甘蔗NBS-LRR类抗病基因同源序列的分离与鉴定 被引量：30

1

作者 阙友雄 许莉萍 +1 位作者 林剑伟 陈如凯 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期631-639,共9页

根据已知植物(拟南芥、烟草和亚麻)抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗高抗黑穗病品种NCo376的基因组DNA和cDNA中扩增出11条抗病基因同源序列,其中5条来自基因组DNA(EF059973、EF059974、EF059975、EF059976和EF059977),6条来自... 根据已知植物(拟南芥、烟草和亚麻)抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗高抗黑穗病品种NCo376的基因组DNA和cDNA中扩增出11条抗病基因同源序列,其中5条来自基因组DNA(EF059973、EF059974、EF059975、EF059976和EF059977),6条来自cDNA(EF155648、EF155649、EF155650、EF155651、EF155652和EF155653)。序列分析表明,这些RGAs均含有典型的NBS-LRR类抗病基因所拥有的保守结构域P-loop、Kinase-2a、Kinase-3a和疏水结构域。聚类分析表明,11条RGA同RPS2和XA1聚为一类,而N和L6则单独聚为一类。所有11条抗病基因同源序列中,kinase-2(LLVLDDVW/D)最后一个氨基酸皆为色氨酸。定量PCR分析表明,编号为EF059974的PIC基因的表达不仅受黑穗病菌胁迫的影响,而且受水杨酸的诱导和过氧化氢的抑制,也具有抗病基因组织特异性和组成型表达特性。 展开更多

关键词 甘蔗 NBS-LRR 抗病基因同源序列

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植物抗病基因同源序列及其在抗病基因克隆与定位中的应用 被引量：38

2

作者 易图永 谢丙炎 +1 位作者 张宝玺 高必达 《生物技术通报》 CAS CSCD 2002年第2期16-20,共5页

近 10年来已有 2 0多个植物抗病基因被克隆、测序 ,这些抗病基因所编码的蛋白中大多含有核苷酸结合位点、富含亮氨酸重复序列、蛋白激酶、亮氨酸拉链结构、跨膜结构域、Toll白介素 - 1区域等保守结构域。利用这些保守结构域合成PCR引物 ... 近 10年来已有 2 0多个植物抗病基因被克隆、测序 ,这些抗病基因所编码的蛋白中大多含有核苷酸结合位点、富含亮氨酸重复序列、蛋白激酶、亮氨酸拉链结构、跨膜结构域、Toll白介素 - 1区域等保守结构域。利用这些保守结构域合成PCR引物 ,已扩增出大量的植物抗病基因同源序列 (RGA)。对RGA与抗病基因的关系进行了分析 ,讨论了RGA在研究抗病基因进化中的作用 ,指出RGA在抗病基因定位和转基因中具有重要意义。 展开更多

关键词 植物 抗病基因同源序列 应用 基因克隆 基因定位

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基于NBS-LRR类R基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列 被引量：7

3

作者 赵芹 谢大森 +2 位作者 何晓明 罗少波 彭庆务 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期92-98,共7页

【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列（Resistance gene analogs,RGAs）,为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复（Nucleotide binding s... 【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列（Resistance gene analogs,RGAs）,为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复（Nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR）类抗病基因保守区设计简并引物,从“大籽瓠”抗性材料基因组DNA中分离抗病基因同源序列,并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化分析.【结果和结论】基于同源克隆策略,获得23条瓠瓜NBS抗病同源序列,命名为HNB1～HNB23,GenBank登录号为KJ908192～KJ908214.序列分析及同源比对结果表明,这些RGAs长度变异在242～261nt之间,18条序列具有连续开放阅读框（Open reading frame,ORF）,推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域;核苷酸序列相似性为41.5% ～98.8%,氨基酸序列相似性为21.5% ～100.0%;利用NCBIBlast同源搜索发现,与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知R基因具有40% ～100%相似性;氨基酸序列聚类分析将其分为5个组;同源进化分析表明,23条瓠瓜RGAs均为non-TIR-NBS-LRR类R基因,与推导氨基酸序列多重比较结果一致. 展开更多

关键词 瓠瓜 NBS-LRR类 抗病基因同源序列 简并引物 序列分析

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番木瓜丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因同源序列的克隆与特征分析 被引量：7

4

作者 杜中军 王家保 +2 位作者 黄俊生 翟衡 徐兵强 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期46-50,共5页

