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野生二粒小麦抗病基因同源序列分析
1
作者 邓梅 魏育明 +1 位作者 陈国跃 郑有良 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2009年第1期26-31,共6页
根据已知植物抗病基因编码的蛋白质NBS-LRR保守结构设计了6对特异筒并引物，对20份抗小麦白粉病野生二粒小麦的基因组DNA进行抗病基因同源序列克隆，共获得22条抗病基因同源序列（Resistance gene analogs，RGAs）。同源性比较发现，这2... 根据已知植物抗病基因编码的蛋白质NBS-LRR保守结构设计了6对特异筒并引物，对20份抗小麦白粉病野生二粒小麦的基因组DNA进行抗病基因同源序列克隆，共获得22条抗病基因同源序列（Resistance gene analogs，RGAs）。同源性比较发现，这22条RGAs均属于NBS-LRR类抗病基因类似序列，与已知R基因相应区段的氨基酸序列一致性为6．1％～99．6％。同时，利用MEGA3．1将这22条序列划分为9类。本研究在野生二粒小麦中获得的RGAs既可进一步用于筛选野生二粒小麦的抗病候选基因，同时也可以作为分子标记，用于二粒系小麦遗传图谱的构建。该研究表明R基因同源克隆技术有望成为野生二粒小麦R基因克隆和基因组研究的重要手段。 展开更多
关键词 R基因 抗病基因同源序列 野生二粒小麦
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水稻抗病基因同源序列的克隆及测序分析 被引量：24
2
作者 杨勤忠 杨佩文 +4 位作者 王群 刘继梅 鄢波 李家瑞 黄兴奇 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期241-247,共7页
根据已知的 NBS- L RR类及丝 /苏氨酸蛋白激酶类抗病基因结构中氨基酸的保守区域 ,设计了两组简并引物用于扩增广谱抗稻瘟病品种云系 2号中的抗病基因同源序列。结果一共获得 11类的 NBS- L RR类抗病基因同源片段及 16类的丝 /苏氨酸蛋... 根据已知的 NBS- L RR类及丝 /苏氨酸蛋白激酶类抗病基因结构中氨基酸的保守区域 ,设计了两组简并引物用于扩增广谱抗稻瘟病品种云系 2号中的抗病基因同源序列。结果一共获得 11类的 NBS- L RR类抗病基因同源片段及 16类的丝 /苏氨酸蛋白激酶类抗病基因同源片段。所有 11类的抗病基因同源系列均含有 NBS- L RR类抗病基因的保守序列 ,如 P-loop、Kinase 2、Kinase 3a以及跨膜区域等。所有 16类的蛋白激酶的序列均含有丝 /苏氨酸蛋白激酶所共有的催化区 (共有氨基酸序列 :DL KPEN)、 (共有氨基酸序列 :GT/ SXXYXAPE)以及蛋白激酶的其他催化区。两条 NBS- L RR类的抗病基因同源片段 YR1、YR12分别与抗病基因 I2 C- 2及 Xa1氨基酸同源性很高 (>5 0 % )。7条丝 /苏氨酸蛋白激酶类的抗病基因同源片段与已克隆的 Xa2 1、Pto、L r10等抗病基因的氨基酸序列超过 6 0 %的相同以及 76 %～ 展开更多
关键词 水稻 核酸结合位点 丝/苏氨酸蛋白激酶 稻瘟病 抗病基因 同源序列 基因克隆
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黑皮冬瓜NBS类抗病基因同源序列克隆与分析 被引量：6
3
作者 赵芹 谢大森 +2 位作者 何晓明 罗少波 李明珠 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2014年第10期2071-2077,共7页
以黑皮冬瓜＂B98K＂种质为试材,根据已克隆的植物NBS类抗病基因保守结构域设计简并引物,PCR扩增冬瓜基因组DNA,获得对应区段的DNA片段,回收克隆与测序后,得到19条抗病同源序列（命名为DNB1至DNB19）。利用DNAStar软件进行序列分析及同... 以黑皮冬瓜＂B98K＂种质为试材,根据已克隆的植物NBS类抗病基因保守结构域设计简并引物,PCR扩增冬瓜基因组DNA,获得对应区段的DNA片段,回收克隆与测序后,得到19条抗病同源序列（命名为DNB1至DNB19）。利用DNAStar软件进行序列分析及同源性比对发现,这些抗病同源序列长度在249-252 nt之间,其核苷酸序列同源性在48.4%-98.8%之间,氨基酸序列同源性为23.2%-100.0%,推导氨基酸序列具有P-loop（GGVGKTT）、Kinase-2a（VLDDVW）典型的NBS保守结构域。同源进化分析将其全部归为non TIR-NBS-LRR类,与推导氨基酸序列多重比较结果一致;该序列与其他作物已克隆抗病基因的氨基酸序列同源性在24.7%-99.0%之间。该组序列已登录Genbank,登录号为KF776401-KF776419。 展开更多
