“抗生素生物合成”专辑特邀主编简介

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《中国抗生素杂志》 北大核心 2025年第9期I0002-I0002,共1页

林芝,上海交通大学生命科学技术学院副研究员。2008-2012年就读于四川大学,获学士学位,2012-2017年就读于中国科学院上海有机化学研究所,获博士学位,2017-2020年在上海交通大学生命科学技术学院进行博士后研究,2020年加入该学院工作至... 林芝,上海交通大学生命科学技术学院副研究员。2008-2012年就读于四川大学,获学士学位,2012-2017年就读于中国科学院上海有机化学研究所,获博士学位,2017-2020年在上海交通大学生命科学技术学院进行博士后研究,2020年加入该学院工作至今。研究方向聚焦于“高值活性天然产物的合成生物学创制”,主要通过酶学、遗传学以及结构生物学等综合手段,阐明重要生物碱和甾体等骨架结构的新颖生物合成机制;基于生物合成机制,利用酶工程和代谢工程手段改造优化天然产物的生物合成元件及途径,实现重要天然活性化合物和药物的高效合成。先后在PNAS,JACS,Angew,NPR等主流刊物发表论文18篇,申请专利8项,转化1项,获上海市东方英才计划(青年),国家自然科学基金面上项目、青年科学基金项目等多个项目资助,参与科技部重点专项、医工交叉等多个项目。 展开更多

关键词 生物合成机制 抗生素生物合成 遗传学 结构生物学

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“抗生素生物合成”专辑特邀主编简介

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《中国抗生素杂志》 北大核心 2025年第5期I0002-I0002,共1页

“抗生素生物合成”专辑特邀主编简介林芝,上海交通大学生命科学技术学院副研究员。2008-2012年就读于四川大学,获学士学位,2012-2017年就读于中国科学院上海有机化学研究所,获博士学位,2017-2020年在上海交通大学生命科学技术学院进行... “抗生素生物合成”专辑特邀主编简介林芝,上海交通大学生命科学技术学院副研究员。2008-2012年就读于四川大学,获学士学位,2012-2017年就读于中国科学院上海有机化学研究所,获博士学位,2017-2020年在上海交通大学生命科学技术学院进行博士后研究,2020年加入该学院工作至今。研究方向聚焦于“高值活性天然产物的合成生物学创制”,主要通过酶学、遗传学以及结构生物学等综合手段,阐明重要生物碱和甾体等骨架结构的新颖生物合成机制;基于生物合成机制,利用酶工程和代谢工程手段改造优化天然产物的生物合成元件及途径,实现重要天然活性化合物和药物的高效合成。 展开更多

关键词 酶学 抗生素生物合成 高值活性天然产物

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1株罗汉杉内生放线菌的鉴定、活性分析及抗生素生物合成基因的筛查 被引量：9

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作者 郭泽经 冯治翔 +4 位作者 吴华动 何艳 叶仁元 褚以文 田永强 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2011年第6期23-28,共6页

对1株从罗汉杉分离的内生放线菌LCB-0297进行系统学鉴定,在ISP3培养基上其气生菌丝灰烬色,有粉褐色可溶性色素,电镜观察孢子丝呈螺旋状,孢子椭球形表面多刺,通过其形态、生理生化特征初步确定为链霉菌。16S rRNA基因序列分析显示,放线菌... 对1株从罗汉杉分离的内生放线菌LCB-0297进行系统学鉴定,在ISP3培养基上其气生菌丝灰烬色,有粉褐色可溶性色素,电镜观察孢子丝呈螺旋状,孢子椭球形表面多刺,通过其形态、生理生化特征初步确定为链霉菌。16S rRNA基因序列分析显示,放线菌LCB-0297与Streptomyces lanatus NBRC 12787(T)最为相似,相似性为98.531%,但在N-J树上仍在较远的2个分支上,确定为Streptomyces sp.。通过滤纸片法、SRB法进行抑菌、细胞毒活性检测,显示出较强的抑菌及抗癌活性。用PCR的方法对其多种抗生素生物合成基因进行筛查,该菌株含有Ⅰ型聚酮合成酶(PKS-Ⅰ)、非核糖体多肽合成酶(NRPS)、Ⅱ型聚酮合成酶(PKS-Ⅱ)的基因,含有多种潜在的抗生素合成基因。 展开更多

关键词 内生放线菌 鉴定 16S RRNA 抗生素生物合成基因

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链霉菌抗生素生物合成的基因调控 被引量：2

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作者 黄敏红 刘田甜 +1 位作者 陆群 田永强 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期392-398,共7页