根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因产物催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增番木瓜叶片基因组DNA和cDNA。在NCBI中用BlastX比对发现,5个来自基因组DNA的克隆和4个来自叶片cDNA的克隆可能编码的氨基酸残基序列属于... 根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因产物催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增番木瓜叶片基因组DNA和cDNA。在NCBI中用BlastX比对发现,5个来自基因组DNA的克隆和4个来自叶片cDNA的克隆可能编码的氨基酸残基序列属于STK蛋白激酶类抗病基因同源序列片段和受体样蛋白激酶基因的同源片段,命名为gPK1-gPK5和cPK1-cPK4,在GenBank注册得到序列号分别为AY693385-AY693389,AY738762-AY738765。除克隆gPK5含有内含子之外,其它都发现了连续阅读框ORF。通过分析除Gpk5之外的8个克隆可能编码氨基酸序列中丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类蛋白激酶的9个催化保守结构域Ⅰ-Ⅸ,并利用ClustalW软件对8个克隆和已报道的抗病蛋白水稻Xa21和西红柿Pto氨基酸残基序列进行分子系统进化树分析发现,8个克隆不仅是受体样蛋白激酶基因的同源片段而且是抗病候选基因片段。 展开更多

关键词 番木瓜 蛋白激酶 抗病基因同源序列 受体样蛋白激酶

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斑茅NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：10

5

作者 阙友雄 许莉萍 +2 位作者 林剑伟 张木清 陈如凯 《热带作物学报》 CSCD 2009年第2期192-197,共6页

根据已知NBS-LRR抗病基因[含有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复(LRR)的胞内受体蛋白基因]NBS结构域蛋白质的保守序列,设计简并引物,对斑茅基因组进行体外扩增,获得了对应区段的DNA片段,回收、克隆这些特异片段,测序分析,共获得8个片... 根据已知NBS-LRR抗病基因[含有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复(LRR)的胞内受体蛋白基因]NBS结构域蛋白质的保守序列,设计简并引物,对斑茅基因组进行体外扩增,获得了对应区段的DNA片段,回收、克隆这些特异片段,测序分析,共获得8个片段序列。序列分析发现其中7个编号分别为RGA-Q1、RGA-Q2、RGA-Q3、RGA-Q4、RGA-Q5、RGA-Q6和RGA-Q7的片段推导的氨基酸序列均具有典型的NBS结构域,即P-loop(GGVGKTT)、Kinase-2a(VLDDVW)、Kinase-3a(GSR/KILVTTR)及疏水结构域HD(hydrophobic domain)。它们在NCBI上的登录号为EU685828、EU685829、EU685830、EU685831、EU685832、EU685833和EU685834。这些抗病基因同源片段(RGA)与已经克隆的N、L6、RPS2和Mi等11个抗病基因在氨基酸水平上的同源性为2.3%～39.8%,可进一步用作斑茅抗病候选基因的分子筛选及遗传图谱的构建。 展开更多

关键词 班茅 保守区域 抗病基因同源序列 简并引物

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水稻品种抗瘟性表型与抗病基因同源序列相似性关系 被引量：9

6

作者 刘二明 肖一龙 +3 位作者 易有金 庄杰云 郑康乐 罗峰 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期209-216,共8页

用6对RGA引物,即RGA1(XLRR for/XLRR rev)、RGA2(XLRR inv1/XLRR inv2)、RGA3(NLRR for/NL RR rev)、RGA4(NLRR inv1/NLRR inv2)、RGA5(Pto kin1/Pto kin2)和RGA6(Pto kin3/Pto kin4)对21个品种进行RGA PCR的DNA指纹分析。以相似系数0.7... 用6对RGA引物,即RGA1(XLRR for/XLRR rev)、RGA2(XLRR inv1/XLRR inv2)、RGA3(NLRR for/NL RR rev)、RGA4(NLRR inv1/NLRR inv2)、RGA5(Pto kin1/Pto kin2)和RGA6(Pto kin3/Pto kin4)对21个品种进行RGA PCR的DNA指纹分析。以相似系数0.72和田间叶瘟严重度阈值0.84分别聚类,21个水稻品种均可以分成5类。尽管类与类之间没有一一对应关系,但抗谱广、抗性稳定或具持久抗瘟性的品种,能较好地聚为一类,如湘资3150、IR156、株两优02、ZR02。在6对引物中,RGA1和RGA2来自于水稻抗白叶枯病基因Xa21含LRR结构,RGA3来自于烟草N基因含LRR结构,上述3对引物比较适宜用于水稻稻瘟病抗性基因遗传背景分析。 展开更多

