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单细胞精度的表达数量性状位点研究进展 被引量:1
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作者 徐晓鹏 范小英 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期795-806,共12页
表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)表示控制基因表达量的遗传变异位点。eQTL分析是后全基因组关联研究时代鉴定疾病相关遗传位点功能的重要方法,且取得了诸多重要发现。传统的eQTL分析基于全基因组测序结合整... 表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)表示控制基因表达量的遗传变异位点。eQTL分析是后全基因组关联研究时代鉴定疾病相关遗传位点功能的重要方法,且取得了诸多重要发现。传统的eQTL分析基于全基因组测序结合整体RNA测序技术,细胞间差异的基因表达水平会被掩盖,从而无法鉴定细胞类型或状态依赖的eQTL,因此也难以解析特定环境下疾病相关遗传变异位点。近年来,随着单细胞转录组测序技术的发展和应用普及,基于单细胞转录组测序的eQTL (single-cell RNA sequencing-based eQTL,sc-eQTL)研究技术逐渐成为热点,其优势在于可以充分利用单细胞测序的分辨率和颗粒度挖掘细胞类型、细胞状态以及细胞动态依赖的表达变异位点,显著提升解析基因表达关联的遗传变异位点的能力,对人们探究复杂器官的形成以及疾病的发生、发展、干预和治疗具有重要意义。本文主要从sc-eQTL研究的发展、设计方案、建模策略以及面临的挑战等诸多方面综述近年来的研究进展,以期为科研工作者挖掘致病位点,解析基因调控提供全新的视角。 展开更多
关键词 表达数量性状位点 全基因组关联研究 单细胞转录组测序 调控元件 细胞类型特异性
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不同生长环境下水稻结实率数量性状位点的检测 被引量:17
2
作者 韩龙植 张三元 +7 位作者 乔永利 金钟焕 徐福荣 曹桂兰 南钟浩 戴陆园 芮钟斗 高熙宗 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1024-1030,共7页
以籼稻密阳23与粳稻吉冷1号配制所获得的R2:3群体200个家系作为作图群体,在北京、昆明、三亚、公主岭和韩国春川等5个点进行水稻结实率的鉴定,并利用SSR标记对水稻结实率数量性状位点进行检测。结果表明,水稻结实率表型值及其在B家... 以籼稻密阳23与粳稻吉冷1号配制所获得的R2:3群体200个家系作为作图群体,在北京、昆明、三亚、公主岭和韩国春川等5个点进行水稻结实率的鉴定,并利用SSR标记对水稻结实率数量性状位点进行检测。结果表明,水稻结实率表型值及其在B家系群中的分布以及所检测到的QTL数目因生长环境不同而有较大差异,说明QTL与环境有明显的互作效应。水稻结实率在F3家系群中呈接近正态或偏态的连续分布,是由多个基因所控制的数量性状。共检测到与水稻结实率相关的QTL14个,分布于第1、2、3、4、6、7、8、10和12染色体上,对表型变异的贡献率为4.9%。15.3%。分别位于第1、2、6和12染色体RM1-RM259、RM263~RM6、RM340-RM30、RM270~RMl7区间的qSSR1、qSSR2、qSSR6和口SSRl2至少在2种生长环境下均检测到,对表型变异的贡献率分别为4.9%~8.4%、4.8%。7.2%、7.6%。10.7%和7.4%。10.4%。以上多数QTL增效等位基因均来自吉冷1号,基因作用方式主要为部分显性或显性或超显性。 展开更多
关键词 水稻 结实率 不同生长环境 数量性状位点 微卫星标记
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利用重组自交系群体检测水稻种子休眠性数量性状位点 被引量:11
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作者 曹雅君 江玲 +3 位作者 王春明 刘世家 陈亮明 万建民 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期110-112,共3页
