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小麦NBS-LRR类抗病基因同源cDNA序列的克隆与表达分析 被引量:8
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作者 任晓娣 刘彦慧 +4 位作者 李建嫄 张娜 彭巧慧 杨文香 刘大群 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期69-74,79,共7页
为获得小麦抗叶锈病相关基因,以小麦近等基因系TcLr19所构建的非亲和cDNA文库中获得的EST序列(Contig 914)为靶序列,用RT-PCR方法和cDNA末端快速扩增技术,分离克隆到片段为3 042bp的全长cDNA序列。序列分析表明该序列符合典型单子叶植物... 为获得小麦抗叶锈病相关基因,以小麦近等基因系TcLr19所构建的非亲和cDNA文库中获得的EST序列(Contig 914)为靶序列,用RT-PCR方法和cDNA末端快速扩增技术,分离克隆到片段为3 042bp的全长cDNA序列。序列分析表明该序列符合典型单子叶植物的CC-NBS-LRR结构模式,命名为TaNLR。该基因包含一个完整的2 739bp的开放阅读框(ORF),具有连续的Poly A尾和典型的加尾信号AATTAA。ProtParam程序预测表明该基因编码912个氨基酸。发育树分析显示该氨基酸序列与大麦的NBS-LRR类抗病基因蛋白同源性最高达89%。荧光定量PCR分析表明,在小麦与叶锈菌互作中,TaNLR基因受叶锈菌诱导下调表达。本研究在TcLr19小麦中成功获得了抗病同源基因,这为明确NBS-LRR在小麦抗叶锈病中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 小麦 核苷酸结合位点(NBS) 富含亮氨酸重复(LRR) 抗病基因同源序列(rgas) cDNA末端快速扩增技术(RACE) 实时定量PCR(real-time PCR)
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小麦NBS类抗病基因同源cDNA序列的克隆与特征分析 被引量:9
2
作者 张楠 王海燕 刘大群 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期605-610,615,共7页
根据已克隆植物抗病(R)基因NBS保守结构域设计简并引物,采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(RACE),在小麦抗叶锈病近等基因系材料TcLr19中进行抗病同源基因cDNA全长的扩增。获得了1个通读的NBS类抗病同源基因S11A11cDNA序列,该序列全长29... 根据已克隆植物抗病(R)基因NBS保守结构域设计简并引物,采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(RACE),在小麦抗叶锈病近等基因系材料TcLr19中进行抗病同源基因cDNA全长的扩增。获得了1个通读的NBS类抗病同源基因S11A11cDNA序列,该序列全长2923bp,编码878个氨基酸序列。生物信息学分析结果表明,该片段含有NB-ARC保守结构域和多个LRR结构域。聚类分析表明,S11A11编码的蛋白与小麦抗叶锈病基因Lr1编码的蛋白亲缘关系较近,而与Lr10亲缘关系较远。半定量RT-PCR分析表明,该基因在小麦叶片中为低丰度组成型表达。本研究在TcLr19小麦中成功获得了抗病基因同源序列,为最终克隆小麦抗叶锈病目的基因奠定了基础。 展开更多
关键词 小麦 核苷酸结合位点(NBS) 抗病基因同源序列(rgas) cDNA末端快速扩增技术(RACE) 半定量RT-PCR
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甘蔗NBS-LRR类抗病基因同源序列的分离与鉴定 被引量:30
3
作者 阙友雄 许莉萍 +1 位作者 林剑伟 陈如凯 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期631-639,共9页
根据已知植物(拟南芥、烟草和亚麻)抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗高抗黑穗病品种NCo376的基因组DNA和cDNA中扩增出11条抗病基因同源序列,其中5条来自基因组DNA(EF059973、EF059974、EF059975、EF059976和EF059977),6条来自... 根据已知植物(拟南芥、烟草和亚麻)抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗高抗黑穗病品种NCo376的基因组DNA和cDNA中扩增出11条抗病基因同源序列,其中5条来自基因组DNA(EF059973、EF059974、EF059975、EF059976和EF059977),6条来自cDNA(EF155648、EF155649、EF155650、EF155651、EF155652和EF155653)。序列分析表明,这些RGAs均含有典型的NBS-LRR类抗病基因所拥有的保守结构域P-loop、Kinase-2a、Kinase-3a和疏水结构域。聚类分析表明,11条RGA同RPS2和XA1聚为一类,而N和L6则单独聚为一类。所有11条抗病基因同源序列中,kinase-2(LLVLDDVW/D)最后一个氨基酸皆为色氨酸。定量PCR分析表明,编号为EF059974的PIC基因的表达不仅受黑穗病菌胁迫的影响,而且受水杨酸的诱导和过氧化氢的抑制,也具有抗病基因组织特异性和组成型表达特性。 展开更多
