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基于16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)、REP序列的基因指纹图谱及UPGMA聚类法的拟诺卡菌属分类方法 被引量:4
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作者 石楠 张利平 张晓 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期40-47,共8页
拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是... 拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是多种基于DNA的基因图谱技术发展起来.本实验利用适宜引物,对拟诺卡菌属15株基准株基因组DNA的16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)和REP序列进行了扩增,获得了两种基因指纹图谱,同时根据UPGMA聚类法构建了相应的进化距离树图.结果表明,对于拟诺卡菌属中不同物种的区分,两种基因图谱技术的分辨力相当,均可以较好的呈现物种间差异,可以作为拟诺卡菌属菌株多相分类的组成部分,应用于物种水平的分类与鉴定. 展开更多
关键词 拟诺卡菌属 REP-PCR 16S-23S rDNA间隔区序列
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小麦白粉病生防菌拟诺卡氏菌属TMG-8菌株的筛选研究 被引量:6
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作者 曹远银 王婉琳 +2 位作者 申璐岚 徐晓凤 李天亚 《江苏农业科学》 北大核心 2017年第1期95-99,共5页
为更好地利用生防菌防控小麦白粉病危害,从不同省份、不同生态环境中采集52份土样,用稀释分离法得到150株菌株,通过小麦白粉孢子萌发抑制试验、小麦离体叶片药效试验及温室苗期药效试验筛选得到1株对小麦白粉病抑制作用较强的生防菌株TM... 为更好地利用生防菌防控小麦白粉病危害,从不同省份、不同生态环境中采集52份土样,用稀释分离法得到150株菌株,通过小麦白粉孢子萌发抑制试验、小麦离体叶片药效试验及温室苗期药效试验筛选得到1株对小麦白粉病抑制作用较强的生防菌株TMG-8。采用16S r DNA序列分析法结合部分生化测定试验对生防菌TMG-8进行初步鉴定,并采用抗生素抗性标记法测定生防菌TMG-8的定殖能力。初步鉴定菌株TMG-8为拟诺卡氏菌属;生防菌可在叶面上短暂定殖,在小麦叶片上的定殖量为下部>中部>上部,在小麦苗上的定殖量为根部>茎部>叶部;菌株TMG-8可在土壤中短期稳定定殖,其含量随着时间逐步增加并趋于稳定,但增加幅度不大;无论是浸根处理还是灌根处理,生防菌都能在小麦苗上定殖,定殖量为根部>茎部>叶部,灌根处理比浸根处理含菌量多。 展开更多
关键词 小麦白粉病 生物防治 诺卡 定殖能力
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拟诺卡菌及其次级代谢产物 被引量:2
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作者 高春燕 庹利 +4 位作者 刘少伟 蒋忠科 邬钢 肖建辉 孙承航 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期81-97,共17页
为发现新抗生素,在从海洋、盐湖、荒漠等盐碱环境勘探药用放线菌的过程中,不断分离到拟诺卡菌属新物种和该属中有生物活性的菌株,从中发现的次级代谢产物数量和种类也随之增多。截至2015年底,该菌属已有41个典型种和1个亚种,次级代谢产... 为发现新抗生素,在从海洋、盐湖、荒漠等盐碱环境勘探药用放线菌的过程中,不断分离到拟诺卡菌属新物种和该属中有生物活性的菌株,从中发现的次级代谢产物数量和种类也随之增多。截至2015年底,该菌属已有41个典型种和1个亚种,次级代谢产物超过100个,结构可分为9大类,26亚类,分别为由α-吡喃酮和γ-吡喃酮组成的吡喃酮类、二酮哌嗪和多肽组成的肽类、δ-内酯环和大环内酯组成的环内酯类、吡喃萘醌类、由二联吡啶、哌啶、四氢嘧啶、吩嗪、吩噁嗪、吲哚内酯、吲哚咔唑、吲哚核苷、喹啉、喹唑啉、噁唑啉、β-咔啉、苯骈恶唑和氨基咪唑等亚类组成的杂环类、含氯芳香类、三联苯类、由香豆素和异香豆素组成的香豆素类和骈四苯二醌类化合物。它们的生物活性涵盖抗肿瘤、抗菌、神经元细胞保护、细菌群体感应抑制、酶抑制等多个方面。本文调研了几乎所有拟诺卡菌属相关文献,首次对该菌属菌株产生的次级代谢产物及其新化合物进行了全面的综述。 展开更多
