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基于生长和抗逆功能基因SNP分子标记的凡纳滨对虾野生及选育群体遗传多样性分析
被引量：
8
1
作者
申淑慧
戴习林
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第11期2836-2845,共10页
[目的]分析凡纳滨对虾野生群体与选育群体的遗传多样性及遗传差异,为进一步改良优化凡纳滨对虾种质提供参考依据。[方法]通过凡纳滨对虾转录组测序数据挖掘候选SNP位点,设计扩增引物,采用10尾野生凡纳滨对虾进行直接测序验证,筛选获得1...
[目的]分析凡纳滨对虾野生群体与选育群体的遗传多样性及遗传差异,为进一步改良优化凡纳滨对虾种质提供参考依据。[方法]通过凡纳滨对虾转录组测序数据挖掘候选SNP位点,设计扩增引物,采用10尾野生凡纳滨对虾进行直接测序验证,筛选获得11对有效引物及24个位于生长和抗逆功能基因上的SNPs位点,并用于分析2个野生群体(Y1和Y2)和2个选育群体(F1和F2)的遗传多样性。[结果]凡纳滨对虾野生群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态信息含量(PIC)等遗传参数平均值明显高于选育群体。在2个野生群体中,Y2的各项遗传参数平均值均高于Y1;在2个选育群体中,F2的各项遗传参数平均值均高于F1,且在CATL、ANT、Tryptase、Crustin-like和Penaeidin4c等功能基因的某些SNP位点上,2个选育群体的各项遗传参数平均值为0。4个凡纳滨对虾群体中均存在SNP位点不同程度偏离Hardy-Weinberg平衡现象。野生群体Y1与选育群体F1间的近交系数(Fis)最高(0.0875),且基因流(Nm)也较高(4.2728);野生群体Y2与选育群体F1间的遗传分化指数(Fst)最高(0.0947),但Nm最低(2.3886),表明二者间的遗传背景较远。4个凡纳滨对虾群体的遗传变异主要来源于群体内(85.15%),仅有14.85%变异来源于群体间。4个凡纳滨对虾群体的遗传相似性系数为0.9351~0.9747,遗传距离为0.0256~0.0671;基于凡纳滨对虾群体遗传距离的UPGMA聚类分析结果显示,Y1、F1和F2聚为一支,而Y2单独聚为一支。[结论]凡纳滨对虾野生群体在抗逆功能基因SNP分子标记中的遗传多样性显著高于选育群体,且野生群体与选育群体间的遗传距离较远,具有较高的遗传改良潜力。在实际生产中,可通过杂交措施将野生群体的优良抗逆基因引入选育群体,提高凡纳滨对虾选育群体的免疫及抗病能力。
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关键词
凡纳滨对虾
野生群体
选育群体
SNP分子标记
生长
功能
基因
抗逆功能基因
遗传多样性
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题名
基于生长和抗逆功能基因SNP分子标记的凡纳滨对虾野生及选育群体遗传多样性分析
被引量：
8
1
作者
申淑慧
戴习林
机构
水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学)
农业农村部淡水水产种质资源重点实验室(上海海洋大学)
水产动物遗传育种中心上海市协同创新中心(上海海洋大学)
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第11期2836-2845,共10页
基金
上海市虾类产业技术体系建设专项(沪农科攻字〔2014〕第7-1-11号)。
文摘
[目的]分析凡纳滨对虾野生群体与选育群体的遗传多样性及遗传差异,为进一步改良优化凡纳滨对虾种质提供参考依据。[方法]通过凡纳滨对虾转录组测序数据挖掘候选SNP位点,设计扩增引物,采用10尾野生凡纳滨对虾进行直接测序验证,筛选获得11对有效引物及24个位于生长和抗逆功能基因上的SNPs位点,并用于分析2个野生群体(Y1和Y2)和2个选育群体(F1和F2)的遗传多样性。[结果]凡纳滨对虾野生群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态信息含量(PIC)等遗传参数平均值明显高于选育群体。在2个野生群体中,Y2的各项遗传参数平均值均高于Y1;在2个选育群体中,F2的各项遗传参数平均值均高于F1,且在CATL、ANT、Tryptase、Crustin-like和Penaeidin4c等功能基因的某些SNP位点上,2个选育群体的各项遗传参数平均值为0。4个凡纳滨对虾群体中均存在SNP位点不同程度偏离Hardy-Weinberg平衡现象。野生群体Y1与选育群体F1间的近交系数(Fis)最高(0.0875),且基因流(Nm)也较高(4.2728);野生群体Y2与选育群体F1间的遗传分化指数(Fst)最高(0.0947),但Nm最低(2.3886),表明二者间的遗传背景较远。4个凡纳滨对虾群体的遗传变异主要来源于群体内(85.15%),仅有14.85%变异来源于群体间。4个凡纳滨对虾群体的遗传相似性系数为0.9351~0.9747,遗传距离为0.0256~0.0671;基于凡纳滨对虾群体遗传距离的UPGMA聚类分析结果显示,Y1、F1和F2聚为一支,而Y2单独聚为一支。[结论]凡纳滨对虾野生群体在抗逆功能基因SNP分子标记中的遗传多样性显著高于选育群体,且野生群体与选育群体间的遗传距离较远,具有较高的遗传改良潜力。在实际生产中,可通过杂交措施将野生群体的优良抗逆基因引入选育群体,提高凡纳滨对虾选育群体的免疫及抗病能力。
关键词
凡纳滨对虾
野生群体
选育群体
SNP分子标记
生长
功能
基因
抗逆功能基因
遗传多样性
Keywords
Litopenaeus vannamei
wild population
selected populations
SNP markers
growth functional genes
stress resistance genes
genetic diversity
分类号
S945.49 [农业科学—水产养殖]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
基于生长和抗逆功能基因SNP分子标记的凡纳滨对虾野生及选育群体遗传多样性分析
申淑慧
戴习林
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
8
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