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甘薯NBS类抗病基因类似物的分离与序列分析 被引量:26
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作者 陈观水 周以飞 +1 位作者 林生 潘大仁 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期359-365,共7页
利用已克隆植物抗病基因NBS(Nucleotidebindingsite)序列中的保守模体(motif)“P-loop”和“GLPL”合成简并引物,以甘薯(Ipomoeabatatas)栽培品种青农2号基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过T/A克隆、测序和序列分析,共得到15条具有连续OR... 利用已克隆植物抗病基因NBS(Nucleotidebindingsite)序列中的保守模体(motif)“P-loop”和“GLPL”合成简并引物,以甘薯(Ipomoeabatatas)栽培品种青农2号基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过T/A克隆、测序和序列分析,共得到15条具有连续ORF的抗病基因类似物(Resistancegeneanalogues,RGAs)序列,它们之间核苷酸序列间的相似性系数在41.2%-99.4%之间,而相应推测的氨基酸序列间的相似性系数在20.6%-100%之间,同时对分离的RGAs的核苷酸和氨基酸序列进行系统发育树分析,表明甘薯RGAs可分为TIR(DrosophilaTollorhumaninterleukinreceptor-like)和nonTIR两类。对甘薯RGAs和5个已克隆植物NBS的氨基酸序列进行结构分析表明,它们包括“P-loop”、“Kinase-2”、“Kinase-3a”“、GLPL”4个抗病基因所共有的保守模体。这些表明甘薯与其它物种的NBS类RGAs可能具有同样的起源和进化机制。 展开更多
关键词 甘薯 NBS 抗病基因类似 基因分离 序列分析
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香蕉NBS-LRR抗病基因类似序列的克隆和分析(英文) 被引量:3
2
作者 莫庭辉 黄俊生 +2 位作者 杜中军 徐立 陈业渊 《热带作物学报》 CSCD 2006年第3期46-50,共5页
根据大多数抗病基因的核苷酸结合区(NBS)和富含亮氨酸重复序列(LRR)保守区的氨基酸序列设计PCR简并引物,利用快速而又可行的简并PCR技术获得NBS-LRR类抗病基因类似序列。笔者利用该技术从香蕉cDNA中获得了一个NBS-LRR类抗病基因类似序列... 根据大多数抗病基因的核苷酸结合区(NBS)和富含亮氨酸重复序列(LRR)保守区的氨基酸序列设计PCR简并引物,利用快速而又可行的简并PCR技术获得NBS-LRR类抗病基因类似序列。笔者利用该技术从香蕉cDNA中获得了一个NBS-LRR类抗病基因类似序列,命名为B-NB(SAY739270)。结构域分析发现,B-NBS含有NBS蛋白所具有的P-Loop、Kinase-2、Kinase-3a和下游疏水GLPLAL结构域(HD,GLPLAL)4个保守基序。聚类分析发现,B-NBS与已报道的6个植物抗病基因的NBS基序的遗传距离在21.7之内。因此,B-NBS是一个香蕉NBS-LRR类抗病基因类似序列。本研究将为香蕉抗病基因克隆和抗病机理研究提供新的抗病候选基因资源。 展开更多
关键词 香蕉 抗病基因 类似序列 NBS—LRR
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小麦抗病基因类似序列BRG1的分离与功能分析 被引量:2
3
作者 李宁 黄茜 +4 位作者 刘燕 赵丹 刘艳 黄占景 张增艳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期998-1004,共7页
利用cDNA-AFLP技术筛选到1个在抗黄矮病的小麦-中间偃麦草易位系YW642中特异表达的小麦抗病基因类似序列(BYDV resistance-related gene1,BRG1)的基因片段。利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)和RT-PCR技术,从YW642中分离出BRG1基因全长cDN... 利用cDNA-AFLP技术筛选到1个在抗黄矮病的小麦-中间偃麦草易位系YW642中特异表达的小麦抗病基因类似序列(BYDV resistance-related gene1,BRG1)的基因片段。利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)和RT-PCR技术,从YW642中分离出BRG1基因全长cDNA序列,获得了一个通读的抗病同源基因cDNA序列,编码由645个氨基酸组成的蛋白质,包含1个NB-ARC保守结构域和3个LRR结构域,该蛋白属于nucleotide-site binding,leucine-rich repeats(NBS-LRR)家族。荧光定量或半定量RT-PCR表达分析表明,BRG1在抗病小麦易位系YW642叶片中优势表达,受BYDV的诱导,BYDV接种后48h表达量最高,BRG1在感病小麦亲本中8601中表达量始终较低,随BYDV接种时间延长呈轻微的下调趋势;而且外源激素水杨酸(SA)与茉莉酸(JA)处理可上调该基因在YW642中的表达。利用病毒介导的基因沉默技术分析了BRG1基因的功能,结果表明该基因沉默的抗病小麦易位系YW642中BYDV相对含量增加,但未造成抗病性表型显著改变,说明该基因参与抗黄矮病反应,但不是小麦抗黄矮病重要基因。 展开更多
