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浓香型白酒酒醅中总RNA提取方法评价
被引量：
2
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作者
胡晓龙
王康丽
+7 位作者
宋丽丽
侯建光
曹振华
吴丽丽
牛广杰
马歌丽
赵书民
赵东
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期74-82,共9页
为探寻我国特有的复杂微生态环境——浓香型酒醅样品总RNA提取方法,本实验建立了一种改良的十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)-苯酚法,并从提取成本及耗时、RNA质量浓度和纯度、电泳结果、反转录效果及高通量测序分析5个方面...
为探寻我国特有的复杂微生态环境——浓香型酒醅样品总RNA提取方法,本实验建立了一种改良的十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)-苯酚法,并从提取成本及耗时、RNA质量浓度和纯度、电泳结果、反转录效果及高通量测序分析5个方面,比较其与试剂盒法、Trizol法、十六烷基三甲基溴化铵(hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)法和月桂酸钠法提取酒醅样品总RNA的效果。结果表明,SDS-苯酚法和CTAB法成本较低,试剂盒法成本最高但耗时最短;试剂盒法提取的总RNA质量浓度最高,分别约为SDS-苯酚法、Trizol法、CTAB法和月桂酸钠法的1.84、2.33、19.14倍和3.09倍;SDS-苯酚法和试剂盒法提取样品总RNA的OD260 nm/OD280 nm和OD260 nm/OD230 nm均分别大于1.8和2.0;SDS-苯酚法电泳条带完整性优于其他方法,CTAB法无法检测到电泳条带。SDS-苯酚法、试剂盒法和Trizol法所提取的RNA能有效反转录为cDNA并将其用于高通量测序分析,3种方法所得优势微生物种属(Lactobacillus和Clostridium)及不同发酵节点酒醅之间的微生物群丰度变化情况基本一致,其中SDS-苯酚法获得的微生物群落多样性最高,且能较好地反映不同酒醅间微生物类群的差异;Trizol法和试剂盒法均能偏好性地多获得1个属,但其含量均很低(0.01%)。本研究系统地比较了5种常见的总RNA提取方法在浓香型酒醅RNA提取的应用效果,其中本研究建立的改良SDS-苯酚法具有一定的综合优势,为今后以RNA为基础的酒醅分子生物学研究提供理论依据,同时对其他富含糖、腐殖质及酚类等杂质的环境样品RNA提取具有较好的借鉴意义。
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关键词
浓香型白酒酒醅
宏转录组
总RNA
提取
提取方法评价
微生物群落
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题名
浓香型白酒酒醅中总RNA提取方法评价
被引量：
2
1
作者
胡晓龙
王康丽
宋丽丽
侯建光
曹振华
吴丽丽
牛广杰
马歌丽
赵书民
赵东
机构
郑州轻工业大学食品与生物工程学院
河南仰韶酒业有限公司博士后研发基地
河南宋河酒业股份有限公司
河南省寿酒有限公司
河南省酒业协会
五粮液集团有限公司
出处
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期74-82,共9页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(31801535)
河南省重大科技专项(181100211400)
+1 种基金
中国轻工业浓香型白酒固态发酵重点实验室开放基金项目(2017JJ012,2018JJ017)
郑州轻工业学院博士科研启动基金项目(2016BSJJ018)。
文摘
为探寻我国特有的复杂微生态环境——浓香型酒醅样品总RNA提取方法,本实验建立了一种改良的十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)-苯酚法,并从提取成本及耗时、RNA质量浓度和纯度、电泳结果、反转录效果及高通量测序分析5个方面,比较其与试剂盒法、Trizol法、十六烷基三甲基溴化铵(hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)法和月桂酸钠法提取酒醅样品总RNA的效果。结果表明,SDS-苯酚法和CTAB法成本较低,试剂盒法成本最高但耗时最短;试剂盒法提取的总RNA质量浓度最高,分别约为SDS-苯酚法、Trizol法、CTAB法和月桂酸钠法的1.84、2.33、19.14倍和3.09倍;SDS-苯酚法和试剂盒法提取样品总RNA的OD260 nm/OD280 nm和OD260 nm/OD230 nm均分别大于1.8和2.0;SDS-苯酚法电泳条带完整性优于其他方法,CTAB法无法检测到电泳条带。SDS-苯酚法、试剂盒法和Trizol法所提取的RNA能有效反转录为cDNA并将其用于高通量测序分析,3种方法所得优势微生物种属(Lactobacillus和Clostridium)及不同发酵节点酒醅之间的微生物群丰度变化情况基本一致,其中SDS-苯酚法获得的微生物群落多样性最高,且能较好地反映不同酒醅间微生物类群的差异;Trizol法和试剂盒法均能偏好性地多获得1个属,但其含量均很低(0.01%)。本研究系统地比较了5种常见的总RNA提取方法在浓香型酒醅RNA提取的应用效果,其中本研究建立的改良SDS-苯酚法具有一定的综合优势,为今后以RNA为基础的酒醅分子生物学研究提供理论依据,同时对其他富含糖、腐殖质及酚类等杂质的环境样品RNA提取具有较好的借鉴意义。
关键词
浓香型白酒酒醅
宏转录组
总RNA
提取
提取方法评价
微生物群落
Keywords
fermented grains of Chinese strong-flavor Baijiu
metatranscriptome
total RNA extraction
evaluation of extraction methods
microbial community
分类号
TS261 [轻工技术与工程—发酵工程]
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出处
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1
浓香型白酒酒醅中总RNA提取方法评价
胡晓龙
王康丽
宋丽丽
侯建光
曹振华
吴丽丽
牛广杰
马歌丽
赵书民
赵东
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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