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文库构建与基因簇靶向筛选驱动的微生物天然产物高效发现 被引量:1
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作者 虞旭昶 吴辉 李雷 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第3期492-506,共15页
微生物天然产物作为小分子药物的主要来源,已被广泛应用于医药与农业等领域。随着全球抗生素耐药性与其他公共健康问题的加剧,新结构、新靶点微生物天然产物发现迫在眉睫。大规模(宏)基因组测序揭示微生物蕴含了巨大的生物合成潜力,相... 微生物天然产物作为小分子药物的主要来源,已被广泛应用于医药与农业等领域。随着全球抗生素耐药性与其他公共健康问题的加剧,新结构、新靶点微生物天然产物发现迫在眉睫。大规模(宏)基因组测序揭示微生物蕴含了巨大的生物合成潜力,相继催生了多种不同类型的天然产物挖掘策略。然而,目前仍然缺乏将天然产物合成基因簇与编码产物快速关联的高效方案。近年来,(宏)基因组文库构建在获取批量天然产物合成基因簇方面展现出明显优势,结合高效的基因簇靶向筛选方法,显著加速了新结构天然产物系统发现。本文综述了三类基于(宏)基因组文库构建与靶向筛选驱动天然产物创新发现的策略,主要从克隆载体类型、文库构建方式、基因簇靶向筛选方法等角度进行了阐述,并对Cosmid/Fosmid文库、BAC/PAC文库、FAC/YAC文库等不同文库类型的优缺点及应用范围进行了对比,最后对这些策略的发展前景进行了展望。未来,基于文库构建与基因簇靶向筛选策略将极大驱动不同生境微生物来源的活性天然产物挖掘,预期大量新靶点、新结构天然产物将不断涌现。 展开更多
关键词 微生物天然产物 (宏)基因组挖掘 基因簇 文库构建 基因簇靶向筛选
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微生物天然产物数据库的建立及应用 被引量:4
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作者 姜威 司书毅 +7 位作者 陈湘萍 王林 庄锡亮 邹坚 陈鸿珊 曹凌霄 冯华 陈利 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期119-121,共3页
微生物天然产物数据库(m icrob ia l natura l products database,M NPD)是由中国医学科学院医药生物技术研究所和创腾科技有限公司联合开发,在M DL IS IS B ase化学信息管理系统上构建的综合性天然产物数据库。包括15000多个微生物天... 微生物天然产物数据库(m icrob ia l natura l products database,M NPD)是由中国医学科学院医药生物技术研究所和创腾科技有限公司联合开发,在M DL IS IS B ase化学信息管理系统上构建的综合性天然产物数据库。包括15000多个微生物天然产物的来源、制备、理化性质、二维和三维化学结构、生物活性和原始文献等信息资料,可用于微生物天然产物的信息查询、总结性检索和计算机辅助药物分子设计研究。微生物天然产物数据库是医药领域科研工作者开展药物研发及相关工作的重要工具。本文简要介绍了数据库的开发历程、组成、功能及一些应用实例。 展开更多
关键词 微生物天然产物 数据库 MDL ISIS Base化学信息管理系统
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微生物天然产物生物及化学信息学最新进展
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作者 王梦源 常珊珊 解云英 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期625-630,共6页
微生物天然产物一直是药物开发的重要源泉,而且目前仍是新结构天然产物的重要来源。但随着微生物天然产物基数的增加,重复发现已经成为制约其发展的主要因素,而基于生物信息学和化学信息学建立起来的基因组挖掘技术是解决这一问题的关... 微生物天然产物一直是药物开发的重要源泉,而且目前仍是新结构天然产物的重要来源。但随着微生物天然产物基数的增加,重复发现已经成为制约其发展的主要因素,而基于生物信息学和化学信息学建立起来的基因组挖掘技术是解决这一问题的关键。近年来天然产物相关信息学研究一直处于加速发展阶段,为了使天然产物研究者能够及时了解并选择性使用这些信息学工具,以提高新化合物的发现效率,本文对近两年来微生物天然产物研究领域相关的信息学工具进行了综述。 展开更多
关键词 微生物天然产物 生物信息学 化学信息学 生物合成基因簇
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微生物天然产物早期鉴别及去重复方法研究进展 被引量:1
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作者 王开梅 张亚妮 +1 位作者 吴兆圆 杨自文 《湖北农业科学》 北大核心 2013年第22期5409-5414,共6页
微生物天然产物具有独特的结构多样性。随着研究的深入,研究者在进行天然产物筛选时遇到已知化合物的机会加大,有必要在研究的早期对粗提物中的化合物进行早期鉴别及去重复,以减少不必要的人力、物力及财力的浪费。文章对涉及天然产物... 微生物天然产物具有独特的结构多样性。随着研究的深入,研究者在进行天然产物筛选时遇到已知化合物的机会加大,有必要在研究的早期对粗提物中的化合物进行早期鉴别及去重复,以减少不必要的人力、物力及财力的浪费。文章对涉及天然产物早期鉴别及去重复的方法——薄层层析技术(TLC)、高效液相色谱(HPLC)-光谱联用技术及天然产物数据库在天然产物早期鉴别及去重复中的应用进行综述,以期为新药的研究与开发提供一些借鉴。 展开更多