关键词 小麦-中间偃麦草易位系 小麦黄矮病抗性 CDNA-AFLP 抗病基因类似序列 病毒介导的基因沉默
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广东普通野生稻中抗病类似物基因的克隆及序列分析 被引量:1
4
作者 冯荣坤 邢姗姗 胡汉桥 《湛江海洋大学学报》 CAS 2006年第3期94-97,共4页
关键词 抗病基因类似 普通野生水稻 聚类分析 广东
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野生稻NBS类抗病基因同源序列的分离与序列分析 被引量:8
5
作者 张向明 韦靖鸾 +3 位作者 张丹 王春台 刘学群 刘新琼 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期741-748,共8页
为了挖掘野生稻中的抗病资源,根据已克隆的植物抗病基因核苷酸结合位点序列中的保守结构域设计3对简并引物,从疣粒、药用、高秆、宽叶和斑点野生稻基因组DNA中分离出13条NBS类抗病基因类似物,其中11条具有连续的ORF,具有NBS类R基因的保... 为了挖掘野生稻中的抗病资源,根据已克隆的植物抗病基因核苷酸结合位点序列中的保守结构域设计3对简并引物,从疣粒、药用、高秆、宽叶和斑点野生稻基因组DNA中分离出13条NBS类抗病基因类似物,其中11条具有连续的ORF,具有NBS类R基因的保守基元P-loop、kinas-2、kinas-3a和GLPL。在NCBI上进行同源性搜索发现,其中12条RGAs的核苷酸序列与水稻已知的NBS类R基因具有66%~94%的同源性,与其他植物已知R基因具有67%~84%的同源性;其对应的氨基酸序列与水稻已知的NBS类R基因具有43%~93%的同源性,与其他植物已知R基因具有37%~79%的同源性。另外1条的核苷酸序列与水稻假定的NBS类R基因具有76%的同源性,其氨基酸序列与水稻假定的NBS类R基因具有74%的同源性。根据序列分析结果设计6对不同基因特异性引物,并利用RT-PCR技术进行表达分析,结果表明,RN1BD5、RN1BD10、RN1GG2和RN1YY6均能表达,说明这些片段可能是功能性抗病基因的部分序列;而RN1KY9和RN1GG5没有表达,可能是假基因。 展开更多
关键词 野生稻 抗病基因类似 基因分离 序列分析
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大豆NBS类抗病相关基因的克隆与序列分析 被引量:11
6
作者 杨秀红 陈庆山 +1 位作者 杨庆凯 李文滨 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期71-78,共8页
根据拟南芥RPS2基因、烟草N基因和亚麻L6基因的保守结构域设计简并引物,采用RT-PCR方法从大豆抗疫霉根腐病品种绥农10号的RNA中扩增获得两个通读的大豆NBS类抗病基因同源片段RNEAU-1和RNEAU-2,长度均为513bp,编码171个氨基酸.以RNEAU-1... 根据拟南芥RPS2基因、烟草N基因和亚麻L6基因的保守结构域设计简并引物,采用RT-PCR方法从大豆抗疫霉根腐病品种绥农10号的RNA中扩增获得两个通读的大豆NBS类抗病基因同源片段RNEAU-1和RNEAU-2,长度均为513bp,编码171个氨基酸.以RNEAU-1为靶序列,采用RACE方法获得了全长3574bp的大豆抗病相关基因SR1,该基因包括3411bp的开放读码框,72bp的5′非翻译区(non-translated region,NTR),68bp的3′非翻译区和20bp的多聚腺苷酸尾.编码1137个通读的蛋白质氨基酸序列,基因编码产物具有TIR、NBS、LRR、HD(conserved domain 1)和conserved domain 2等一系列抗病基因的保守结构域.同源性比较和序列分析显示,该基因为大豆中TIR-NBS-LRR类抗病相关基因.Southern杂交结果表明,SR1基因(或其同源基因)在大豆中具有2~4个拷贝.RT-PCR检测表明,SR1基因在大豆中为低丰度组成型表达,其表达不受病原菌接种和水杨酸的诱导,亦无组织特异性.以绥农10号基因组DNA为模板扩增得到长度为3972bp的SR1基因转录区核苷酸序列,其结构包含5个外显子和4个内含子.SR1基因在GenBank上的登录号为AY193892. 展开更多
关键词 大豆 抗病相关基因 抗病基因 疫霉根腐病 序列分析 N基因 烟草 扩增 NBS 基因编码产物
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植物抗病基因结构特征及其类似序列的研究进展 被引量:37
7