利用由 191个家系组成的密阳 2 3/秋光重组自交家系 (recombinantinbredlines,RIL)F10 代群体 ,进行种子休眠性数量性状基因座 (quantitativetraitlocus,QTL)的检测和遗传效应分析。以抽穗后 35d的种子发芽率作为种子休眠性的表型值 ,... 利用由 191个家系组成的密阳 2 3/秋光重组自交家系 (recombinantinbredlines,RIL)F10 代群体 ,进行种子休眠性数量性状基因座 (quantitativetraitlocus,QTL)的检测和遗传效应分析。以抽穗后 35d的种子发芽率作为种子休眠性的表型值 ,分析亲本和 191个RIL的休眠性表现。通过WinQTLCart软件分析 ,检测到分别位于第 5和第 8染色体上的 2个水稻种子休眠性QTL ,其中位于第 8染色体上QTL的加性效应为负值 ,表明该休眠性基因位点来源于亲本秋光 ;第 5染色体上QTL的加性效应为正值 ,表明该休眠性减效基因来源于亲本密阳 2 3。 展开更多
关键词 重组自交系群体 水稻 种子休眠性 数量性状位点 检测 遗传效应
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应用分子标记研究水稻根系形态特征数量性状位点 被引量:22
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作者 方萍 吴平 陶勤南 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第2期181-185,共5页
通过水培试验测定水稻F_3群体(Palawan×IR42)137株系的幼苗根体积、根表面积、相对根粗、最大根长和根数等根系形态特征.借助由该组合的F_2群体所构建的RFLP标记连锁图,通过方差分析检测与根系形态特征表型值相关连的分子标记位点... 通过水培试验测定水稻F_3群体(Palawan×IR42)137株系的幼苗根体积、根表面积、相对根粗、最大根长和根数等根系形态特征.借助由该组合的F_2群体所构建的RFLP标记连锁图,通过方差分析检测与根系形态特征表型值相关连的分子标记位点,共测得7个标记位点分别与3个表型性状关连.其中位于2号染色体上的2对连锁标记位点RG139与RZ742及RG171与RG544跟根体积关连;位于5号染色体上的标记位点CDO105与相对根粗关连;2号染色体上的标记位点RG139及5号染色体上的1对连锁标记位点RG229与RG13跟最大根长关连.这些标记位点对关联的表型性状都具有显著的加性效应. 展开更多
关键词 水稻 根系形态特征 数量性状位点 标记
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近等基因导入系定位水稻抗稻曲病数量性状位点的研究初报 被引量:34
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作者 徐建龙 薛庆中 +1 位作者 罗利军 黎志康 《浙江农业学报》 CSCD 2002年第1期14-19,共6页
在已构建的Lemont/TeqingRILs遗传连锁图谱上选择 14 6个分子标记 ,鉴定了 2 6 6个特青背景的近等基因导入系的图示基因型 ,结合两年田间稻曲病的自然鉴定结果 ,利用图示基因型重叠方法对抗稻曲病数量性状位点 (QTL)进行了初步定位。结... 在已构建的Lemont/TeqingRILs遗传连锁图谱上选择 14 6个分子标记 ,鉴定了 2 6 6个特青背景的近等基因导入系的图示基因型 ,结合两年田间稻曲病的自然鉴定结果 ,利用图示基因型重叠方法对抗稻曲病数量性状位点 (QTL)进行了初步定位。结果表明 ,14 6个标记总的遗传图距为 2 2 2 7.6cM ,覆盖 95 .6 %的供体基因组 ,相邻标记平均为 15 .2cM。通过性状 -标记相关分析和图示基因型重叠 ,在第 10和第 12两条染色体上定位到 2个抗稻曲病QTL(QFsr10和QFsr12 ) ,其增强抗性的等位基因均来自亲本Lemont,加性效应分别为 3.38级和 3.34级。 展开更多
关键词 水稻 近等基因导入系 数量性状位点 稻曲病 分子标记 抗性鉴定
