基于核糖体DNA大亚基片断序列探讨中国东海海域赤潮原甲藻的分子分类 被引量：11

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作者 王鹏 梁君荣 +5 位作者 高亚辉 高杨 吕颂辉 齐雨藻 李雪松 俞志明 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期437-440,共4页

采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻,本文简称:东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序,并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本文简称:CCMP株系)的同源序... 采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻,本文简称:东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序,并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本文简称:CCMP株系)的同源序列进行分析比较.结果表明,两者710 bp的LSU rDNA同源序列中仅存在7个碱基的差异,遗传相似度高达99.01%,遗传差异为0.99%.进一步与Genebank其他3种原甲藻即P.mexicanum、P.micans和P.minimum的同源序列进行比较,发现其他3种原甲藻两两间的种间遗传相似度在91.1%～95.5%之间,而P.micans和P.minimum种内不同株系的遗传相似度为99.4%～99.9%,均为99%以上.综合这些数据说明东海株系与CCMP株系之间的0.99%的遗传差异应视为种内差异,原甲藻的东海株系与CCMP株系当属异名同种.因此本试验结果从分子水平支持了被称为东海原甲藻的原甲藻与被称为具齿原甲藻(P.dentatum)的原甲藻同为一种的观点. 展开更多

关键词 核糖体dna 大亚基 分子分类 东海海域 赤潮 片断 遗传相似度 东海原甲藻 具齿原甲藻 CCMP 基因组dna 同源序列 遗传差异 中国东海 扩增技术 分析比较 分子水平 试验结果 种内差异 株系 PCR 测序 碱基 异名

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小熊猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析 被引量：1

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作者 彭仕明 李少基 +1 位作者 肖建雄 陈武 《野生动物》 2012年第2期91-96,共6页

以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种... 以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种类。结果显示2条蛔虫样品的ITS及5.8S rDNA序列基本一致,总长为913 bp,样品间序列相似性为99.7%。将序列与GenBank^(TM)公布的相关序列进行比较分析,结果显示2条蛔虫的ITS及5.8S序列与黑熊横走贝蛔虫(Baylisascaris transfuga注册号AB571304)相似性分别为98.1%、98.4%,与大熊猫西氏贝蛔虫(Baylisascaris schroederi注册号JN210912)相似性分别为96.9%、97.1%,与猪蛔虫(Ascaris suum注册号AB571302)相似性分别为89.9%、90.1%,与人蛔虫(Ascaris lumbricoides注册号AB571296)相似性分别为89.8%、90.1%,ITS-1序列与浣熊贝蛔虫(Baylisascaris procyonis注册号AB053230)相似性分别为92.0%、92.3%。研究结果表明小熊猫体内分离的蛔虫可能为贝蛔属蛔虫,从而为蛔虫的进一步分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。 展开更多

关键词 小熊猫 蛔虫:内转录间隔区(ITS) 5.8S核糖体dna PCR扩增 序列分析

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甄氏外瓶霉的核糖体基因分型研究

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作者 李东明 李若瑜 +3 位作者 王晓红 万喆 马圣清 王端礼 《北京大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期167-171,共5页

目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提... 目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提取DNA,常规PCR扩增核糖体基因及其转录间隔区,应用DNA多序列分析等方法进行研究。结果:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区变异较大,DNA序列分析显示,不同来源、不同致病性的甄氏外瓶霉可分为 7型,个别菌种与其他甄氏外瓶霉的遗传距离较大。结论:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区序列变异较大,个别菌株的归属有待于进一步研究。 展开更多

关键词 甄氏外瓶霉 核糖体基因 分型研究 dna序列分析 PCR扩增 间隔区 遗传距离 序列变异 标准株 分离株 冷冻法 转录 致病性 步研究 菌株 临床

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土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取 被引量：72

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作者 赵勇 周志华 +3 位作者 李武 刘彬彬 潘迎捷 赵立平 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期854-860,共7页