作者 秦跟基 李万隆 陈佩度 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第3期102-107,共6页
植物抗病基因的克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现出一定程度的相似性, 在一些区段高度保守, 如 N B S、 L R R、激酶、 L Z等。这些保守序列, 不仅有助于对抗病基因的分类及其作... 植物抗病基因的克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现出一定程度的相似性, 在一些区段高度保守, 如 N B S、 L R R、激酶、 L Z等。这些保守序列, 不仅有助于对抗病基因的分类及其作用机理的理解, 而且为抗病基因克隆提供了一条新途径。根据这些保守序列合成 P C R 引物, 在许多植物中已扩增出大量的抗病基因类似序列 ( R G A)。遗传作图表明 R G A 与抗病性密切相关。对 R G A 与 R 基因的关系及 R G A 的基因组分布一并进行了讨论。 展开更多
关键词 抗病基因 核苷酸 结合位点 类似序列
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植物抗病基因类似序列的研究进展及应用策略 被引量:5
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作者 刘杰 刘丽君 +1 位作者 吴俊江 陈伊里 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2004年第4期500-504,共5页
植物抗病基因克隆对抗病育种和抗病机制的研究具有重要意义。对已克隆出的基因研究表明,大多数的抗病基因都具有高度保守的结构域(如NBS,LRR,LZ,STK和TIR等)。根据这些保守区域设计核苷酸引物,通过PCR技术已经获得很多的RGA,然后以此为... 植物抗病基因克隆对抗病育种和抗病机制的研究具有重要意义。对已克隆出的基因研究表明,大多数的抗病基因都具有高度保守的结构域(如NBS,LRR,LZ,STK和TIR等)。根据这些保守区域设计核苷酸引物,通过PCR技术已经获得很多的RGA,然后以此为探针筛选DNA或cDNA文库,最终可获得抗病基因的候选克隆,这就是新近发展起来的同源序列克隆技术。文章简述了对抗病基因的结构特征,同源序列克隆技术及其应用策略。 展开更多
关键词 抗病基因 克隆 类似序列
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植物抗病基因类似序列研究进展及展望 被引量:13
9
作者 王海燕 刘大群 杨文香 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第z1期164-168,共5页
植物抗病基因克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。近年来发现克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现一定程度的相似性 ,在一些区段高度保守 ,如NBS、LRR、LZ、激酶等。根据其扩增得到的抗病基因类似结构 (RGA) ,不但可用作探针 ,直接... 植物抗病基因克隆一直为植物遗传学家和病理学家所关注。近年来发现克隆的抗病基因在氨基酸水平上表现一定程度的相似性 ,在一些区段高度保守 ,如NBS、LRR、LZ、激酶等。根据其扩增得到的抗病基因类似结构 (RGA) ,不但可用作探针 ,直接筛选YAC、BAC或cDNA文库以及克隆相应的R基因 ,也可应用于分子标记辅助选择育种 。 展开更多
关键词 抗病基因 克隆 类似序列 核苷酸结合位点 富含亮氨酸重复 丝氨酸/苏氨酸激酶
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黑龙江水稻品种抗病基因同源序列聚类分析 被引量:8
10
作者 孙雁 王云月 +1 位作者 万瑞亭 朱有勇 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2001年第2期107-110,共4页
利用拟南芥RPS2基因和烟草N基因的NBS -LRR区域设计的S1和AS3两个引物对 2 4个黑龙江粳稻品种基因组DNA进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳。分析结果表明 :根据差异相似性 86 %为度可将供试品种划分为 3个类群。
关键词 水稻 抗病基因同源序列 聚类分析 品种 黑龙江
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辣椒LRR类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量:4
11
作者 马维 巩振辉 +1 位作者 李大伟 贾庆利 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2008年第1期143-148,共6页
