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七彩神仙鱼脑组织转录组mRNAs差异表达分析
被引量：
4
1
作者
刘怡南
温彬
陈再忠
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第11期2827-2835,共9页
【目的】挖掘七彩神仙鱼(Symphysodon haraldi)脑组织性别差异基因,为揭示脑组织性别相关基因调控繁殖生理机制打下基础。【方法】利用Illumina HiSeq 6000测序平台对七彩神仙鱼雌、雄脑组织样本进行转录组测序分析,经过滤和Trinity组...
【目的】挖掘七彩神仙鱼(Symphysodon haraldi)脑组织性别差异基因,为揭示脑组织性别相关基因调控繁殖生理机制打下基础。【方法】利用Illumina HiSeq 6000测序平台对七彩神仙鱼雌、雄脑组织样本进行转录组测序分析,经过滤和Trinity组装获得基因,采用DIAMOND进行功能注释;并选取NR、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot和eggNOG等数据库进行比对,筛选出差异表达候选基因;随机选取6个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。【结果】从构建的七彩神仙鱼脑组织cDNA文库测序获得337190200条原始数据(Raw reads),经质量筛选后获得34109个基因(平均长度1007.00 bp)和67488个转录本(平均长度694.00 bp)。经生物信息学分析方法筛选,最终获得85个差异表达基因(61个在雄鱼脑组织中高表达,24个在雌鱼脑组织中高表达),包括黑色素浓集激素(MCH)、催乳素释放激素(Prlh)、垂体同源结构域转录因子2(pitx2)、免疫球蛋白家族成员(DSCAM和IGDCC3)、溶质载体(UNC93B1)及醛糖还原酶(AKR1B1)等功能基因。与雌鱼脑组织相比,雄鱼脑组织中涉及细胞突触传递、激素调控、信号传导、黑色素浓集激素、催乳素释放激素、生长激素和G蛋白偶联受体的基因呈下调趋势,而涉及离子运输和免疫反应的基因呈上调趋势。随机选取6个差异表达基因(Prlh、pitx2、MCH、LMX1A、KBP和CRP)进行实时荧光定量PCR验证,结果显示,Prlh、pitx2、MCH、LMX1A和KBP基因在雌鱼脑组织的相对表达量较高,而CRP基因在雄鱼脑组织的相对表达量较高。【结论】MCH、Prlh、pitx2、DSCAM、IGDCC3、UNC93B1、AKR1B1和Nid1等基因在七彩神仙鱼脑组织中呈性别差异表达,可能在调节脑组织类固醇激素形成及配子发生的过程中发挥重要作用,可作为候选基因应用于七彩神仙鱼脑组织性别相关基因调控繁殖生理机制研究。
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关键词
七彩神仙鱼
转录组
脑组织
性别差异基因
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职称材料
金钱鱼下丘脑转录组分析及其对雌激素在体注射的响应
被引量：
1
2
作者
潘书慧
周彤
+6 位作者
袁嘉慧
罗琼
秦若彤
茹笑影
黄洋
石红娟
李广丽
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期1195-1210,共16页
为探究XX雌性和XY雄性金钱鱼(Scatophagus argus)下丘脑中的差异表达基因及雌激素(17β-Estradiol,E2)在体注射对XY雄鱼下丘脑中基因表达的影响,开展了转录组测序分析,包括测序数据质控、基因功能注释,差异基因筛选、鉴定和差异基因功...
为探究XX雌性和XY雄性金钱鱼(Scatophagus argus)下丘脑中的差异表达基因及雌激素(17β-Estradiol,E2)在体注射对XY雄鱼下丘脑中基因表达的影响,开展了转录组测序分析,包括测序数据质控、基因功能注释,差异基因筛选、鉴定和差异基因功能富集分析等,并利用实时定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)检测了金钱鱼下丘脑中相关基因的表达。金钱鱼下丘脑转录组共测得Clean reads 275833710,测序质量30(Q30)大于95%,GC含量值大于48%。其中,Ctrl-XX-H vs.Ctrl-XY-H组,共筛选和鉴定了91个差异表达基因,包括36个上调基因和55个下调基因。在Ctrl-XY-H vs.E2-XY-H组,筛选和鉴定了28个差异表达基因,包括11个上调基因和17个下调基因。GO和KEGG富集分析发现,差异表达基因主要显著富集在细胞、单生物过程,膜、膜组分,结合等生物学功能及泛醌和其他萜类-醌生物合成及类固醇激素生物合成通路等。转录组和qPCR结果表明,XX和XY金钱鱼下丘脑中prl、ccna1和hsp90aa1.1等生殖相关基因的表达具有明显的性别差异,但sbGnRH、sGnRH和cGnRH等生殖轴相关基因,ghrh、ghrhr和sst1、3、5和6等生长轴相关基因的表达没有明显差异。E2在体注射后,雄鱼下丘脑中cyp19a1b和greb1等基因的表达显著上调,而prl的表达显著下调。以上结果表明,雌激素可通过反馈作用调节下丘脑中部分基因的表达,参与调控金钱鱼性腺发育和配子发生过程。
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关键词
下丘脑
性别差异基因
17Β-雌二醇
金钱鱼
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职称材料
嗜人按蚊雌蚊消减cDNA文库的构建及分析
被引量：
2
3
作者
赵以睿
张仁利
+3 位作者
耿艺介
高世同
黄达娜
朱兴全
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第7期603-606,611,共5页
目的 构建嗜人按蚊雌雄蚊差异表达cDNA文库。为进一步筛选、克隆嗜人按蚊雌雄蚊差异新基因奠定基础。方法 以嗜人按蚊为实验模型．分别将雌蚊和雄蚊作为T组和D组．采用抑制消减杂交方法和T／A克隆技术构建嗜人按蚊差异表达cDNA文库。扩...
