基因控制外,还受多个微效基因的影响。本研究利用粳稻品种日本晴和籼稻品种9311作为受体和供体来源的38个染色体片段代换系为研究对象,于2010—2011年连续2年分别于2个环境内种植,测定各株系稻米的糊化温度(碱消值),利用t测验与轮回亲本比较。结合高通量重测序技术鉴定各代换系的基因型,以一年两地检出的极显著差异位点作为一个QTL,共检测到4个控制GT的微效QTL,即qGT2-1、qGT7-1、qGT8-1和qGT12-1,分别位于第2、第7、第8和第12染色体上。加性效应分析结果显示,4个QTL的效应值均为负值,表明来自籼稻品种9311的这4个片段对碱消值的效应均为负效应。其中qGT7-1和qGT12-1 2个QTL在2年4个环境均被检测到,遗传效应的趋势也一致,加性效应贡献率为11.31%~28.95%。以受体亲本碱消值差异最大的代换系N53株系及亲本为材料,对稻米淀粉精细结构进行分析,推测支链淀粉中短链含量的减少可能会引起GT的升高。上述结果为进一步精细定位和克隆相应QTL及开展稻米品质改良的分子育种奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 染色体片段代换系 糊化温度 数量性状位点定位 代换作图
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水稻叶片性状QTL分析 被引量:3
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作者 刘进 姚晓云 +4 位作者 李清 张宇 任春元 王嘉宇 徐正进 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2012年第5期86-90,共5页
以粳稻Sasanishiki和籼稻Habataki杂交衍生的回交重组自交系群体为试验材料,对叶片性状进行数量性状基因位点(QTL)进行分析。共检测到14个QTL,包括叶长、叶宽、叶面积的QTL各3个和叶厚QTL 5个,分布在第1,2,5,6,7,11和12号染色体上,贡献... 以粳稻Sasanishiki和籼稻Habataki杂交衍生的回交重组自交系群体为试验材料,对叶片性状进行数量性状基因位点(QTL)进行分析。共检测到14个QTL,包括叶长、叶宽、叶面积的QTL各3个和叶厚QTL 5个,分布在第1,2,5,6,7,11和12号染色体上,贡献率在8.65%~24.45%之间。在第6号染色体上检测到1个QTL聚集区段(R566B-R1888),该区段存在着同时控制剑叶和倒二叶叶宽及叶面积的位点,贡献率均超过16.00%。相关分析表明,叶长、叶宽与叶面积之间存在极显著正相关,而与叶厚相关性没有达到显著性水平;进一步分析发现,控制叶片厚度的QTL位点与控制叶长、叶宽和叶面积的并不在相同或相近区段,可见,叶厚发育机制与叶片其他性状发育机制相关性较小。 展开更多
关键词 水稻 叶片性状 数量性状位点定位
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棉花陆海渐渗系次级分离群体产量和纤维品质QTL定位 被引量:1
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作者 杨芮 李鹏涛 +12 位作者 肖向辉 李俊文 龚举武 刘爱英 巩万奎 商海红 葛群 卢全伟 潘境涛 邓晓英 范森淼 石玉真 袁有禄 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期401-415,共15页
【目的】利用海岛棉渐渗系挖掘与产量和纤维品质性状相关的优异基因/数量性状位点(quantitative trait loci,QTL),为培育高产且纤维品质优异的棉花品种提供有用的信息。【方法】利用优异陆海渐渗系材料MBI9626与高产、适应性广的陆地棉... 【目的】利用海岛棉渐渗系挖掘与产量和纤维品质性状相关的优异基因/数量性状位点(quantitative trait loci,QTL),为培育高产且纤维品质优异的棉花品种提供有用的信息。【方法】利用优异陆海渐渗系材料MBI9626与高产、适应性广的陆地棉品种中棉所36构建了包含152个单株的BC_(6)F_(2)次级分离群体,以筛选的109个简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记检测亲本和群体的基因型,结合多年多代的表型数据,定位产量和纤维品质性状的QTL。【结果】基因型分析表明,MBI9626中中棉所36背景的比例为94.8%。在BC_(6)F_(2)、BC_(6)F_(23)和BC_(6)F_(24)群体中共检测到28个与产量、纤维品质性状相关的QTL,分布在6条染色体上。其中:产量相关的QTL有16个,解释2.25%~6.14%的表型变异,包括6个多年多环境稳定的QTL;纤维品质相关的QTL有12个,解释2.49%~12.30%的表型变异,包括2个多年多环境稳定的QTL。新检测到19个QTL,包括多环境稳定的5个。在D3染色体上鉴定到1个包含6个QTL的QTL簇,该区间包含233个基因,通过基因本体(gene ontology,GO)聚类和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,并结合TM-1的转录组数据,筛选出6个可能与纤维发育相关的基因:GH_D03G1428、GH_D03G1466、GH_D03G1518、GH_D03G1570、GH_D03G1586和GH_D03G1640。【结论】本研究检测到28个与棉花产量、纤维品质相关的QTL,为进一步精细定位、候选基因克隆和分子标记辅助选择奠定基础。 展开更多
关键词 棉花 陆海渐渗系 产量 纤维品质 数量性状位点定位
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陆地棉叶绿素质量分数QTL定位 被引量:9
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作者 张建 刘大军 +1 位作者 林刚 张正圣 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期1-4,共4页
为了在分子水平上探讨棉花叶绿素质量分数的遗传规律,利用重组近交系群体T586×渝棉1号的270个F2:7家系为材料,构建了包括604个标记和覆盖棉花基因组3 140.9 cM的重组近交系遗传连锁图谱;2007-2008年在西南大学歇马科研基地,用日本... 为了在分子水平上探讨棉花叶绿素质量分数的遗传规律,利用重组近交系群体T586×渝棉1号的270个F2:7家系为材料,构建了包括604个标记和覆盖棉花基因组3 140.9 cM的重组近交系遗传连锁图谱;2007-2008年在西南大学歇马科研基地,用日本产叶绿素计(SPAD-502)测定亲本和家系的叶绿素质量分数;采用复合区间作图法(MQM),对棉花叶绿素质量分数进行数量性状位点(QTL)分析.检测到4个与叶绿素质量分数相关的QTL,分别位于第6,15,19和25染色体,其中有2个QTL在1个环境下检测到,解释表型变异的5.4%和4.6%;在2个环境下检测到2个QTL,解释表型变异的8.2%,4.8%,23.9%和14%.本研究的QTL定位将有助于叶绿素质量分数的精细定位和棉花高光效育种的分子标记辅助选择. 展开更多
关键词 陆地棉 叶绿素质量分数 数量性状位点(QTL)定位
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