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不同抗流能力大黄鱼(Larimichthys crocea)肌肉转录组学差异分析
被引量：
3
1
作者
张静静
王亚冰
+2 位作者
王倩
韩多彩
彭士明
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期1507-1516,共10页
为揭示不同抗流能力的大黄鱼(Larimichthys crocea)肌肉基因表达水平的变化,筛选抗流相关基因,解析大黄鱼抗流性状形成的分子基础,收集福建福鼎沙埕湾主养区1000尾大黄鱼,在设计制作的抗流实验水槽中,以流速1.0m/s为筛选条件,将抗流时间...
为揭示不同抗流能力的大黄鱼(Larimichthys crocea)肌肉基因表达水平的变化,筛选抗流相关基因,解析大黄鱼抗流性状形成的分子基础,收集福建福鼎沙埕湾主养区1000尾大黄鱼,在设计制作的抗流实验水槽中,以流速1.0m/s为筛选条件,将抗流时间>30 min的大黄鱼归为抗流组(HM组),抗流时间<5 min的大黄鱼归为非抗流组(SM组),对其肌肉进行转录组分析,并统计抗流分组后48 h内大黄鱼的累计死亡率。转录组结果显示,HM组与SM组文库共富集到1806个差异表达基因(DEGs),其中1090个上调,716个下调。GO功能注释发现显著富集的条目主要集中在肌肉收缩相关功能,KEGG富集分析发现上调的DEGs主要富集在心肌收缩、氧化磷酸化、黏着斑、ECM-受体相互作用、AGE-RAGE、MAPK、心肌细胞中的肾上腺素能等相关通路;下调的DEGs主要富集在真核生物核糖体的发生、蛋白酶体、内质网中的蛋白加工、RNA转运、泛素介导的蛋白水解信号通路等。此外,RT-qPCR结果表明,随机选取的DEGs与RNA-seq结果的表达趋势一致。48h的累计死亡率结果显示,SM组大黄鱼的死亡率显著高于HM组(P<0.05)。得出结论认为,抗流能力强的大黄鱼可能通过改变细胞内能量代谢及肌肉收缩的方式来提高机体应对水流的能力,且在较强水流刺激后能够获得较高的成活率,这为后续培育适宜深远海养殖的大黄鱼抗流新品种提供了理论依据。
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关键词
大黄鱼
抗流性状
转录组
差异表达基因
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题名
不同抗流能力大黄鱼(Larimichthys crocea)肌肉转录组学差异分析
被引量：
3
1
作者
张静静
王亚冰
王倩
韩多彩
彭士明
机构
中国水产科学研究院东海水产研究所
中国农业科学院研究生院
出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期1507-1516,共10页
基金
中国水产科学研究院基本科研业务费,2020XT1001号
中国水产科学研究院东海水产研究所基本科研业务费,2021Z01号
财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系,CARS-47号。
文摘
为揭示不同抗流能力的大黄鱼(Larimichthys crocea)肌肉基因表达水平的变化,筛选抗流相关基因,解析大黄鱼抗流性状形成的分子基础,收集福建福鼎沙埕湾主养区1000尾大黄鱼,在设计制作的抗流实验水槽中,以流速1.0m/s为筛选条件,将抗流时间>30 min的大黄鱼归为抗流组(HM组),抗流时间<5 min的大黄鱼归为非抗流组(SM组),对其肌肉进行转录组分析,并统计抗流分组后48 h内大黄鱼的累计死亡率。转录组结果显示,HM组与SM组文库共富集到1806个差异表达基因(DEGs),其中1090个上调,716个下调。GO功能注释发现显著富集的条目主要集中在肌肉收缩相关功能,KEGG富集分析发现上调的DEGs主要富集在心肌收缩、氧化磷酸化、黏着斑、ECM-受体相互作用、AGE-RAGE、MAPK、心肌细胞中的肾上腺素能等相关通路;下调的DEGs主要富集在真核生物核糖体的发生、蛋白酶体、内质网中的蛋白加工、RNA转运、泛素介导的蛋白水解信号通路等。此外,RT-qPCR结果表明,随机选取的DEGs与RNA-seq结果的表达趋势一致。48h的累计死亡率结果显示,SM组大黄鱼的死亡率显著高于HM组(P<0.05)。得出结论认为,抗流能力强的大黄鱼可能通过改变细胞内能量代谢及肌肉收缩的方式来提高机体应对水流的能力,且在较强水流刺激后能够获得较高的成活率,这为后续培育适宜深远海养殖的大黄鱼抗流新品种提供了理论依据。
关键词
大黄鱼
抗流性状
转录组
差异表达基因
Keywords
Larimichthys crocea
flow-resistance trait
transcriptome
differential expression genes
分类号
S965.3 [农业科学—水产养殖]
Q953 [生物学—动物学]
Q789 [生物学—分子生物学]
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不同抗流能力大黄鱼(Larimichthys crocea)肌肉转录组学差异分析
张静静
王亚冰
王倩
韩多彩
彭士明
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2023
3
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