关键词 冬瓜 NBS 抗病同源序列 同源克隆 序列分析
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芒果NBS类抗病基因同源序列克隆与分析 被引量：8
4
作者 刘洋 姚全胜 +2 位作者 苏俊波 洪亚楠 雷新涛 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期571-576,共6页
根据已知物种NBS抗病类基因(RGAs)保守序列设计引物,从芒果品种金煌基因组DNA中分离得到了10条同源序列(pp-1～10,GenBank登录号为HM446507～16)。DNA序列分析表明,这些RGAs在200～300 bp区间存在较大变异,Pi值都在0.4以上。同源性分析... 根据已知物种NBS抗病类基因(RGAs)保守序列设计引物,从芒果品种金煌基因组DNA中分离得到了10条同源序列(pp-1～10,GenBank登录号为HM446507～16)。DNA序列分析表明,这些RGAs在200～300 bp区间存在较大变异,Pi值都在0.4以上。同源性分析表明这些序列的同源性差异范围从11.0%～98.4%,离散值范围为1.6～100.7,10条RGAs可以分为2大类。蛋白序列分析表明,pp-01～10都具有开放读码框,编码的蛋白含有典型的NBS抗病类基因所拥有的P-loop和Kinase-2a结构域,通过同源进化分析可将其分为TIR-NBS-LRR和CC-NBS-LRR 2类,与已知物种同源性范围为20%～60.2%。 展开更多
关键词 芒果 NBS 抗病类基因 同源克隆 聚类分析
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斑茅NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：10
5
作者 阙友雄 许莉萍 +2 位作者 林剑伟 张木清 陈如凯 《热带作物学报》 CSCD 2009年第2期192-197,共6页
根据已知NBS-LRR抗病基因[含有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复(LRR)的胞内受体蛋白基因]NBS结构域蛋白质的保守序列,设计简并引物,对斑茅基因组进行体外扩增,获得了对应区段的DNA片段,回收、克隆这些特异片段,测序分析,共获得8个片... 根据已知NBS-LRR抗病基因[含有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复(LRR)的胞内受体蛋白基因]NBS结构域蛋白质的保守序列,设计简并引物,对斑茅基因组进行体外扩增,获得了对应区段的DNA片段,回收、克隆这些特异片段,测序分析,共获得8个片段序列。序列分析发现其中7个编号分别为RGA-Q1、RGA-Q2、RGA-Q3、RGA-Q4、RGA-Q5、RGA-Q6和RGA-Q7的片段推导的氨基酸序列均具有典型的NBS结构域,即P-loop(GGVGKTT)、Kinase-2a(VLDDVW)、Kinase-3a(GSR/KILVTTR)及疏水结构域HD(hydrophobic domain)。它们在NCBI上的登录号为EU685828、EU685829、EU685830、EU685831、EU685832、EU685833和EU685834。这些抗病基因同源片段(RGA)与已经克隆的N、L6、RPS2和Mi等11个抗病基因在氨基酸水平上的同源性为2.3%～39.8%,可进一步用作斑茅抗病候选基因的分子筛选及遗传图谱的构建。 展开更多
关键词 班茅 保守区域 抗病基因同源序列 简并引物
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编码杧果丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类蛋白抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：6
6
作者 张玄兵 杜中军 +2 位作者 黄俊生 王家保 徐兵强 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期186-189,共4页
根据丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物，PCR扩增‘紫花芒’杧果嫩绿色叶片基因组DNA。在NCBI中用Blast X比对发现，有6个阳性克隆是抗病基因同源序列，并命名为PK1～PK6，GenBank注册序列号为AY69... 根据丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物，PCR扩增‘紫花芒’杧果嫩绿色叶片基因组DNA。在NCBI中用Blast X比对发现，有6个阳性克隆是抗病基因同源序列，并命名为PK1～PK6，GenBank注册序列号为AY693369-AY693371和AY776277-AY776279。在PK3、PK4和PK6中发现了丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶的9个催化结构域Ⅰ～Ⅸ，而其它3个克隆具有部分结构域。氨基酸序列同源性分析还发现，6个克隆编码的氨基酸序列都与受体样蛋白激酶有较高的氨基酸序列同源性。系统进化树分析还表明它们都是可能的抗病基因同源序列。总之，6个克隆不仅是抗病基因同源序列而且是可能的受体样蛋白激酶基因同源序列。 展开更多
