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基于全基因组重测序的赤霞珠葡萄插入缺失标记开发及其在葡萄酒真实性鉴定中的初步验证
1
作者 孙倩 李娜 +6 位作者 杨冰艺 王杰 王晓楠 薄文浩 邢冉冉 程金新 朱保庆 《食品科学》 2025年第18期92-101,共10页
本研究通过基因组重测序筛选可实现赤霞珠品种鉴定的插入缺失(insertion-deletion,InDel)标记,并进一步验证其在赤霞珠葡萄酒真实性鉴定中的应用效果。结果表明,在全基因组范围筛选的13个标记中,经聚合酶链式反应验证后,成功开发出9个... 本研究通过基因组重测序筛选可实现赤霞珠品种鉴定的插入缺失(insertion-deletion,InDel)标记,并进一步验证其在赤霞珠葡萄酒真实性鉴定中的应用效果。结果表明,在全基因组范围筛选的13个标记中,经聚合酶链式反应验证后,成功开发出9个具有多态性且扩增效果良好的InDel标记(Del-1~6、In-1、In-4、In-5),其中有7个InDel标记(Del-2~6、In-1、In-5)能够区分赤霞珠和马瑟兰品种。通过研究这些InDel标记在葡萄酒中的应用效果,发现3个InDel标记(Del-2、Del-4、Del-6)能用于鉴别赤霞珠和马瑟兰两款葡萄酒的真实性。本研究结果丰富了葡萄的分子标记,可为InDel标记在葡萄资源遗传多样性、品种鉴定、指纹图谱构建等遗传研究中的利用提供理论基础。 展开更多
关键词 插入缺失分子标记 赤霞珠葡萄 品种鉴定 赤霞珠葡萄酒 真实性鉴定
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利用插入/缺失标记分析我国瓠瓜资源遗传多样性 被引量：1
2
作者 鲁忠富 王莎 +5 位作者 吴晓花 胡耀文 汪宝根 吴新义 徐沛 李国景 《浙江农业科学》 2014年第5期668-672,共5页
瓠瓜作为重要的葫芦科作物之一,在我国已有悠久的栽培历史。瓠瓜分子标记研究大大落后于黄瓜、白菜等作物,应用分子标记技术开展瓠瓜种质资源的遗传多样性和亲缘关系研究,对促进瓠瓜重要种质资源的开发和利用具有重要意义。本研究选择9... 瓠瓜作为重要的葫芦科作物之一,在我国已有悠久的栽培历史。瓠瓜分子标记研究大大落后于黄瓜、白菜等作物,应用分子标记技术开展瓠瓜种质资源的遗传多样性和亲缘关系研究,对促进瓠瓜重要种质资源的开发和利用具有重要意义。本研究选择96份具有广泛代表性的我国瓠瓜种质材料,利用插入/缺失分子标记技术,研究分析了其遗传多样性和亲缘关系,探讨我国瓠瓜品种间的基因差异和瓠瓜亚种间及亚种内的亲缘关系。结果表明,瓠瓜种质遗传相似系数0.30~1.00,在遗传相似系数0.68处可将96份瓠瓜种质材料分为8类,各种质材料分布较平均;相同瓜型的材料有聚集在一起的趋势,根据瓜型可将这96份瓠瓜种质大致分为3类。 展开更多
关键词 瓠瓜 聚类分析 插入/缺失标记 遗传多样性
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大豆长片段插入/缺失标记的开发与应用
3
作者 李曼 史晓蕾 +8 位作者 邸锐 刘志芳 孟庆民 付才 杨春燕 王冬梅 张孟臣 张洁 闫龙 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2022年第1期18-26,共9页
为了开发稳定可靠、操作简便的大豆分子标记,以12份地理来源不同的大豆种质资源为材料,通过基因组10倍深度重测序开发长片段插入/缺失(InDel)标记,并应用2018年黄淮海大豆多点鉴定96份参试品系DNA指纹图谱构建。结果表明,在参试材料中,... 为了开发稳定可靠、操作简便的大豆分子标记,以12份地理来源不同的大豆种质资源为材料,通过基因组10倍深度重测序开发长片段插入/缺失(InDel)标记,并应用2018年黄淮海大豆多点鉴定96份参试品系DNA指纹图谱构建。