扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响 被引量：18

1

作者 王玉荣 杨成聪 +3 位作者 葛东颖 尚雪娇 张振东 郭壮 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第10期134-140,共7页

在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V_1～V_2区、V_3～V_4区和V_4～V_5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V_4～V_5区... 在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V_1～V_2区、V_3～V_4区和V_4～V_5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V_4～V_5区的非特异性序列所占比例显著偏低(P<0.05),而扩增V_1～V_2区样品细菌的Chao 1指数显著偏高(P<0.05)。虽然扩增16S rRNA基因的V_3～V_4区会导致Cyanobacteria(蓝细菌门)和Pediococcus(小球菌)相对含量显著偏高(P<0.05),但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异(P>0.05)。在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V_4～V_5区。 展开更多

关键词 鲊广椒 引物 扩增区域 MiSeq测序 细菌多样性

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基于序列特异扩增区域标记的栗疫菌巢式PCR检测技术 被引量：3

2

作者 麻文建 郑磊 +2 位作者 张静 刘洋 朱天辉 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期25-33,共9页

为建立栗疫菌(Cryphonectria parasitica)快速、准确的检测技术,利用随机扩增多态性DNA技术(random amplified polymorphic DNA,RAPD)对不同来源地的栗疫菌和其他真菌分离物进行PCR扩增,筛选出栗疫菌的RAPD特异片段SCQ494。将特异RAPD片... 为建立栗疫菌(Cryphonectria parasitica)快速、准确的检测技术,利用随机扩增多态性DNA技术(random amplified polymorphic DNA,RAPD)对不同来源地的栗疫菌和其他真菌分离物进行PCR扩增,筛选出栗疫菌的RAPD特异片段SCQ494。将特异RAPD片段SCQ494进行分离、回收,与载体pMD19-T载体连接,转化至大肠埃希菌进行培养,对目标片段克隆测序。根据测序结果,用Primer 5.0软件设计了序列特异扩增区域(sequence characterized amplified region,SCAR)引物CQ1/CQ2和巢式PCR引物CR1/CR2。利用引物CQ1/CQ2通过常规PCR对不同来源地供试栗疫菌可扩增出1条约1 420bp的条带,对其他供试菌株DNA的PCR产物均无此条带,检测灵敏度为3pg/μL的基因组DNA;而以引物CQ1/CQ2为外圈引物和引物CR1/CR2为内圈引物进行的巢式PCR可从栗疫菌基因组DNA中扩增出1条大小约875bp的条带,灵敏度达到30fg/μL,是常规PCR的1000倍。验证实验表明巢式PCR可以从发病程度不同的栗树枝干和在自然感染的栗树枝条中检测出栗疫菌。 展开更多

关键词 栗疫菌 随机扩增多态性DNA技术 序列特异扩增区域 巢式PCR 分子检测

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一株酿酒酵母的特征区域序列扩增标记

3

作者 方维明 杨智 +2 位作者 杨振泉 孟庆阳 汪志君 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1-4,共4页

以23株不同来源的酿酒酵母为研究对象,分别提取基因组DNA,试用50条随机引物对其进行随机扩增多态性DNA分析,筛选到两条具有菌株鉴别能力的随机引物。P09可以从2.412,ST—01,SK—26,ZD—01四株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为433bp的Sc... 以23株不同来源的酿酒酵母为研究对象,分别提取基因组DNA,试用50条随机引物对其进行随机扩增多态性DNA分析,筛选到两条具有菌株鉴别能力的随机引物。P09可以从2.412,ST—01,SK—26,ZD—01四株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为433bp的Sc—433片断Sc—433;P46可以从2.1882,ST—01,NJ—02三株酿酒酵母基因组DNA中扩增出长度为665bp的Sc—665片断,其中仅有目的菌株ST—01能稳定的扩增出这2个标记。把这2个片断分别克隆到pUCmT质粒载体中,经过酶切鉴定后测序,根据序列设计特异性引物,把RAPD标记转化为特征区域序列扩增标记,为酿酒酵母菌株的分子鉴别提供了新的借鉴。 展开更多

关键词 酿酒酵母 随机扩增多态性DNA分析 特征区域序列扩增 分子标记

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与瓠瓜品系‘J083’白粉病抗性基因连锁的SCAR分子标记 被引量：10

4

作者 王玲平 吴晓花 +2 位作者 汪宝根 徐沛 李国景 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期119-124,共6页