关键词 抗病基因同源序列 水稻品种 相似性关系 DNA指纹分析 表型 持久抗瘟性 株两优02 抗白叶枯病 稻瘟病抗性 相似系数 对应关系 XA21 背景分析 基因遗传 for 引物 RGA 严重度 N基因 结构 叶瘟 田间 抗谱 烟草

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晚熟温州蜜柑NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及分析 被引量：5

7

作者 刘登全 王园秀 +3 位作者 崔朝宇 秦双林 欧阳慧 蒋军喜 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期83-89,共7页

为加深对柑橘黄龙病抗性机理的了解和为黄龙病抗性基因的克隆提供依据,根据已知植物抗病基因NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以柑橘黄龙病抗性品种＂晚熟温州蜜柑＂为供试材料,对其基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,结果共获得17... 为加深对柑橘黄龙病抗性机理的了解和为黄龙病抗性基因的克隆提供依据,根据已知植物抗病基因NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以柑橘黄龙病抗性品种＂晚熟温州蜜柑＂为供试材料,对其基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,结果共获得17条抗病基因同源序列（resistance gene analogs,RGAs）,其在NCBI中的登录号为KJ019189~KJ019199,KR815564~KR815569。序列分析表明,这17个RGAs与甜橙、柚等柑橘属中推测的一些抗病蛋白基因或其他相关蛋白基因具有显著高的同源性。其中一些RGAs与拟南芥抗霜霉病RPP13基因、柑橘抗衰退病毒基因Ctv或烟草抗TMV基因N具有51.7%~79.0%的氨基酸序列同源性。依据论文结果,笔者认为,晚熟温州蜜柑中存在较丰富的NBS-LRR类抗病基因,但具体哪些病基因与抗黄龙病相关尚需进一步研究。 展开更多

关键词 晚熟温州蜜柑 抗病基因同源序列 NBS-LRR 柑橘黄龙病

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棉花多抗品种中植棉KV-1抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：7

8

作者 赵磊 王升正 +2 位作者 齐放军 张文蔚 简桂良 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2009年第6期462-467,共6页

许多抗病基因都具有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复区(LRR)。根据已知的NBS-LRR类抗病基因的保守序列,分别设计一对简并引物和一对特异引物,用以扩增棉花基因组中的抗病基因同源序列。获得一条大小约500bp的扩增片段,克隆测序后得... 许多抗病基因都具有核苷酸结合位点(NBS)和富亮氨酸重复区(LRR)。根据已知的NBS-LRR类抗病基因的保守序列,分别设计一对简并引物和一对特异引物,用以扩增棉花基因组中的抗病基因同源序列。获得一条大小约500bp的扩增片段,克隆测序后得到10条NBS-LRR类RGAs。推导的氨基酸均具有抗病基因的P-loop(kinase-1a)、kinase-2、kinase-3a及GLPL区。同源性比较发现,其中1条属于TIR-NBS-LRR类,其余9条属于non-TIR-NBS-LRR类。1条TIR-NBS-LRR类RGAs与已克隆的N、L6、M等抗病基因的同源性为51%～60%,9条non-TIR-NBS-LRR类RGAs与已克隆的RPS5、RPR1、Xa1等抗病基因的同源性为51%～60%。这些抗病基因同源序列(RGAs)可作为分子标记筛选棉花的抗病候选基因。 展开更多

关键词 棉花 抗病基因同源序列 NBS-LRR

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黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析 被引量：5

9

作者 简桂良 赵磊 +2 位作者 张文蔚 齐放军 王升正 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2011年第6期490-499,共10页

根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化... 根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类。4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高。推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。 展开更多

关键词 棉花 抗病基因同源序列(RGA) 核苷酸结合位点(NBS) 生物信息学分析 多态性

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黑龙江水稻品种抗病基因同源序列聚类分析 被引量：8

10

作者 孙雁 王云月 +1 位作者 万瑞亭 朱有勇 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2001年第2期107-110,共4页

利用拟南芥RPS2基因和烟草N基因的NBS -LRR区域设计的S1和AS3两个引物对 2 4个黑龙江粳稻品种基因组DNA进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳。分析结果表明 :根据差异相似性 86 %为度可将供试品种划分为 3个类群。

关键词 水稻 抗病基因同源序列 聚类分析 品种 黑龙江

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甘薯NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆、分析及数目研究 被引量：7

