高温胁迫下坛紫菜的数字基因表达谱研究 被引量：6

1

作者 赖晓娟 严小军 +2 位作者 杨锐 骆其君 陈海敏 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期104-111,共8页

坛紫菜是潮间带重要的经济藻种,对高温、渗透压等逆境具有独特的调控机制。本文采用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术研究了坛紫菜在高温胁迫下的基因表达差异,并分析其相应的响应方式;利用实时定量PCR技术对DGE部分数据进行验... 坛紫菜是潮间带重要的经济藻种,对高温、渗透压等逆境具有独特的调控机制。本文采用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术研究了坛紫菜在高温胁迫下的基因表达差异,并分析其相应的响应方式;利用实时定量PCR技术对DGE部分数据进行验证;检测了其中较有代表性的应答基因hsp70的差异表达。结果显示,高温胁迫下坛紫菜中有256个unigene上调表达,以HSP、核糖体蛋白L12、延伸因子EF-Tu及部分光合作用相关基因为代表,3 820个unigene下调表达,主要为核酸、蛋白以及糖类等合成代谢相关基因。Gene Ontology分析表明,差异表达基因主要定位于质体等有膜细胞器,参与繁殖和发育过程,行使催化和连接酶活性的功能。Pathway分析显示,这些基因分布于107条pathway中。其中,下调表达基因最显著富集于mRNA监督和RNA转运途径,而上调表达基因部分富集于内质网的蛋白加工、RNA降解及光合作用途径。验证表明此次DGE结果具有较高准确性,hsp70基因对高温响应积极。综上所述,DGE结果反应出,在高温胁迫时,坛紫菜出现基础代谢减慢、合成速度下降、能量合成受阻、碳同化降低等现象,但光合作用前期未受影响,同时补救途径启动。 展开更多

关键词 坛紫菜 高温胁迫 数字基因表达谱(dge) 差异表达基因 响应

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基于数字基因表达谱筛选黄瓜中水杨酸诱导基因 被引量：7

2

作者 刘双 乔禹 +5 位作者 王芳 韩旭 金晓霞 池春玉 于丽杰 丁国华 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期874-884,共11页

本文通过筛选水杨酸诱导黄瓜叶片差异表达基因(DEGs),旨在揭示水杨酸提高黄瓜抗病性机制和信号转导过程。以抗霜霉病黄瓜东农649为试材,无菌培养幼苗至4叶期,喷施5 mmol·L-1的水杨酸,喷施前和喷施后3、12和24 h分别采取叶片,提取总... 本文通过筛选水杨酸诱导黄瓜叶片差异表达基因(DEGs),旨在揭示水杨酸提高黄瓜抗病性机制和信号转导过程。以抗霜霉病黄瓜东农649为试材,无菌培养幼苗至4叶期,喷施5 mmol·L-1的水杨酸,喷施前和喷施后3、12和24 h分别采取叶片,提取总RNA,制备c DNA文库,应用Illumina高通量测序技术对水杨酸处理前后的4个叶片c DNA文库进行差异基因数字表达谱分析。结果表明,SA诱导了多数与叶绿体和细胞壁相关基因的下调表达和多个与抗病相关基因的上调表达,对受体激酶、细胞色素P450、脂氧合酶和脂转运蛋白等信号转导相关基因的表达均有显著影响。本研究获取了丰富有效的数据,初步筛选的DGEs涉及到植物的PCD(程序性细胞死亡)、信号转导、系统获得性抗性(SAR)形成等过程,证实了SA与上述过程有密切关系,为最终揭示SA提高黄瓜抗病性机制奠定了基础。 展开更多

关键词 黄瓜 水杨酸 数字基因表达谱 高通量测序 差异表达基因 系统获得性抗性

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雌蕊缺失茶树花3个发育期的数字基因表达谱分析 被引量：5

3

作者 李梅 陈林波 +4 位作者 田易萍 夏丽飞 宋维希 梁名志 江昌俊 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期97-107,共11页