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水稻数量性状位点(QTL)定位研究进展 被引量:18
6
作者 徐建龙 薛庆中 +1 位作者 梅捍卫 黎志康 《浙江农业学报》 CSCD 2001年第5期315-321,共7页
20世纪 80年代以来 ,DNA标记技术的诞生给数量性状的遗传研究带来了革命性的变化。本文综述了近年来水稻QTL定位的研究进展。对水稻QTL分子标记辅助选择育种进行了探讨 ,并对今后QTL的研究方向提出了一些思考。
关键词 水稻 数量性状位点 分子标记 标记辅助选择 QTL
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稻米垩白与直链淀粉含量的数量性状位点及其相互关系研究 被引量:7
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作者 吴顺 李晓方 +2 位作者 萧浪涛 毛兴学 肖昕 《华南师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2005年第1期90-94,共5页
用七丝占/外选35重组自交系(Recombinantinbredlines,简称RILs群体)为材料,对控制稻米垩白和直链淀粉含量的数量性状位点(QTLs)及其相互关系进行了分析.共检测到2个控制直链淀粉含量的QTLs,位于第6染色体上;在第2和第6染色体上检测到4... 用七丝占/外选35重组自交系(Recombinantinbredlines,简称RILs群体)为材料,对控制稻米垩白和直链淀粉含量的数量性状位点(QTLs)及其相互关系进行了分析.共检测到2个控制直链淀粉含量的QTLs,位于第6染色体上;在第2和第6染色体上检测到4个与稻米垩白有关的QTLs,说明稻米垩白和直链淀粉含量两个性状均为多基因控制的数量性状.通过对稻米垩白与直链淀粉含量的表型相关分析和条件性状分析表明,稻米垩白与直链淀粉含量间存在一定程度的正相关关系. 展开更多
关键词 直链淀粉含量 数量性状位点 稻米垩白 关系研究 表型相关分析 QTLS 重组自交系 多基因控制 正相关关系 相互关系 染色体 分析表 检测
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猪数量性状位点定位研究进展 被引量:10
8
作者 刘伟敏 熊远著 +2 位作者 蒋思文 邓昌彦 郑嵘 《湖北农业科学》 2000年第2期55-58,共4页
数量性状位点 (QTL)是在基因组中占据一定染色体区域 ,控制某一数量性状的一组微效多基因的集合 (或基因簇 )。目前对猪数量性状的研究已发展为直接将研究目标指向各个数量性状位点 ,借助各种遗传标记 ,构建遗传连锁图谱 ,通过一定的统... 数量性状位点 (QTL)是在基因组中占据一定染色体区域 ,控制某一数量性状的一组微效多基因的集合 (或基因簇 )。目前对猪数量性状的研究已发展为直接将研究目标指向各个数量性状位点 ,借助各种遗传标记 ,构建遗传连锁图谱 ,通过一定的统计分析方法 ,从而将影响数量性状的多个基因剖分开来 ,将其定位于特定的染色体区域。本文对猪的生长、胴体、肉质、繁殖及抗病性状的QTL的定位现状及应用前景试作综述 ,同时也涉及到QTL的概念。 展开更多
关键词 数量性状位点 基因定位 遗传改良
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多年生黑麦草叶片长度数量性状位点(QTLs)研究 被引量:8
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作者 米福贵 BARRE Philippe +1 位作者 瞿礼嘉 GHESQUIERE Marc 《草地学报》 CAS CSCD 2004年第4期303-307,321,共6页
选择固定有益等位基因 ,研究多年生黑麦草叶片长度数量性状位点 ,结果表明 :与叶长最为相关的 3个标记所表达的变异占表型总变异的 5 0 .9% (r2 ) ;在选择中如能将这 3个标记最优化地组合在一起 ,其综合共同作用有望使叶片长度延长和缩... 选择固定有益等位基因 ,研究多年生黑麦草叶片长度数量性状位点 ,结果表明 :与叶长最为相关的 3个标记所表达的变异占表型总变异的 5 0 .9% (r2 ) ;在选择中如能将这 3个标记最优化地组合在一起 ,其综合共同作用有望使叶片长度延长和缩短 2 6 mm;鉴于供试材料在最初 3个世代的群体选择中所估测到叶片长度的遗传力为 0 .32 ,这样在今后的选择工作中 ,即使只使用现有的两个标记 。 展开更多