11

作者 屈满义 查向东 +3 位作者 王钰 杨金环 蒋琳 阮龙 《热带作物学报》 CSCD 2008年第5期610-617,共8页

根据植物抗病基因保守序列设计特异引物,对甘薯高抗茎线虫病品种AB94078-1、感病品种徐18及其8个后代品系进行PCR扩增。获得15个具有完整氨基酸读码框的片段,均具有NBS类抗病蛋白4个保守基序,其中5个片段含LRR结构。利用从亲本AB94078-... 根据植物抗病基因保守序列设计特异引物,对甘薯高抗茎线虫病品种AB94078-1、感病品种徐18及其8个后代品系进行PCR扩增。获得15个具有完整氨基酸读码框的片段,均具有NBS类抗病蛋白4个保守基序,其中5个片段含LRR结构。利用从亲本AB94078-1扩增的R510-AB作为探针进行Southern杂交,结果表明,其在基因组中存在多个拷贝,并估计其在基因组中的拷贝数目,克隆新的甘薯RGA序列,为进一步获得甘薯抗病基因打下基础。 展开更多

关键词 甘薯 抗病基因同源序列 NBS-LRR SOUTHERN杂交

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斑茅cDNA中抗病基因同源序列的分离和表达特性分析(英文) 被引量：3

12

作者 阙友雄 许莉萍 +3 位作者 林剑伟 徐景升 张木清 陈如凯 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期2022-2028,共7页

植物抗病基因具有一些特定的保守结构域。本研究根据已知植物同源抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗近缘植物斑茅的cDNA中扩增出6条抗病基因同源序列,它们在NCBI上登录号分别为EU685835、EU685836、EU685837、EU685838、EU685... 植物抗病基因具有一些特定的保守结构域。本研究根据已知植物同源抗病基因(RGAs)保守序列设计简并引物,从甘蔗近缘植物斑茅的cDNA中扩增出6条抗病基因同源序列,它们在NCBI上登录号分别为EU685835、EU685836、EU685837、EU685838、EU685839和EU685840。序列分析表明,这些RGAs均含有典型的NBS-LRR类抗病基因保守结构域P-loop、kinase-2a、kinase-3a和疏水结构域(hydrophobicdomain,HD)。氨基酸序列的同源性比对表明,6条RGAs序列同11条参试的抗病基因之间的同源性为8.3%～93.0%,而6条RGAs之间的氨基酸序列同源为30.5%～45.6%。另外,本实验所克隆的6条斑茅抗病基因同源序列中,kinase-2(LLVLDDVW/D)最后一个氨基酸皆为色氨酸,推测所克隆的NBS-LRR类抗病基因都属于non-TIR-NBS-LRR类。定量PCR分析表明,6条斑茅抗病基因同源序列在根、茎和叶片中组成型表达,同时这些抗病基因同源序列的表达会受外源信号分子水杨酸和过氧化氢的上调作用,可能在斑茅的抗病性中具有一定的作用。 展开更多

关键词 斑茅 抗病基因同源序列 简并引物 定量PCR

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小麦STK类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：6

13

作者 张楠 王海燕 刘大群 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2010年第5期20-24,共5页

根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计简并引物,以TcLr19、TcLr35和感病对照Thatcher的cDNA为模板进行抗病基因同源序列的PCR扩增,得到了6条通读的抗病基因同源序列(RGAs)Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、L... 根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计简并引物,以TcLr19、TcLr35和感病对照Thatcher的cDNA为模板进行抗病基因同源序列的PCR扩增,得到了6条通读的抗病基因同源序列(RGAs)Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1、Lr35-RGA2和TC-RGA。在NCBI中用BLASTp比对发现,Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1和Lr35-RGA2编码的氨基酸序列具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Serine-thre-onine kinase,STK)的催化结构域Ⅱ-Ⅷ。对序列分析还发现,它们与已克隆的STK类抗病基因有不同程度的相似性,为进一步克隆小麦抗叶锈病相关基因提供了依据。 展开更多

关键词 小麦 叶锈 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(STK) 抗病基因同源序列(RGAs)

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南瓜NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：10