关键词 甘蔗 NBS-LRR 抗病基因同源序列
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植物抗病基因同源序列及其在抗病基因克隆与定位中的应用 被引量:38
4
作者 易图永 谢丙炎 +1 位作者 张宝玺 高必达 《生物技术通报》 CAS CSCD 2002年第2期16-20,共5页
近 10年来已有 2 0多个植物抗病基因被克隆、测序 ,这些抗病基因所编码的蛋白中大多含有核苷酸结合位点、富含亮氨酸重复序列、蛋白激酶、亮氨酸拉链结构、跨膜结构域、Toll白介素 - 1区域等保守结构域。利用这些保守结构域合成PCR引物 ... 近 10年来已有 2 0多个植物抗病基因被克隆、测序 ,这些抗病基因所编码的蛋白中大多含有核苷酸结合位点、富含亮氨酸重复序列、蛋白激酶、亮氨酸拉链结构、跨膜结构域、Toll白介素 - 1区域等保守结构域。利用这些保守结构域合成PCR引物 ,已扩增出大量的植物抗病基因同源序列 (RGA)。对RGA与抗病基因的关系进行了分析 ,讨论了RGA在研究抗病基因进化中的作用 ,指出RGA在抗病基因定位和转基因中具有重要意义。 展开更多
关键词 植物 抗病基因同源序列 应用 基因克隆 基因定位
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水稻抗病基因同源序列的克隆及测序分析 被引量:24
5
作者 杨勤忠 杨佩文 +4 位作者 王群 刘继梅 鄢波 李家瑞 黄兴奇 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期241-247,共7页
根据已知的 NBS- L RR类及丝 /苏氨酸蛋白激酶类抗病基因结构中氨基酸的保守区域 ,设计了两组简并引物用于扩增广谱抗稻瘟病品种云系 2号中的抗病基因同源序列。结果一共获得 11类的 NBS- L RR类抗病基因同源片段及 16类的丝 /苏氨酸蛋... 根据已知的 NBS- L RR类及丝 /苏氨酸蛋白激酶类抗病基因结构中氨基酸的保守区域 ,设计了两组简并引物用于扩增广谱抗稻瘟病品种云系 2号中的抗病基因同源序列。结果一共获得 11类的 NBS- L RR类抗病基因同源片段及 16类的丝 /苏氨酸蛋白激酶类抗病基因同源片段。所有 11类的抗病基因同源系列均含有 NBS- L RR类抗病基因的保守序列 ,如 P-loop、Kinase 2、Kinase 3a以及跨膜区域等。所有 16类的蛋白激酶的序列均含有丝 /苏氨酸蛋白激酶所共有的催化区 (共有氨基酸序列 :DL KPEN)、 (共有氨基酸序列 :GT/ SXXYXAPE)以及蛋白激酶的其他催化区。两条 NBS- L RR类的抗病基因同源片段 YR1、YR12分别与抗病基因 I2 C- 2及 Xa1氨基酸同源性很高 (>5 0 % )。7条丝 /苏氨酸蛋白激酶类的抗病基因同源片段与已克隆的 Xa2 1、Pto、L r10等抗病基因的氨基酸序列超过 6 0 %的相同以及 76 %~ 展开更多
关键词 水稻 核酸结合位点 丝/苏氨酸蛋白激酶 稻瘟病 抗病基因 同源序列 基因克隆
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小麦STK类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量:6
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作者 张楠 王海燕 刘大群 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2010年第5期20-24,共5页
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计简并引物,以TcLr19、TcLr35和感病对照Thatcher的cDNA为模板进行抗病基因同源序列的PCR扩增,得到了6条通读的抗病基因同源序列(RGAs)Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、L... 根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计简并引物,以TcLr19、TcLr35和感病对照Thatcher的cDNA为模板进行抗病基因同源序列的PCR扩增,得到了6条通读的抗病基因同源序列(RGAs)Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1、Lr35-RGA2和TC-RGA。在NCBI中用BLASTp比对发现,Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1和Lr35-RGA2编码的氨基酸序列具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Serine-thre-onine kinase,STK)的催化结构域Ⅱ-Ⅷ。对序列分析还发现,它们与已克隆的STK类抗病基因有不同程度的相似性,为进一步克隆小麦抗叶锈病相关基因提供了依据。 展开更多