以瓠瓜抗白粉病品系‘J083’和感病品系‘J73’及它们的F1代和F2代分离群体为试验材料,经接种鉴定和抗性遗传规律分析表明:瓠瓜品系‘J083’对白粉病的抗性受单隐性基因控制;从100对扩增片段长度多态性(AFLP)引物组合中获得稳定的多态... 以瓠瓜抗白粉病品系‘J083’和感病品系‘J73’及它们的F1代和F2代分离群体为试验材料,经接种鉴定和抗性遗传规律分析表明:瓠瓜品系‘J083’对白粉病的抗性受单隐性基因控制;从100对扩增片段长度多态性(AFLP)引物组合中获得稳定的多态性引物组合1对,即E-ATG/M-CTC;经回收、测序,特异片段全长为105 bp,并成功将其转化为序列特征性扩增区域(SCAR)标记;经连锁分析,该SCAR标记与白粉病抗性基因的连锁距离为9.6 cM,将其命名为GPDSATG/CTC75.此标记可用于瓠瓜抗白粉病品种的辅助选育. 展开更多

关键词 瓠瓜 白粉病 序列特征性扩增区域 分子标记

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DNA分子标记技术 被引量：26

5

作者 刘明 王继华 王同昌 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期65-67,共3页

综述了不同类型的DNA分子标记技术 ,对各技术的优、缺点及其应用进行了详细的介绍 。

关键词 DNA分子标记技术 限制性 片断长度 多态性 随机扩增 扩增区域

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金针菇子实体颜色基因的分子标记 被引量：10

6

作者 谢宝贵 刘维侠 +1 位作者 王秀全 江玉姬 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2004年第3期363-368,共6页

用群体分离分析法从200个随机引物中筛选出S375,其扩增片段与金针菇子实体白色基因连锁.对S375扩增片段两端测序,以该序列为依据合成一对特征序列扩增区域(SCAR)引物,它能对带有白色基因的菌株扩增出单一片段,多聚酶链反应(PCR)产物不... 用群体分离分析法从200个随机引物中筛选出S375,其扩增片段与金针菇子实体白色基因连锁.对S375扩增片段两端测序,以该序列为依据合成一对特征序列扩增区域(SCAR)引物,它能对带有白色基因的菌株扩增出单一片段,多聚酶链反应(PCR)产物不需电泳、加EB后可在紫外灯下直接检测. 展开更多

关键词 金针菇 子实体颜色 基因 分子标记 RAPD标记 特征序列扩增区域标记

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不结球白菜Pol胞质雄性不育系和其保持系的RAPD分析及分子标记的筛选 被引量：8

7

作者 邓晓辉 张蜀宁 +1 位作者 侯喜林 陈沁滨 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期19-22,共4页

对不结球白菜Pol胞质雄性不育系(CMS)及其保持系基因组DNA进行RAPD分析,共使用了386条随机引物,其中有346条引物在两系之间都得到了扩增产物,64条引物扩增结果在两系之间表现出了遗传多态性。在其不育系中获得了1条稳定扩增的片段OPAY10... 对不结球白菜Pol胞质雄性不育系(CMS)及其保持系基因组DNA进行RAPD分析,共使用了386条随机引物,其中有346条引物在两系之间都得到了扩增产物,64条引物扩增结果在两系之间表现出了遗传多态性。在其不育系中获得了1条稳定扩增的片段OPAY1000,序列测定结果表明,OPAY序列全长为1 053 bp,在GenBank中的登录号为DQ320101。根据序列测定结果设计了1对特异引物,将OPAY1000转化为更稳定的SCAR标记。 展开更多

关键词 不结球白菜 RAPD 序列特定扩增区域(SCAR)

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双孢蘑菇颜色基因分子标记的初步筛选 被引量：3

8

作者 蔡志欣 陈美元 +4 位作者 廖剑华 李洪荣 郭仲杰 蔡丹凤 王泽生 《食用菌学报》 北大核心 2014年第3期1-5,共5页

以4个白色和4个棕色双孢蘑菇（Agaricus bisporus ）菌株,对其500个随机扩增多态性 DNA （random amplified polymorphic DNA,RAPD）随机引物进行筛选,筛选出的 S33、S438、S4853个引物在棕色菌株组能扩增出4个特异条带（大小300~2000 b... 以4个白色和4个棕色双孢蘑菇（Agaricus bisporus ）菌株,对其500个随机扩增多态性 DNA （random amplified polymorphic DNA,RAPD）随机引物进行筛选,筛选出的 S33、S438、S4853个引物在棕色菌株组能扩增出4个特异条带（大小300~2000 bp）,将特异片段回收,克隆测序,将合成的4对特征序列扩增区域（sequence characterized amplified regions,SCAR）标记引物对48 个 菌株进 行 验 证,结果表明：仅SCAR41200在24个棕色菌株的22个中能扩增出特异条带,而所有白色菌株中都没有此条带,表明该标记与棕色菌株的棕色基因相关。 展开更多