以雌蕊缺失茶树花为试材,利用转录组、数字基因表达谱技术,研究了雌蕊缺失茶树花的花芽、花蕾、花3个时期相关基因的表达规律。结果发现,雌蕊缺失茶树花生长发育过程中进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动。生长素信号转导途径的6个基因... 以雌蕊缺失茶树花为试材,利用转录组、数字基因表达谱技术,研究了雌蕊缺失茶树花的花芽、花蕾、花3个时期相关基因的表达规律。结果发现,雌蕊缺失茶树花生长发育过程中进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动。生长素信号转导途径的6个基因和ABCDE类识别基因的A类、C类和E类可能与茶树花的雌蕊缺失和雄蕊发育密切相关,并且基因调控过程较复杂;WUS基因中WUS2和WUS8下调可能调控了C类和E类基因,从而导致雌蕊的缺失;KNOX家族中,未检测到KNOXⅡ的同源基因,KNOX I类同源基因下调表达和缺失可能减弱了茶树花雌蕊心皮的启动和雌蕊边缘组织的生长。可以看出,本研究通过数字基因表达谱分析,初步了解了雌蕊缺失茶树花发育前后的网络途径,为后期对茶树花雌蕊缺失和雄蕊发育的研究,探明茶树花不育和性别决定基因的分子机制提供理论依据。 展开更多

关键词 茶树花 雌蕊缺失 数字基因表达谱 转录组 花器官调控

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高温高湿胁迫下家蚕不同耐受性品种的中肠组织数字基因表达谱分析 被引量：3

4

作者 李庆荣 肖阳 +6 位作者 叶明强 李丽 邢东旭 罗国庆 郑茜 吴福泉 杨琼 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期620-628,共9页

家蚕属于变温动物,环境温度和湿度对其生长发育有很大影响。选择一对高温高湿耐受性差异显著的家蚕品种932和皓月作为试验材料,采用高通量测序的方法,鉴定2个品种5龄幼虫经高温高湿(35℃±0.5℃,RH 95%±2%)处理后中肠组织中转... 家蚕属于变温动物,环境温度和湿度对其生长发育有很大影响。选择一对高温高湿耐受性差异显著的家蚕品种932和皓月作为试验材料,采用高通量测序的方法,鉴定2个品种5龄幼虫经高温高湿(35℃±0.5℃,RH 95%±2%)处理后中肠组织中转录水平呈现差异的基因,初步分析这些差异基因参与的相关代谢途径,为探究家蚕品种耐高温高湿的分子机制积累基础信息。在正常环境条件下饲养,2个品种的5龄幼虫中肠组织中有552个表达差异显著的基因,这些差异表达基因共分布于44个GO功能注释小类中,与对高温高湿耐受性较差的皓月相比,对高温高湿耐受性较强的932幼虫,其中肠中与神经突触、抗氧化活性、电子载体活性和受体活性相关的基因高表达。与正常环境条件下饲养相比,在高温高湿环境胁迫下饲养,932与皓月的5龄幼虫中肠中分别有303和276个差异表达基因。通过KEGG Pathway显著性富集分析发现,932的差异表达基因在氧化磷酸化、蛋白质消化与吸收、氨基酸代谢及谷胱甘肽代谢等途径显著富集;皓月的差异表达基因在胰腺分泌、蛋白质消化与吸收、细菌与病毒侵染、m TOR信号等途径显著富集。鉴定的中肠差异表达基因可能与高温高湿胁迫下家蚕体内的生理生化反应及代谢变化等有关。 展开更多

关键词 家蚕 中肠 数字基因表达谱 高温高湿胁迫 差异表达基因 功能分类 实时荧光定量PCR

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杜仲叶片不同发育时期数字基因表达谱分析 被引量：1

5

作者 荆腾 王淋 +1 位作者 乌云塔娜 杜红岩 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期257-265,共9页

为在转录水平解析杜仲叶片发育过程中的基因表达模式,该研究通过数字基因表达谱技术对‘华仲6号’杜仲叶片从展叶(4月)到落叶(10月)不同发育时期的基因表达水平进行比较分析,共获得差异基因3 002个,其中1 764个表达量上调,1 238个下调,... 为在转录水平解析杜仲叶片发育过程中的基因表达模式,该研究通过数字基因表达谱技术对‘华仲6号’杜仲叶片从展叶(4月)到落叶(10月)不同发育时期的基因表达水平进行比较分析,共获得差异基因3 002个,其中1 764个表达量上调,1 238个下调,这些差异表达基因主要行使催化、氧化还原等功能,参与代谢过程和生物过程等;进一步Pathway富集分析发现,苯丙素类生物合成途径相关基因被富集,其中调控绿原酸合成的6个基因差异表达显著;对这些基因表达模式进行分析显示,4月中旬和9月中旬基因的表达量较高,暗示这两个时期对于绿原酸的合成具有重要作用。荧光定量RT-PCR检测6个绿原酸合成相关基因和12个随机选择的差异表达基因,验证结果显示表达谱测序结果可靠。该研究结果为揭示杜仲叶片在不同发育时期的分子调控机制奠定了基础,并为深入解析杜仲绿原酸合成机理,进而通过分子育种手段提高杜仲绿原酸含量提供新的路径。 展开更多