关键词 小麦 叶锈 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(STK) 抗病基因同源序列(rgas)
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利用中间偃麦草抗病基因同源序列分离黄矮病抗性候选基因克隆 被引量:12
7
作者 张增艳 许景升 +3 位作者 刘耀光 王晓萍 林志珊 辛志勇 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期189-195,共7页
根据已克隆植物抗病 (R)基因编码蛋白质的保守结构设计简并引物 ,利用同源序列法PCR扩增、克隆到 9个具有开放阅读框的中间偃麦草R基因同源片段 (ResistanceGeneAnalogs ,RGAs)。利用抗黄矮病材料 (含Bdv2 )、感黄矮病材料 (无Bdv2 )进... 根据已克隆植物抗病 (R)基因编码蛋白质的保守结构设计简并引物 ,利用同源序列法PCR扩增、克隆到 9个具有开放阅读框的中间偃麦草R基因同源片段 (ResistanceGeneAnalogs ,RGAs)。利用抗黄矮病材料 (含Bdv2 )、感黄矮病材料 (无Bdv2 )进行RFLP分析 ,筛选到 1个NBS类RGA序列TirgaZ1与Bdv2连锁。根据TirgaZ1的序列重新设计 1对引物 ,优化PCR扩增条件 ,将其转化为经典特异PCR标记 (SC TZ1)。利用该特异PCR标记 (SC TZ1)和克隆池 PCR法筛选抗黄矮病小麦 中间偃草易位系HW6 4 2基因组的可转化人工染色体 (Transformation competentArtificialChromosome ,TAC)文库 ,分离到 4个阳性TAC克隆T1~T4。限制酶切图谱分析结果表明 ,T1~T3为 1类 ,插入片段约 2 3kb ,T4为另 1类 ,插入片段约为 2 5kb。以TirgaZ1为探针 ,通过Southern杂交证实了阳性TAC克隆T1、T4为含有TirgaZ1序列的抗病基因候选克隆。分别以中间偃麦草、HW6 4 2和小麦亲本为探针对阳性克隆T1、T4进行Southern分析 ,结果表明 ,阳性TAC克隆T1、T4的插入片段均具有抗黄矮病易位系的中间偃麦草易位染色体片段 7XL ,T1、T4为抗黄矮病基因候选克隆。测定和分析阳性克隆T1插入片段 5 '端 - 6 4 4 8bp部分的序列 ,表明其最长完整开放阅读框 展开更多
关键词 小麦 中间偃麦草 抗病育种 基因育种 抗病基因 同源序列 黄矮病 候选基因 基因克隆 克隆池PCR 可转化人工染色体
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基于NBS-LRR类R基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列 被引量:7
8
作者 赵芹 谢大森 +2 位作者 何晓明 罗少波 彭庆务 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期92-98,共7页
【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列(Resistance gene analogs,RGAs),为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复(Nucleotide binding s... 【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列(Resistance gene analogs,RGAs),为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复(Nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR)类抗病基因保守区设计简并引物,从“大籽瓠”抗性材料基因组DNA中分离抗病基因同源序列,并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化分析.【结果和结论】基于同源克隆策略,获得23条瓠瓜NBS抗病同源序列,命名为HNB1~HNB23,GenBank登录号为KJ908192~KJ908214.序列分析及同源比对结果表明,这些RGAs长度变异在242~261nt之间,18条序列具有连续开放阅读框(Open reading frame,ORF),推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域;核苷酸序列相似性为41.5% ~98.8%,氨基酸序列相似性为21.5% ~100.0%;利用NCBIBlast同源搜索发现,与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知R基因具有40% ~100%相似性;氨基酸序列聚类分析将其分为5个组;同源进化分析表明,23条瓠瓜RGAs均为non-TIR-NBS-LRR类R基因,与推导氨基酸序列多重比较结果一致. 展开更多
关键词 瓠瓜 NBS-LRR类 抗病基因同源序列 简并引物 序列分析
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烟草表达抗病基因同源物(RGA)的鉴定及RGA-SSR标记的开发 被引量:7
