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牛轮状病毒微滴式数字RT-PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 谢世斌 郑辉 +6 位作者 沙洲 房琳琳 尼博 张慧 董雅琴 魏荣 崔进 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第1期44-49,共6页
本研究旨在建立更加灵敏的牛轮状病毒(Bovine rotavirus,BRV)检测方法,为BRV的病原学调查及畜牧养殖行业疫病防控提供更加准确和灵敏的技术支持。根据BRV VP6基因组序列,利用Oligo7.56软件设计并合成特异性引物与探针,通过优化反应条件... 本研究旨在建立更加灵敏的牛轮状病毒(Bovine rotavirus,BRV)检测方法,为BRV的病原学调查及畜牧养殖行业疫病防控提供更加准确和灵敏的技术支持。根据BRV VP6基因组序列,利用Oligo7.56软件设计并合成特异性引物与探针,通过优化反应条件,建立检测BRV的微滴式数字RT-PCR方法,同时开展特异性、敏感性和重复性试验,并将建立的方法应用于14份临床样品的检测。结果表明,本研究所建方法的最低检测限为1.83 copies/μL,具有良好的可重复性,与牛传染性鼻气管炎病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛冠状病毒、牛呼吸道合胞体病毒和牛副流感病毒3型均无交叉反应。对14份临床样品进行检测,共检测出4份阳性样品,阳性率为28.57%,检测结果与实时荧光定量RT-PCR检测结果的符合率为100.00%。综上说明,本研究建立的BRV微滴式数字RT-PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,可应用于临床样本的检测,为BRV的诊断和流行病学调查提供了技术支持。 展开更多
关键词 牛轮状病毒 VP6基因 数字RT-pcr
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猪流行性腹泻病毒微滴式数字PCR定量检测方法的建立及初步应用 被引量:3
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作者 周建浩 王东方 +10 位作者 刘影 王淑娟 马震原 谢彩华 赵雪丽 杨海波 冯桂丹 康台生 胡煜锋 李博文 闫若潜 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期413-418,共6页
旨在建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量检测方法。本研究根据GenBank登录的PEDV(MK862249.1)M基因序列保守区设计合成特异... 旨在建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量检测方法。本研究根据GenBank登录的PEDV(MK862249.1)M基因序列保守区设计合成特异性引物对和探针;通过对反应体系和反应条件的优化,成功建立了可用于检测PEDV的荧光定量PCR(fluorescent quantitative real-time PCR,FQ-PCR)方法,将自行建立的FQ-PCR方法的引物对/探针用来确定ddPCR方法;对ddPCR方法进行敏感性、特异性、重复性和初步应用试验。结果显示:自行建立的FQ-PCR方法在敏感性、重复性等方面均优于行标FQ-PCR方法;根据自行设计的FQ-PCR方法建立的ddPCR方法最低检测极限为0.15 copies·μL^(-1),敏感性高于行业标准(SN/T 1699—2017)FQ-PCR方法(1.0×10^(1)copies·μL^(-1));模板浓度为1.0×10^(0)~1.0×10^(4)copies·μL^(-1)时,具有良好的线性关系(R 2>0.99);批内、批间变异系数(CV%)为1.52%~7.40%;对猪丁型冠状病毒、猪伪狂犬病毒等11种对照病毒核酸检测结果均为阴性;分别用建立的ddPCR方法、行业标准FQ-PCR方法对150份临床样品进行PEDV核酸检测,ddPCR方法对行业标准FQ-PCR方法检测阳性样品的检测符合率为10^(0)%。本研究成功建立的PEDV ddPCR检测方法可用于临床上PEDV感染的早期检测和定量检测,为PEDV核酸标准物质的研制提供了定量手段。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 数字pcr 方法 建立
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微滴式数字PCR技术在动物疫病检测中的应用研究进展 被引量:2
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作者 冯杰 聂洪波 +3 位作者 曹乾大 朱坤华 敖元富 黎春秀 《中国动物检疫》 CAS 2024年第4期58-63,90,共7页