关键词 多年生黑麦草 叶片长度 数量性状位点(QTLs) 遗传图 分子标记
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水稻生育期的分子标记和数量性状位点分析 被引量:4
10
作者 谭学林 黄祖六 +1 位作者 VANAVICHIT A TRANGOONRUNG S 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2000年第4期249-250,共2页
关键词 RFLP 分子标记 数量性状位点分析 生育期 水稻
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数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法 被引量:3
11
作者 吴家胜 汪旭升 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期104-108,共5页
几乎所有的农作物都开展了QTL(quantitative trait loci)定位研究,定位的方法也很多,如区间作图、复合区间作图、基于混合线性模型的复合区间作图和贝叶斯作图等,但这些研究方法均有它们自身的缺陷,定位的QTL在基因组上区间仍然很大,精... 几乎所有的农作物都开展了QTL(quantitative trait loci)定位研究,定位的方法也很多,如区间作图、复合区间作图、基于混合线性模型的复合区间作图和贝叶斯作图等,但这些研究方法均有它们自身的缺陷,定位的QTL在基因组上区间仍然很大,精度不高。为了更好地理解QTLs的分子生物学基础。文章简要地介绍了利用生物信息学方法分析QTL区间内候选基因的方法,并着重从遗传、基因组结构、表达和功能等方面来剖析QTL内的候选基因,为将来更好地利用QTL提供了借鉴。 展开更多
关键词 遗传学 数量性状位点 候选基因 生物信息学 综述
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数量性状位点的相对选择效率 被引量:1
12
作者 王辉 陈瑶生 《湛江海洋大学学报》 CAS 2005年第6期5-9,40,共6页
从理论上采用蒙特卡罗(Monte Carlo)模拟的方法研究了不同遗传力条件下数量性状位点的直接选择(DSQ)和以表型为基础的选择(TBS)在10个不重叠世代中的选择反应以及DSQ相对于TBS的优势。结果表明,在10个世代中DSQ的选择进展在几乎总是大于... 从理论上采用蒙特卡罗(Monte Carlo)模拟的方法研究了不同遗传力条件下数量性状位点的直接选择(DSQ)和以表型为基础的选择(TBS)在10个不重叠世代中的选择反应以及DSQ相对于TBS的优势。结果表明,在10个世代中DSQ的选择进展在几乎总是大于TBS的选择进展,说明DSQ较TBS具有优越性;但DSQ的相对选择效率(RSE)会随着世代数的增加而呈现较迅速下降的趋势,单个性状情况下RSE则呈直线下降的趋势。随着选择代数的增加,DSQ将失去其优越性,TBS在遗传进展上将超过DSQ。 展开更多
关键词 数量性状位点 选择 选择反应 蒙特卡罗模拟
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基于Cox半参数模型检测生存性状的印记数量性状位点 被引量:1
13
作者 周晓晶 方铭 《黑龙江八一农垦大学学报》 2012年第5期80-84,共5页
在生存分析中,Cox比例风险模型和加速失效模型是研究控制数量性状位点(QTL)的生存时间的常用的方法。本文首先借助于Cox比例风险模型给出了半参数的区间定位方法去表征生存性状的印记数量性状位点(iQTL)。此方法的明显优势是无需估计复... 在生存分析中,Cox比例风险模型和加速失效模型是研究控制数量性状位点(QTL)的生存时间的常用的方法。本文首先借助于Cox比例风险模型给出了半参数的区间定位方法去表征生存性状的印记数量性状位点(iQTL)。此方法的明显优势是无需估计复杂的"讨厌"的基线风险函数。然后构造偏似然函数并根据其推断出iQTL的参数估计。采用期望最大化算法求解iQTL位置和遗传效应的极大似然估计值。所给统计推断方法保证了整个基因组范围内的显著iQTL的估计和检验,在一系列的零假设下,给出了所检测到的iQTL的印记模式。最后,此方法应用于分析一个公开发表的小鼠模型系统数据集。 展开更多