链霉菌中抗生素生物合成受到许多调控基因的调控,它们通过途径特异性调控方式、全局性调控以及双组分调控方式对基因表达进行调控。概述这些调控基因将有利于改良抗生素生产菌株及新型抗生素的研究,并为改造链霉菌抗生素生物合成相关基... 链霉菌中抗生素生物合成受到许多调控基因的调控,它们通过途径特异性调控方式、全局性调控以及双组分调控方式对基因表达进行调控。概述这些调控基因将有利于改良抗生素生产菌株及新型抗生素的研究,并为改造链霉菌抗生素生物合成相关基因、提高产量提供理论依据。本文归纳了国内外链霉菌抗生素生物合成基因簇各调控基因及其研究进展。 展开更多

关键词 链霉菌 次级代谢产物 抗生素生物合成基因簇 调控基因

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近十年(2014-2024)海洋放线菌源抗感染抗生素的发现及其生物合成研究进展

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作者 陈泽平 周镇槟 +4 位作者 李小华 王一迪 蔡鲜花 鞠建华 马俊英 《中国抗生素杂志》 北大核心 2025年第9期987-1037,共51页

日益严峻的抗生素耐药性问题已成为全球公共卫生安全的重大威胁,亟需开发具有新型骨架和/或新作用机制的治疗药物,以应对由耐药性细菌、真菌、寄生虫及病毒等病原体引发的感染。此外,新型抗生素的开发仍然高度依赖于新天然产物的发现。... 日益严峻的抗生素耐药性问题已成为全球公共卫生安全的重大威胁,亟需开发具有新型骨架和/或新作用机制的治疗药物,以应对由耐药性细菌、真菌、寄生虫及病毒等病原体引发的感染。此外,新型抗生素的开发仍然高度依赖于新天然产物的发现。放线菌因其在新结构或新功能天然产物生产中的多能性,贡献了临床上使用抗生素数量的2/3多,而且其仍然是新型抗生素的重要来源。在这个多能的放线菌类群中,海洋放线菌因其能够合成结构新颖、活性多样且强效的次级代谢产物,是尤其值得重点关注的一类微生物资源。本文对发表于2014—2024年间具有显著抗感染活性(MIC≤10μg/mL)的海洋放线菌源次级代谢产物进行了系统的整理和归纳,这期间共发表具有显著抗感染活性的分子200个,其中抗细菌分子154个(抗革兰阳性、革兰阴性菌和结核分枝杆菌的分别是109、31和35个)、抗真菌分子27个、抗病毒分子3个和抗寄生虫分子29个。多学科技术的发展进步为次级代谢产物生物合成机制的揭示和具有应用价值的生物合成酶功能表征创造了条件。目前在这些分子中已经开展或完成生物合成研究的分子有62个(31个聚酮、8个非核糖体肽、10个聚酮-聚肽杂合分子、7个生物碱、2个RiPPs、2个萜类、1个核苷和1个长链双环磷酸酯),基于化合物的结构类型对其中的聚酮、聚肽、生物碱、杂萜类和核苷类等代表活性分子的生物合成进展进行了综述,以期为其他分子的生物合成机制解析提供思路借鉴或参考。最后探讨了快速发展的海洋放线菌天然产物研究领域所面临的挑战和未来的发展方向。这一系统分析将为人们了解海洋放线菌源抗生素的发现现状及其对解决全球抗生素抗性危机的意义提供新见解。 展开更多

关键词 海洋放线菌 抗感染 抗生素发现 抗生素生物合成

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聚酮合酶模块中酮合成酶的研究进展

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作者 薛永常 亚克布江·艾尼娃尔 +2 位作者 许佳 黄琪康 刘长斌 《中国抗生素杂志》 北大核心 2025年第7期729-739,共11页

酮合成酶(ketosynthase,KS)是聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)复合酶重要一员,能催化酰基辅酶A衍生物加载到酰基载体蛋白(acyl carrier protein,ACP)的磷酸泛酰巯基乙炔(phosphopantetheine,Ppant)链上进行脱羧缩合反应,实现聚酮链... 酮合成酶(ketosynthase,KS)是聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)复合酶重要一员,能催化酰基辅酶A衍生物加载到酰基载体蛋白(acyl carrier protein,ACP)的磷酸泛酰巯基乙炔(phosphopantetheine,Ppant)链上进行脱羧缩合反应,实现聚酮链的延伸,在聚酮化合物生物合成起着重要的作用。本文通过对KS的结构功能、KS与其他结构域的相互作用及在抗生素生物合成的应用等进行了综述,为研究KS结构域的功能和调控机制、提高聚酮化合物产量和开发新型聚酮抗生素提供理论基础。 展开更多