数字PCR(dPCR)技术是最近发展起来的第三代PCR技术,其中微滴式数字PCR(ddPCR)技术具有敏感性高、耐受性强,准确性和重复性好,可实现不依赖标准曲线即可对样本目标核酸进行绝对定量的优点,得到研究者的广泛关注。ddPCR技术凭借诸多优势,... 数字PCR(dPCR)技术是最近发展起来的第三代PCR技术,其中微滴式数字PCR(ddPCR)技术具有敏感性高、耐受性强,准确性和重复性好,可实现不依赖标准曲线即可对样本目标核酸进行绝对定量的优点,得到研究者的广泛关注。ddPCR技术凭借诸多优势,近年来在动物疫病病原检测领域得到了飞速发展,已被成功应用于病毒、细菌、寄生虫以及支原体、衣原体等多种病原的检测,尤其为低丰度病原调查、实验室检测和病原分型鉴定提供了强有力的技术支撑。本文综述了ddPCR技术的基本原理及其在动物疫病诊断中的应用和发展前景,以期为ddPCR技术在兽医实验室动物疫病诊断方面的推广提供参考。 展开更多
关键词 数字pcr 绝对定量 兽医实验室 动物疫病诊断
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猪流感病毒通用型微滴式数字RT-PCR绝对定量检测方法的建立 被引量:1
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作者 兰德松 顾贵波 +2 位作者 孙世宇 杨洺扬 魏澍 《中国动物检疫》 CAS 2024年第4期84-90,共7页
为建立灵敏且可绝对定量检测猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的微滴式数字RT-PCR(ddRT-PCR)方法,以SIV M基因的保守序列为靶基因,设计并合成一套特异性引物和TaqMan探针,建立了可对主要流行的H1N1、H1N2和H3N2亚型SIV绝对定量检... 为建立灵敏且可绝对定量检测猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的微滴式数字RT-PCR(ddRT-PCR)方法,以SIV M基因的保守序列为靶基因,设计并合成一套特异性引物和TaqMan探针,建立了可对主要流行的H1N1、H1N2和H3N2亚型SIV绝对定量检测的通用型ddRT-PCR方法。随后,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行评价,并利用临床猪鼻咽拭子样品进行检测验证。结果显示:建立的ddRT-PCR方法检测限达到1.6 copies/µL,灵敏度极高;能特异性检出H1N1、H1N2和H3N2亚型SIV,与猪瘟病毒等其他常见猪病病原均无交叉反应;重复检测结果的批内和批间变异系数(CV)分别为0.75%、3.17%,重复性良好;经临床样品检测验证,建立的ddRT-PCR和荧光RT-qPCR方法分别检出阳性样品72、66份,提示前者在检测低病毒拷贝样品时较荧光RT-qPCR更优。结果表明,本研究建立的SIV通用型ddRT-PCR方法灵敏度高,特异性和重复性均良好,且在检测低病毒含量临床样本时更具优势,可作为一种对SIV感染进行早期诊断和绝对定量检测的有效方法。 展开更多
关键词 猪流感病毒 数字RT-pcr 通用型 绝对定量检测
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微滴式数字PCR定量检测包装饮用水中铜绿假单胞菌 被引量:1
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作者 刘艳 李诗瑶 +5 位作者 张伊动 张涛 林津 朱必婷 张莉 彭青枝 《中南农业科技》 2024年第8期55-58,共4页
建立一种微滴式数字聚合酶链式反应(Droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)定量检测包装饮用水中铜绿假单胞菌的技术。根据铜绿假单胞菌外毒素A(ETA)基因序列合成特异性引物和探针,通过多种菌株扩增验证方法特异性,通过人... 建立一种微滴式数字聚合酶链式反应(Droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)定量检测包装饮用水中铜绿假单胞菌的技术。根据铜绿假单胞菌外毒素A(ETA)基因序列合成特异性引物和探针,通过多种菌株扩增验证方法特异性,通过人工添加铜绿假单胞菌验证方法检出限。结果表明,建立的包装饮用水中铜绿假单胞菌ddPCR定量检测方法特异性强,检出限为10 CFU/mL,灵敏度高,适用性好。该方法可以满足包装饮用水中铜绿假单胞菌定量检测需求。 展开更多
关键词 数字pcr(ddpcr) 包装饮用水 铜绿假单胞菌 定量检测
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基于微滴式数字PCR技术检测树莓制品的定量分析方法
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作者 陈佳 张琳琳 +6 位作者 王晓茹 肖霄 张凯江 郭金颖 辛文 杨帛 孙伟 《现代食品》 2024年第7期196-201,共6页