关键词 生存性状 Cox半参数模型 印记数量性状位点 区间定位
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畜禽数量性状位点的研究进展 被引量:15
14
作者 杨宁 《国外畜牧科技》 1997年第6期29-33,共5页
畜禽数量性状位点的研究进展杨宁(中国农业大学动物科技学院北京100094)1数量性状位点传统数量遗传学理论认为,数量性状的遗传基础是遵守孟德尔遗传规律的微效多基因。近年来随着分子生物学技术的进步,遗传学家开始直接研究... 畜禽数量性状位点的研究进展杨宁(中国农业大学动物科技学院北京100094)1数量性状位点传统数量遗传学理论认为,数量性状的遗传基础是遵守孟德尔遗传规律的微效多基因。近年来随着分子生物学技术的进步,遗传学家开始直接研究数量性状的分子遗传基础,即数量性状... 展开更多
关键词 畜禽 数量性状位点 遗传连销图谱 QTL定位
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作物数量性状位点(QTL)基因的鉴定分析
15
作者 高翔 杨金慧 《西北农业学报》 CAS CSCD 2001年第3期116-118,共3页
分子生物技术的兴起和统计方法的发展为数量性状位点 (QTL)基因的鉴定提供了可能。为推动数量性状位点基因在作物育种中的应用 ,本文简要叙述了用于数量性状位点基因的鉴定与 Q× E分析。列出了Q× E分析的几种数学模型 。
关键词 作物 数量性状位点 基因 鉴定 遗传分析
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猪数量性状位点的定位和候选基因研究进展
16
作者 杨敏 殷宗俊 《养猪》 2007年第6期33-36,共4页
数量性状位点(QTL)的定位是鉴别家畜控制重要经济性状基因的第一步。分子生物学技术的飞速发展及其应用,为人们在DNA水平上研究猪重要经济性状的遗传机制奠定了坚实的基础。本文综述了影响猪繁殖、生长发育、肉质等主要经济性状的QTLs... 数量性状位点(QTL)的定位是鉴别家畜控制重要经济性状基因的第一步。分子生物学技术的飞速发展及其应用,为人们在DNA水平上研究猪重要经济性状的遗传机制奠定了坚实的基础。本文综述了影响猪繁殖、生长发育、肉质等主要经济性状的QTLs定位和候选基因研究进展情况。 展开更多
关键词 数量性状位点(QTL) 候选基因
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水稻耐盐性数量性状位点的初步检测 被引量:59
17
作者 顾兴友 梅曼彤 +2 位作者 严小龙 郑少玲 卢永根 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2000年第2期65-70,共6页
用RFLP分析技术和分蘖株系法对由耐盐性品种Pokkali和盐敏感品种Peta配制的BC1 (Peta/Pokkali∥Peta)群体分别检测水稻苗期和成熟期耐盐性数量性状位点 (QTLs)。表型鉴定在含 (处理 )或不含 (对照 ) 6 0mol/m3NaCl的营养液中进行 ,苗期... 用RFLP分析技术和分蘖株系法对由耐盐性品种Pokkali和盐敏感品种Peta配制的BC1 (Peta/Pokkali∥Peta)群体分别检测水稻苗期和成熟期耐盐性数量性状位点 (QTLs)。表型鉴定在含 (处理 )或不含 (对照 ) 6 0mol/m3NaCl的营养液中进行 ,苗期观测盐害级别、苗Na+ 含量和鲜重 /干重比值 3项指标 ,成熟期测定 1 0种农艺性状处理与对照的相对值。从水稻 1 2条染色体上筛选出 43个多态性标记 ,对上述指标分别作点分析 ,共检出 1 5个连锁标记。连锁标记的分布特点显示 ,在研究所涉及的基因组范围内存在 4个影响苗期耐盐性的QTL ,其增效等位基因均来自耐盐品种Pokkali;影响成熟期耐盐性的QTL分布于 7条染色体的 1或 2个连锁区间上 ,其有利基因来自双亲 ;RG6 78和RZ40 0B~RZ792附近的 展开更多