关键词 杜仲叶片 数字基因表达谱 差异基因 绿原酸

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脂多糖活化巨噬细胞的数字基因表达谱分析 被引量：2

6

作者 宣荣荣 陈海敏 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期971-977,共7页

目的研究巨噬细胞经脂多糖(LPS)处理后基因表达谱的变化。方法 LPS 0.01 mg·L-1作用RAW264.7细胞24 h,应用数字基因表达谱(DGE)技术筛选差异表达基因,分析差异基因富集的Gene ontology(GO)功能和Kyoto encyclopoedia of genes and ... 目的研究巨噬细胞经脂多糖(LPS)处理后基因表达谱的变化。方法 LPS 0.01 mg·L-1作用RAW264.7细胞24 h,应用数字基因表达谱(DGE)技术筛选差异表达基因,分析差异基因富集的Gene ontology(GO)功能和Kyoto encyclopoedia of genes and genomes(KEGG)信号通路,并通过定量PCR对部分差异表达基因进行验证。结果 LPS处理后,共有1959个基因差异表达,其中上调974个,下调985个。GO分析显示,差异表达基因主要发挥蛋白结合和催化活性等分子功能,以及调节细胞过程、对环境刺激的反应和免疫系统等生物学功能。信号通路分析显示,显著富集的途径与炎症、免疫系统和癌症等疾病密切相关。结论 DGE技术验证了LPS介导炎症反应的NF-κB、丝裂原激活蛋白激酶和Jak-STAT 3条主要的信号转导途径,发现了细胞周期、细胞凋亡和细胞外识别等新的途径。 展开更多

关键词 脂多糖 巨噬细胞 数字基因表达谱 炎症

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利用数字基因表达谱对鸡卵泡发育相关基因的筛选 被引量：1

7

作者 朱桂玉 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2014年第10期117-122,共6页

为筛选禽类卵泡募集、等级化维持及排卵过程中的关键基因,通过数字基因表达谱检测鸡卵巢内等级前小白卵泡(SWF)和发育到最大期的等级卵泡(F1)中的差异表达基因。结果显示,随着卵泡的成熟,显著上调表达的基因有784个,显著下调的基因有1 ... 为筛选禽类卵泡募集、等级化维持及排卵过程中的关键基因,通过数字基因表达谱检测鸡卵巢内等级前小白卵泡(SWF)和发育到最大期的等级卵泡(F1)中的差异表达基因。结果显示,随着卵泡的成熟,显著上调表达的基因有784个,显著下调的基因有1 526个。基因表达差异倍数达到5倍以上的上调基因包括PTGS1、TEK、VEGF-A、MMP-3、CDK1等;下调基因包括β-catenin、ZO-1、Nectin-3、PTPX15、Gadd45等。对差异表达基因进行基因本体(GO)生物学分析和信号通路显著富集分析发现,差异表达的基因所编码的蛋白主要参与生物学催化反应、分子连接、转移酶活性、水解等生物学过程;主要与细胞黏合通路、p53信号通路、蛋白合成通路及细胞周期通路等信号通路有关。对卵泡发育过程中的基质金属蛋白酶家族(MMPs)的MMP-3与MMP-9基因表达变化进行测定发现,MMP-3基因表达量在卵泡发育过程中显著升高,排卵后的卵泡中显著下降;MMP-9基因表达量则持续显著升高,在排卵后第2天的卵泡中下降,但下降不明显。 展开更多

关键词 鸡 卵泡 数字基因表达谱 差异表达基因 基质金属蛋白酶

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红掌佛焰苞数字基因表达谱及关键基因表达水平分析

8

作者 彭佳佳 刘克林 +8 位作者 刘丽娅 吕学华 杨哲 李佩愉 刘春 明军 袁素霞 平吉成 张黎 《江苏农业科学》 北大核心 2016年第3期48-52,共5页

以红掌佛焰苞S5(盛花期:红色)、S8(衰老期:绿色)时期为试验材料进行数字基因表达谱(digital gene expression profiling,DGE)测序,分别得到12 766 374条(1.28 G)、18 583 390条(1.86 G)可分析序列(clean reads),被成功注释有差异表达的... 以红掌佛焰苞S5(盛花期:红色)、S8(衰老期:绿色)时期为试验材料进行数字基因表达谱(digital gene expression profiling,DGE)测序,分别得到12 766 374条(1.28 G)、18 583 390条(1.86 G)可分析序列(clean reads),被成功注释有差异表达的基因序列2 316条。为探究红掌佛焰苞颜色变化过程中关键基因的表达水平,将差异基因定位在花青素生物合成途径11条表达量变化的序列上,并通过实时荧光定量PCR对其中的4条序列进行检验,验证了DGE测序结果的准确性。同时研究这4个序列在红掌佛焰苞生长过程中的表达水平,结果表明:在佛焰苞发育初期,3条序列相对表达量逐渐增高,1条在S2时期降低,但均在S3时期达到最高或较高值;在S4、S5、S6、S7、S8时期,随着佛焰苞的成熟,4条序列表达量大体上均逐渐下降,在S8衰老期表达量最低。研究结果证明了这4条基因序列是红掌佛焰苞花色形成中的关键基因,S3时期是花青素生物合成的高峰期。 展开更多

