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海洋环境监测数据自动分析系统的设计与实现 被引量:3
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作者 谢先伟 毛红 《舰船科学技术》 北大核心 2016年第6X期121-123,共3页
首先对海洋环境监测数据自动分析系统进行总体设计,阐述设计的意义,并对系统所涉及到的功能层作用进行说明;介绍海洋环境监测数据自动分析系统,实现网页实时监测空间地理、监测要素数据分析、信息预报可视化等功能。
关键词 海洋环境监测 数据自动分析 实时数据显示
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基因组二代测序数据的自动化分析流程 被引量:9
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作者 李文轲 李丰余 +5 位作者 张思瑶 蔡斌 郑娜 聂宇 周到 赵倩 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期618-624,共7页
二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多,但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能(例如:仅进行序列比对或变异读取或功能注释等),如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。... 二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多,但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能(例如:仅进行序列比对或变异读取或功能注释等),如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。文章设计了一套基于perl语言和SGE资源管理的自动化处理流程来分析Illumina平台基因组测序数据。该流程以测序原始序列数据作为输入,调用业界标准的数据处理软件(如:BWA,Samtools,GATK,ANNOVAR等),最终生成带有相应功能注释、便于研究者进一步分析的变异位点列表。该流程通过自动化并行脚本控制流程的高效运行,一站式输出分析结果和报告,简化了数据分析过程中的人工操作,大大提高了运行效率。用户只需填写配置文件或使用图形界面输入即可完成全部操作。该工作为广大研究者分析二代测序数据提供了便利的途径。 展开更多
关键词 二代测序 自动数据分析 流程 变异检测
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基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe
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作者 武乐 李益楠 +1 位作者 孔德信 周志鹏 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期143-151,共9页
为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据,本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程:RNApipe(Github:https://github.com/ywu019/RNApipe.git),其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据... 为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据,本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程:RNApipe(Github:https://github.com/ywu019/RNApipe.git),其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据自动执行质控、比对、定量、鉴定差异基因,以及GO、KEGG、GSEA等功能注释分析;其中,每一步骤的分析结果均以高质量的可视化图片或报告展示,并保留重要的输出文件。使用RNApipe在多个模式物种中的测试与评估结果表明:RNApipe可以平稳运行,且注释结果准确。与现有的自动化分析流程相比,RNApipe的主要特点包括:工作流程较为完整、默认工具消耗时间与资源较少、适用于任何有参物种、全面的可视化、以及用户友好性(易安装、易使用、易扩展)。研究表明,RNApipe便于研究人员快速地从大型RNA-seq测序数据中获取基本信息。 展开更多
关键词 转录组测序 差异表达分析 功能注释 Snakemake Conda 自动数据分析 可视化