目的 构建嗜人按蚊雌雄蚊差异表达cDNA文库。为进一步筛选、克隆嗜人按蚊雌雄蚊差异新基因奠定基础。方法 以嗜人按蚊为实验模型．分别将雌蚊和雄蚊作为T组和D组．采用抑制消减杂交方法和T／A克隆技术构建嗜人按蚊差异表达cDNA文库。扩增正向消减cDNA文库获得3000余个阳性克隆．随机挑取100个克隆进行PCR扩增，90％的克隆中均有200～1000bp的插入片段。测序显示．有与冈比亚按蚊未知功能基因同源的克隆，去除重复序列，得到72个EST序列．其中40与已知序列具有相似性．32个为新的EST序列。本项研究成功构建了嗜人按蚊雌蚊差异表达cDNA文库，获得了32个新的EST序列。从而为下一步筛选、克隆嗜人按蚊性别差异新基因打下了基础。
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关键词
嗜人按蚊
抑制差减杂交
性别差异
表达
基因
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职称材料
题名
七彩神仙鱼脑组织转录组mRNAs差异表达分析
被引量：
4
1
作者
刘怡南
温彬
陈再忠
机构
水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学)
上海水产养殖工程技术研究中心(上海海洋大学)
农业农村部淡水水产种质资源重点实验室(上海海洋大学)
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第11期2827-2835,共9页
基金
上海市自然科学基金项目(20ZR1423600)
上海市扬帆人才计划项目(19YF1419400)。
文摘
【目的】挖掘七彩神仙鱼(Symphysodon haraldi)脑组织性别差异基因,为揭示脑组织性别相关基因调控繁殖生理机制打下基础。【方法】利用Illumina HiSeq 6000测序平台对七彩神仙鱼雌、雄脑组织样本进行转录组测序分析,经过滤和Trinity组装获得基因,采用DIAMOND进行功能注释;并选取NR、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot和eggNOG等数据库进行比对,筛选出差异表达候选基因;随机选取6个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。【结果】从构建的七彩神仙鱼脑组织cDNA文库测序获得337190200条原始数据(Raw reads),经质量筛选后获得34109个基因(平均长度1007.00 bp)和67488个转录本(平均长度694.00 bp)。经生物信息学分析方法筛选,最终获得85个差异表达基因(61个在雄鱼脑组织中高表达,24个在雌鱼脑组织中高表达),包括黑色素浓集激素(MCH)、催乳素释放激素(Prlh)、垂体同源结构域转录因子2(pitx2)、免疫球蛋白家族成员(DSCAM和IGDCC3)、溶质载体(UNC93B1)及醛糖还原酶(AKR1B1)等功能基因。与雌鱼脑组织相比,雄鱼脑组织中涉及细胞突触传递、激素调控、信号传导、黑色素浓集激素、催乳素释放激素、生长激素和G蛋白偶联受体的基因呈下调趋势,而涉及离子运输和免疫反应的基因呈上调趋势。随机选取6个差异表达基因(Prlh、pitx2、MCH、LMX1A、KBP和CRP)进行实时荧光定量PCR验证,结果显示,Prlh、pitx2、MCH、LMX1A和KBP基因在雌鱼脑组织的相对表达量较高,而CRP基因在雄鱼脑组织的相对表达量较高。【结论】MCH、Prlh、pitx2、DSCAM、IGDCC3、UNC93B1、AKR1B1和Nid1等基因在七彩神仙鱼脑组织中呈性别差异表达,可能在调节脑组织类固醇激素形成及配子发生的过程中发挥重要作用,可作为候选基因应用于七彩神仙鱼脑组织性别相关基因调控繁殖生理机制研究。
关键词
七彩神仙鱼
转录组
脑组织
性别差异基因
Keywords
discus fish
transcriptome
brain tissue
sex-biased gene
分类号
S965.82 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
金钱鱼下丘脑转录组分析及其对雌激素在体注射的响应
被引量：
1
2
作者
潘书慧
周彤
袁嘉慧
罗琼
秦若彤
茹笑影
黄洋
石红娟
李广丽
机构
广东海洋大学水产学院
广东省名特优鱼类生殖调控与繁育工程技术研究中心
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期1195-1210,共16页
基金
国家自然科学基金(32002367)
国家重点研发计划“蓝色粮仓科技创新”专项(2018YFD0901203)
广东海洋大学博士启动项目(R20052)资助。
文摘