关键词 数字基因表达谱 红掌佛焰苞 花青素 基因表达水平 基因序列 关键基因 花色变化 关键酶

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大豆响应低磷胁迫的数字基因表达谱分析 被引量：5

9

作者 姚敏磊 张璟曜 +5 位作者 周汐 韩少怀 谢凤斌 朱月林 盖钧镒 杨守萍 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期213-221,共9页

以Os PT6转基因T5代大豆为材料,以其受体亲本东农50为对照,对低磷胁迫处理下的根系c DNA文库进行数字基因表达谱分析,共筛选得到33个差异表达基因。以受体亲本为对照,在Os PT6转基因大豆中上调表达的差异基因有21个、下调表达的差异基因... 以Os PT6转基因T5代大豆为材料,以其受体亲本东农50为对照,对低磷胁迫处理下的根系c DNA文库进行数字基因表达谱分析,共筛选得到33个差异表达基因。以受体亲本为对照,在Os PT6转基因大豆中上调表达的差异基因有21个、下调表达的差异基因有12个。GO功能显著性富集分析表明,有25个差异表达基因在蛋白、核酸等生物大分子代谢、次生代谢和酶活性调节等过程中表现为富集。KEGG代谢通路分析表明仅有1个过氧化物酶超蛋白家族基因参与到苯丙合成、苯丙氨酸代谢和次生代谢产物合成等次生代谢途径中。综合分析表明:通过光合作用相关酶类活性的调节控制光合作用速率从而影响次生代谢途径可能是大豆适应低磷胁迫的主要途径。以上结果为大豆响应低磷胁迫相关分子机制的深入研究和功能基因的筛选奠定了基础。 展开更多

关键词 大豆 低磷胁迫 数字基因表达谱 差异表达基因

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扩散型与繁殖型松材线虫数字基因表达谱对比分析 被引量：5

10

作者 田浩楷 张帅 +2 位作者 柳小龙 张志伟 赵莉蔺 《生物安全学报》 2017年第2期111-121,共11页

【目的】松材线虫作为林业重大外来入侵种,扩散型幼虫的形成对其传播扩散起着非常重要的作用,但扩散虫态的形成与维持机制尚未阐明。【方法】通过构建松材线虫数字基因表达谱(DGE),从滞育状态的维持、化学感受、代谢途径等方面分析松材... 【目的】松材线虫作为林业重大外来入侵种,扩散型幼虫的形成对其传播扩散起着非常重要的作用,但扩散虫态的形成与维持机制尚未阐明。【方法】通过构建松材线虫数字基因表达谱(DGE),从滞育状态的维持、化学感受、代谢途径等方面分析松材线虫不同虫态的基因表达差异。【结果】参考松材线虫基因组数据,鉴定出2种扩散型幼虫(LⅢ,LⅣ)和繁殖型幼虫(Ln)各有11184、8533和10781个基因。相对于繁殖型虫态,大多数基因在LⅣ中下调表达,该虫态中特异上调表达的基因有化感受体基因、核受体基因以及一些代谢相关基因。推测这可能与扩散型线虫滞育状态的维持相关,并在其生理功能如化学感受和媒介/寄主互作中发挥作用。GO和Pathway富集分析显示,多数代谢相关通路在LⅣ中下调表达,而在LⅢ中的表达均活跃。【结论】以上结果与LⅣ处于不进食、总体代谢水平较低等生理状态的表型相一致。 展开更多

关键词 松材线虫 扩散型虫态 数字基因表达谱 差异表达基因

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小麦叶片非顺序和顺序衰老数字基因表达谱分析 被引量：1

11

作者 李亚东 曹翠兰 +1 位作者 丁虹茹 苗芳 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2020年第11期1-12,22,共13页