结果表明,在参试材料中,共检测到插入/缺失片段长度大于20 bp的InDel标记66561个,平均每条染色体InDel标记的数量为3262个;位于内含子的InDel占比12.35%,位于基因上游序列和下游序列的InDel占比分别为25.83%,20.44%,位于基因间隔区的InDel占比34.39%,位于外显子的InDel占比0.19%,位于5′-UTR和3′-UTR的InDel占比分别为0.93%和1.51%;片段长度介于20~40 bp的InDel数量为42453个,41~60 bp为13044个,61~80 bp为5034个,81~100 bp为2285个,大于100 bp为2413个;从检测到的66561个InDel位点中,根据插入/缺失片段长度,在基因组中随机选区160个InDel位点,利用引物设计、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术,在55℃的退火温度条件下,开发出32个有且仅有2个等位变异、基于1%琼脂糖凝胶电泳技术易于分辨的长片段插入/缺失标记。应用新开发的32个标记,构建了2018年黄淮海大豆多点鉴定96个参试品系DNA指纹图谱,参试的大豆材料纯度为96.84%,没有同物异名现象发生。研究开发的InDel标记稳定可靠、操作简便,可应用于大豆DNA指纹图谱构建、种子纯度检测等工作。 展开更多
关键词 大豆 分子标记 长片段插入/缺失标记 遗传多样性分析
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基于InDels标记的大白菜育种材料的亲缘关系鉴定 被引量：9
4
作者 刘栓桃 张志刚 +7 位作者 司立英 王荣花 李巧云 王立华 赵智中 梁水美 张全芳 步迅 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期657-667,共11页
采用86对InDels引物对105份大白菜育种材料进行了鉴定,共得到189个多态性位点。每对引物所能检测到的等位基因为2~4个,其中82.6%的引物仅能检测到2个等位基因位点;杂合度指数0~0.1880,平均为0.0511;主要等位基因频率为0.3277~0.9664,平... 采用86对InDels引物对105份大白菜育种材料进行了鉴定,共得到189个多态性位点。每对引物所能检测到的等位基因为2~4个,其中82.6%的引物仅能检测到2个等位基因位点;杂合度指数0~0.1880,平均为0.0511;主要等位基因频率为0.3277~0.9664,平均为0.6638;每对引物的多态性信息含量为0.0629~0.6654,平均为0.3444。94.2%的引物杂合度低于0.1,表明所选材料纯合度较高。采用NTSYS软件对供试材料进行UPGMA聚类分析,当相似系数为0.60时所有试材料分为合抱型(类群Ⅰ)与叠抱型(类群Ⅱ)明显的两个类群。叠抱型所在的类群Ⅱ在相似系数0.63时又进一步分为4个亚群。4个杂种优势非常明显的叠抱型品种的亲本材料分别处于不同的亚群或同一亚群中的不同分支。对双亲标记检测结果的进一步分析后挖掘了一批适宜4个杂交种纯度鉴定的引物,从中筛选了3对适宜4个杂交种纯度鉴定的通用引物。研究结果不仅提供了大白菜杂种优势育种的分子证据,同时也为育种实践中杂交组合的高效选配提供了帮助。 展开更多
关键词 大白菜 育种材料 亲缘关系 杂种优势 插入/缺失标记
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基于转录组测序芒果抗细菌性角斑病SNP/In Del分析 被引量：3
5
作者 周思思 王露露 +6 位作者 胡芳丽 何红 柳凤 张国辉 普金安 张翠英 沐云松 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期148-155,共8页