为了检验树莓制品中是否掺杂其他成分,建立了微滴式数字聚合酶链式反应(Droplet Digital PCR,ddPCR)技术定量检测树莓成分的检验方法。结果表明,实验建立的树莓掺假模型的检测结果准确,为检测市售树莓制品中是否掺假提供了一种新的、更... 为了检验树莓制品中是否掺杂其他成分,建立了微滴式数字聚合酶链式反应(Droplet Digital PCR,ddPCR)技术定量检测树莓成分的检验方法。结果表明,实验建立的树莓掺假模型的检测结果准确,为检测市售树莓制品中是否掺假提供了一种新的、更加精确的定量手段。 展开更多
关键词 树莓 数字聚合酶链反应 定量检测 掺假
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微滴式数字PCR技术在菜豆晕疫病菌检测中的应用
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作者 刘晓宇 钱茱希 +5 位作者 郭静 杨静 李彬 吴翠萍 王振华 许剑涛 《安徽农业科学》 CAS 2024年第21期163-167,共5页
为了建立菜豆晕疫病菌(Pseudomonas savastanoi pv.phaseolicola)微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,实现菜豆晕疫病菌的高效率、高精度的检疫鉴定和疫情监控,以菜豆晕疫病菌为研究对象,以位点特异性重组酶作为靶标基因,SSRP_F、SSRP_R、SSR... 为了建立菜豆晕疫病菌(Pseudomonas savastanoi pv.phaseolicola)微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,实现菜豆晕疫病菌的高效率、高精度的检疫鉴定和疫情监控,以菜豆晕疫病菌为研究对象,以位点特异性重组酶作为靶标基因,SSRP_F、SSRP_R、SSRP_P为特异性引物与探针,建立菜豆晕疫病菌ddPCR反应体系,结果表明,菜豆晕疫病菌的ddPCR检测体系的绝对定量检测低限为0.6 copies/μL,ddPCR的检测灵敏度比常规PCR高2个数量级。同时研究了种子携带菜豆晕疫病菌是否具有活性,提高了疫情检出率。 展开更多
关键词 数字pcr技术 菜豆晕疫病菌 快速检测
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小反刍兽疫病毒液滴式数字PCR检测方法的建立及应用 被引量:2
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作者 苏佳 赵炜 +6 位作者 刘伟洁 白洪旭 陈延飞 孙淼 吴华伟 薛青红 陈晓春 《中国兽药杂志》 2024年第5期17-25,共9页
为实现小反刍兽疫病毒(Peste des petits ruminants virus,PPRV)的快速、准确、定量检测,以国内PPRV Clone 9疫苗株N基因为靶位点设计特异性引物及探针,建立了液滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)方法,并对其特异性、敏感性及重... 为实现小反刍兽疫病毒(Peste des petits ruminants virus,PPRV)的快速、准确、定量检测,以国内PPRV Clone 9疫苗株N基因为靶位点设计特异性引物及探针,建立了液滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)方法,并对其特异性、敏感性及重复性进行评价。将所建立的ddPCR方法与实时荧光定量PCR(Fluorescence quantitative PCR,qPCR)方法的灵敏度进行比较分析并应用于PPRV(Clone 9株)核糖核酸标准物质的定量。结果显示,所建立的ddPCR方法特异性好,仅PPRV检测结果为阳性,其他羊源病毒类生物制品及毒种检测结果均为阴性;敏感性高,基因拷贝数检出限度为4.33拷贝/μL,比qPCR方法的灵敏度(57.3拷贝/μL)高10倍;重复性好,重复性试验的变异系数为1.8%;定量准确,具有一定资质的9家单位各组测量数据组间变异系数小于5%。试验建立的ddPCR方法能够有效地对PPRV核酸进行快速检测,为PPRV的诊断及绝对定量提供了有效方法。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 数字pcr 荧光定量pcr 检测
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微滴式数字PCR定量检测转基因玉米品系VCO-01981-5 被引量:12
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作者 张佳玲 潘广 +5 位作者 章桂明 程颖慧 向才玉 陈枝楠 谢忠稳 凌杏园 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第12期246-252,共7页