建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限... 建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。 展开更多

关键词 土壤dna提取 dna质量 PCR扩增 限制性片段长度多态性分析 温度梯度凝胶电泳分析

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3种检测乙型肝炎病毒YMDD变异方法比较及结果分析 被引量：4

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作者 汪小娟 刘香萍 +2 位作者 罗尧都 叶国强 谢春英 《中国感染控制杂志》 CAS 2006年第2期102-104,112,共4页

目的对检测乙型肝炎病毒（HBV）YMDD变异的3种方法进行比较并分析结果。方法对101例用拉米夫定治疗的HBV感染者，测定其治疗前HBV DNA水平，定期随访，分别以通用模板信号扩增（UT-PCR）、限制性片段长度多态性分析（PCR—RFLP）和DNA... 目的对检测乙型肝炎病毒（HBV）YMDD变异的3种方法进行比较并分析结果。方法对101例用拉米夫定治疗的HBV感染者，测定其治疗前HBV DNA水平，定期随访，分别以通用模板信号扩增（UT-PCR）、限制性片段长度多态性分析（PCR—RFLP）和DNA测序法检测病毒YMDD变异。结果UT—PCR和PCR-RFLP的检测结果与DNA测序结果的符合率均为98．11％。按治疗前HBV DNA水平分为5×10^2～5×10^4拷贝／mL，5×10^4～5×10^6拷贝／mL，5×10^6～5×10^8拷贝／mL，〉5×10^8拷贝／mL4个组，YMDD变异率分别为10％，12．90％，32．43％和53．85％。YMDD突变后，HBV DNA水平显著降低，其中WDD突变株的HBV DNA水平高于YIDD突变株（P〈0．01）。结论UT-PCR法适合临床检测HBV YMDD变异。乙型肝炎患者用拉米夫定治疗时，病毒DNA水平越高，发生YMDD变异的几率越大。突变株的复制能力低于野生株，YVDD突变株复制能力强于YIDD突变株。 展开更多

关键词 肝炎病毒 乙型 YMDD变异 通用模板信号扩增 限制性片段长度多态性分析 dna测序

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金钗石斛内生细菌的组成及多样性分析 被引量：16

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作者 吴庆珊 雷珣 +3 位作者 雷友梅 蒲星 刘颖 翁庆北 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期79-90,共12页

采用9种培养基对贵州省的赤水市旺隆镇(P1)、贵阳市贵州师范大学生命科学学院大棚(P2)和金沙县台金生态农业观光园(P3)内栽培的金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl.)根、茎和叶中的内生细菌进行了分离,并采用扩增核糖体DNA限制性分析(ARD... 采用9种培养基对贵州省的赤水市旺隆镇(P1)、贵阳市贵州师范大学生命科学学院大棚(P2)和金沙县台金生态农业观光园(P3)内栽培的金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl.)根、茎和叶中的内生细菌进行了分离,并采用扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)法对分离的内生细菌进行了多样性分析。结果表明:从3个样地金钗石斛的根、茎和叶中共分离出1 081株内生细菌,隶属2门5科12属40种1亚种,可分成41个OTUs;其中,芽孢杆菌属(Bacillus)和短芽孢杆菌属(Brevibacillus)为优势属,Bacillus subtilis subsp.subtilis和Brevibacillus invocatus为优势种(亚种)。金钗石斛的内生细菌在不同器官中的分布存在差异,根中内生细菌的菌株数量最多(695),且根中内生细菌的Shannon-Wiener多样性指数(2.20)和Margalef丰富度指数(5.81)均高于茎和叶中内生细菌,而叶中内生细菌的Pielou均匀度指数却最高(0.69);并且,茎和叶间内生细菌的Sorenson相似性系数最高(0.82),显著高于根和茎间以及根和叶间内生细菌的Sorenson相似性系数。3个样地金钗石斛内生细菌的共有OTUs有14个,分离菌株数占金钗石斛内生细菌分离菌株总数的96.5%;并且,3个样地金钗石斛内生细菌的Shannon-Wiener多样性指数和Pielou均匀度指数差异较小,仅P1样地金钗石斛内生细菌的Margalef丰富度指数明显高于P2和P3样地。NA、TSA、LB、KB、R2A和TB培养基从金钗石斛中分离出的内生细菌菌落数和OTU数量均高于YPD、YT和YG培养基。研究结果显示:金钗石斛体内含有丰富的内生细菌资源,并且,其内生细菌的组成和多样性与分离器官、种植地和培养基密切相关。 展开更多