关键词 杧果 蛋白激酶 抗病基因 同源序列
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棉花多抗品种中植棉KV-1抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：7
7
作者 赵磊 王升正 +2 位作者 齐放军 张文蔚 简桂良 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2009年第6期462-467,共6页
许多抗病基因都具有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复区(LRR)。根据已知的NBS-LRR类抗病基因的保守序列,分别设计一对简并引物和一对特异引物,用以扩增棉花基因组中的抗病基因同源序列。获得一条大小约500bp的扩增片段,克隆测序后得... 许多抗病基因都具有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复区(LRR)。根据已知的NBS-LRR类抗病基因的保守序列,分别设计一对简并引物和一对特异引物,用以扩增棉花基因组中的抗病基因同源序列。获得一条大小约500bp的扩增片段,克隆测序后得到10条NBS-LRR类RGAs。推导的氨基酸均具有抗病基因的P-loop(kinase-1a)、kinase-2、kinase-3a及GLPL区。同源性比较发现,其中1条属于TIR-NBS-LRR类,其余9条属于non-TIR-NBS-LRR类。1条TIR-NBS-LRR类RGAs与已克隆的N、L6、M等抗病基因的同源性为51%～60%,9条non-TIR-NBS-LRR类RGAs与已克隆的RPS5、RPR1、Xa1等抗病基因的同源性为51%～60%。这些抗病基因同源序列(RGAs)可作为分子标记筛选棉花的抗病候选基因。 展开更多
关键词 棉花 抗病基因同源序列 NBS-LRR
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番木瓜丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因同源序列的克隆与特征分析 被引量：7
8
作者 杜中军 王家保 +2 位作者 黄俊生 翟衡 徐兵强 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期46-50,共5页
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因产物催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增番木瓜叶片基因组DNA和cDNA。在NCBI中用BlastX比对发现,5个来自基因组DNA的克隆和4个来自叶片cDNA的克隆可能编码的氨基酸残基序列属于... 根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因产物催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增番木瓜叶片基因组DNA和cDNA。在NCBI中用BlastX比对发现,5个来自基因组DNA的克隆和4个来自叶片cDNA的克隆可能编码的氨基酸残基序列属于STK蛋白激酶类抗病基因同源序列片段和受体样蛋白激酶基因的同源片段,命名为gPK1-gPK5和cPK1-cPK4,在GenBank注册得到序列号分别为AY693385-AY693389,AY738762-AY738765。除克隆gPK5含有内含子之外,其它都发现了连续阅读框ORF。通过分析除Gpk5之外的8个克隆可能编码氨基酸序列中丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类蛋白激酶的9个催化保守结构域Ⅰ-Ⅸ,并利用ClustalW软件对8个克隆和已报道的抗病蛋白水稻Xa21和西红柿Pto氨基酸残基序列进行分子系统进化树分析发现,8个克隆不仅是受体样蛋白激酶基因的同源片段而且是抗病候选基因片段。 展开更多
关键词 番木瓜 蛋白激酶 抗病基因同源序列 受体样蛋白激酶
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野生稻NBS类抗病基因同源序列的分离与序列分析 被引量：8