旨在挖掘与芒果抗细菌性角斑病紧密联系的SNP/InDel位点,以进一步揭示芒果抗细菌性角斑病的遗传多样性和分子机理。试验材料为细菌性角斑病高抗品种‘热农1号’和高感品种‘凯特’,分别对两个品种接病菌后0d、2d、6d的果皮进行转录组分... 旨在挖掘与芒果抗细菌性角斑病紧密联系的SNP/InDel位点,以进一步揭示芒果抗细菌性角斑病的遗传多样性和分子机理。试验材料为细菌性角斑病高抗品种‘热农1号’和高感品种‘凯特’,分别对两个品种接病菌后0d、2d、6d的果皮进行转录组分析,以基因组‘红象牙’作为参考,鉴定并分析芒果中SNP/InDel位点的特征。结果表明,‘凯特’和‘热农1号’分别获得32.77Gb和36.83Gb的数据量,每个样本过滤后的Q30均高于90%。将reads比对到芒果参考基因组上,两个品种共检测到1213112个SNP位点,62888个InDel位点,主要分布在内含子区、外显子区、基因间区和基因上下游区域。SNP中转换位点和颠换位点分别为751006个(61.91%)和462106个(38.09%),其中转换型中A->G略多,而A->T在颠换型中占多数;In Del位点插入和缺失分别每个样本平均有18769和25015个。生物信息学分析表明,全部的SNP和InDel位点所在的差异基因,主要参与分子功能有代谢途径、应答刺激和生物学调控等过程。 展开更多
关键词 芒果 细菌性角斑病 转录组测序 单核苷酸多态性 插入缺失标记
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基于HRM技术的大白菜InDel标记高效检测技术构建及其应用 被引量：4
6
作者 张志刚 司立英 +4 位作者 赵智中 王荣花 王立华 李巧云 刘栓桃 《山东农业科学》 2018年第10期128-133,共6页
高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)分析技术是基于核酸小片段之间的GC含量差异而导致双链核酸解链温度差异的一门检测技术,更多地被用于特定类型的单碱基突变筛查,很少见用于插入/缺失突变的检测。本研究从前期鉴定的可以... 高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)分析技术是基于核酸小片段之间的GC含量差异而导致双链核酸解链温度差异的一门检测技术,更多地被用于特定类型的单碱基突变筛查,很少见用于插入/缺失突变的检测。本研究从前期鉴定的可以有效区分大白菜自交系He102与06-247的593对多态性InDel引物中筛选到271对特异性好、呈共显性分布的InDel引物,采用软件TMUtility_1.5预测了差异目标片段的熔解温度(Tm)值,发现63对标记的Tm差值满足HRM分型的灵敏度(差值绝对值≥0.2℃)要求,进一步采用梯度PCR技术对上述63对引物进行PCR扩增和HRM分型,从中鉴定出20对适宜进行HRM分型的InDel标记。构建了适宜LightScanner-96高分辨率熔解曲线分析仪分析的高效检测体系,并在大白菜种质基因型精准鉴定、杂交种纯度高效鉴定方面得到成功应用。本研究开发的适宜HRM分型的InDel标记还可以作为一种标记储备用于构建遗传连锁图谱和DNA指纹图谱、鉴定杂交种纯度和真实性、关联分析、分子标记辅助育种等。基于此构建的高通量检测方法也为其它动植物材料InDel标记的高通量检测和应用提供借鉴。 展开更多
关键词 大白菜 插入/缺失标记 高分辨率熔解曲线分析 高效检测技术
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番鸭下丘脑组织的RNA-Seq特征分析 被引量：8
7
作者 王旭平 杨胜林 +6 位作者 柳诚刚 陆曼 杨汝才 谭斌 周美迪 王达娜 李潇蒙 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第3期604-611,共8页