【目的】克隆和分析抗、感疫病辣椒材料的抗病基因同源序列,为辣椒抗疫病相关基因的克隆奠定基础。【方法】根据番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9C端的LRR类保守结构域设计简并引物,对6个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA进行抗病基因... 【目的】克隆和分析抗、感疫病辣椒材料的抗病基因同源序列,为辣椒抗疫病相关基因的克隆奠定基础。【方法】根据番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9C端的LRR类保守结构域设计简并引物,对6个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA进行抗病基因同源序列的PCR扩增。【结果】得到27个抗病基因同源序列(RGAs),其在GenBank中的登录号为EF064260~EF064286。其中,21个RGAs与番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9有较高的相似性。感病材料的辣椒基因组中也存在抗疫病相关RGAs。【结论】上述21个RGAs可能与辣椒抗疫病作用有关,可为辣椒抗疫病相关基因的克隆提供依据。 展开更多
关键词 辣椒 LRR 抗病基因克隆 同源序列分析
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黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析 被引量:5
12
作者 简桂良 赵磊 +2 位作者 张文蔚 齐放军 王升正 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2011年第6期490-499,共10页
根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化... 根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类。4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高。推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。 展开更多
关键词 棉花 抗病基因同源序列(RGA) 核苷酸结合位点(NBS) 生物信息学分析 多态性
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核桃NBS类抗病基因的克隆及序列分析 被引量:2
13
作者 徐丽 陈新 +4 位作者 魏海蓉 张力思 宗晓娟 王甲威 刘庆忠 《江苏农业科学》 北大核心 2015年第6期37-39,共3页
NBS-LRR蛋白在植物抵御各种病原物的侵袭中发挥重要作用。利用RT-PCR技术以香玲核桃叶片为试材,克隆核桃核苷酸结合位点(nucleotide binding site,NBS)类抗病基因类似物(resistance gene analog,RGA),并对该基因和编码蛋白序列进行分析... NBS-LRR蛋白在植物抵御各种病原物的侵袭中发挥重要作用。利用RT-PCR技术以香玲核桃叶片为试材,克隆核桃核苷酸结合位点(nucleotide binding site,NBS)类抗病基因类似物(resistance gene analog,RGA),并对该基因和编码蛋白序列进行分析。结果表明,该序列长512 bp,具有NBS的典型结构域。利用DNAman软件进行相似性比对发现该序列与其他植物的NBS具有较高的同源性。核桃NBS类基因的克隆为其进一步研究应用奠定了基础。 展开更多
关键词 核桃 NBS-LRR 抗病基因 克隆 序列分析
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海南普通野生稻STK类抗病基因同源序列的分离与分析 被引量:1
14
作者 徐靖 韩义胜 +1 位作者 严小微 王效宁 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期144-146,177,共4页
根据植物STK抗病基因的保守区域设计简并引物,以海南普通野生稻基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过T/A克隆、测序和序列分析,共获得5条具有连续ORF的STK抗病基因类似物(RGAs)序列,核苷酸序列间的相似性系数为37.82%99.25%,相应氨基酸序... 根据植物STK抗病基因的保守区域设计简并引物,以海南普通野生稻基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过T/A克隆、测序和序列分析,共获得5条具有连续ORF的STK抗病基因类似物(RGAs)序列,核苷酸序列间的相似性系数为37.82%99.25%,相应氨基酸序列间的相似性系数为31.28%98.86%。氨基酸序列结构分析表明,它们都具有STK保守结构域,与已克隆的STK类抗病基因有不同程度的相似性,为进一步克隆海南普通野生稻中的STK类抗病基因提供依据。 展开更多
关键词 普通野生稻 抗病基因类似 基因分离 序列分析
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2种甘蔗病害胁迫果蔗NBS类抗病基因同源序列的表达分析 被引量:1