关键词 酮合成酶 聚酮化合物 抗生素生物合成 结构域改造

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一株缬草根际稀有放线菌的分离鉴定及其天然产物生物合成基因的筛查

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作者 安晓英 马怡茗 +3 位作者 刘香香 周童娜 颜华 贾良辉 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1080-1086,共7页

采用梯度稀释涂布平板法分离缬草根际土壤中的放线菌,从高氏一号培养基上分离得到1株放线菌BJA-103,对该菌形态特征、培养特征、生理生化特征及16SrDNA基因序列进行鉴定,并用简并PCR方法对其多种天然产物生物合成关键酶基因进行筛查。... 采用梯度稀释涂布平板法分离缬草根际土壤中的放线菌,从高氏一号培养基上分离得到1株放线菌BJA-103,对该菌形态特征、培养特征、生理生化特征及16SrDNA基因序列进行鉴定,并用简并PCR方法对其多种天然产物生物合成关键酶基因进行筛查。经分类鉴定,初步确定BJA-103为Amycolatopsis coloradensis的一个菌株;PCR筛查结果显示,该菌株含有非核糖体肽合酶(NRPS)、Ⅰ型聚酮合酶(PKS-Ⅰ)、Ⅱ型聚酮合酶(PKS-Ⅱ)以及糖肽类抗生素合成关键酶P450单加氧酶的基因。 展开更多

关键词 稀有放线菌 分类鉴定 16S RDNA 抗生素生物合成基因

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特邀主编点评

8

作者 刘文 《中国抗生素杂志》 北大核心 2025年第9期F0002-F0002,I0001,共2页

在当今全球公共卫生领域,抗生素耐药问题日益严峻,给感染病的治疗带来了巨大挑战。抗生素作为人类对抗病原微生物的重要武器,其生物合成研究不仅具有重要的科学价值,更是解决临床耐药问题的关键所在。为此,《中国抗生素杂志》推出“抗... 在当今全球公共卫生领域,抗生素耐药问题日益严峻,给感染病的治疗带来了巨大挑战。抗生素作为人类对抗病原微生物的重要武器,其生物合成研究不仅具有重要的科学价值,更是解决临床耐药问题的关键所在。为此,《中国抗生素杂志》推出“抗生素生物合成”专辑,旨在集中展示近年来该领域的前沿研究成果,推动抗生素生物合成研究的进一步发展。承蒙杂志社厚爱,邀请我和林芝教授来主编这一专辑,自筹备到出版近一年时间里,本专辑得到了国内同行的大力支持和帮助。在此,我们衷心感谢所有投稿作者的辛勤付出,感谢审稿专家的严谨评审,也感谢杂志社编辑部的大力支持,使本专辑得以呈现在读者面前。 展开更多

关键词 抗生素生物合成 前沿研究成果 抗生素耐药 临床耐药

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特邀主编点评

9

作者 刘文 《中国抗生素杂志》 北大核心 2025年第5期F0002-F0002,I0001,共2页

在当今全球公共卫生领域,抗生素耐药问题日益严峻,给感染病的治疗带来了巨大挑战。抗生素作为人类对抗病原微生物的重要武器,其生物合成研究不仅具有重要的科学价值,更是解决临床耐药问题的关键所在。为此,《中国抗生素杂志》推出“抗... 在当今全球公共卫生领域,抗生素耐药问题日益严峻,给感染病的治疗带来了巨大挑战。抗生素作为人类对抗病原微生物的重要武器,其生物合成研究不仅具有重要的科学价值,更是解决临床耐药问题的关键所在。为此,《中国抗生素杂志》推出“抗生素生物合成”专辑,旨在集中展示近年来该领域的前沿研究成果,推动抗生素生物合成研究的进一步发展。承蒙杂志社厚爱,邀请我和林芝教授来主编这一专辑,自筹备到出版近一年时间里,本专辑得到了国内同行的大力支持和帮助。 展开更多

关键词 抗生素生物合成 抗生素耐药 感染病治疗

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角果木树皮来源放线菌多样性及生物活性初探 被引量：5

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作者 李菲 李喆 +2 位作者 黄媛林 潘信利 黄庶识 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期845-853,共9页