9
作者 张向明 韦靖鸾 +3 位作者 张丹 王春台 刘学群 刘新琼 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期741-748,共8页
为了挖掘野生稻中的抗病资源,根据已克隆的植物抗病基因核苷酸结合位点序列中的保守结构域设计3对简并引物,从疣粒、药用、高秆、宽叶和斑点野生稻基因组DNA中分离出13条NBS类抗病基因类似物,其中11条具有连续的ORF,具有NBS类R基因的保... 为了挖掘野生稻中的抗病资源,根据已克隆的植物抗病基因核苷酸结合位点序列中的保守结构域设计3对简并引物,从疣粒、药用、高秆、宽叶和斑点野生稻基因组DNA中分离出13条NBS类抗病基因类似物,其中11条具有连续的ORF,具有NBS类R基因的保守基元P-loop、kinas-2、kinas-3a和GLPL。在NCBI上进行同源性搜索发现,其中12条RGAs的核苷酸序列与水稻已知的NBS类R基因具有66%～94%的同源性,与其他植物已知R基因具有67%～84%的同源性;其对应的氨基酸序列与水稻已知的NBS类R基因具有43%～93%的同源性,与其他植物已知R基因具有37%～79%的同源性。另外1条的核苷酸序列与水稻假定的NBS类R基因具有76%的同源性,其氨基酸序列与水稻假定的NBS类R基因具有74%的同源性。根据序列分析结果设计6对不同基因特异性引物,并利用RT-PCR技术进行表达分析,结果表明,RN1BD5、RN1BD10、RN1GG2和RN1YY6均能表达,说明这些片段可能是功能性抗病基因的部分序列;而RN1KY9和RN1GG5没有表达,可能是假基因。 展开更多
关键词 野生稻 抗病基因类似物 基因分离 序列分析
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黑龙江水稻品种抗病基因同源序列聚类分析 被引量：8
10
作者 孙雁 王云月 +1 位作者 万瑞亭 朱有勇 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2001年第2期107-110,共4页
利用拟南芥RPS2基因和烟草N基因的NBS -LRR区域设计的S1和AS3两个引物对 2 4个黑龙江粳稻品种基因组DNA进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳。分析结果表明 :根据差异相似性 86 %为度可将供试品种划分为 3个类群。
关键词 水稻 抗病基因同源序列 聚类分析 品种 黑龙江
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晚熟温州蜜柑NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及分析 被引量：5
11
作者 刘登全 王园秀 +3 位作者 崔朝宇 秦双林 欧阳慧 蒋军喜 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期83-89,共7页
为加深对柑橘黄龙病抗性机理的了解和为黄龙病抗性基因的克隆提供依据,根据已知植物抗病基因NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以柑橘黄龙病抗性品种＂晚熟温州蜜柑＂为供试材料,对其基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,结果共获得17... 为加深对柑橘黄龙病抗性机理的了解和为黄龙病抗性基因的克隆提供依据,根据已知植物抗病基因NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以柑橘黄龙病抗性品种＂晚熟温州蜜柑＂为供试材料,对其基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,结果共获得17条抗病基因同源序列（resistance gene analogs,RGAs）,其在NCBI中的登录号为KJ019189~KJ019199,KR815564~KR815569。序列分析表明,这17个RGAs与甜橙、柚等柑橘属中推测的一些抗病蛋白基因或其他相关蛋白基因具有显著高的同源性。其中一些RGAs与拟南芥抗霜霉病RPP13基因、柑橘抗衰退病毒基因Ctv或烟草抗TMV基因N具有51.7%~79.0%的氨基酸序列同源性。依据论文结果,笔者认为,晚熟温州蜜柑中存在较丰富的NBS-LRR类抗病基因,但具体哪些病基因与抗黄龙病相关尚需进一步研究。 展开更多
关键词 晚熟温州蜜柑 抗病基因同源序列 NBS-LRR 柑橘黄龙病
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甘薯NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆、分析及数目研究 被引量：7
