针对数字液滴聚合酶链式反应(droplet digital Polymerase Chain Reaction,ddPCR)核酸检测中数字聚合酶链式反应由液滴数量多、尺寸小、排列紧密、荧光强度不均匀而导致的液滴难以计数问题,提出一种图像处理方法,基于灰度遍历法采集图...针对数字液滴聚合酶链式反应(droplet digital Polymerase Chain Reaction,ddPCR)核酸检测中数字聚合酶链式反应由液滴数量多、尺寸小、排列紧密、荧光强度不均匀而导致的液滴难以计数问题,提出一种图像处理方法,基于灰度遍历法采集图像的信息,通过微分分析法对液滴进行分类和计数,可准确采集ddPCR实验的图像信息。通过卷积算法去除图像中的噪声,使用灰度分布均衡化法增强图像的对比度。以灰度遍历的方式将图像在逐个阈值下二值化,并以几何条件为限制统计液滴数量。通过微分分析法对数据进行分析,得出荧光液滴与全部液滴的计数结果。在以人类gDNA(genomic DNA)为检测样本的ddPCR实验中,该算法的平均检测准确率为99.36%,与商用仪器算法和同类算法相比分别提高了2.24%,2.53%。该方法为ddPCR实验提供了可靠的检测结果,可更好地适用于ddPCR实验。展开更多
为实现小反刍兽疫病毒(Peste des petits ruminants virus,PPRV)的快速、准确、定量检测,以国内PPRV Clone 9疫苗株N基因为靶位点设计特异性引物及探针,建立了液滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)方法,并对其特异性、敏感性及重...为实现小反刍兽疫病毒(Peste des petits ruminants virus,PPRV)的快速、准确、定量检测,以国内PPRV Clone 9疫苗株N基因为靶位点设计特异性引物及探针,建立了液滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)方法,并对其特异性、敏感性及重复性进行评价。将所建立的ddPCR方法与实时荧光定量PCR(Fluorescence quantitative PCR,qPCR)方法的灵敏度进行比较分析并应用于PPRV(Clone 9株)核糖核酸标准物质的定量。结果显示,所建立的ddPCR方法特异性好,仅PPRV检测结果为阳性,其他羊源病毒类生物制品及毒种检测结果均为阴性;敏感性高,基因拷贝数检出限度为4.33拷贝/μL,比qPCR方法的灵敏度(57.3拷贝/μL)高10倍;重复性好,重复性试验的变异系数为1.8%;定量准确,具有一定资质的9家单位各组测量数据组间变异系数小于5%。试验建立的ddPCR方法能够有效地对PPRV核酸进行快速检测,为PPRV的诊断及绝对定量提供了有效方法。展开更多
在精准医学大背景下,分子分型指导下的乳腺癌个体化治疗虽已成为常态,但仍需不断寻求更加优质高效的精准治疗方案。液滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)在稀有基因突变检测、拷贝数变异检测以及与下一代测序技术相整合等方面,较传...在精准医学大背景下,分子分型指导下的乳腺癌个体化治疗虽已成为常态,但仍需不断寻求更加优质高效的精准治疗方案。液滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)在稀有基因突变检测、拷贝数变异检测以及与下一代测序技术相整合等方面,较传统的实时荧光定量PCR表现出明显的优势。本文针对dd PCR平台在不同乳腺癌亚型中的应用,以及对dd PCR技术助力下的乳腺癌的研究进行综述。展开更多