14

作者 高丽华 周以飞 +3 位作者 郑伟文 陈观水 宋亚娜 林捷 《长江蔬菜》 北大核心 2007年第8期40-43,共4页

依据已克隆植物抗病基因的保守氨基酸结构域合成相应简并引物,通过PCR扩增从南瓜基因组DNA中分离了8条南瓜抗病基因同源序列,通过对其编码的氨基酸序列分析表明这些RGAs均含有P-loop及GLPL等植物抗病基因中的保守结构域。经BLAST分析表... 依据已克隆植物抗病基因的保守氨基酸结构域合成相应简并引物,通过PCR扩增从南瓜基因组DNA中分离了8条南瓜抗病基因同源序列,通过对其编码的氨基酸序列分析表明这些RGAs均含有P-loop及GLPL等植物抗病基因中的保守结构域。经BLAST分析表明,分离的南瓜RGAs与已报道的甜瓜等植物的RGAs有较高的同源性。南瓜RGA的分离将为进一步从南瓜中分离功能性抗病基因打下基础,也为研究南瓜种质资源的起源与进化提供借鉴。 展开更多

关键词 南瓜 保守结构域 抗病基因同源序列

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三浅裂野牵牛NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析(英文) 被引量：3

15

作者 陈观水 潘大仁 +1 位作者 周以飞 高丽华 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1728-1734,共7页

NBS类植物抗病基因保守结构域的克隆为利用简并引物扩增抗病基因同源序列提供了可能。根据抗病基因Grol-4、Gpa2、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物，分离甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛NBS类型抗病基因同源序列，共获得6条相关序... NBS类植物抗病基因保守结构域的克隆为利用简并引物扩增抗病基因同源序列提供了可能。根据抗病基因Grol-4、Gpa2、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物，分离甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛NBS类型抗病基因同源序列，共获得6条相关序列，核苷酸序列的相似性为48％～97％，推测氨基酸序列的相似性在25．2％～95．1％之间。系统进化分析表明，6条三浅裂野牵牛RGA序列可分为2个不同的类群：TIR-NBS和non-TIR-NBS。三浅裂野牵牛RGA序列与源自甘薯的RGA序列有很高的相似性，这在一定程度上反映了三浅裂野牵牛与甘薯之间的亲缘关系。分离的6条RGA序列分别命名为ItRGA1～ItRGA6，GenBank登录号分别为DQ849027-DQ849032。 展开更多

关键词 三浅裂野牵牛 核苷酸结合位点(NBS) 亮氨酸重复 抗病基因同源序列(RGA)

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甘薯抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：7

16

作者 王钰 王荣富 何国浩 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期81-86,共6页

对根据紫花苜蓿（Medicago truncatula）NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化，筛选出6对简并引物，以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增，克隆甘薯抗病基因同源序列（RGA）。结果克隆出342个不同的甘薯RGA，这342个甘薯RGA... 对根据紫花苜蓿（Medicago truncatula）NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化，筛选出6对简并引物，以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增，克隆甘薯抗病基因同源序列（RGA）。结果克隆出342个不同的甘薯RGA，这342个甘薯RGA和已知的抗病基因历、N、RGCl等具有高度同源性（Evalue〈e×10^-20）。根据抗病基因同源序列的相似性，利用Cluxtalw软件将其分为22个不同的类群。这些甘薯的抗病基因同源序列已提交GenBank（编号：DQ903322至DQ903664）。在342个甘薯RGA中，除7个是TIR外，其余属于DOD—TIR类型。用Blastx和DNAman软件对342个甘薯RGA进行列队比较，发现有9个含有抗线虫病RGC1序列的RGA，它们与RGC1的同源件为50％～100％． 展开更多

关键词 甘薯 简并引物 抗病基因同源序列(RGA) 克隆

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水稻抗病基因同源序列与抗瘟性的关系 被引量：2

17

作者 陈于敏 范成明 +1 位作者 杨妍 何月秋 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期183-189,共7页

利用11对抗病基因同源序列(RGA)引物扩增43个水稻品种的DNA片段和接种33个稻瘟菌株测定它们的抗病性。结果表明,抗病性聚类结果与DNA扩增条带聚类结果基本一致,两者相关系数达0.6117(α=0.01),即利用RGA分析品种的抗病性具有很好的代表... 利用11对抗病基因同源序列(RGA)引物扩增43个水稻品种的DNA片段和接种33个稻瘟菌株测定它们的抗病性。结果表明,抗病性聚类结果与DNA扩增条带聚类结果基本一致,两者相关系数达0.6117(α=0.01),即利用RGA分析品种的抗病性具有很好的代表性,但相关性在引物间不同,从0.1701到0.5305。结合多态性分析,5对引物S1/AS3、S1INV/S2 INV、XLRR For/XLRR Rev、Pto-Kin 1 IN/Pto-Kin 2 IN、NLRR For/NLRR Rev可用于水稻品种的抗稻瘟病性分析,它们扩增的DNA条带数据与抗瘟性间达极显著相关。此外,除高感品种丽江新团黑谷和CO39两个品种未被聚类到不同的亚种外,RGA扩增的DNA条带还能区分水稻的籼粳亚种类型。 展开更多