12
作者 屈满义 查向东 +3 位作者 王钰 杨金环 蒋琳 阮龙 《热带作物学报》 CSCD 2008年第5期610-617,共8页
根据植物抗病基因保守序列设计特异引物,对甘薯高抗茎线虫病品种AB94078-1、感病品种徐18及其8个后代品系进行PCR扩增。获得15个具有完整氨基酸读码框的片段,均具有NBS类抗病蛋白4个保守基序,其中5个片段含LRR结构。利用从亲本AB94078-... 根据植物抗病基因保守序列设计特异引物,对甘薯高抗茎线虫病品种AB94078-1、感病品种徐18及其8个后代品系进行PCR扩增。获得15个具有完整氨基酸读码框的片段,均具有NBS类抗病蛋白4个保守基序,其中5个片段含LRR结构。利用从亲本AB94078-1扩增的R510-AB作为探针进行Southern杂交,结果表明,其在基因组中存在多个拷贝,并估计其在基因组中的拷贝数目,克隆新的甘薯RGA序列,为进一步获得甘薯抗病基因打下基础。 展开更多
关键词 甘薯 抗病基因同源序列 NBS-LRR SOUTHERN杂交
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桃基因组中R类抗病基因同源序列的克隆与序列分析 被引量：5
13
作者 梁凤山 周春江 +1 位作者 孔凡娜 王斌 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期44-48,共5页
许多抗病基因均具有核苷酸结合位点(NBS)和富含亮氨酸重复区(LRR).根据已知的NBS-LRR型抗病基因蛋白质的保守序列,设计简并引物,用以扩增桃基因组中的抗病基因同源序列.获得一条大小约500 bp的扩增片段,克隆测序后得到4个NBS-LRR类抗病... 许多抗病基因均具有核苷酸结合位点(NBS)和富含亮氨酸重复区(LRR).根据已知的NBS-LRR型抗病基因蛋白质的保守序列,设计简并引物,用以扩增桃基因组中的抗病基因同源序列.获得一条大小约500 bp的扩增片段,克隆测序后得到4个NBS-LRR类抗病基因同源片段(PNBS1、PNBS2、PNBS3、PNBS4).推导的氨基酸均具有P-loop(激酶1a)保守区和中间的激酶2a、激酶3a保守区,除PNBS4外,均具有3端疏水结构域.它们与已克隆的N、L6、PRS2等抗病基因在核苷酸水平上的同源性为21.1%～58.8%;在氨基酸水平上的同源性为18.8%～41.4%.这些抗病基因同源片段(RGA)可做为分子标记筛选桃的抗病候选基因. 展开更多
关键词 桃 核苷酸结合位点 抗病基因 同源序列
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黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析 被引量：5
14
作者 简桂良 赵磊 +2 位作者 张文蔚 齐放军 王升正 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2011年第6期490-499,共10页
根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化... 根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类。4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高。推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。 展开更多
关键词 棉花 抗病基因同源序列(RGA) 核苷酸结合位点(NBS) 生物信息学分析 多态性
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辣椒LRR类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：4
15
作者 马维 巩振辉 +1 位作者 李大伟 贾庆利 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2008年第1期143-148,共6页