9
作者 袁清华 谢锐鸿 +4 位作者 张振臣 马柱文 李集勤 李淑玲 陈俊标 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期240-252,共13页
烟草是研究植物与病原菌互作的理想材料。鉴定烟草抗病基因及其同源物对揭示抗病机制具有重要意义。近年来公共数据库不断增长的EST序列为烟草表达RGA的鉴定提供丰富的数据。本研究通过拼接GenBank收录的412325条烟草EST序列,获得14960... 烟草是研究植物与病原菌互作的理想材料。鉴定烟草抗病基因及其同源物对揭示抗病机制具有重要意义。近年来公共数据库不断增长的EST序列为烟草表达RGA的鉴定提供丰富的数据。本研究通过拼接GenBank收录的412325条烟草EST序列,获得149606条Uni.EST序列。随后利用已克隆的112个植物R基因蛋白序列对其扫描,检测出1113个NtRGA,其中有273、546、53、102和30个分别包含NBS-LRR、LRR.PK、LRR、PK和Mlo结构域,另有109个未检测到结构域。通过序列比对将1071个NtRGA定位于Ⅳ.benthamiana基因组712个位点上。经搜索,从72个NtRGA中检测出78个SSR,根据其侧翼序列设计64对引物。54对成功从烟草基因组DNA中扩增出清晰条带,9对在24个普通烟草品种间检测出多态性,检出等位基因数2~4个,平均2.56个;41对在6个烟草种间检测出多态性,检出等位基因数2~4个,平均2.61个。 展开更多
关键词 烟草 表达序列标签 抗病基因同源 SSR
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斑茅NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量:10
10
作者 阙友雄 许莉萍 +2 位作者 林剑伟 张木清 陈如凯 《热带作物学报》 CSCD 2009年第2期192-197,共6页
根据已知NBS-LRR抗病基因[含有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复(LRR)的胞内受体蛋白基因]NBS结构域蛋白质的保守序列,设计简并引物,对斑茅基因组进行体外扩增,获得了对应区段的DNA片段,回收、克隆这些特异片段,测序分析,共获得8个片... 根据已知NBS-LRR抗病基因[含有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复(LRR)的胞内受体蛋白基因]NBS结构域蛋白质的保守序列,设计简并引物,对斑茅基因组进行体外扩增,获得了对应区段的DNA片段,回收、克隆这些特异片段,测序分析,共获得8个片段序列。序列分析发现其中7个编号分别为RGA-Q1、RGA-Q2、RGA-Q3、RGA-Q4、RGA-Q5、RGA-Q6和RGA-Q7的片段推导的氨基酸序列均具有典型的NBS结构域,即P-loop(GGVGKTT)、Kinase-2a(VLDDVW)、Kinase-3a(GSR/KILVTTR)及疏水结构域HD(hydrophobic domain)。它们在NCBI上的登录号为EU685828、EU685829、EU685830、EU685831、EU685832、EU685833和EU685834。这些抗病基因同源片段(RGA)与已经克隆的N、L6、RPS2和Mi等11个抗病基因在氨基酸水平上的同源性为2.3%~39.8%,可进一步用作斑茅抗病候选基因的分子筛选及遗传图谱的构建。 展开更多
关键词 班茅 保守区域 抗病基因同源序列 简并引物
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编码杧果丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类蛋白抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量:6
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作者 张玄兵 杜中军 +2 位作者 黄俊生 王家保 徐兵强 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期186-189,共4页
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增‘紫花芒’杧果嫩绿色叶片基因组DNA。在NCBI中用Blast X比对发现,有6个阳性克隆是抗病基因同源序列,并命名为PK1~PK6,GenBank注册序列号为AY69... 根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增‘紫花芒’杧果嫩绿色叶片基因组DNA。在NCBI中用Blast X比对发现,有6个阳性克隆是抗病基因同源序列,并命名为PK1~PK6,GenBank注册序列号为AY693369-AY693371和AY776277-AY776279。在PK3、PK4和PK6中发现了丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的9个催化结构域Ⅰ~Ⅸ,而其它3个克隆具有部分结构域。氨基酸序列同源性分析还发现,6个克隆编码的氨基酸序列都与受体样蛋白激酶有较高的氨基酸序列同源性。系统进化树分析还表明它们都是可能的抗病基因同源序列。总之,6个克隆不仅是抗病基因同源序列而且是可能的受体样蛋白激酶基因同源序列。 展开更多
