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急性病毒性坏死病毒魁蚶株IAP-86基因全长cDNA克隆和生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
张帅
王崇明
+4 位作者
岳志芹
宋晓玲
白昌明
尹伟力
黄倢
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2015年第1期85-90,共6页
为深入探讨急性病毒性坏死病毒(Acute Viral Necrosis Virus,AVNV)魁蚶株的致病机理以及IAP-86蛋白的功能,从感染AVNV的濒死魁蚶外套膜中提取总RNA,反转录获得c DNA。根据NCBI公布的AVNV全基因组序列中ORF86序列设计两对反向套式引物,通...
为深入探讨急性病毒性坏死病毒(Acute Viral Necrosis Virus,AVNV)魁蚶株的致病机理以及IAP-86蛋白的功能,从感染AVNV的濒死魁蚶外套膜中提取总RNA,反转录获得c DNA。根据NCBI公布的AVNV全基因组序列中ORF86序列设计两对反向套式引物,通过c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得ORF86 5?端和3?端的非编码区,拼接获得全长c DNA序列。Blast序列比对显示,该基因与牡蛎疱疹病毒的同源性为100%,与栉孔扇贝AVNV的同源性为99%,并存在重叠基因。生物信息学分析预测,该蛋白不含信号肽,不存在跨膜区,最大疏水指数为1.800,最小疏水指数为–3.456。该蛋白存在8个潜在的磷酸化位点(包括5个丝氨酸、1个苏氨酸和2个酪氨酸),存在1个潜在的O-糖基化位点,不存在潜在的N-糖基化位点;其抗原表位主要集中在8-11、14-16、28-39、75-76、88-95、97-100和147-158位氨基酸。推测该株病毒可能为牡蛎疱疹病毒的变异株,并且基因重叠在该类病毒进化过程中可能扮演重要角色。
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关键词
急性病毒性坏死病毒
魁蚶
细胞凋亡抑制蛋白
c
DNA末端快速扩增技术
生物信息学
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题名
急性病毒性坏死病毒魁蚶株IAP-86基因全长cDNA克隆和生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
张帅
王崇明
岳志芹
宋晓玲
白昌明
尹伟力
黄倢
机构
农业部海洋渔业可持续发展重点实验室
山东出入境检验检疫局检验检疫技术中心
出处
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2015年第1期85-90,共6页
基金
现代农业产业技术体系建设专项(CARS-48)
国家质检总局科研项目(2013IK040)共同资助
文摘
为深入探讨急性病毒性坏死病毒(Acute Viral Necrosis Virus,AVNV)魁蚶株的致病机理以及IAP-86蛋白的功能,从感染AVNV的濒死魁蚶外套膜中提取总RNA,反转录获得c DNA。根据NCBI公布的AVNV全基因组序列中ORF86序列设计两对反向套式引物,通过c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得ORF86 5?端和3?端的非编码区,拼接获得全长c DNA序列。Blast序列比对显示,该基因与牡蛎疱疹病毒的同源性为100%,与栉孔扇贝AVNV的同源性为99%,并存在重叠基因。生物信息学分析预测,该蛋白不含信号肽,不存在跨膜区,最大疏水指数为1.800,最小疏水指数为–3.456。该蛋白存在8个潜在的磷酸化位点(包括5个丝氨酸、1个苏氨酸和2个酪氨酸),存在1个潜在的O-糖基化位点,不存在潜在的N-糖基化位点;其抗原表位主要集中在8-11、14-16、28-39、75-76、88-95、97-100和147-158位氨基酸。推测该株病毒可能为牡蛎疱疹病毒的变异株,并且基因重叠在该类病毒进化过程中可能扮演重要角色。
关键词
急性病毒性坏死病毒
魁蚶
细胞凋亡抑制蛋白
c
DNA末端快速扩增技术
生物信息学
Keywords
Acute viral necrosis virus
Anadara uropygimelana
Inhibitor of apoptosis protein
RACE
Bioinformatics analysis
分类号
S944 [农业科学—水产养殖]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
急性病毒性坏死病毒魁蚶株IAP-86基因全长cDNA克隆和生物信息学分析
张帅
王崇明
岳志芹
宋晓玲
白昌明
尹伟力
黄倢
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2015
1
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