关键词 水稻 数量性状位点 耐盐性 RFLP标记
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与宿主对猪繁殖与呼吸综合征病毒应答相关的一个主要QTL(数量性状位点)的证据
18
作者 朱振鹏(编译) 《猪业科学》 2012年第6期29-29,共1页
猪繁殖与呼吸综合征在繁育动物时造成了繁育性能的降低,在成长动物中增加了呼吸问题,这些问题在猪产业中造成了重大的经济损失。接种疫苗在预防猪繁殖与呼吸综合征效果不显著,部分原因是由于病毒快速的突变率和演变。当前研究的目的... 猪繁殖与呼吸综合征在繁育动物时造成了繁育性能的降低,在成长动物中增加了呼吸问题,这些问题在猪产业中造成了重大的经济损失。接种疫苗在预防猪繁殖与呼吸综合征效果不显著,部分原因是由于病毒快速的突变率和演变。当前研究的目的是发现寄主抵抗性的遗传基础, 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 数量性状位点 QTL 证据 应答 宿主 繁育性能 经济损失
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柑橘果实大小与质量的遗传分析和数量性状位点定位 被引量:8
19
作者 罗艾 龚桂芝 +3 位作者 彭祝春 杨程 常珍珍 洪棋斌 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期719-728,共10页
为探究柑橘果实大小与质量的遗传调控机制,开展了果实大小和质量的数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)定位分析,以挖掘调控基因。以‘晚蜜2号’和‘梨橙2号’的94株F1代材料为分离群体,采用保守同源序列(conserved ortholog se... 为探究柑橘果实大小与质量的遗传调控机制,开展了果实大小和质量的数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)定位分析,以挖掘调控基因。以‘晚蜜2号’和‘梨橙2号’的94株F1代材料为分离群体,采用保守同源序列(conserved ortholog sequence,COS)和微卫星标记即简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)构建遗传连锁图谱,测定单株成熟果实大小和质量等性状,并进行遗传传递力分析和QTL定位分析。结果表明:本研究构建了一张包含201个标记、10个连锁群,总长为1194.5 cM的柑橘遗传连锁图谱;定位到与果实质量相关的4个QTLs,与横径相关的3个QTLs,与纵径相关的4个QTLs,都分别位于WL3和WL8连锁群上。通过对这些区域内的编码基因进行挖掘,发现了一些与果实发育相关的候选基因:GATA转录因子、生长素响应因子(auxin response factor,ARF)和GDSL酯酶。本研究鉴定到的QTLs和候选基因可为柑橘果实大小和质量的遗传研究、育种和物种改良提供理论参考和分子标记工具。 展开更多
关键词 柑橘 果实大小 果实质量 遗传图谱 数量性状位点
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影响猪繁殖性状的数量性状位点(QTL)定位研究进展 被引量:1
20
作者 刘方 彭颖 张明 《养猪》 2013年第1期68-72,共5页
数量性状位点(QTL)是在基因组中占据一定染色体区域、控制某一性状的一组微效多基因的集合。随着精细作图技术的发展,目前对猪数量性状位座的研究已经从侧翼标记发展为将研究目标指向各个数量性状位点。本文对影响猪繁殖性状QTL的定位... 数量性状位点(QTL)是在基因组中占据一定染色体区域、控制某一性状的一组微效多基因的集合。随着精细作图技术的发展,目前对猪数量性状位座的研究已经从侧翼标记发展为将研究目标指向各个数量性状位点。本文对影响猪繁殖性状QTL的定位现状、问题和前景进行概述,旨在为进行相关研究者提供参考。 展开更多
关键词 繁殖性状 数量性状位点 分子标记
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