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基于超高效液相色谱联用高分辨质谱自动解析方法的金银花不同加工方式分析 被引量:4
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作者 李淑芳 郝学飞 +5 位作者 王红旗 郭晓萌 冯书惠 尹海燕 刘冬梅 于永杰 《应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期819-827,共9页
金银花干燥加工方式直接影响其药用价值及经济效益。采用基于超高效液相色谱联用静电场轨道阱高分辨质谱的非靶向代谢组学技术结合化学计量学自动化数据分析策略,分析了不同加工方式对金银花中化学成分的影响。金银花样品经甲醇-水(8∶2... 金银花干燥加工方式直接影响其药用价值及经济效益。采用基于超高效液相色谱联用静电场轨道阱高分辨质谱的非靶向代谢组学技术结合化学计量学自动化数据分析策略,分析了不同加工方式对金银花中化学成分的影响。金银花样品经甲醇-水(8∶2,体积比)溶液超声提取30 min,两次离心后取上清液,以Waters Acquity UPLC HSS T3色谱柱(2.1×100 mm,1.8μm)分离,乙腈-水溶液(均含有体积分数0.1%的甲酸)进行梯度洗脱。高分辨质谱选择正离子扫描模式(ESI+)并采用FULL MS/DD-MS^(2)(TOP4)模式完成数据采集。在自动化解析方法软件平台对仪器采集的原始信号直接解析,鉴定出绿原酸、芦丁和异槲皮苷等16种差异性化合物。在化学成分解析的基础上,利用层次聚类分析和主成分分析等方法评价了晒干、阴干、电热烘干、烘房烘干、热泵烘干和真空冷冻干燥这6种加工方式获得的金银花样品品质差异。真空冷冻干燥、烘房烘干和热泵干燥等加工方式能够获得外观特征优质的金银花。在真空冷冻干燥方式下,金银花样品中的抗氧化功能性成分能够得到更好的保存。 展开更多
关键词 金银花 超高效液相色谱联用高分辨质谱 化学计量学 数据自动分析 加工方法
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网络应用程序漏洞挖掘技术研究 被引量:6
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作者 高瑞 周彩兰 朱荣 《现代电子技术》 北大核心 2018年第3期115-119,共5页
研究和分析了漏洞挖掘技术,针对客户端应用程序提出一种基于Fuzzing的客户端应用程序漏洞挖掘方法,研究了网络数据自动分析的方法和基于数据包内容的Fuzzing测试的方法,解决了客户端网络数据包自动采集的问题。实验结果表明,该方法相比... 研究和分析了漏洞挖掘技术,针对客户端应用程序提出一种基于Fuzzing的客户端应用程序漏洞挖掘方法,研究了网络数据自动分析的方法和基于数据包内容的Fuzzing测试的方法,解决了客户端网络数据包自动采集的问题。实验结果表明,该方法相比主流测试方法,可测试范围广,测试速度快。针对Web应用程序提出一种基于Fuzzing的Web应用程序漏洞挖掘方法。研究了基于脚本和测试数据集的Web应用程序Fuzzing测试方法,解决了Web网络数据采集的问题。实验结果表明,该方法比主流Web漏洞检测工具检测范围广,可扩展性强。 展开更多
关键词 漏洞挖掘 FUZZING 网络应用程序 WEB应用程序 数据采集 数据自动分析
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基于超高效液相色谱-高分辨质谱的非靶向代谢组学技术结合化学计量学对信阳茶树品种差异的研究 被引量:5
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作者 李淑芳 刘继红 +5 位作者 尹海燕 刘冬梅 郭晓萌 杨亚琴 王会锋 于永杰 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期149-155,共7页
基于超高效液相色谱联用高分辨质谱(UHPLC-HRMS)的非靶向代谢组学技术结合化学计量学自动化数据分析策略,分析了信阳地区乌牛早、舒茶早、白毫早、平阳特早、陕茶一号共5个茶树品种的化学成分差异。采用自动化解析方法软件平台对仪器采... 基于超高效液相色谱联用高分辨质谱(UHPLC-HRMS)的非靶向代谢组学技术结合化学计量学自动化数据分析策略,分析了信阳地区乌牛早、舒茶早、白毫早、平阳特早、陕茶一号共5个茶树品种的化学成分差异。采用自动化解析方法软件平台对仪器采集的原始信号直接解析,共鉴定出生物碱、儿茶素、酚酸、氨基酸、核苷及黄酮类物质等33种差异性化合物。层次聚类分析、偏最小二乘判别分析及热图分析发现不同品种化合物的含量差异显著。在相同的生长环境和农艺措施下,乌牛早中表没食子儿茶素以及异槲皮素等黄酮,舒茶早中儿茶素及核苷,白毫早中酚酸,陕茶一号中可可碱、酚酸、黄酮等化合物含量较高,平阳特早中茶氨酸、精氨酸等氨基酸含量明显高于其他4个品种。该结果可为茶树品种的品质评价与选育推广提供理论指导。 展开更多
关键词 茶树品种 超高效液相色谱-高分辨质谱 非靶向代谢组学 化学计量学 数据自动分析
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