关键词 水稻 抗病基因同源序列 抗瘟性 相关性

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芝麻NBS-LRR类抗病基因同源序列的分离与分析 被引量：2

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作者 高树广 刘红彦 +2 位作者 王俊美 倪云霞 田保明 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2011年第9期81-85,共5页

分离和分析芝麻抗、感茎点枯病材料的抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),可以为芝麻抗茎点枯病相关基因的克隆奠定基础。根据已知植物抗病基因的NBS-LRR类保守结构域,合成了1对简并引物和2对特异引物,对6个抗茎点枯病芝... 分离和分析芝麻抗、感茎点枯病材料的抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),可以为芝麻抗茎点枯病相关基因的克隆奠定基础。根据已知植物抗病基因的NBS-LRR类保守结构域,合成了1对简并引物和2对特异引物,对6个抗茎点枯病芝麻品种中的抗病基因进行扩增,结果得到11条抗病基因同源序列。BLAST X分析发现,获得的11条RGAs与已知的RGAs有较高的相似性,氨基酸相似性为42%～57%。聚类分析将其分成5个亚类,均属于non-TIR-NBS-LRR类抗病基因。其氨基酸序列都不同程度地含有NBS保守区的典型特征基序,其中P-loop-GLPL区域氨基酸序列与已知抗病基因对应区域的相似性为18.2%～49.7%。 展开更多

关键词 芝麻 茎点枯病 NBS—LRR 抗病基因同源序列

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甘薯近缘野生种抗病基因同源序列的分离与鉴定 被引量：3

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作者 王连军 贾礼聪 +2 位作者 苏文瑾 雷剑 杨新笋 《湖北农业科学》 北大核心 2013年第11期2680-2683,共4页

根据植物NBS-LRR类抗病基因同源序列(RGA)的保守区域设计简并引物,从甘薯近缘野生种Ipomoea grandifolia中扩增NBS-LRR类RGA,得到7条NBS-LRR类RGA,其编码的氨基酸序列包含NBS-LRR类RGA所具有的保守的P-loop、Kinase-2和Kinase-3及GLPL... 根据植物NBS-LRR类抗病基因同源序列(RGA)的保守区域设计简并引物,从甘薯近缘野生种Ipomoea grandifolia中扩增NBS-LRR类RGA,得到7条NBS-LRR类RGA,其编码的氨基酸序列包含NBS-LRR类RGA所具有的保守的P-loop、Kinase-2和Kinase-3及GLPL区。用DNAMAN软件对7个I.grandifolia NBS-LRR类RGA及10个已知物种的NBS-LRR类RGA氨基酸序列进行聚类分析,发现其聚为两类,两类之间的相似性较低,推测各类中相似性较高的序列分别属于同一个基因家族。 展开更多

关键词 IPOMOEA grandifolia NBS-LRR 抗病基因同源序列(RGA)

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中国水仙STK类抗病基因同源序列的克隆与分析 被引量：4

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作者 吴菁华 吴少华 杨超 《热带作物学报》 CSCD 2011年第5期866-869,共4页

根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类(serine-threonine kinase,STK)抗病基因结构中的保守结构域设计简并引物,以中国水仙的基因组DNA为模板,扩增获得4条STK类抗病基因同源序列。同源性分析表明,其均具有STK保守结构域,与已经克隆的Xa21、Pto、... 根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类(serine-threonine kinase,STK)抗病基因结构中的保守结构域设计简并引物,以中国水仙的基因组DNA为模板,扩增获得4条STK类抗病基因同源序列。同源性分析表明,其均具有STK保守结构域,与已经克隆的Xa21、Pto、Lr10、Lectin等基因在氨基酸水平上的同源性为38.3%～68%。系统进化树分析表明,它们可能是抗病基因的同源序列,这为进一步克隆中国水仙中STK类抗病基因提供依据。 展开更多

关键词 中国水仙 丝氨酸 苏氨酸蛋白激酶(STK) 抗病基因同源序列

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