15
作者 付瑜华 贺尔奇 +3 位作者 雷石富 李向勇 张正学 卢加举 《广东农业科学》 CAS 2017年第2期118-123,共6页
在眼斑病和轮斑病病原菌侵染下,分析果蔗NBS类抗病基因同源序列在侵染初期的表达情况,为后续克隆关键抗病基因、研究抗病机理提供理论依据。已克隆的7条果蔗RGAs可视为来源不同的3个基因片段。将2种病原菌分别针刺接种到感病基因型黔糖... 在眼斑病和轮斑病病原菌侵染下,分析果蔗NBS类抗病基因同源序列在侵染初期的表达情况,为后续克隆关键抗病基因、研究抗病机理提供理论依据。已克隆的7条果蔗RGAs可视为来源不同的3个基因片段。将2种病原菌分别针刺接种到感病基因型黔糖3号和抗病基因型黔糖5号叶片后,3条果蔗RGAs在2种病害侵染初期均受到不同程度的上调,RGA12478对两种病害的响应最为迅速,RGA5的表达量最高,尤其在轮斑病菌的胁迫下,RGA5在胁迫后12 h的表达量大约分别是同时间点RGA12478和RGA36表达量的16倍和6倍。因此,RGA5可认为是果蔗在抵御轮斑病和眼斑病侵染初期发挥主要作用的抗病基因片段,后续应结合RACE技术获得基因全长,作为关键抗病候选基因研究其功能和在外源信号因子作用下的表达情况,全面了解该抗病基因的抗病机理。 展开更多
关键词 果蔗 眼斑病 轮斑病 抗病基因同源序列 表达分析
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柑橘黄龙病侵染相关抗病基因同源序列的克隆鉴定与表达分析 被引量:1
16
作者 刘婷婷 殷幼平 +3 位作者 林亚玉 贤家旭 陈世伟 王中康 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期23-28,共6页
[目的]从黄龙病耐病寄主植物cDNA中筛选抗病基因相关序列并对其进行表达分析研究。[方法]根据已克隆的植物抗性基因表达产物NBS-LRR保守区域设计简并引物,以耐HLB的柑橘属柚cDNA为模板扩增RGAs,并进行实时荧光定量PCR。[结果]通过RFLP... [目的]从黄龙病耐病寄主植物cDNA中筛选抗病基因相关序列并对其进行表达分析研究。[方法]根据已克隆的植物抗性基因表达产物NBS-LRR保守区域设计简并引物,以耐HLB的柑橘属柚cDNA为模板扩增RGAs,并进行实时荧光定量PCR。[结果]通过RFLP分析及克隆测序共得到5个NBS类抗病基因相似序列(RGAs)片段,在GenBank上登录号为HM777043~HM777047。通过Clustalx、DNAMAN等软件分析5个RGAs及其推导的氨基酸的相似性,结果显示它们均含有典型NBS-LRR类抗性基因所具有的保守区域:P-loop、Kinase-2a、GL-PLAL,其与已克隆的烟草N、亚麻L6、拟南芥RPS2、RPS5、RPP8、RPM1等抗病基因在保守区域氨基酸水平上的相似性为19.71%~42.86%。根据得到的序列设计特异性引物,对5个RGAs在HLB侵染过程中的表达进行定量PCR,结果显示嫁接病芽接穗后的8次连续采样中5个RGA的表达受到不同程度的调控。[结论]表明5个RGAs可能与黄龙病的侵染有关。 展开更多
关键词 柚cDNA 抗病基因相似序列 定量PCR 表达分析
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棉花NBS类抗病基因类似物的生物信息学分析 被引量:4
17
作者 孙涛 卢美光 +1 位作者 简桂良 林凤 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2005年第3期182-183,共2页
关键词 生物信息学分析 抗病基因类似 S类 NB 棉花 保守结构域 进化过程 相互作用 协同进化 抗病机制 分子水平 防御反应 候选基因 同源序列 植物 病原物 抗病 氨基酸 分析 可能性 克隆 介导
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四川小麦遗传材料抗病基因同源序列的多样性分析 被引量:3
18
作者 张彬 张怀渝 +2 位作者 刘汉梅 罗培高 任正隆 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期21-26,共6页
为了加快小麦抗性亲本的选配,培育具有持久抗性的小麦新品种,根据大多数已克隆的植物抗病基因所编码蛋白产物的NBS-LRR(核苷酸结合位点和富含亮氨酸区域,N ucleotide b ind ing s ite-leuc ine richrepeat)和STK(丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,... 为了加快小麦抗性亲本的选配,培育具有持久抗性的小麦新品种,根据大多数已克隆的植物抗病基因所编码蛋白产物的NBS-LRR(核苷酸结合位点和富含亮氨酸区域,N ucleotide b ind ing s ite-leuc ine richrepeat)和STK(丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,Ser/T hr K inase)保守结构域,合成24条简并引物,对四川省主要利用的82份小麦育种抗性亲本材料进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,筛选出多态性高的三对引物组合:P tok in1N/P tok in1N、C er3 l/XLRR INV 2、A S3/S2,进一步扩增,共获得123条带,其中54条带具有多态性,多态率达43.9%。