【目的】从转录水平揭示小麦叶片顺序和非顺序衰老的形成机制及其在小麦生产中的应用价值。【方法】以顺序衰老小麦(NR9405)和非顺序衰老小麦(温麦19)为材料,应用数字基因表达谱技术对两种衰老类型小麦旗叶在扬花后25 d、30 d和32 d的... 【目的】从转录水平揭示小麦叶片顺序和非顺序衰老的形成机制及其在小麦生产中的应用价值。【方法】以顺序衰老小麦(NR9405)和非顺序衰老小麦(温麦19)为材料,应用数字基因表达谱技术对两种衰老类型小麦旗叶在扬花后25 d、30 d和32 d的基因表达量进行检测,筛选花后25 d和30 d,30 d和32 d旗叶的差异表达基因,并对差异表达基因进行GO富集分析。【结果】顺序衰老小麦NR9405花后25 d与30 d相比,差异表达基因共计6659个,其中上调表达基因3404个,下调表达基因3255个;花后30 d与32 d相比,差异表达基因共计4058个,其中上调表达基因3017个,下调表达基因1041个。非顺序衰老小麦温麦19花后25 d与30 d相比,差异表达基因共计13609个,其中上调表达基因7454个,下调表达基因6155个;花后30 d与32 d相比,差异表达基因共计6321个,其中上调表达基因2669个,下调表达基因3652个。上调基因显著富集的主要GO条目有:环境胁迫响应、脂肪酸α-氧化、细胞死亡、DNA分解代谢、自噬、水解酶、转移酶、转运、丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶等。下调基因显著富集的GO条目有:光合作用、光的捕获、光合电子传递链、叶绿素生物合成过程、叶绿体机体等。在小麦叶片非顺序衰老过程中,自噬、海藻糖生物合成过程、海藻糖磷酸酶、蔗糖合成酶等相关基因极显著上调表达,有利于保持叶片水分,促进叶片碳氮的转运,提高小麦产量。【结论】小麦叶片的非顺序衰老与自噬、水解酶和丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶基因的极显著上调表达密切相关。 展开更多

关键词 小麦生理 顺序衰老 非顺序衰老 数字基因表达谱 GO条目

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基于数字基因表达谱筛选雌雄鸡胚胎性别分化相关的差异表达基因

12

作者 王晓路 翟曼君 +3 位作者 解一凡 张虎军 李青峰 赵宗胜 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2020年第1期37-42,共6页

目的为探究家禽早期胚胎发育中与性别分化相关基因的表达情况。方法本试验通过数字基因表达谱技术(DGE技术)以发育到72 h的雌性和雄性鸡胚胎为研究对象。结果成功构建了雌性和雄性鸡胚胎文库,通过对比及分析后得出有66个表达差异基因,... 目的为探究家禽早期胚胎发育中与性别分化相关基因的表达情况。方法本试验通过数字基因表达谱技术(DGE技术)以发育到72 h的雌性和雄性鸡胚胎为研究对象。结果成功构建了雌性和雄性鸡胚胎文库,通过对比及分析后得出有66个表达差异基因,包括雌性对雄性表现上调的基因为25个、下调的基因为41个。通过对这些差异基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析显示差异基因主要参与生长发育、生殖、细胞的增殖分化相关,筛选出了5个与鸡性别分化相关的基因,分别是HINT1Z、SOX 9、RSPO1、DMRT1和LHX 9基因。结论经实时荧光定量PCR验证,结果显示HINT1Z基因在雄鸡中比在雌鸡中的表达量较高,在雌雄鸡中表达差异不显著;RSPO 1基因表达雌鸡比雄鸡中高;SOX 9基因表达量雄鸡高于雌鸡且差异极显著(P<0.01);DMRT 1基因在雄鸡中的表达量高于雌鸡且差异极显著(P<0.01);LHX 9雄鸡中的表达量较雌鸡中高但差异不显著。 展开更多

关键词 数字基因表达谱技术 鸡 胚胎性别分化 差异表达基因

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秋茄(Kandelia candel L.)响应重金属胁迫的数字基因表达谱 被引量：5

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作者 袁柳娇 傅梦妮 +4 位作者 余如凤 黎海利 袁长春 陈燕 刘锴栋 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期22-28,共7页