建立基于QX100微滴式数字聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)平台的我国未批准转基因玉米品系VCO-01981-5的二重微滴式数字PCR定量检测方法。该方法选择基因组中单拷贝的玉米内源基因hmg和VCO-01981-5品系边界序列为定量靶... 建立基于QX100微滴式数字聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)平台的我国未批准转基因玉米品系VCO-01981-5的二重微滴式数字PCR定量检测方法。该方法选择基因组中单拷贝的玉米内源基因hmg和VCO-01981-5品系边界序列为定量靶序列,分别设计不同的PCR扩增引物和TaqMan探针,并对两种探针用不同的荧光进行标记,然后将上述探针和引物置于同一个PCR反应体系中以同时定量两个靶标序列。特异性实验结果显示该法只有VCO-01981-5品系的两个靶序列才都有扩增信号。灵敏度、线性和准确性实验结果显示在定量结果相对标准偏差不大于25%时,最低可稳定定量5个拷贝的VCO-01981-5品系特异性序列分子和4个拷贝的内源基因hmg分子;而在高达50 ng模板DNA以下范围内,PCR反应模板量与测定样品拷贝数之间呈高度正相关,相关系数达0.99以上;平均误差小于10%。结果表明本研究建立的该玉米品系定量方法特异性强,稳定性好,精确性、准确性以及灵敏度高,定量范围广,可用于进、出口农产品和食品中该转基因玉米品系成分的定量检测。此外,该法还可为其他转基因玉米品系及其他转基因作物品系建立类似定量检测方法提供参考。 展开更多
关键词 转基因玉米 品系VCO-01981-5 数字pcr 定量检测
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鲤疱疹病毒2型微滴式数字PCR检测方法的建立及比较分析 被引量:11
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作者 赵欣 贾鹏 +8 位作者 刘莹 王津津 史秀杰 潘广 郑晓聪 于力 何俊强 刘荭 吴志新 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2017年第4期126-133,共8页
本研究建立了定量检测鲤疱疹病毒2型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)的微滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法的灵敏性、重复性、特异性和临床样品检测做... 本研究建立了定量检测鲤疱疹病毒2型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)的微滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法的灵敏性、重复性、特异性和临床样品检测做了比较分析。结果表明,与qPCR相比,ddPCR具有相同的特异性,其灵敏性比qPCR低20倍。在定量CyHV-2 DNA时,ddPCR(R^2=0.994)和qPCR(R^2=0.994)均表现出良好的线性关系,且2种检测方法间的定量值呈正相关(R^2=0.989)。在定量检测相同稀释度的CyHV-2 DNA时,qPCR的定量值始终比ddPCR高10倍。ddPCR的组内和组间重复变异系数(CV)分别为0.59%–11.26%和6.55%–23.21%,而qPCR为16.57%–27.56%和22.31%–56.73%,说明ddPCR具有更好的稳定性。在临床样品定量检测时,ddPCR的检出率稍高于qPCR。本研究建立的ddPCR能够准确定量检测CyHV-2,将为CyHV-2相关研究提供有益参考。 展开更多
关键词 数字pcr 鲤疱疹病毒2型 实时荧光定量pcr 定量检测
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微滴式数字PCR技术定量检测发酵乳中金黄色葡萄球菌 被引量:28
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作者 周巍 李月华 +5 位作者 孙勇 李永波 张涛 刘琼 张岩 王丽霞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第16期287-291,共5页
基于微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,dd PCR)技术,建立发酵乳中金黄色葡萄球菌定量检测方法。以金黄色葡萄球菌nuc基因为目的片段设计特异性的引物和探针,优化反应体系,通过活菌提取和ddPCR方法... 基于微滴式数字聚合酶链式反应(droplet digital polymerase chain reaction,dd PCR)技术,建立发酵乳中金黄色葡萄球菌定量检测方法。以金黄色葡萄球菌nuc基因为目的片段设计特异性的引物和探针,优化反应体系,通过活菌提取和ddPCR方法对靶标基因的检测特异性和灵敏度进行实验,并对定量结果进行分析。本研究建立了发酵乳中ddPCR技术定量检测金黄色葡萄球菌的方法,检测特异性良好,检测灵敏度为3.3×10~1 CFU/g,定量的偏差率为+10.18%,证明了ddPCR用于绝对定量检测的可行性,为其他食品污染菌和致病菌标准化控制体系提供有益的示范作用。 展开更多
