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虾源肌球蛋白抗原表位的计算机辅助计算
1
作者
时月明
张哲
+1 位作者
刘剑兰
刘明皓
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2024年第5期1267-1273,共7页
利用在线软件和线下软件对来源于刀额新对虾(Metapenaeus ensis)的过敏原Met e1的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位进行预测、筛选以及辅助计算.首先,通过uniprot蛋白数据库获取Met e1蛋白质氨基酸序列;其次,用ExPASY ProtParam, SignalP-5...
利用在线软件和线下软件对来源于刀额新对虾(Metapenaeus ensis)的过敏原Met e1的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位进行预测、筛选以及辅助计算.首先,通过uniprot蛋白数据库获取Met e1蛋白质氨基酸序列;其次,用ExPASY ProtParam, SignalP-5.0 Server和TMHMM Server v.2.0在线工具对Met e1的理化性质、信号肽与跨膜区域进行分析,用PSIPRED在线工具、 SOPMA在线工具和DNAstar软件联合预测计算Met e1二级结构,用Swiss model在线软件预测计算Met e1三级结构;再次,用DNAStar线下软件和IEDB在线软件综合预测计算线性B细胞表位,用IEDB在线软件预测计算CD4+T细胞表位和CD8+T细胞表位;最后将所得结果进行B细胞表位和T细胞表的筛选.结果表明:Met e1蛋白的B细胞表位为15~28, 45~49, 92~95, 125~130, 150~153, 255~258位氨基酸;T细胞表位为78~84, 223~232位氨基酸.
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关键词
Met
e1蛋白质
B细胞
表
位
T细胞
表
位
抗原表位筛选
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职称材料
新型冠状病毒相关TMPRSS2蛋白结构特征和抗原表位分析
被引量：
5
2
作者
戴姿薇
唐标
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2021年第1期58-68,共11页
采用生物信息学方法分析预测新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)跨膜蛋白酶丝氨酸2(transmembrane protease serine 2,TMPRSS2)的理化特性、结构特征和抗原表位,为抗SARS-CoV-2药物研发提供参...
采用生物信息学方法分析预测新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)跨膜蛋白酶丝氨酸2(transmembrane protease serine 2,TMPRSS2)的理化特性、结构特征和抗原表位,为抗SARS-CoV-2药物研发提供参考。利用ProtParam、ProtScale分析预测TMPRSS2蛋白酶的理化特性;利用COILS Server、SignalP、TMPred、TargetP Server、NetPhos Server、NetNGlyc Server服务器对TMPRSS2蛋白酶结构进行功能结构的分析预测;利用SOPMA、Pfam、SWISS MODEL分析预测TMPRSS2蛋白酶高级结构;利用IEBD分析预测TMPRSS2蛋白酶B细胞、T细胞表位。TMPRSS2蛋白酶氨基酸组成数为492个,其中丝氨酸占比最高;亲水性较高,含10个跨膜螺旋区;具有4个磷酸化位点,3个糖基化修饰点;二级结构中无规则卷曲占据主导地位,三级结构能与已知的5ce.1.1.A(SMTL ID)模型同源建模;存在13个潜在的B细胞表位,12个得分较高的T细胞表位。
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关键词
新型冠状病毒(Severe
acute
respiratory
syndrome
coronavirus
2
SARS-CoV-2)
跨膜蛋白酶丝氨酸2(transmembrane
protease
serine
2
TMPRSS2)
生物信息学
序列分析
抗原表位筛选
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职称材料
题名
虾源肌球蛋白抗原表位的计算机辅助计算
1
作者
时月明
张哲
刘剑兰
刘明皓
机构
中国医科大学附属第四医院
中国医科大学医学人文学院
吉林大学生命科学学院
出处
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2024年第5期1267-1273,共7页
基金
吉林省科技发展计划项目(批准号:20230204044YY)。
文摘
利用在线软件和线下软件对来源于刀额新对虾(Metapenaeus ensis)的过敏原Met e1的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位进行预测、筛选以及辅助计算.首先,通过uniprot蛋白数据库获取Met e1蛋白质氨基酸序列;其次,用ExPASY ProtParam, SignalP-5.0 Server和TMHMM Server v.2.0在线工具对Met e1的理化性质、信号肽与跨膜区域进行分析,用PSIPRED在线工具、 SOPMA在线工具和DNAstar软件联合预测计算Met e1二级结构,用Swiss model在线软件预测计算Met e1三级结构;再次,用DNAStar线下软件和IEDB在线软件综合预测计算线性B细胞表位,用IEDB在线软件预测计算CD4+T细胞表位和CD8+T细胞表位;最后将所得结果进行B细胞表位和T细胞表的筛选.结果表明:Met e1蛋白的B细胞表位为15~28, 45~49, 92~95, 125~130, 150~153, 255~258位氨基酸;T细胞表位为78~84, 223~232位氨基酸.
关键词
Met
e1蛋白质
B细胞
表
位
T细胞
表
位
抗原表位筛选
Keywords
Met e1 protein
B-cell epitope
T-cell epitope
antigen epitope screening
分类号
R392 [医药卫生—免疫学]
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职称材料
题名
新型冠状病毒相关TMPRSS2蛋白结构特征和抗原表位分析
被引量：
5
2
作者
戴姿薇
唐标
机构
湖南中医药大学医学院
出处
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2021年第1期58-68,共11页
基金
2019年湖南省教育厅科学研究项目优秀青年项目(19B436)
2019年度湖南省大学生创新创业训练计划项目(S202010541032)。
文摘
采用生物信息学方法分析预测新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)跨膜蛋白酶丝氨酸2(transmembrane protease serine 2,TMPRSS2)的理化特性、结构特征和抗原表位,为抗SARS-CoV-2药物研发提供参考。利用ProtParam、ProtScale分析预测TMPRSS2蛋白酶的理化特性;利用COILS Server、SignalP、TMPred、TargetP Server、NetPhos Server、NetNGlyc Server服务器对TMPRSS2蛋白酶结构进行功能结构的分析预测;利用SOPMA、Pfam、SWISS MODEL分析预测TMPRSS2蛋白酶高级结构;利用IEBD分析预测TMPRSS2蛋白酶B细胞、T细胞表位。TMPRSS2蛋白酶氨基酸组成数为492个,其中丝氨酸占比最高;亲水性较高,含10个跨膜螺旋区;具有4个磷酸化位点,3个糖基化修饰点;二级结构中无规则卷曲占据主导地位,三级结构能与已知的5ce.1.1.A(SMTL ID)模型同源建模;存在13个潜在的B细胞表位,12个得分较高的T细胞表位。
关键词
新型冠状病毒(Severe
acute
respiratory
syndrome
coronavirus
2
SARS-CoV-2)
跨膜蛋白酶丝氨酸2(transmembrane
protease
serine
2
TMPRSS2)
生物信息学
序列分析
抗原表位筛选
Keywords
SARS-CoV-2
transmembrane
protease serine 2(TMPRSS2)
bioinformatics
sequencing analysis
antigen epitope screening
分类号
Q939.93 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
虾源肌球蛋白抗原表位的计算机辅助计算
时月明
张哲
刘剑兰
刘明皓
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
新型冠状病毒相关TMPRSS2蛋白结构特征和抗原表位分析
戴姿薇
唐标
《微生物学杂志》
CAS
CSCD
2021
5
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职称材料
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