为筛选番鸭下丘脑组织中的基因组信息,本研究以NCBI数据库中已标注的绿头鸭基因组(登录号:BGI_duck_1.0)为参照,利用RNA-Seq技术对番鸭下丘脑组织基因表达水平,以及可变剪切事件、SNPs及InDel进行筛选。结果显示,共鉴定出14 619个基因表... 为筛选番鸭下丘脑组织中的基因组信息,本研究以NCBI数据库中已标注的绿头鸭基因组(登录号:BGI_duck_1.0)为参照,利用RNA-Seq技术对番鸭下丘脑组织基因表达水平,以及可变剪切事件、SNPs及InDel进行筛选。结果显示,共鉴定出14 619个基因表达(FPKM≥1),占筛选出总基因数的72.7%。共有5 034个基因发生了7 528次可变剪切,其中外显子跳跃占92.76%,第一个外显子可变剪切和内含子滞留所占比例最小,共占总数的0.027%。通过RNA-Seq技术,本研究还筛选到646 423个SNP位点和77 712个InDel位点。对SNPs和InDel所在的基因进行功能注释发现,这些基因主要参与分子功能、生物过程和细胞组成过程。通过KEGG通路分析发现,出现SNPs和InDel所在基因主要富集在内分泌调节和神经行为调节的相关通路上,表明下丘脑既可参与内分泌调节,又参与动物的神经行为调节。本研究筛选出的数据不仅丰富了番鸭的遗传信息,而且也建立了番鸭相关基因的SNPs和InDel的数据库,这为番鸭的遗传育种工作及相关功能基因的具体定位提供了可靠依据,同时也为以后番鸭行为的研究提供了一定的参考价值。 展开更多
关键词 转录组 番鸭 下丘脑 可变剪切 单核苷酸多态性 插入缺失标记
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橄榄果实转录组SSR和SNP/InDel位点特征 被引量：7
8
作者 赖瑞联 沈朝贵 +3 位作者 冯新 陈义挺 韦晓霞 吴如健 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2023年第4期681-688,共8页
简单重复序列标记(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)具有高灵敏度和高特异性特征,挖掘不同类型橄榄果实性状相关分子标记可为其分子辅助育种提供参考。本研究以充分成熟的长营和... 简单重复序列标记(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)具有高灵敏度和高特异性特征,挖掘不同类型橄榄果实性状相关分子标记可为其分子辅助育种提供参考。本研究以充分成熟的长营和惠圆橄榄果实为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq平台进行转录组测序,并采用MISA 1.0和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(Indel)位点特征。结果在橄榄果实转录组的10124条unigenes上鉴定到13935个SSR位点,发生频率为22.98%,平均每1 kb序列出现0.25个SSR位点,平均长度为14.34 bp;其中,单碱基重复基元类型的SSR位点数量最多(占比66.80%),长度为10~64 bp,平均长度为12.85 bp,重复基元的重复次数集中在9~12次,频率最高的基元为A/T(占比66.67%);六碱基重复基元类型的SSR位点数量最少(占比0.47%),长度为30~54 bp,平均长度31.76 bp,基元重复次数集中在5~8次,频率最高的基元为AGATGG/ATCTCC(占0.04%)。在橄榄果实转录组中共检测到284992个SNP位点,平均每1 kb序列含有5.21个;其中,转换类型的SNP位点数量为166162,包括C/T和A/G两种;颠换类型的SNP位点数量为118830,包括A/T、A/C、T/G和C/G四种。此外,橄榄果实转录组中共挖掘到18548个InDel位点,平均每1 kb序列存在2.95个,其中含有1个InDel位点的unigenes数量最多(7853条);通过比对预测发现,含有最多InDel位点的unigene可能是胼胝质合成酶基因。研究结果表明,通过转录组测序可有效开发橄榄SSR和SNP/InDel标记,不同性状橄榄果实中存在丰富多样的SSR位点且广泛分布SNP/InDel位点。该研究结果为橄榄果实性状鉴定标记的开发提供数据基础。 展开更多
关键词 橄榄 转录组 简单重复序列 单核苷酸多态性 插入缺失标记
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