关键词 数字聚合酶链反应技术 发酵乳 定量检测 金黄色葡萄球菌
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鸭瘟病毒微滴数字PCR方法的建立与优化
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作者 邱艳红 廖维连 +4 位作者 蒋文明 杨得胜 宋迟 洪瑾芳 刘道泉 《中国动物检疫》 CAS 2024年第10期91-95,共5页
为快速、准确检测鸭瘟病毒(duck enteritis virus,DEV),根据GenBank中DEV UL6基因序列,设计了微滴数字PCR(ddPCR)的引物和探针,通过条件优化,建立了检测DEV的ddPCR方法,并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行了验证。结果显示:在57.1... 为快速、准确检测鸭瘟病毒(duck enteritis virus,DEV),根据GenBank中DEV UL6基因序列,设计了微滴数字PCR(ddPCR)的引物和探针,通过条件优化,建立了检测DEV的ddPCR方法,并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行了验证。结果显示:在57.1℃退火温度下,当引物浓度为1.50µmol/L,探针浓度为0.45µmol/L时,病毒拷贝数浓度达到最大,为332 copies/µL;该方法的最低检测限为0.7 copies/µL,且对非鸭瘟病原均仅扩增出阴性微滴,无交叉反应;组内和组间重复试验变异系数均小于10%。结果表明,本研究建立的DEV ddPCR方法具有灵敏度高、特异性强、重复性好和稳定性高的优点,可用于低DEV含量样品的检测及其感染的早期诊断和流行病学调查。 展开更多
关键词 鸭瘟病毒 数字pcr 方法建立 优化
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微滴式数字PCR与IHC联合FISH对乳腺癌新辅助化疗前后HER-2检测的分析 被引量:2
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作者 王金海 《罕少疾病杂志》 2023年第3期36-38,共3页
目的分析乳腺癌患者在新辅助化疗前后,采用微滴式数字PCR、IHC联合FISH检测人表皮生长因子受体2(epithelial growth factor receptor-2,HER-2)变化的价值。方法筛选96例乳腺癌患者均自2020年1月~2022年1月入院实施新辅助化疗,在化疗前... 目的分析乳腺癌患者在新辅助化疗前后,采用微滴式数字PCR、IHC联合FISH检测人表皮生长因子受体2(epithelial growth factor receptor-2,HER-2)变化的价值。方法筛选96例乳腺癌患者均自2020年1月~2022年1月入院实施新辅助化疗,在化疗前后采用微滴式数字PCR(设为观察组)、IHC联合FISH法(设为对照组)检测HER-2变化,分析两种方案检测结果、与金标准符合率。结果化疗前,观察组检测显示阳性为46(47.92%)例,阴性为50(52.08%)例;对照组检测显示阳性为42(43.75%)例,阴性为54(56.25%)例,两组检测结果显示对比无明显差异(P>0.05),符合率为96.88%、98.96%;化疗后,观察组检测显示阳性为44(45.83%)例,阴性为52(54.17%)例;对照组检测显示阳性为40(41.67%)例,阴性为56(58.33%)例,两组检测结果显示对比无明显差异(P>0.05),符合率为98.96%、98.96%。结论将微滴式数字PCR与IHC联合FISH法应用在乳腺癌新辅助化疗前后HER-2检测过程中,两种方案与金标准符合率较高,可有效弥补常规检测不足之处,并为临床疾病的诊断提供丰富参考,值得借鉴。 展开更多
关键词 数字pcr IHC FISH 乳腺癌 新辅助化疗 HER-2
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基于微滴数字PCR技术检测致敏原芒果成分
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作者 李恩静 王丹 +2 位作者 李龙 李赫婧 杨红莲 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2024年第9期50-55,115,共7页