【目的】克隆和分析抗、感疫病辣椒材料的抗病基因同源序列，为辣椒抗疫病相关基因的克隆奠定基础。【方法】根据番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9C端的LRR类保守结构域设计简并引物，对6个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA进行抗病基因... 【目的】克隆和分析抗、感疫病辣椒材料的抗病基因同源序列，为辣椒抗疫病相关基因的克隆奠定基础。【方法】根据番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9C端的LRR类保守结构域设计简并引物，对6个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA进行抗病基因同源序列的PCR扩增。【结果】得到27个抗病基因同源序列（RGAs），其在GenBank中的登录号为EF064260～EF064286。其中，21个RGAs与番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9有较高的相似性。感病材料的辣椒基因组中也存在抗疫病相关RGAs。【结论】上述21个RGAs可能与辣椒抗疫病作用有关，可为辣椒抗疫病相关基因的克隆提供依据。 展开更多
关键词 辣椒 LRR 抗病基因克隆 同源序列分析
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斑茅cDNA中抗病基因同源序列的分离和表达特性分析(英文) 被引量：3
16
作者 阙友雄 许莉萍 +3 位作者 林剑伟 徐景升 张木清 陈如凯 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期2022-2028,共7页
植物抗病基因具有一些特定的保守结构域。本研究根据已知植物同源抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗近缘植物斑茅的cDNA中扩增出6条抗病基因同源序列,它们在NCBI上登录号分别为EU685835、EU685836、EU685837、EU685838、EU685... 植物抗病基因具有一些特定的保守结构域。本研究根据已知植物同源抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗近缘植物斑茅的cDNA中扩增出6条抗病基因同源序列,它们在NCBI上登录号分别为EU685835、EU685836、EU685837、EU685838、EU685839和EU685840。序列分析表明,这些RGAs均含有典型的NBS-LRR类抗病基因保守结构域P-loop、kinase-2a、kinase-3a和疏水结构域(hydrophobicdomain,HD)。氨基酸序列的同源性比对表明,6条RGAs序列同11条参试的抗病基因之间的同源性为8.3%～93.0%,而6条RGAs之间的氨基酸序列同源为30.5%～45.6%。另外,本实验所克隆的6条斑茅抗病基因同源序列中,kinase-2(LLVLDDVW/D)最后一个氨基酸皆为色氨酸,推测所克隆的NBS-LRR类抗病基因都属于non-TIR-NBS-LRR类。定量PCR分析表明,6条斑茅抗病基因同源序列在根、茎和叶片中组成型表达,同时这些抗病基因同源序列的表达会受外源信号分子水杨酸和过氧化氢的上调作用,可能在斑茅的抗病性中具有一定的作用。 展开更多
关键词 斑茅 抗病基因同源序列 简并引物 定量PCR
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东乡野生稻NBS类抗病基因同源片段的克隆及序列分析 被引量：5
17
作者 却志群 沈春修 卢其能 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期78-82,共5页
根据已知的NBS-LRR类抗病基因结构中氨基酸的保守区域,设计简并引物,通过RT-PCR扩增及克隆,从东乡野生稻(Dongxiang Oryza rufipogon Griff.)中共获得7个新的NBS-LRR类抗病基因同源片段。所有7个抗病基因同源序列均含有NBS-LRR类抗病基... 根据已知的NBS-LRR类抗病基因结构中氨基酸的保守区域,设计简并引物,通过RT-PCR扩增及克隆,从东乡野生稻(Dongxiang Oryza rufipogon Griff.)中共获得7个新的NBS-LRR类抗病基因同源片段。所有7个抗病基因同源序列均含有NBS-LRR类抗病基因的保守序列,如P-loop、Kinase 2、Kinase 3a以及跨膜区域等。通过氨基酸同源性比较和分析,发现克隆到的抗病基因同源序列与已克隆的水稻白叶枯抗病基因Xa1的相应氨基酸序列存在约40%的同源性,其中的3个NBS抗病基因同源序列还与小麦抗叶锈病基因Lr1存在40%的同源性。 展开更多
关键词 东乡野生稻 抗病基因 RT-PCR NBS-LRR同源序列
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南瓜NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：10
18
作者 高丽华 周以飞 +3 位作者 郑伟文 陈观水 宋亚娜 林捷 《长江蔬菜》 北大核心 2007年第8期40-43,共4页