关键词 双孢蘑菇 子实体颜色基因 随机扩增多态性DNA 特征序列扩增区域

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“锦绣”、“丰黄”黄桃变异株的SRAP分析 被引量：1

9

作者 周平 郭瑞 +5 位作者 雷龑 金光 廖汝玉 陈小明 黄新忠 陈由强 《福建农业学报》 CAS 2010年第4期444-449,共6页

应用SRAP技术对"锦绣"黄桃、"丰黄"黄桃及其相应变异株系等7个材料进行了分析。从40对引物组合中筛选出2对引物在"丰黄"及变异株"锦黄"之间有明显扩增带差异,表明遗传变异已发生。分别纯化、... 应用SRAP技术对"锦绣"黄桃、"丰黄"黄桃及其相应变异株系等7个材料进行了分析。从40对引物组合中筛选出2对引物在"丰黄"及变异株"锦黄"之间有明显扩增带差异,表明遗传变异已发生。分别纯化、克隆、测序这些特异条带,分析序列预测所示基因,并设计引物将其转化为稳定SCAR标记。应用特异的SCAR标记可快速检测鉴定相应变异株,进一步验证了变异的存在。试验未筛选到合适引物可区分"锦绣"及其变异株系。 展开更多

关键词 黄桃 变异株 相关序列扩增多态性 特征性片断扩增区域

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一种新型的分子标记—SCARs验证王浆高产蜜蜂的RAPD分子标记—W316bp的研究 被引量：3

10

作者 戴英 徐霞 +1 位作者 汪成富 蒋滢 《中国养蜂》 2003年第3期7-8,共2页

为了验证王浆高产蜜蜂的RAPD分子标记—W 316bp正确性 ,采用了新型分子标记—SCARs ,研究结果获得的SCARs分子标记与原来RAPD分子标记有一致的显性行为 。

关键词 分子标记 蜜蜂 特征序列扩增区域 随机引物扩增多态性DNA

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利用小麦SSR标记追踪大赖草染色体Lr.2、Lr.7、Lr.14及其片段 被引量：3

11

作者 吴彬 周波 陈佩度 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期1-6,共6页

定位于小麦 7个部分同源群上的 337对SSR引物中有 113对SSR引物可检测到大赖草与普通小麦基因组间多态性 ,对小麦大赖草Lr 2、Lr 7和Lr 14的异附加系和易位系的进一步分析表明 ,小麦 7BL上的SSR引物 gwm112在大赖草染色体Lr 2上具有特... 定位于小麦 7个部分同源群上的 337对SSR引物中有 113对SSR引物可检测到大赖草与普通小麦基因组间多态性 ,对小麦大赖草Lr 2、Lr 7和Lr 14的异附加系和易位系的进一步分析表明 ,小麦 7BL上的SSR引物 gwm112在大赖草染色体Lr 2上具有特异扩增位点 ,可用来追踪Lr 2 ;5AS上的SSR引物 gwm2 0 5、 5AL的 gwm15 6和 5DL上的gwm2 12在Lr 7和Lr 14中均有特异扩增产物 ,可用于追踪Lr 7和Lr 14 ;而 7AL上的SSR引物 gwm6 3仅在大赖草染色体Lr 7上具有扩增位点。这不仅揭示了Lr 7可能存在第 5和第 7部分同源群染色体重排 ,而且也表明将引物gwm2 0 5、gwm15 6、gwm2 12与 gwm6 3相结合可分别追踪大赖草Lr 7和Lr 14染色体及其片段。利用这些SSR引物可追踪同一植株中不同的大赖草染色体 ;与簇毛麦染色体 6V上的SCAR标记相结合 。 展开更多

关键词 小麦 大赖草 簇毛麦 简单重复序列 特异序列扩增区域标记 染色体

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