[目的]建立微滴数字PCR技术检测致敏原芒果成分的方法。[方法]选取叶绿体trnH-psbA基因作为致敏原芒果成分检测的靶基因,设计特异性引物探针,对微滴数字PCR方法反应条件进行优化,对方法的灵敏度和稳定性进行验证,并应用于10批次食品样... [目的]建立微滴数字PCR技术检测致敏原芒果成分的方法。[方法]选取叶绿体trnH-psbA基因作为致敏原芒果成分检测的靶基因,设计特异性引物探针,对微滴数字PCR方法反应条件进行优化,对方法的灵敏度和稳定性进行验证,并应用于10批次食品样品中致敏原芒果成分检测。[结果]试验建立的微滴PCR方法特异性较好,不与芒果以外10种其他水果交叉反应,在上、下游引物和探针浓度分别为200,200,100 nmol/L,退火温度为52℃的最适微滴PCR反应条件下,方法的核酸水平检测灵敏度为5 pg/μL,芒果质量含量检测灵敏度为5 mg/kg,方法变异系数<25%,重复性好,应用于10批次食品样品检测结果与食品标签一致。[结论]该方法具有快速、特异性、灵敏度高的优点,适用于致敏原芒果成分的检测。 展开更多
关键词 数字pcr 芒果 致敏原检测
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非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR检测方法的建立及临床应用 被引量:4
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作者 张远龙 王超群 +5 位作者 黄育浩 杜睿 李永福 王自强 李敏 张险朋 《中国动物检疫》 CAS 2023年第10期87-94,共8页
为建立非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR方法,以非洲猪瘟病毒P72蛋白编码基因为靶基因设计引物和探针,利用正交试验方法优化反应体系及扩增程序,建立了非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR方法,并对其敏感性、特异性及稳定性进行评估。结果显示:建立的... 为建立非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR方法,以非洲猪瘟病毒P72蛋白编码基因为靶基因设计引物和探针,利用正交试验方法优化反应体系及扩增程序,建立了非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR方法,并对其敏感性、特异性及稳定性进行评估。结果显示:建立的方法最低检出限为0.58 copies/μL,与荧光PCR方法相比更敏感;本方法与布鲁氏菌、猪伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型和猪瘟病毒无交叉反应;对10倍稀释的标准物质检测10次,变异系数为8.44%,重复性好。利用建立的方法对100份临床样品进行检测,结果均为阴性,与荧光PCR检测结果一致;对5份实验室间比对样品进行检测,检测出阳性样品4份,阴性样品1份,与实验室间比对给定的样品盘结果一致。结果表明,本研究建立的微滴式数字PCR方法的敏感性、特异性和稳定性符合要求,适于非洲猪瘟病毒临床检测。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 数字pcr 荧光pcr 临床应用
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罗非鱼湖病毒微滴式逆转录数字PCR检测方法的建立 被引量:3
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作者 李敏 李永福 +5 位作者 黄育浩 陈灼均 莫钻兰 钟群芳 李本旺 张险朋 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期75-85,共11页
建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的罗非鱼湖病毒反转录微滴式数字PCR (RT-ddPCR)检测方法,可为罗非鱼湖病毒的定量检测提供技术支持。参照NCBI中GenBank登陆的TiLV第3段全基因序列,选择hypothetical protein gene基因作为靶位基... 建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的罗非鱼湖病毒反转录微滴式数字PCR (RT-ddPCR)检测方法,可为罗非鱼湖病毒的定量检测提供技术支持。参照NCBI中GenBank登陆的TiLV第3段全基因序列,选择hypothetical protein gene基因作为靶位基因设计合成了1对引物和探针,以TiLV-cDNA为模板,摸索、优化反应方法,建立与实时荧光RTPCR检测方法的线性关系,分析方法的敏感性、特异性、重复性,最后进行临床样品检测。结果显示,当引物、探针浓度分别为500、300 nmol·L^(-1)且退火温度为54.2℃时,建立的TiLV RT-ddPCR扩增反应效率最高、阴阳性微滴分布界限最明显、平均拷贝数较高;敏感性强,检测限低至2拷贝·μL^(-1),且在1~90 000拷贝·μL^(-1)范围内与实时荧光RT-PCR检测的线性关系较好(R2=0.995 8);检测变异系数低(4.86%);与其他5种常见的水生动物疫病病毒[鲤浮肿病毒(Carp edema virus, CEV)、锦鲤疱疹病毒(Koi herpesvirus, KHV)、草鱼出血病毒(Grass carp reovirus, GCRV)、鲫造血器官坏死病毒(Cyprinid herpesvirus 2, CyHV-2)、细胞肿大虹彩病毒(Red sea bream iridovirus, RSIV)]阳性样品未发生交叉反应;在临床样品的检测中,48份罗非鱼样品结果均为阴性,5份能力验证样品中3份为阳性,与能力验证满意结果一致。 展开更多
