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SKAT与惩罚回归模型两阶段策略在基因组关联研究中的应用
1
作者
张俊国
林志丰
+3 位作者
刘丽
李丽霞
杨翌
郜艳晖
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2017年第3期382-385,396,共5页
目的本研究提出两阶段分析策略,将SKAT与惩罚回归模型联合应用,为遗传关联研究提供方法学选择的依据和指导。方法本研究使用遗传分析工作组18的数据,分别采用SKAT,LASSO,EN,cMCP,Gel以及两阶段统计分析策略(SKAT+EN,SKAT+LASSO,EN+SKAT,...
目的本研究提出两阶段分析策略,将SKAT与惩罚回归模型联合应用,为遗传关联研究提供方法学选择的依据和指导。方法本研究使用遗传分析工作组18的数据,分别采用SKAT,LASSO,EN,cMCP,Gel以及两阶段统计分析策略(SKAT+EN,SKAT+LASSO,EN+SKAT,LASSO+SKAT)进行关联性分析。结果在基因水平,SKAT法的平均灵敏度与约登指数最高。除SKAT法外,其余统计策略的关联基因选出率均与对结局方差解释的比例和基因中包含SNPs的数目存在关联。在SNPs水平,EN法与EN+SKAT的灵敏度与约登指数最高。不同的统计策略均能把对结局效应贡献最大的真关联基因MAP4与SNPs筛选出来。结论SKAT和EN联合分析策略能够在数百万SNPs中筛选主要的疾病关联基因与SNPs,并在基因水平上统计推断,有着较高灵敏度,同时还能控制严重的假阳性错误,为遗传关联研究提供了一种较为高效的统计分析策略。
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关键词
SKAT
惩罚回归模型
基因组关联研究
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题名
SKAT与惩罚回归模型两阶段策略在基因组关联研究中的应用
1
作者
张俊国
林志丰
刘丽
李丽霞
杨翌
郜艳晖
机构
广东药科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系
出处
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2017年第3期382-385,396,共5页
基金
国家自然科学基金(81302493)
广东省科技厅社会发展基金(2014A020212307)
广东省自然科学基金(2016A030313809)
文摘
目的本研究提出两阶段分析策略,将SKAT与惩罚回归模型联合应用,为遗传关联研究提供方法学选择的依据和指导。方法本研究使用遗传分析工作组18的数据,分别采用SKAT,LASSO,EN,cMCP,Gel以及两阶段统计分析策略(SKAT+EN,SKAT+LASSO,EN+SKAT,LASSO+SKAT)进行关联性分析。结果在基因水平,SKAT法的平均灵敏度与约登指数最高。除SKAT法外,其余统计策略的关联基因选出率均与对结局方差解释的比例和基因中包含SNPs的数目存在关联。在SNPs水平,EN法与EN+SKAT的灵敏度与约登指数最高。不同的统计策略均能把对结局效应贡献最大的真关联基因MAP4与SNPs筛选出来。结论SKAT和EN联合分析策略能够在数百万SNPs中筛选主要的疾病关联基因与SNPs,并在基因水平上统计推断,有着较高灵敏度,同时还能控制严重的假阳性错误,为遗传关联研究提供了一种较为高效的统计分析策略。
关键词
SKAT
惩罚回归模型
基因组关联研究
Keywords
SKAT
Penalized regression
Genome-wide association study
分类号
R394 [医药卫生—医学遗传学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
SKAT与惩罚回归模型两阶段策略在基因组关联研究中的应用
张俊国
林志丰
刘丽
李丽霞
杨翌
郜艳晖
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2017
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