关键词 杧果 蛋白激酶 抗病基因 同源序列
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黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析 被引量:5
12
作者 简桂良 赵磊 +2 位作者 张文蔚 齐放军 王升正 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2011年第6期490-499,共10页
根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化... 根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类。4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高。推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。 展开更多
关键词 棉花 抗病基因同源序列(rga) 核苷酸结合位点(NBS) 生物信息学分析 多态性
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水稻品种抗瘟性表型与抗病基因同源序列相似性关系 被引量:9
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作者 刘二明 肖一龙 +3 位作者 易有金 庄杰云 郑康乐 罗峰 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期209-216,共8页
用6对RGA引物,即RGA1(XLRR for/XLRR rev)、RGA2(XLRR inv1/XLRR inv2)、RGA3(NLRR for/NL RR rev)、RGA4(NLRR inv1/NLRR inv2)、RGA5(Pto kin1/Pto kin2)和RGA6(Pto kin3/Pto kin4)对21个品种进行RGA PCR的DNA指纹分析。以相似系数0.7... 用6对RGA引物,即RGA1(XLRR for/XLRR rev)、RGA2(XLRR inv1/XLRR inv2)、RGA3(NLRR for/NL RR rev)、RGA4(NLRR inv1/NLRR inv2)、RGA5(Pto kin1/Pto kin2)和RGA6(Pto kin3/Pto kin4)对21个品种进行RGA PCR的DNA指纹分析。以相似系数0.72和田间叶瘟严重度阈值0.84分别聚类,21个水稻品种均可以分成5类。尽管类与类之间没有一一对应关系,但抗谱广、抗性稳定或具持久抗瘟性的品种,能较好地聚为一类,如湘资3150、IR156、株两优02、ZR02。在6对引物中,RGA1和RGA2来自于水稻抗白叶枯病基因Xa21含LRR结构,RGA3来自于烟草N基因含LRR结构,上述3对引物比较适宜用于水稻稻瘟病抗性基因遗传背景分析。 展开更多
关键词 抗病基因同源序列 水稻品种 相似性关系 DNA指纹分析 表型 持久抗瘟性 株两优02 抗白叶枯病 稻瘟病抗性 相似系数 对应关系 XA21 背景分析 基因遗传 for 引物 rga 严重度 N基因 结构 叶瘟 田间 抗谱 烟草
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棉花多抗品种中植棉KV-1抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量:7
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作者 赵磊 王升正 +2 位作者 齐放军 张文蔚 简桂良 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2009年第6期462-467,共6页
许多抗病基因都具有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复区(LRR)。根据已知的NBS-LRR类抗病基因的保守序列,分别设计一对简并引物和一对特异引物,用以扩增棉花基因组中的抗病基因同源序列。获得一条大小约500bp的扩增片段,克隆测序后得... 许多抗病基因都具有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复区(LRR)。根据已知的NBS-LRR类抗病基因的保守序列,分别设计一对简并引物和一对特异引物,用以扩增棉花基因组中的抗病基因同源序列。获得一条大小约500bp的扩增片段,克隆测序后得到10条NBS-LRR类RGAs。推导的氨基酸均具有抗病基因的P-loop(kinase-1a)、kinase-2、kinase-3a及GLPL区。同源性比较发现,其中1条属于TIR-NBS-LRR类,其余9条属于non-TIR-NBS-LRR类。1条TIR-NBS-LRR类RGAs与已克隆的N、L6、M等抗病基因的同源性为51%~60%,9条non-TIR-NBS-LRR类RGAs与已克隆的RPS5、RPR1、Xa1等抗病基因的同源性为51%~60%。这些抗病基因同源序列(RGAs)可作为分子标记筛选棉花的抗病候选基因。 展开更多