基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对重金属污水胁迫处理组和对照组秋茄材料进行转录组测序分析。结果表明,重金属污水胁迫处理样品与对照样品相比,共筛选出的3 097个差异表达基因,其中2 202个表达上调,895个表达下调。GO功能... 基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对重金属污水胁迫处理组和对照组秋茄材料进行转录组测序分析。结果表明,重金属污水胁迫处理样品与对照样品相比,共筛选出的3 097个差异表达基因,其中2 202个表达上调,895个表达下调。GO功能显著性富集分析出38个GO分类条目,大量与生长发育,代谢调控,环境刺激响应相关的基因表现为富集。进一步的KEGG代谢途径分析表明,差异表达基因主要与糖类、核酸、蛋白质和脂质等生物大分子代谢、能量代谢以及次生代谢过程有关。转录因子分析发现b HLH,MYB,NAC和WRKY在重金属胁迫中发挥重要作用。此外,重金属胁迫还促进萜类、黄酮类化合物生物合成的关键酶基因(牻牛儿基焦磷酸合酶(Unigene0029352)、黄酮醇合成酶(Unigene0010384))的表达,进而促进秋茄有效成分的积累;显著诱导细胞分裂素相关基因type-b响应调节子ARR2(Unigene0033740)的表达、抑制油菜素内酯的信号转导组分基因BSK(Unigene0008986)的表达,进而提高秋茄对重金属胁迫的适应能力。实验选取了5个与环境刺激响应密切相关的基因,通过qRT-PCR验证了它们在重金属污水胁迫处理下的表达差异,结果与数字基因表达谱分析的结果较为一致,证实了差异表达基因数据的有效性。说明在重金属胁迫处理下,秋茄通过调节基因表达提高自身对污染胁迫的耐受能力。 展开更多

关键词 秋茄 重金属 污水胁迫处理 数字基因表达谱(DEG) 差异表达基因

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重金属胁迫下白骨壤数字基因表达谱分析 被引量：2

14

作者 袁长春 莫健新 +4 位作者 袁柳娇 余如凤 刘倩 钟军弟 刘锴栋 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2017年第2期206-213,共8页

[目的]从转录组水平研究重金属污水胁迫处理下白骨壤的基因表达变化,以揭示白骨壤响应重金属污染胁迫的机制。[方法]采用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术对重金属污水胁迫处理组和对照组白骨壤材料进行转录组测序分析。[结果]... [目的]从转录组水平研究重金属污水胁迫处理下白骨壤的基因表达变化,以揭示白骨壤响应重金属污染胁迫的机制。[方法]采用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术对重金属污水胁迫处理组和对照组白骨壤材料进行转录组测序分析。[结果]与对照组相比,重金属处理下白骨壤共有10 459个差异表达基因,其中,8 685个表达量上升,1 774个表达量下降。Me V聚类表明:大部分基因在重金属处理样本中的表达量受到极大的诱导。GO功能注释发现,差异表达基因主要定位于叶绿体以及细胞内各种膜结构,参与"细胞代谢"、"细胞组分的组合和生物合成"、"对刺激的响应"等过程。KEGG代谢通路分析显示,差异表达基因分布于126条Pathways,涉及"核糖体"、"光合作用"、"乙醛酸盐代谢"、"丙酮酸代谢"等途径。重金属胁迫还促进萜类、黄酮类化合物生物合成的关键酶基因(牻牛儿基焦磷酸合酶(0009238)、黄酮醇合成酶(0001833))的表达,进而促进白骨壤有效成分的积累;显著诱导细胞分裂素水解酶编码基因CKX7(0057124)、油菜素内脂信号转导组分基因BSK(0043741)等的表达,进而提高白骨壤对重金属胁迫的适应能力。此外,转录因子分析发现,b HLH、NAC、MYB-related和WRKY在重金属胁迫中发挥重要作用。实验选取8个与环境刺激响应密切相关的基因,通过qRT-PCR验证了它们在重金属污水胁迫处理下的表达差异,结果与数字基因表达谱分析的结果较一致,证实了差异表达基因数据的有效性。[结论]重金属处理影响了白骨壤大量的新陈代谢、光合作用、小分子酸合成、激素合成与信号转导及次生代谢产物合成相关基因的表达。 展开更多

关键词 白骨壤 重金属胁迫 数字基因表达谱(DEG) 差异表达基因 机制

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利用数字表达谱分析拟南芥叶片中盐响应基因

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作者 程华 杨梅燕 +4 位作者 吴佳辉 孙楠 黄健子 郑易之 刘昀 《深圳大学学报（理工版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第6期631-639,共9页

