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动物组织样本宿主核酸去除与病原体富集方法评估研究
1
作者
黄学治
张祖铭
+9 位作者
周豪
赵婷
熊子锐
裴广倩
王云飞
崔梦楠
郭彦
潘海峰
崔玉军
范航
《中国人兽共患病学报》
北大核心
2025年第7期682-690,共9页
目的探究不同宿主核酸去除和非特异性扩增技术在动物组织样本中的应用效果,以提高组织样本中病原体鉴定的准确性。方法使用小鼠肺组织匀浆液和肺炎克雷伯菌液混合制备模拟样本,并采用6种宿主核酸去除试剂盒和3种非特异性扩增技术进行处...
目的探究不同宿主核酸去除和非特异性扩增技术在动物组织样本中的应用效果,以提高组织样本中病原体鉴定的准确性。方法使用小鼠肺组织匀浆液和肺炎克雷伯菌液混合制备模拟样本,并采用6种宿主核酸去除试剂盒和3种非特异性扩增技术进行处理。通过实时荧光定量PCR和高通量测序,评估各方法对宿主DNA的去除效果和对病原微生物核酸的富集效果。结果对于宿主核酸去除技术,选择性裂解和定量降解宿主DNA的方法(Complete5试剂盒)能有效降低组织样本中宿主核酸含量,提高病原体的相对丰度。而磁珠法去除宿主DNA(Next microbiome DNA enrichment Kit试剂盒)效果较差。在较低病原体浓度(77 CFU/mL)时,Vazyme试剂盒的去宿主效果优于其他试剂盒。非特异性扩增技术(MALBAC全基因组扩增、MDA等温扩增、随机引物扩增)并不适用于组织样本,无法有效提高病原体的相对丰度。结论选择性裂解和定量降解宿主DNA的方法,更适合处理高宿主背景、低病原微生物组织样本;而非特异性扩增方法不适用组织样本的宏基因组高通量测序前处理。
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关键词
感染组织样本
病原体鉴定
宿主核酸去除
非特异性扩增
宏基因组
高通量测序
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职称材料
题名
动物组织样本宿主核酸去除与病原体富集方法评估研究
1
作者
黄学治
张祖铭
周豪
赵婷
熊子锐
裴广倩
王云飞
崔梦楠
郭彦
潘海峰
崔玉军
范航
机构
安徽医科大学公共卫生学院流行病学与卫生统计学系
军事科学院军事医学研究院
出处
《中国人兽共患病学报》
北大核心
2025年第7期682-690,共9页
文摘
目的探究不同宿主核酸去除和非特异性扩增技术在动物组织样本中的应用效果,以提高组织样本中病原体鉴定的准确性。方法使用小鼠肺组织匀浆液和肺炎克雷伯菌液混合制备模拟样本,并采用6种宿主核酸去除试剂盒和3种非特异性扩增技术进行处理。通过实时荧光定量PCR和高通量测序,评估各方法对宿主DNA的去除效果和对病原微生物核酸的富集效果。结果对于宿主核酸去除技术,选择性裂解和定量降解宿主DNA的方法(Complete5试剂盒)能有效降低组织样本中宿主核酸含量,提高病原体的相对丰度。而磁珠法去除宿主DNA(Next microbiome DNA enrichment Kit试剂盒)效果较差。在较低病原体浓度(77 CFU/mL)时,Vazyme试剂盒的去宿主效果优于其他试剂盒。非特异性扩增技术(MALBAC全基因组扩增、MDA等温扩增、随机引物扩增)并不适用于组织样本,无法有效提高病原体的相对丰度。结论选择性裂解和定量降解宿主DNA的方法,更适合处理高宿主背景、低病原微生物组织样本;而非特异性扩增方法不适用组织样本的宏基因组高通量测序前处理。
关键词
感染组织样本
病原体鉴定
宿主核酸去除
非特异性扩增
宏基因组
高通量测序
Keywords
infected tissue samples
pathogen identification
host nucleic acid removal
nonspecific amplification
metagenome
high-throughput sequencing
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
动物组织样本宿主核酸去除与病原体富集方法评估研究
黄学治
张祖铭
周豪
赵婷
熊子锐
裴广倩
王云飞
崔梦楠
郭彦
潘海峰
崔玉军
范航
《中国人兽共患病学报》
北大核心
2025
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