关键词 微生物天然产物 早期鉴别 去重复 薄层层析 液相色谱-光谱联用技术 数据库
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微生物及其天然产物防治杂草的发展及展望 被引量:24
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作者 顾成波 赵长山 《农药科学与管理》 CAS 2003年第2期19-21,共3页
概述了利用微生物及其天然产物防治杂草的潜在优势和研究进展,介绍已商品化和具有开发潜力的 微生物除草剂及具有除草活性的微生物天然植物毒素。
关键词 微生物 微生物天然产物 杂草防治 微生物除草剂
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发现微生物药物的新途径:从基因到新化合物 被引量:5
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作者 朱孟沼 崔晓龙 +4 位作者 李铭刚 李一青 赵江源 彭谦 文孟良 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2006年第5期854-857,共4页
本文介绍一种基于基因组扫描(鸟枪法)和生物信息学相结合的寻找微生物新化合物的平台。基因组扫描发现新的合成基因,通过对新的次生代谢产物合成途径基因的分析,预测化合物的结构、物理化学性质参数,指导该化合物的分离与纯化。
关键词 微生物天然产物 药物 基因组扫描 结构预测
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CRISPR/Cas9在放线菌合成生物学研究中的应用和发展 被引量:2
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作者 黄蓉 段燕文 朱湘成 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期960-967,共8页
放线菌是活性天然产物和抗生素药物的重要来源。利用合成生物学高效地开发其中丰富的天然产物资源,将为加速新药开发奠定坚实的基础。CRISPR/Cas9作为一种多功能基因编辑系统,因其便捷高效而被广泛应用于真核生物的遗传操作。但在原核... 放线菌是活性天然产物和抗生素药物的重要来源。利用合成生物学高效地开发其中丰富的天然产物资源,将为加速新药开发奠定坚实的基础。CRISPR/Cas9作为一种多功能基因编辑系统,因其便捷高效而被广泛应用于真核生物的遗传操作。但在原核生物尤其是放线菌中的应用仍处于起步阶段,机遇和挑战并存。本综述总结了目前CRISPR/Cas9系统在放线菌基因编辑和调控,以及活性天然产物的产量提升、生物合成机制解析和资源开发等方面的研究进展。同时,也对该系统在应用中面临的包括重组修复效率低,以及靶向切割效率不足等关键挑战进行了分析,并提出了相应的优化解决方法。随着CRISPR/Cas9在放线菌应用中的不断完善和发展,将极大地推动放线菌的合成生物学研究,促进其中天然产物资源的有效挖掘和应用开发。 展开更多
关键词 放线菌 CRISPR/Cas9 合成生物 基因编辑和调控 微生物天然产物
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南海链霉菌SCSIO 1635中抗霉素类化合物的分离鉴定(英文) 被引量:4
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作者 李苏梅 田新朋 +4 位作者 牛四文 张文军 张偲 鞠建华 张长生 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2011年第1期10-14,42,共6页
我们从南海海底沉积环境分离了一株放线菌SCSIO1635,经16S rDNA的序列分析将该株菌鉴定为链霉菌属。我们从该菌的发酵液中分离得到了4个化合物,经质谱和核磁共振波谱解析,确定为抗霉素类化合物:异构体antimycin A1a和A1b(1)、deisovaler... 我们从南海海底沉积环境分离了一株放线菌SCSIO1635,经16S rDNA的序列分析将该株菌鉴定为链霉菌属。我们从该菌的发酵液中分离得到了4个化合物,经质谱和核磁共振波谱解析,确定为抗霉素类化合物:异构体antimycin A1a和A1b(1)、deisovalerylblastmycin(2)、kitamycin A(3)和antimycin A9(4)。 展开更多
关键词 南海沉积环境 海洋放线菌 海洋微生物天然产物 链霉菌 抗霉素
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东北农业大学“十一五”科技成果汇展
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《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期F0002-F0002,共1页
向文胜博士,东北农业大学教授、博士生导师。东北农业大学生物化工重点学科带头人,省农药重点学科、黑龙江省生物化学与分子生物学重点学科学术带头人,东北农业大学生物化工学科创新团队带头人。科研方向为微生物天然产物药物。研究... 向文胜博士,东北农业大学教授、博士生导师。东北农业大学生物化工重点学科带头人,省农药重点学科、黑龙江省生物化学与分子生物学重点学科学术带头人,东北农业大学生物化工学科创新团队带头人。科研方向为微生物天然产物药物。研究领域:(1)活性化合物及菌株高效筛选;(2)微生物天然产物药物生物合成、调控机制及作用靶分子机理研究;(3)微生物天然产物药物产业化工艺研究。 展开更多
关键词 东北农业大学 “十一五” 科技成果 微生物天然产物 生物化学与分子生物 博士生导师 生物化工 重点学科
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