目的基于高通量数据库分析扩展突触结合蛋白3(ESYT3)在乳腺癌中的表达及临床意义。方法使用TCGA数据库和基因表达数据库(GEO)的门户网站(c Bio Portal和Oncomine)以及癌症多组学和临床数据库Linked Omics分析ESYT3在乳腺癌中的变化及其...目的基于高通量数据库分析扩展突触结合蛋白3(ESYT3)在乳腺癌中的表达及临床意义。方法使用TCGA数据库和基因表达数据库(GEO)的门户网站(c Bio Portal和Oncomine)以及癌症多组学和临床数据库Linked Omics分析ESYT3在乳腺癌中的变化及其与临床预后的关系;分别采用Kaplan-Meier法分析ESYT3变异与乳腺癌患者生存之间的关系,非参数检验分析正常乳腺组织和浸润性乳腺癌组织中ESYT3的表达差异,Spearman非参数检验分析浸润性乳腺癌中ESYT3 m RNA水平与临床各指标的相关性以及基因拷贝数变化和甲基化水平对m RNA表达的影响。结果 c Bio Portal分析结果显示1 098例浸润性乳腺癌患者中,122例发生了ESYT3 m RNA的改变(包括突变、拷贝数变化和m RNA水平上调),其中,ESYT3 m RNA水平上调超过默认阈值(EXP≥2)的占10%,且不利于患者预后(P<0.05);Oncomine分析结果显示,浸润性乳腺癌组织中ESYT3m RNA水平明显高于癌旁组织(P<0.01);Linked Omics分析结果显示,浸润性乳腺癌中ESYT3 m RNA水平分别受雌激素受体、孕激素受体、PAM50分型、组织学类型、年龄以及肿瘤纯度的影响(P<0.01);ESYT3 m RNA水平与其基因拷贝数呈正相关(P<0.01),而与其DNA甲基化呈负相关(P<0.01)。结论 ESYT3拷贝数增加和低甲基化促进其表达,且ESYT3高表达不利于乳腺癌患者预后,可作为预后的候选标志物。展开更多
文摘目的基于高通量数据库分析扩展突触结合蛋白3(ESYT3)在乳腺癌中的表达及临床意义。方法使用TCGA数据库和基因表达数据库(GEO)的门户网站(c Bio Portal和Oncomine)以及癌症多组学和临床数据库Linked Omics分析ESYT3在乳腺癌中的变化及其与临床预后的关系;分别采用Kaplan-Meier法分析ESYT3变异与乳腺癌患者生存之间的关系,非参数检验分析正常乳腺组织和浸润性乳腺癌组织中ESYT3的表达差异,Spearman非参数检验分析浸润性乳腺癌中ESYT3 m RNA水平与临床各指标的相关性以及基因拷贝数变化和甲基化水平对m RNA表达的影响。结果 c Bio Portal分析结果显示1 098例浸润性乳腺癌患者中,122例发生了ESYT3 m RNA的改变(包括突变、拷贝数变化和m RNA水平上调),其中,ESYT3 m RNA水平上调超过默认阈值(EXP≥2)的占10%,且不利于患者预后(P<0.05);Oncomine分析结果显示,浸润性乳腺癌组织中ESYT3m RNA水平明显高于癌旁组织(P<0.01);Linked Omics分析结果显示,浸润性乳腺癌中ESYT3 m RNA水平分别受雌激素受体、孕激素受体、PAM50分型、组织学类型、年龄以及肿瘤纯度的影响(P<0.01);ESYT3 m RNA水平与其基因拷贝数呈正相关(P<0.01),而与其DNA甲基化呈负相关(P<0.01)。结论 ESYT3拷贝数增加和低甲基化促进其表达,且ESYT3高表达不利于乳腺癌患者预后,可作为预后的候选标志物。