关键词 棉花 抗病基因同源序列 NBS-LRR
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番木瓜丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因同源序列的克隆与特征分析 被引量:7
15
作者 杜中军 王家保 +2 位作者 黄俊生 翟衡 徐兵强 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期46-50,共5页
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因产物催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增番木瓜叶片基因组DNA和cDNA。在NCBI中用BlastX比对发现,5个来自基因组DNA的克隆和4个来自叶片cDNA的克隆可能编码的氨基酸残基序列属于... 根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因产物催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增番木瓜叶片基因组DNA和cDNA。在NCBI中用BlastX比对发现,5个来自基因组DNA的克隆和4个来自叶片cDNA的克隆可能编码的氨基酸残基序列属于STK蛋白激酶类抗病基因同源序列片段和受体样蛋白激酶基因的同源片段,命名为gPK1-gPK5和cPK1-cPK4,在GenBank注册得到序列号分别为AY693385-AY693389,AY738762-AY738765。除克隆gPK5含有内含子之外,其它都发现了连续阅读框ORF。通过分析除Gpk5之外的8个克隆可能编码氨基酸序列中丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类蛋白激酶的9个催化保守结构域Ⅰ-Ⅸ,并利用ClustalW软件对8个克隆和已报道的抗病蛋白水稻Xa21和西红柿Pto氨基酸残基序列进行分子系统进化树分析发现,8个克隆不仅是受体样蛋白激酶基因的同源片段而且是抗病候选基因片段。 展开更多
关键词 番木瓜 蛋白激酶 抗病基因同源序列 受体样蛋白激酶
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晚熟温州蜜柑NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及分析 被引量:5
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作者 刘登全 王园秀 +3 位作者 崔朝宇 秦双林 欧阳慧 蒋军喜 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期83-89,共7页
为加深对柑橘黄龙病抗性机理的了解和为黄龙病抗性基因的克隆提供依据,根据已知植物抗病基因NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以柑橘黄龙病抗性品种"晚熟温州蜜柑"为供试材料,对其基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,结果共获得17... 为加深对柑橘黄龙病抗性机理的了解和为黄龙病抗性基因的克隆提供依据,根据已知植物抗病基因NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以柑橘黄龙病抗性品种"晚熟温州蜜柑"为供试材料,对其基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,结果共获得17条抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),其在NCBI中的登录号为KJ019189~KJ019199,KR815564~KR815569。序列分析表明,这17个RGAs与甜橙、柚等柑橘属中推测的一些抗病蛋白基因或其他相关蛋白基因具有显著高的同源性。其中一些RGAs与拟南芥抗霜霉病RPP13基因、柑橘抗衰退病毒基因Ctv或烟草抗TMV基因N具有51.7%~79.0%的氨基酸序列同源性。依据论文结果,笔者认为,晚熟温州蜜柑中存在较丰富的NBS-LRR类抗病基因,但具体哪些病基因与抗黄龙病相关尚需进一步研究。 展开更多
关键词 晚熟温州蜜柑 抗病基因同源序列 NBS-LRR 柑橘黄龙病
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甘薯NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆、分析及数目研究 被引量:7
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作者 屈满义 查向东 +3 位作者 王钰 杨金环 蒋琳 阮龙 《热带作物学报》 CSCD 2008年第5期610-617,共8页