关键词 金钗石斛 内生细菌 扩增核糖体dna限制性分析(ardra) 组成分析 多样性分析

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藻类rDNA特异性片段长度多态性在溺死鉴定中的应用 被引量：4

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作者 袁文勇 汤晓蕙 +1 位作者 周顺平 俞卫东 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期516-519,共4页

目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被... 目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水。方法以南京市公安局法医中心受理的2例硅藻检验鉴定案例为对象,利用5.8S+ITS2分子标记的长度多态性,分析藻类生物在水体、人体组织中种群结构的差异。结果案例1中,在受害人肺、肝组织和水体样本中均检出种类相近的硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织和水体样本中均检出330 bp和376 bp两种DNA片段,确定受害人系生前溺水。案例2中,在死者肺、肝组织中均未检出硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织中仅获得1条DNA片段,长度为331 bp,相对荧光单位值非常低,确定受害人系死后抛尸入水。结论本方法检验两案例的实验结果符合实际案情和硅藻镜检的结论,利用5.8S+ITS2分子标记研究水体和人体组织中特定微生物的种群结构差异,从而判断溺水死亡的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水等问题具有可行性。 展开更多

关键词 法医病理学 法医遗传学 硅藻类 dna 核糖体 第二内转录间隔区 扩增片段长度多态性分析 溺死

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刺参消化道中蛭弧菌类的生物多样性分析 被引量：1

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作者 韩民泳 陈慧黠 +2 位作者 斯晗 刘洋 陈亚东 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2015年第6期44-48,共5页

研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖... 研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDAR)对阳性克隆进行分型,使用HaeⅢ和MspⅠ双酶切各60个阳性克隆,选取不同ARDAR型的阳性克隆测序,并进行生物学分析。结果显示:引物Bd、Bac的16S r DNA扩增产物分别分离获得3个和2个差异性序列,各属于一个类群,分属于蛭弧菌属(Bdellovibrio)和噬菌弧菌属(Bacteriovorax)。这些序列与数据库中相应菌株序列的最大相似性均为95.0%,这5个序列的菌株可能为潜在的新种。 展开更多

关键词 蛭弧菌类生物 刺参 肠道 核糖体dna扩增片段限制性内切酶分析(ardra) 双酶切 多样性

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蕙兰根部内生细菌多样性及季节动态变化 被引量：13

9

作者 杨娜 杨波 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期156-163,共8页

为了研究蕙兰(Cymbidium faberi)根部内生细菌群落结构在不同季节里的变化,于不同季节从蕙兰根部分离出内生细菌207株,采用核糖体DNA扩增片段限制性分析(ARDRA)研究了蕙兰根部内生细菌群落组成的季节动态变化。将内生细菌纯培养物扩增... 为了研究蕙兰(Cymbidium faberi)根部内生细菌群落结构在不同季节里的变化,于不同季节从蕙兰根部分离出内生细菌207株,采用核糖体DNA扩增片段限制性分析(ARDRA)研究了蕙兰根部内生细菌群落组成的季节动态变化。将内生细菌纯培养物扩增近全长的16S rDNA,并用ARDRA对所分离的菌株进行分型,根据酶切图谱的差异,将其分成25个ARDRA型,并选取代表性菌株进行16S rDNA序列测定。结果表明,分离出来的内生细菌分为9个属,包括芽孢杆菌属(Bacillus)、伯克氏属(Burkholderia)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、假单胞属(Pseudomonas)、微杆菌属(Microbacterium)、根瘤菌属(Rhizobium)、Lysinibacillus、Cohnella和短杆菌属(Bre-vibacterium),其中优势种群为Bacillus,次优势种群为Paenibacillus和Burkholderia。秋季分离出的内生细菌种类最多,夏季分离出的种类最少。在不同季节蕙兰内生细菌群落结构差异极显著(p<0.001),但在不同季节里蕙兰根部内生细菌优势种群没有差异。 展开更多