为揭示拟南芥在盐胁迫下基因表达谱的变化,为解决盐害提出新的方向,以哥伦比亚野生型拟南芥为材料,利用数字表达谱技术(digital gene expression profiling,DGEP)分析盐胁迫组(200 mmol/L Na Cl处理2 h)和对照组的拟南芥叶片互补脱氧核... 为揭示拟南芥在盐胁迫下基因表达谱的变化,为解决盐害提出新的方向,以哥伦比亚野生型拟南芥为材料,利用数字表达谱技术(digital gene expression profiling,DGEP)分析盐胁迫组(200 mmol/L Na Cl处理2 h)和对照组的拟南芥叶片互补脱氧核糖核酸(complementary deoxyribonucleic acid,c DNA)文库,鉴定盐胁迫下拟南芥中差异表达的基因.结果显示,盐胁迫组中共有4 400个基因发生了差异表达,其中,1 513个基因上调表达,约占34.39%;2 887个下调表达,约占65.61%.这些基因主要富集于22个基因本体(gene ontology,GO)条目,包括核糖体构成、细胞膜和细胞器组成、应答胁迫、脯氨酸代谢等过程.进一步的KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析表明,基础代谢、次生代谢以及光合和氧化代谢等32个通路的基因显著富集.此外,本研究筛选到6个显著差异表达的胚胎晚期富集蛋白(late embryogenesis abundant,LEA)基因,其中,3个LEA基因在盐胁迫条件下上调表达,3个下调表达,暗示着这6个LEA基因可能是拟南芥在应答盐胁迫过程发挥关键作用的抗逆基因. 展开更多

关键词 拟南芥 LEA基因 乙烯应答因子 盐胁迫 数字基因表达谱 差异表达基因

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低温胁迫下烤烟幼苗叶片光合作用和抗氧化能力基因差异表达谱 被引量：16

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作者 崔翠 王利鹃 +3 位作者 周清元 谭尊飞 曲存民 张正圣 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第21期6076-6089,共14页

对低温(5—7℃)胁迫下烤烟"K326"幼苗叶片光合指标、膜氧化水平及其抗氧化指标进行测定,并利用数字化基因表达谱技术进行基因差异表达分析。低温胁迫后烤烟幼苗叶绿素含量、光合能力显著下降,脯氨酸含量、丙二醛含量上升,超... 对低温(5—7℃)胁迫下烤烟"K326"幼苗叶片光合指标、膜氧化水平及其抗氧化指标进行测定,并利用数字化基因表达谱技术进行基因差异表达分析。低温胁迫后烤烟幼苗叶绿素含量、光合能力显著下降,脯氨酸含量、丙二醛含量上升,超氧化物歧化酶活性、过氧化氢酶活性、抗坏血酸含量和谷胱甘肽含量均显著上升。低温胁迫后有2357个基因发生了显著差异表达,其中1673个基因表达上调、684个基因表达下调,其分子功能、细胞位置和主要代谢过程均涉及光系统、膜氧化系统和抗氧化系统。对涉及到的代谢过程进行分析,结果表明:光合天线蛋白调控基因表达量均显著下降、光合作用的主要调控基因表达量多数表现为显著下调、而与氧化能力相关的谷胱甘肽代谢差异表达基因大多数显著上调。基因差异表达谱分析结果和低温胁迫后叶片光合能力、抗氧化能力生理生态指标测定结果基本一致,为进一步研究低温胁迫对作物的生态影响和研究基因克隆与功能提供基础。 展开更多

关键词 烤烟 低温胁迫 数字化基因表达谱 抗氧化能力

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高温胁迫下甜玉米雌穗发育基因差异表达谱分析 被引量：12

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作者 李余良 刘建华 +1 位作者 郑锦荣 胡建广 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期269-279,共11页

利用数字化基因表达谱技术,对高温胁迫下优良甜玉米杂交种粤甜13雌穗发育相关基因的表达谱进行分析。结果表明,在高温胁迫和适温下差异表达基因达949个,其中有上调表达基因705个,下调表达基因244个,上调表达10倍以上的基因108个,下调表... 利用数字化基因表达谱技术,对高温胁迫下优良甜玉米杂交种粤甜13雌穗发育相关基因的表达谱进行分析。结果表明,在高温胁迫和适温下差异表达基因达949个,其中有上调表达基因705个,下调表达基因244个,上调表达10倍以上的基因108个,下调表达10倍以上的基因40个。对差异表达基因功能注释分析表明,它们主要集中在细胞内组分和膜上,主要具催化活性、结合活性、水解酶活性、氧化还原酶活性等,参与代谢、细胞结构与功能、胁迫应答、物质运输和生物调节等生物学过程,推测对雌穗发育过程中籽粒和果穗的形成具有重要作用。这些基因中有一半以上的基因功能未知,下一步将对其开展克隆和功能方面的分析。 展开更多

关键词 甜玉米 高温胁迫 数字化基因表达谱 基因表达 实时定量RT-PCR

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利用DGE对黄肉猕猴桃果实着色过程中相关差异基因表达的解析 被引量：9