根据植物抗病基因保守序列设计特异引物,对甘薯高抗茎线虫病品种AB94078-1、感病品种徐18及其8个后代品系进行PCR扩增。获得15个具有完整氨基酸读码框的片段,均具有NBS类抗病蛋白4个保守基序,其中5个片段含LRR结构。利用从亲本AB94078-... 根据植物抗病基因保守序列设计特异引物,对甘薯高抗茎线虫病品种AB94078-1、感病品种徐18及其8个后代品系进行PCR扩增。获得15个具有完整氨基酸读码框的片段,均具有NBS类抗病蛋白4个保守基序,其中5个片段含LRR结构。利用从亲本AB94078-1扩增的R510-AB作为探针进行Southern杂交,结果表明,其在基因组中存在多个拷贝,并估计其在基因组中的拷贝数目,克隆新的甘薯RGA序列,为进一步获得甘薯抗病基因打下基础。 展开更多
关键词 甘薯 抗病基因同源序列 NBS-LRR SOUTHERN杂交
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桃基因组中R类抗病基因同源序列的克隆与序列分析 被引量:5
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作者 梁凤山 周春江 +1 位作者 孔凡娜 王斌 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期44-48,共5页
许多抗病基因均具有核苷酸结合位点(NBS)和富含亮氨酸重复区(LRR).根据已知的NBS-LRR型抗病基因蛋白质的保守序列,设计简并引物,用以扩增桃基因组中的抗病基因同源序列.获得一条大小约500 bp的扩增片段,克隆测序后得到4个NBS-LRR类抗病... 许多抗病基因均具有核苷酸结合位点(NBS)和富含亮氨酸重复区(LRR).根据已知的NBS-LRR型抗病基因蛋白质的保守序列,设计简并引物,用以扩增桃基因组中的抗病基因同源序列.获得一条大小约500 bp的扩增片段,克隆测序后得到4个NBS-LRR类抗病基因同源片段(PNBS1、PNBS2、PNBS3、PNBS4).推导的氨基酸均具有P-loop(激酶1a)保守区和中间的激酶2a、激酶3a保守区,除PNBS4外,均具有3端疏水结构域.它们与已克隆的N、L6、PRS2等抗病基因在核苷酸水平上的同源性为21.1%~58.8%;在氨基酸水平上的同源性为18.8%~41.4%.这些抗病基因同源片段(RGA)可做为分子标记筛选桃的抗病候选基因. 展开更多
关键词 核苷酸结合位点 抗病基因 同源序列
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黑龙江水稻品种抗病基因同源序列聚类分析 被引量:8
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作者 孙雁 王云月 +1 位作者 万瑞亭 朱有勇 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2001年第2期107-110,共4页
利用拟南芥RPS2基因和烟草N基因的NBS -LRR区域设计的S1和AS3两个引物对 2 4个黑龙江粳稻品种基因组DNA进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳。分析结果表明 :根据差异相似性 86 %为度可将供试品种划分为 3个类群。
关键词 水稻 抗病基因同源序列 聚类分析 品种 黑龙江
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甘薯抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量:7
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作者 王钰 王荣富 何国浩 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期81-86,共6页
对根据紫花苜蓿(Medicago truncatula)NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化,筛选出6对简并引物,以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆甘薯抗病基因同源序列(RGA)。结果克隆出342个不同的甘薯RGA,这342个甘薯RGA... 对根据紫花苜蓿(Medicago truncatula)NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化,筛选出6对简并引物,以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆甘薯抗病基因同源序列(RGA)。结果克隆出342个不同的甘薯RGA,这342个甘薯RGA和已知的抗病基因历、N、RGCl等具有高度同源性(Evalue〈e×10^-20)。根据抗病基因同源序列的相似性,利用Cluxtalw软件将其分为22个不同的类群。这些甘薯的抗病基因同源序列已提交GenBank(编号:DQ903322至DQ903664)。在342个甘薯RGA中,除7个是TIR外,其余属于DOD—TIR类型。用Blastx和DNAman软件对342个甘薯RGA进行列队比较,发现有9个含有抗线虫病RGC1序列的RGA,它们与RGC1的同源件为50%~100%. 展开更多
关键词 甘薯 简并引物 抗病基因同源序列(rga) 克隆
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