关键词 拟诺卡菌属 次级代谢产物 特境 生物活性 结构类型
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塔克拉玛干沙生植物来源放线菌抗铜绿假单胞菌活性的筛选及菌株38-7L-1活性产物的研究 被引量:6
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作者 陈川 刘佳萌 +9 位作者 蒋忠科 李小俊 刘少伟 庹利 戴素娟 杨桂柳 王飞飞 黄大林 姜明国 孙承航 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期81-87,115,共8页
目的筛选来自塔克拉玛干沙漠沙生植物对铜绿假单胞菌具有抑制活性的内生放线菌菌株,对拟诺卡菌属菌株38-7L-1发酵液中活性化合物进行分析预测、分离纯化和结构验证。方法采用琼脂平板法进行抗菌活性筛选;基于16S r RNA基因序列对菌株38-... 目的筛选来自塔克拉玛干沙漠沙生植物对铜绿假单胞菌具有抑制活性的内生放线菌菌株,对拟诺卡菌属菌株38-7L-1发酵液中活性化合物进行分析预测、分离纯化和结构验证。方法采用琼脂平板法进行抗菌活性筛选;基于16S r RNA基因序列对菌株38-7L-1进行初步分类鉴定;基于菌株38-7L-1 PKS I基因的KS域序列分析结果 ,结合活性峰的液-质联用数据,比对微生物天然产物数据库,预测活性化合物201的结构;通过色谱方法纯化化合物201;结合光谱数据分析及文献比对,确定和验证化合物201的结构。结果从81株沙生植物内生放线菌中获得7株活性菌株,包括链霉菌属菌株4株、考克菌属菌株1株、多形孢菌属菌株1株和拟诺卡菌属菌株1株。其中菌株38-7L-1活性最强并具有I型聚酮合酶基因,16S r RNA基因序列分析表明该菌株与Nocardiopsis alba DSM 43377T(X97883)的相似率为100%。菌株3 8-7L-1抗铜绿假单胞菌活性次级代谢产物,化合物201为十六元大环内酯类化合物,蔷薇霉素。结论 首次从拟诺卡菌中分离到常见于小单孢菌的蔷薇霉素,多策略组合对次级代谢产物结构预测具有指导意义。 展开更多
关键词 塔克拉玛干沙漠 植物内生放线 铜绿假单胞 拟诺卡菌属 蔷薇霉素
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秦巴山区虎杖内生放线菌的分离及鉴定 被引量:1
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作者 程贤利 钱雪婷 +1 位作者 陈文强 彭浩 《江苏农业科学》 北大核心 2015年第9期392-395,共4页
采用平板划线法从秦巴山区虎杖根状茎中分离内生放线菌,依照形态学常规分类方法和16S r DNA序列分析法进行鉴定,并以大肠埃希杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、铜绿... 采用平板划线法从秦巴山区虎杖根状茎中分离内生放线菌,依照形态学常规分类方法和16S r DNA序列分析法进行鉴定,并以大肠埃希杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)为靶标菌,采用滤纸片扩散法研究虎杖内生放线菌发酵产物的抗菌活性。结果表明,分离得到的16株放线菌中,菌株PEA005和PEA006分属于拟诺卡菌属(Nocardiopsis)和小单孢菌属(Micromonospora),对枯草芽孢杆菌的抑菌圈达到21~28 mm,对金黄色葡萄球菌的抑制圈达到13~20 mm,而对大肠杆菌和铜绿假单胞菌抑制作用不显著。 展开更多
关键词 虎杖 内生放线 分离 鉴定 秦巴山区 拟诺卡菌属 小单孢
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