关键词 蕙兰 内生细菌 群落结构 核糖体dna扩增片段限制性分析(ardra) 季节变化

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基于ITS序列探讨10种荨麻科植物的系统发育关系 被引量：5

10

作者 侯新东 尹帅 +2 位作者 盛桂莲 程丹丹 赖旭龙 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期68-73,共6页

以庐山地区12种荨麻科植物为试验材料,开展ITS序列研究,探讨该序列作为荨麻科植物系统发育研究的可行性及传统植物分类与分子系统分类的异同。通过PCR扩增和克隆产物测序,获得10种荨麻科植物的ITS序列。利用MEGA4.0软件,以滇藏荨麻为外... 以庐山地区12种荨麻科植物为试验材料,开展ITS序列研究,探讨该序列作为荨麻科植物系统发育研究的可行性及传统植物分类与分子系统分类的异同。通过PCR扩增和克隆产物测序,获得10种荨麻科植物的ITS序列。利用MEGA4.0软件,以滇藏荨麻为外类群,采用NJ和MP法构建系统树结果一致,明显分为3个分支,楼梯草族、苎麻族和荨麻族分别构成一支。研究结果表明用ITS序列对荨麻科植物进行系统发育研究是可行的;利用分子技术所得到的系统发育结果与传统形态学的分类结果基本一致。 展开更多

关键词 核糖体dna ITS 荨麻科 PCR扩增 系统发育分析

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金钗石斛提取物对便秘模型小鼠通便功能的影响 被引量：4

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作者 王微微 范红结 +5 位作者 杨文红 夏开艳 黎华贵 李晓丽 王诗满 张艳 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2021年第20期342-347,共6页

目的:探讨金钗石斛提取物对小鼠便秘的改善作用及其对肠道中乳酸杆菌多样性的影响。方法:构建复方地芬诺酯便秘小鼠模型,灌胃高(300 mg/kg)、中(100 mg/kg)、低(30 mg/kg)三个剂量的金钗石斛提取物,观察小鼠的排便功能和小肠推进率;采... 目的:探讨金钗石斛提取物对小鼠便秘的改善作用及其对肠道中乳酸杆菌多样性的影响。方法:构建复方地芬诺酯便秘小鼠模型,灌胃高(300 mg/kg)、中(100 mg/kg)、低(30 mg/kg)三个剂量的金钗石斛提取物,观察小鼠的排便功能和小肠推进率;采集小鼠粪便,提取微生物基因组DNA,采用特异性引物PCR扩增后进行扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)分析乳酸杆菌多样性的变化。结果:金钗石斛提取物可显著地缩短小鼠首次排黑便时间(P<0.01),增加排出粪便颗粒数,显著地增加粪便含水量(P<0.01),高、中剂量组可显著地增加小鼠小肠推进率(P<0.05)。金钗石斛提取物增加了小鼠肠道乳酸杆菌的多样性且高剂量组小鼠肠道中乳酸杆菌均匀度更稳定。结论:金钗石斛提取物通过提高小鼠的粪便含水量,促进肠道蠕动,调节了小鼠肠道中乳酸杆菌,在本实验中表现出对小鼠便秘症状的改善作用。 展开更多

关键词 金钗石斛 便秘 通便功能 乳酸杆菌 扩增核糖体dna 限制性分析

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