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罗氏沼虾急性低温应激响应的转录组分析
被引量：
3
1
作者
杨旻珉
屠海慧
+10 位作者
邢钱钱
唐琼英
易少奎
夏正龙
蔡缪荧
陈国柱
蓝璇
钟镇霄
黄笑
高权新
杨国梁
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期581-593,共13页
为探究罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)急性低温应激响应的基因表达模式,研究以罗氏沼虾成虾为研究对象,分别设置实验组(16℃)和对照组(24℃),实验组从24℃急性降温(2℃/1h)至16℃后的0、1h、3h、6h、12h、24h和回温至24℃后共7个...
为探究罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)急性低温应激响应的基因表达模式,研究以罗氏沼虾成虾为研究对象,分别设置实验组(16℃)和对照组(24℃),实验组从24℃急性降温(2℃/1h)至16℃后的0、1h、3h、6h、12h、24h和回温至24℃后共7个时间点采集肝胰腺组织进行转录组测序分析。差异表达基因(DEGs)筛选结果显示,胁迫3h与回温后的DEGs数量(5062个)几乎是1h与回温后的1.5倍(3516个),随着胁迫时间的延长,各时间点与回温后的DEGs数量逐渐降低。KEGG富集发现,DEGs显著富集在溶酶体、淀粉和蔗糖代谢、抗原加工与呈递等途径中。此外,罗氏沼虾在急性低温应激下,黏着斑、ECM-受体互作、细胞色素P450对异生物质的代谢、谷胱甘肽代谢、氧化磷酸化、p53信号通路等相关基因也发生了显著变化。WGCNA分析发现各组间的共有DEGs聚类在与细胞功能及免疫相关模块和与能量物质代谢相关模块上。另外,花生四烯酸代谢信号通路中的Cytochrome P4502L1-like基因、谷胱甘肽代谢信号通路中的NADP-specific isocitrate dehydrogenase基因及淀粉和蔗糖代谢信号通路中的Hexokinase基因等的表达量随低温应激时间增加呈先增后减的趋势。这些通路及基因可能在罗氏沼虾急性低温应激下的能量代谢及免疫调节等活动中起重要作用。研究为揭示罗氏沼虾急性低温应激响应的分子调控机制提供了基础数据。
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关键词
急性低温应激
肝胰腺
转录组
差异表达基因
能量代谢
免疫调节
罗氏沼虾
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职称材料
题名
罗氏沼虾急性低温应激响应的转录组分析
被引量：
3
1
作者
杨旻珉
屠海慧
邢钱钱
唐琼英
易少奎
夏正龙
蔡缪荧
陈国柱
蓝璇
钟镇霄
黄笑
高权新
杨国梁
机构
湖州师范学院
江苏数丰水产种业有限公司
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期581-593,共13页
基金
江苏省科技厅重点研发专项资金(现代农业)项目(BE2019352)
国家重点研发计划“蓝色粮仓科技创新”重点专项(2018YFD0901300)
+1 种基金
国家现代农业产业技术体系资助项目(CARS-48)
浙江省农业(水产)新品种选育重大科技专项(2021C02069-4-3)资助。
文摘
为探究罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)急性低温应激响应的基因表达模式,研究以罗氏沼虾成虾为研究对象,分别设置实验组(16℃)和对照组(24℃),实验组从24℃急性降温(2℃/1h)至16℃后的0、1h、3h、6h、12h、24h和回温至24℃后共7个时间点采集肝胰腺组织进行转录组测序分析。差异表达基因(DEGs)筛选结果显示,胁迫3h与回温后的DEGs数量(5062个)几乎是1h与回温后的1.5倍(3516个),随着胁迫时间的延长,各时间点与回温后的DEGs数量逐渐降低。KEGG富集发现,DEGs显著富集在溶酶体、淀粉和蔗糖代谢、抗原加工与呈递等途径中。此外,罗氏沼虾在急性低温应激下,黏着斑、ECM-受体互作、细胞色素P450对异生物质的代谢、谷胱甘肽代谢、氧化磷酸化、p53信号通路等相关基因也发生了显著变化。WGCNA分析发现各组间的共有DEGs聚类在与细胞功能及免疫相关模块和与能量物质代谢相关模块上。另外,花生四烯酸代谢信号通路中的Cytochrome P4502L1-like基因、谷胱甘肽代谢信号通路中的NADP-specific isocitrate dehydrogenase基因及淀粉和蔗糖代谢信号通路中的Hexokinase基因等的表达量随低温应激时间增加呈先增后减的趋势。这些通路及基因可能在罗氏沼虾急性低温应激下的能量代谢及免疫调节等活动中起重要作用。研究为揭示罗氏沼虾急性低温应激响应的分子调控机制提供了基础数据。
关键词
急性低温应激
肝胰腺
转录组
差异表达基因
能量代谢
免疫调节
罗氏沼虾
Keywords
Acute cold stress
Hepatopancreas
RNA-seq
Differentially expressed genes
Energy metabolism
Immune regulation
Macrobrachium rosenbergii
分类号
Q344.1 [生物学—遗传学]
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出处
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被引量
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1
罗氏沼虾急性低温应激响应的转录组分析
杨旻珉
屠海慧
邢钱钱
唐琼英
易少奎
夏正龙
蔡缪荧
陈国柱
蓝璇
钟镇霄
黄笑
高权新
杨国梁
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
3
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