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作者 高洁 黄春辉 +3 位作者 葛翠莲 曲雪艳 辜青青 徐小彪 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期361-368,共8页

【目的】构建数字基因表达谱(DGE),寻找调控黄肉猕猴桃果实呈色的潜在关键基因。【方法】以中华猕猴桃(Actinidia chinensis Planch)黄肉品种‘金丰’为试材,利用Illimina/Hisseq测序技术构建其果实发育中3个不同转色期DGE文库,以转录... 【目的】构建数字基因表达谱(DGE),寻找调控黄肉猕猴桃果实呈色的潜在关键基因。【方法】以中华猕猴桃(Actinidia chinensis Planch)黄肉品种‘金丰’为试材,利用Illimina/Hisseq测序技术构建其果实发育中3个不同转色期DGE文库,以转录组数据为参考数据库,进行GO功能富集以及Pathway功能富集分析。【结果】结果表明,DGE文库构建转色前期、转色期和成熟期分别获得4 724 009,4 565 159和4 626 730个标签。转色期与转色前期之间差异表达基因的个数为2 641个,成熟期与转色前期有差异表达的基因个数是2 671,成熟期与转色期之间有1457个基因有表达差异。通过GO功能富集及Pathway功能富集分析,分别获得了102条叶绿素Unigenes与111条类胡萝卜素Unigenes,其中12条叶绿素Unigenes及14条类胡萝卜素Unigenes在果实的3个不同转色期有显著差异表达(P<0.05)。【结论】黄肉猕猴桃呈色的关键基因可能存在于具有显著差异表达的12条调控叶绿素合成以及14条调控类胡萝卜素合成的Unigenes之中。 展开更多

关键词 '金丰’猕猴桃 黄肉 数字基因表达谱 差异表达基因

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基于转录组和基因表达谱的葱蝇分泌组挖掘及其在滞育发育中的可能作用分析（英文）

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作者 郝友进 徐燕玲 陈斌 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1168-1177,共10页

【目的】昆虫滞育是一种重要的季节性适应生存的环境生理现象,但是调控葱蝇Delia antiqua夏滞育和冬滞育的分子机理却知之甚少。本研究旨在鉴定与葱蝇蛹滞育相关的候选基因。【方法】利用RNA-seq和数字基因表达谱数据,通过生物信息学的... 【目的】昆虫滞育是一种重要的季节性适应生存的环境生理现象,但是调控葱蝇Delia antiqua夏滞育和冬滞育的分子机理却知之甚少。本研究旨在鉴定与葱蝇蛹滞育相关的候选基因。【方法】利用RNA-seq和数字基因表达谱数据,通过生物信息学的方法预测分析葱蝇滞育相关的分泌蛋白,并进行了氨基酸序列相似性、基本理化性质分析;从表达谱中选取12个差异表达基因,利用qRT-PCR验证了它们在非滞育蛹以及夏滞育和冬滞育蛹的不同发育时期的表达特点。【结果】共鉴定出38个在葱蝇夏滞育蛹和冬滞育蛹之间差异表达的可能的分泌蛋白。同源基因注释表明,这些基因可能在气味分子结合、几丁质和脂类代谢、免疫及发育等方面发挥作用,其中脂类和几丁质代谢过程的调节似乎在滞育发育过程起到重要作用。qRT-PCR分析结果表明,12个被选择基因的表达谱与RNA-seq结果相吻合(R=0.862,P=0.001)。【结论】本研究为基于高通量测序的分泌组挖掘及滞育相关基因的鉴定提供了强有力地分析策略。 展开更多

关键词 葱蝇 滞育 分泌蛋白 转录组 数字基因表达谱 RNA-SEQ

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高通量基因表达谱的应用 被引量：4

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作者 胡红柳 侯晓明 +2 位作者 曲波 高学军 李庆章 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2012年第12期40-43,共4页

基因表达谱可以描绘特定情况下组织、细胞中所表达的全套基因及其丰度,它从mRNA水平上反映出组织或细胞特异性表型和表达模式。目前基于高通量的基因表达谱主要有基因芯片和数字基因表达谱(DGE)。本文主要介绍了基因芯片和DGE的原理、特... 基因表达谱可以描绘特定情况下组织、细胞中所表达的全套基因及其丰度,它从mRNA水平上反映出组织或细胞特异性表型和表达模式。目前基于高通量的基因表达谱主要有基因芯片和数字基因表达谱(DGE)。本文主要介绍了基因芯片和DGE的原理、特点,并对其在作物科学、动物科学和乳品科学中的应用做了简要列举。 展开更多

关键词 基因表达谱 高通量 基因芯片 数字基因表达谱

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