为探究XX雌性和XY雄性金钱鱼(Scatophagus argus)下丘脑中的差异表达基因及雌激素(17β-Estradiol,E2)在体注射对XY雄鱼下丘脑中基因表达的影响,开展了转录组测序分析,包括测序数据质控、基因功能注释,差异基因筛选、鉴定和差异基因功能富集分析等,并利用实时定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)检测了金钱鱼下丘脑中相关基因的表达。金钱鱼下丘脑转录组共测得Clean reads 275833710,测序质量30(Q30)大于95%,GC含量值大于48%。其中,Ctrl-XX-H vs.Ctrl-XY-H组,共筛选和鉴定了91个差异表达基因,包括36个上调基因和55个下调基因。在Ctrl-XY-H vs.E2-XY-H组,筛选和鉴定了28个差异表达基因,包括11个上调基因和17个下调基因。GO和KEGG富集分析发现,差异表达基因主要显著富集在细胞、单生物过程,膜、膜组分,结合等生物学功能及泛醌和其他萜类-醌生物合成及类固醇激素生物合成通路等。转录组和qPCR结果表明,XX和XY金钱鱼下丘脑中prl、ccna1和hsp90aa1.1等生殖相关基因的表达具有明显的性别差异,但sbGnRH、sGnRH和cGnRH等生殖轴相关基因,ghrh、ghrhr和sst1、3、5和6等生长轴相关基因的表达没有明显差异。E2在体注射后,雄鱼下丘脑中cyp19a1b和greb1等基因的表达显著上调,而prl的表达显著下调。以上结果表明,雌激素可通过反馈作用调节下丘脑中部分基因的表达,参与调控金钱鱼性腺发育和配子发生过程。
关键词
下丘脑
性别差异基因
17Β-雌二醇
金钱鱼
Keywords
Hypothalamus
Sex difference gene
17β-Estradiol
Scatophagus argus
分类号
Q344.1 [生物学—遗传学]
在线阅读
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职称材料
题名
嗜人按蚊雌蚊消减cDNA文库的构建及分析
被引量：
2
3
作者
赵以睿
张仁利
耿艺介
高世同
黄达娜
朱兴全
机构
深圳市疾病预防控制中心分子生物学室
华南农业大学兽医学院
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第7期603-606,611,共5页
基金
深圳市科技计划重点项目(JH200505300494A)
教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队项目(IRT0723)资助
文摘
目的 构建嗜人按蚊雌雄蚊差异表达cDNA文库。为进一步筛选、克隆嗜人按蚊雌雄蚊差异新基因奠定基础。方法 以嗜人按蚊为实验模型．分别将雌蚊和雄蚊作为T组和D组．采用抑制消减杂交方法和T／A克隆技术构建嗜人按蚊差异表达cDNA文库。扩增正向消减cDNA文库获得3000余个阳性克隆．随机挑取100个克隆进行PCR扩增，90％的克隆中均有200～1000bp的插入片段。测序显示．有与冈比亚按蚊未知功能基因同源的克隆，去除重复序列，得到72个EST序列．其中40与已知序列具有相似性．32个为新的EST序列。本项研究成功构建了嗜人按蚊雌蚊差异表达cDNA文库，获得了32个新的EST序列。从而为下一步筛选、克隆嗜人按蚊性别差异新基因打下了基础。
关键词
嗜人按蚊
抑制差减杂交
性别差异
表达
基因
Keywords
Anopheles anthropophagus
suppression subtractive hybridization
sex differentially expressed genes
分类号
R384.1 [医药卫生—医学寄生虫学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
七彩神仙鱼脑组织转录组mRNAs差异表达分析
刘怡南
温彬
陈再忠
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
4
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下载PDF
职称材料
2
金钱鱼下丘脑转录组分析及其对雌激素在体注射的响应
潘书慧
周彤
袁嘉慧
罗琼
秦若彤
茹笑影
黄洋
石红娟
李广丽
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
嗜人按蚊雌蚊消减cDNA文库的构建及分析
赵以睿
张仁利
耿艺介
高世同
黄达娜
朱兴全
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008
2
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