U PGM A分析把82份材料分为两大类,其中LB 0485、C 866-1、R 116、R 185为I类,其余78份材料为Ⅱ类;Ⅱ类材料在遗传距离0.397处又分为Ⅱ-1和Ⅱ-2两个亚类。分析结果表明:(1)82份小麦供试材料间存在丰富的抗病基因同源序列的多样性,聚类分析结果与相应的抗性鉴定结果基本吻合;(2)国外引进的抗性材料与四川省广泛使用的小麦育种亲本材料的抗性背景不同,两者之间能够很好地区分开来;(3)R系材料具有广泛的抗性遗传基础,在大多数类群中均有分布。 展开更多
关键词 小麦 抗病基因同源序列 聚类分析
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辣椒NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量:1
19
作者 王铎 刘长远 +3 位作者 赵奎华 梁春浩 关天舒 王辉 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期98-101,共4页
辣椒RGA的分离将为进一步从辣椒中分离功能性抗病基因和抗病机理分析打下基础,为辣椒相关抗病基因的克隆提供依据。根据已知抗病基因保守氨基酸结构域设计简并引物,以高抗辣椒品种88为试材,通过PCR扩增抗病基因同源序列。结果表明:从辣... 辣椒RGA的分离将为进一步从辣椒中分离功能性抗病基因和抗病机理分析打下基础,为辣椒相关抗病基因的克隆提供依据。根据已知抗病基因保守氨基酸结构域设计简并引物,以高抗辣椒品种88为试材,通过PCR扩增抗病基因同源序列。结果表明:从辣椒基因组DNA中分离出1条辣椒抗病基因同源序列WD1。对其编码的氨基酸序列进行分析表明:该序列同时含有P-环(GGVGKTT)、kinase-2(VLDD)、kinase-3(GSRII)及HD(即GLPLAL)保守域结构,分离的辣椒抗病基因同源序列(RGA)与已报道的辣椒抗病基因同源序列A5和A13都有99%的同源性。 展开更多
关键词 辣椒 抗病基因同源序列 NBS保守区 克隆 序列分析
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基于NBS-LRR类R基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列 被引量:7
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作者 赵芹 谢大森 +2 位作者 何晓明 罗少波 彭庆务 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期92-98,共7页
【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列(Resistance gene analogs,RGAs),为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复(Nucleotide binding s... 【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列(Resistance gene analogs,RGAs),为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复(Nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR)类抗病基因保守区设计简并引物,从“大籽瓠”抗性材料基因组DNA中分离抗病基因同源序列,并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化分析.【结果和结论】基于同源克隆策略,获得23条瓠瓜NBS抗病同源序列,命名为HNB1~HNB23,GenBank登录号为KJ908192~KJ908214.序列分析及同源比对结果表明,这些RGAs长度变异在242~261nt之间,18条序列具有连续开放阅读框(Open reading frame,ORF),推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域;核苷酸序列相似性为41.5% ~98.8%,氨基酸序列相似性为21.5% ~100.0%;利用NCBIBlast同源搜索发现,与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知R基因具有40% ~100%相似性;氨基酸序列聚类分析将其分为5个组;同源进化分析表明,23条瓠瓜RGAs均为non-TIR-NBS-LRR类R基因,与推导氨基酸序列多重比较结果一致. 展开更多
关键词 瓠瓜 NBS-LRR类 抗病基因同源序列 简并引物 序列分析
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