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基于生物信息学和机器学习的心肌梗死后心室重构关键基因的筛选
被引量：
2
1
作者
李兴渊
朱明军
+1 位作者
彭广操
王建茹
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2022年第5期623-631,共9页
目的:利用生物信息学和机器学习筛选心肌梗死后心室重构(VRpMI)中的关键基因,并探索其对VRpMI的诊断价值。方法:从GEO数据库分别下载GSE132143中健康人和VRpMI患者心室组织的测序数据,猪心肌梗死后6个月梗死区和梗死远端区组织的测序数...
目的:利用生物信息学和机器学习筛选心肌梗死后心室重构(VRpMI)中的关键基因,并探索其对VRpMI的诊断价值。方法:从GEO数据库分别下载GSE132143中健康人和VRpMI患者心室组织的测序数据,猪心肌梗死后6个月梗死区和梗死远端区组织的测序数据,GSE775中小鼠心肌梗死后48 h、8周及正常小鼠心室组织的表达谱数据。基于健康人和VRpMI患者心室组织的测序数据,利用edgeR包和加权基因共表达网络分析筛选重要差异表达基因(DEG);通过LASSO算法和SVM-RFE算法筛选关键基因,并利用自身数据和猪、小鼠数据分析关键基因诊断VRpMI的价值;最后,对关键基因开展单基因的基因集富集分析。结果:共获得355个重要DEG,从中筛选出1个关键基因即神经元正五聚蛋白2(NPTX2)。NPTX2在自身数据和小鼠、猪验证数据中的AUC(95%CI)分别为0.996(0.984~1.000)、0.972(0.895~1.000)和0.963(0.882~1.000)。单基因的基因集富集分析显示,NPTX2富集于心肌收缩、鞘脂类代谢、细胞凋亡、谷胱甘肽代谢等19个信号通路。结论:NPTX2可能为诊断VRpMI的潜在生物标志物。
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关键词
心肌梗死后心室重构
生物信息学
加权基因共表达网络分析
机器学习
生物标志物
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职称材料
桃红四物汤对心肌梗死后心室重构及血管紧张素受体1表达的影响
被引量：
4
2
作者
李杏
谭章斌
+2 位作者
刘彬
张竞之
周迎春
《世界中医药》
CAS
2021年第12期1824-1828,共5页
目的:观察桃红四物汤对心肌梗死后心室重构的作用以及对血管紧张素受体1(AT1)表达的影响。方法:通过结扎大鼠冠状动脉构建心肌梗死后心室重构模型。将大鼠随机分为假手术组、模型组、卡托普利组、桃红四物汤低、中、高浓度组,每组12只,...
目的:观察桃红四物汤对心肌梗死后心室重构的作用以及对血管紧张素受体1(AT1)表达的影响。方法:通过结扎大鼠冠状动脉构建心肌梗死后心室重构模型。将大鼠随机分为假手术组、模型组、卡托普利组、桃红四物汤低、中、高浓度组,每组12只,每组大鼠连续给药12周。治疗结束后采用多普勒超声心动图评价大鼠心功能,计算心脏质量/体质量比率,采用苏木精-伊红和Masson染色观察心肌组织的形态变化和胶原沉积水平,并通过免疫组织化学法观察胶原蛋白I和胶原蛋白Ⅲ的表达,Western Blotting检测心肌组织中AT1的表达水平。结果:冠脉结扎后大鼠出现明显的心脏结构改变和功能障碍。与假手术组比较,模型组大鼠出现心肌组织损伤,间质纤维化,而左室舒张末期内径(LVEDD)、左室收缩末期内径(LVESD)显著升高(P<0.01),而射血分数(EF)、短轴收缩率(FS)显著降低(P<0.01),心脏质量指数显著升高(P<0.01),同时胶原水平升高(P<0.01),胶原蛋白Ⅰ/Ⅲ表达比值显著增加(P<0.01),心肌组织中AT1表达水平显著上调(P<0.01)。与模型组比较,桃红四物汤各浓度组与卡托普利组均可显著改善心肌组织的病理变化,提高EF和FS,降低LVEDD和LVESD,降低心脏质量指数,抑制心肌组织中过度胶原形成和胶原蛋白Ⅰ/Ⅲ表达比值,同时显著降低心肌组织中AT1表达水平(P<0.05或P<0.01)。结论:桃红四物汤可以显著降低心肌梗死后心肌纤维化,改善心室重构,其机制可能与其对AT1的抑制作用有关。
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关键词
桃红四物汤
心肌梗死后心室重构
胶原
纤维化
血管紧张素受体1
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职称材料
题名
基于生物信息学和机器学习的心肌梗死后心室重构关键基因的筛选
被引量：
2
1
作者
李兴渊
朱明军
彭广操
王建茹
机构
河南中医药大学第一附属医院心内科
出处
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2022年第5期623-631,共9页
基金
国家自然科学基金项目(82004311)
河南省科技攻关项目(202102310492)
+1 种基金