勘探红树植物角果木树皮来源放线菌多样性,挖掘具有高效广谱抗农用真菌、高产多种功能酶和一定耐药性的放线菌,为开发农用生防菌肥提供参考依据。应用可培养技术和16S rRNA基因序列的系统发育分析研究红树植物角果木中可培养放线菌的多... 勘探红树植物角果木树皮来源放线菌多样性,挖掘具有高效广谱抗农用真菌、高产多种功能酶和一定耐药性的放线菌,为开发农用生防菌肥提供参考依据。应用可培养技术和16S rRNA基因序列的系统发育分析研究红树植物角果木中可培养放线菌的多样性,并对其进行抑制植物病原菌、功能酶活性及其基因组DNA的聚酮合酶(PKS)基因与非核糖体肽合成酶(NRPS)基因筛选;同时对抑菌活性菌株开展有机磷农药耐受试验。结果表明,从角果木树皮中共分离到30种放线菌,隶属于10科12属;从中筛选出10株放线菌在至少1个抗菌活性检测中显示阳性,且对多种有机磷农药均表现出一定的耐受性;此外,其中24株放线菌具有至少一种功能酶活性,及18株放线菌的基因组DNA扩增出抗生素生物合成基因。综上所述,海南东寨港红树林保护区内红树植物角果木树皮来源放线菌具有丰富的物种多样性和多种显著的生物活性。 展开更多

关键词 角果木 放线菌 多样性 生物活性 抗生素生物合成基因

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变铅青链霉菌高效异源表达宿主SBT5的构建 被引量：5

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作者 白亭丽 俞燕飞 +1 位作者 徐钟 陶美凤 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期1-6,共6页

以变铅青链霉菌TK24为出发菌株,依次敲除钙依赖抗生素(CDA)、放线紫红素(ACT)和十一烷基灵菌红素(RED)这3个内源抗生素的生物合成基因簇,同时在钙依赖抗生素基因簇原位整合了来自棒状链霉菌的全局性调控基因afsRScla,构建得到变铅青链... 以变铅青链霉菌TK24为出发菌株,依次敲除钙依赖抗生素(CDA)、放线紫红素(ACT)和十一烷基灵菌红素(RED)这3个内源抗生素的生物合成基因簇,同时在钙依赖抗生素基因簇原位整合了来自棒状链霉菌的全局性调控基因afsRScla,构建得到变铅青链霉菌菌株SBT5。将来自天蓝色链霉菌的放线紫红素生物合成基因簇导入SBT5中,接合子产生大量蓝色的放线紫红素,而出发菌株TK24只产微量蓝色抗生素;SBT5接合子的ACT产量也显著高于导入了额外act基因簇拷贝的出发菌株接合子。SBT5菌株次级代谢背景清晰,不产色素类抗生素和抗细菌抗生素,可作为高效宿主用于次级代谢产物基因簇的异源表达和筛选。 展开更多

关键词 变铅青链霉菌 异源表达宿主 次级代谢产物 抗生素生物合成基因簇 基因敲除 “砖RSm

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茅尾海桐花树根际土壤来源几丁质降解菌株多样性及抗植物真菌活性的研究 被引量：2

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作者 王巧贞 李锋 +7 位作者 易淑琼 杨玲 潘信利 黄媛林 李喆 李菲 廖思明 黄庶识 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期453-462,共10页

目的以胶体几丁质为唯一碳源的培养基,从广西茅尾海红树林桐花树根际土壤中分离几丁质降解菌株,并应用复筛培养基筛选产几丁质酶菌株,结合平板对峙法挖掘能高效抑制植物病原真菌生长的活性菌株,为红树林来源微生物农用生物防治药物的研... 目的以胶体几丁质为唯一碳源的培养基,从广西茅尾海红树林桐花树根际土壤中分离几丁质降解菌株,并应用复筛培养基筛选产几丁质酶菌株,结合平板对峙法挖掘能高效抑制植物病原真菌生长的活性菌株,为红树林来源微生物农用生物防治药物的研发奠定基础。方法采用平板稀释涂布法和划线法分离纯化菌株,并应用复筛培养基通过透明圈观察法检测菌株几丁质酶活;采用Chelex-100法提取菌株基因组DNA,通过PCR扩增菌株的16S rRNA基因序列,上传至EzBioCloud数据库进行在线比对;采用平板对峙法筛选抗植物病原真菌的活性菌株;采用PKS和NRPS基因的扩增引物分别检测基因组聚酮合酶基因与非核糖体肽合成酶基因。结果从桐花树根际土壤中分离获得28株几丁质降解菌,隶属于10目10科17属;其中5株几丁质降解菌对4种植物病原真菌均显示出抑菌活性,抑菌活性阳性率为17.86%;并在17株几丁质降解菌中检测到抗生素生物合成基因。结论广西茅尾海红树林桐花树根际土壤来源的细菌及放线菌是重要的几丁质酶菌种资源,它们在抗植物病原真菌方面表现出良好的应用潜力,在新型绿色海洋生物农药、新颖结构海洋药物及其他高赋值产品开发和利用方面具有应用前景。 展开更多

关键词 桐花树根际土壤 几丁质降解菌 多样性 抗菌活性 抗生素生物合成基因

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