依据已克隆植物抗病基因的保守氨基酸结构域合成相应简并引物,通过PCR扩增从南瓜基因组DNA中分离了8条南瓜抗病基因同源序列,通过对其编码的氨基酸序列分析表明这些RGAs均含有P-loop及GLPL等植物抗病基因中的保守结构域。经BLAST分析表... 依据已克隆植物抗病基因的保守氨基酸结构域合成相应简并引物,通过PCR扩增从南瓜基因组DNA中分离了8条南瓜抗病基因同源序列,通过对其编码的氨基酸序列分析表明这些RGAs均含有P-loop及GLPL等植物抗病基因中的保守结构域。经BLAST分析表明,分离的南瓜RGAs与已报道的甜瓜等植物的RGAs有较高的同源性。南瓜RGA的分离将为进一步从南瓜中分离功能性抗病基因打下基础,也为研究南瓜种质资源的起源与进化提供借鉴。 展开更多
关键词 南瓜 保守结构域 抗病基因同源序列
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甘薯抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：7
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作者 王钰 王荣富 何国浩 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期81-86,共6页
对根据紫花苜蓿（Medicago truncatula）NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化，筛选出6对简并引物，以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增，克隆甘薯抗病基因同源序列（RGA）。结果克隆出342个不同的甘薯RGA，这342个甘薯RGA... 对根据紫花苜蓿（Medicago truncatula）NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化，筛选出6对简并引物，以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增，克隆甘薯抗病基因同源序列（RGA）。结果克隆出342个不同的甘薯RGA，这342个甘薯RGA和已知的抗病基因历、N、RGCl等具有高度同源性（Evalue〈e×10^-20）。根据抗病基因同源序列的相似性，利用Cluxtalw软件将其分为22个不同的类群。这些甘薯的抗病基因同源序列已提交GenBank（编号：DQ903322至DQ903664）。在342个甘薯RGA中，除7个是TIR外，其余属于DOD—TIR类型。用Blastx和DNAman软件对342个甘薯RGA进行列队比较，发现有9个含有抗线虫病RGC1序列的RGA，它们与RGC1的同源件为50％～100％． 展开更多
关键词 甘薯 简并引物 抗病基因同源序列(RGA) 克隆
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小麦NBS-LRR类抗病基因同源cDNA序列的克隆与表达分析 被引量：8
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作者 任晓娣 刘彦慧 +4 位作者 李建嫄 张娜 彭巧慧 杨文香 刘大群 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期69-74,79,共7页
为获得小麦抗叶锈病相关基因,以小麦近等基因系TcLr19所构建的非亲和cDNA文库中获得的EST序列(Contig 914)为靶序列,用RT-PCR方法和cDNA末端快速扩增技术,分离克隆到片段为3 042bp的全长cDNA序列。序列分析表明该序列符合典型单子叶植物... 为获得小麦抗叶锈病相关基因,以小麦近等基因系TcLr19所构建的非亲和cDNA文库中获得的EST序列(Contig 914)为靶序列,用RT-PCR方法和cDNA末端快速扩增技术,分离克隆到片段为3 042bp的全长cDNA序列。序列分析表明该序列符合典型单子叶植物的CC-NBS-LRR结构模式,命名为TaNLR。该基因包含一个完整的2 739bp的开放阅读框(ORF),具有连续的Poly A尾和典型的加尾信号AATTAA。ProtParam程序预测表明该基因编码912个氨基酸。发育树分析显示该氨基酸序列与大麦的NBS-LRR类抗病基因蛋白同源性最高达89%。荧光定量PCR分析表明,在小麦与叶锈菌互作中,TaNLR基因受叶锈菌诱导下调表达。本研究在TcLr19小麦中成功获得了抗病同源基因,这为明确NBS-LRR在小麦抗叶锈病中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 小麦 核苷酸结合位点(NBS) 富含亮氨酸重复(LRR) 抗病基因同源序列(RGAs) cDNA末端快速扩增技术(RACE) 实时定量PCR(real-time PCR)
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