河南省中医药科学研究专项课题(2019JDZX2013,20-21ZY2187)
河南省博士后科研项目启动基金资助项目(202001045)。
文摘
目的:利用生物信息学和机器学习筛选心肌梗死后心室重构(VRpMI)中的关键基因,并探索其对VRpMI的诊断价值。方法:从GEO数据库分别下载GSE132143中健康人和VRpMI患者心室组织的测序数据,猪心肌梗死后6个月梗死区和梗死远端区组织的测序数据,GSE775中小鼠心肌梗死后48 h、8周及正常小鼠心室组织的表达谱数据。基于健康人和VRpMI患者心室组织的测序数据,利用edgeR包和加权基因共表达网络分析筛选重要差异表达基因(DEG);通过LASSO算法和SVM-RFE算法筛选关键基因,并利用自身数据和猪、小鼠数据分析关键基因诊断VRpMI的价值;最后,对关键基因开展单基因的基因集富集分析。结果:共获得355个重要DEG,从中筛选出1个关键基因即神经元正五聚蛋白2(NPTX2)。NPTX2在自身数据和小鼠、猪验证数据中的AUC(95%CI)分别为0.996(0.984~1.000)、0.972(0.895~1.000)和0.963(0.882~1.000)。单基因的基因集富集分析显示,NPTX2富集于心肌收缩、鞘脂类代谢、细胞凋亡、谷胱甘肽代谢等19个信号通路。结论:NPTX2可能为诊断VRpMI的潜在生物标志物。
关键词
心肌梗死后心室重构
生物信息学
加权基因共表达网络分析
机器学习
生物标志物
Keywords
ventricular remodeling post-myocardial infarction
bioinformatics
weighted gene co-expression network analysis
machine learning
biomarker
分类号
R541.4 [医药卫生—心血管疾病]
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职称材料
题名
桃红四物汤对心肌梗死后心室重构及血管紧张素受体1表达的影响
被引量：
4
2
作者
李杏
谭章斌
刘彬
张竞之
周迎春
机构
南方医科大学第三附属医院
广州医科大学附属第二医院
南方医科大学中医药学院
出处
《世界中医药》
CAS
2021年第12期1824-1828,共5页
基金
国家自然科学基金项目(81973645,81673805)
广东省科技计划项目(2015A020211040)
广东省基础与应用基础研究基金项目(2019B1515120026)。
文摘
目的:观察桃红四物汤对心肌梗死后心室重构的作用以及对血管紧张素受体1(AT1)表达的影响。方法:通过结扎大鼠冠状动脉构建心肌梗死后心室重构模型。将大鼠随机分为假手术组、模型组、卡托普利组、桃红四物汤低、中、高浓度组,每组12只,每组大鼠连续给药12周。治疗结束后采用多普勒超声心动图评价大鼠心功能,计算心脏质量/体质量比率,采用苏木精-伊红和Masson染色观察心肌组织的形态变化和胶原沉积水平,并通过免疫组织化学法观察胶原蛋白I和胶原蛋白Ⅲ的表达,Western Blotting检测心肌组织中AT1的表达水平。结果:冠脉结扎后大鼠出现明显的心脏结构改变和功能障碍。与假手术组比较,模型组大鼠出现心肌组织损伤,间质纤维化,而左室舒张末期内径(LVEDD)、左室收缩末期内径(LVESD)显著升高(P<0.01),而射血分数(EF)、短轴收缩率(FS)显著降低(P<0.01),心脏质量指数显著升高(P<0.01),同时胶原水平升高(P<0.01),胶原蛋白Ⅰ/Ⅲ表达比值显著增加(P<0.01),心肌组织中AT1表达水平显著上调(P<0.01)。与模型组比较,桃红四物汤各浓度组与卡托普利组均可显著改善心肌组织的病理变化,提高EF和FS,降低LVEDD和LVESD,降低心脏质量指数,抑制心肌组织中过度胶原形成和胶原蛋白Ⅰ/Ⅲ表达比值,同时显著降低心肌组织中AT1表达水平(P<0.05或P<0.01)。结论:桃红四物汤可以显著降低心肌梗死后心肌纤维化,改善心室重构,其机制可能与其对AT1的抑制作用有关。
关键词
桃红四物汤
心肌梗死后心室重构
胶原
纤维化
血管紧张素受体1
Keywords
Taohong Siwu Decoction
Ventricular remodeling after myocardial infarction
Collagen
Fibrosis
AT1
分类号
R256.2 [医药卫生—中医内科学]
R285.5 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于生物信息学和机器学习的心肌梗死后心室重构关键基因的筛选
李兴渊
朱明军
彭广操
王建茹
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2022
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
桃红四物汤对心肌梗死后心室重构及血管紧张素受体1表达的影响
李杏
谭章斌
刘彬
张竞之
周迎春
《世界中医药》
CAS
2021
4
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