关键词 罗非鱼湖病毒 逆转录数字pcr 线性关系 特异性 变异系数
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微滴式数字PCR定量检测欧洲甜樱桃中掺假苹果成分的研究 被引量:7
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作者 陈佳 秦丽 +5 位作者 刘浩 杨帛 张凯江 赵冬梅 郭金颖 张媛媛 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第19期349-355,共7页
目的:基于微滴式数字PCR技术(Droplet Digital PCR,ddPCR)建立欧洲甜樱桃中掺假苹果成分定量检测的方法。方法:通过筛选欧洲甜樱桃、苹果成分特异性引物探针,建立ddPCR定量检测方法,构建质量和DNA含量的拟合曲线及DNA含量与拷贝数之间... 目的:基于微滴式数字PCR技术(Droplet Digital PCR,ddPCR)建立欧洲甜樱桃中掺假苹果成分定量检测的方法。方法:通过筛选欧洲甜樱桃、苹果成分特异性引物探针,建立ddPCR定量检测方法,构建质量和DNA含量的拟合曲线及DNA含量与拷贝数之间的拟合曲线,以DNA含量作为中间值,获得质量和扩增拷贝数的计算公式。其中线性拟合曲线R2均在0.99以上,且建立了相应的掺假模型以验证方法的准确性。结果:欧洲甜樱桃和苹果的质量和扩增DNA拷贝数的计算公式:M_(樱)=0.0833C−3.8420、M_(苹)=0.4084C−1.5747。在欧洲甜樱桃与苹果的掺假模型中相对误差最大为−19.17%,符合统计学要求。结论:建立欧洲甜樱桃制品快速检测方法为打击欧洲甜樱桃掺杂使假提供了强有力手段,保障了消费者的权益,对促进小浆果及其制品行业健康发展具有重要意义。 展开更多
关键词 欧洲甜樱桃 数字 pcr 定量检测 掺假 苹果
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微滴式数字PCR技术检测非小细胞肺癌患者外周血EGFR基因突变 被引量:10
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作者 毛旭华 汤俊明 +1 位作者 马芬芬 王彦 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2018年第8期589-592,共4页
目的分析微滴式数字PCR技术(droplet digital PCR,dd PCR)在非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC)患者外周血EGFR基因突变检测中的应用价值。方法采用dd PCR法与扩增阻滞突变系统技术(amplification refractory mutation sys... 目的分析微滴式数字PCR技术(droplet digital PCR,dd PCR)在非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC)患者外周血EGFR基因突变检测中的应用价值。方法采用dd PCR法与扩增阻滞突变系统技术(amplification refractory mutation system,ARMS)分别检测58例NSCLC患者及TKI治疗后耐药患者20例外周血EGFR基因突变,Kappa检验验证dd PCR法检测EGFR基因突变结果与ARMS法的一致性,并对检测结果进行分析比较。结果 ARMS法检测EGFR基因突变共检出34例患者,其中双突变患者5例,dd PCR法共检出38例患者,其中双突变患者10例;两者Kappa值=0.72,阳性一致率为97.50%,阴性一致率为72.73%,总一致率为86.30%;dd PCR法检测接受TKI治疗患者的20外显子p.T790M位点突变检出率为50.00%(10/20),而无TKI用药史患者均未检出;dd PCR法检出突变丰度<1%的突变位点占总突变位点的29.17%(14/48),ARMS法仅检出其中的35.71%(5/14)。结论 dd PCR法与ARMS法相比具有更高敏感性,且可绝对定量,EGFR基因突变的检出率更高。 展开更多
关键词 数字pcr技术 扩增阻滞突变系统技术 EGFR基因突变
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基于微滴式数字PCR技术对乙型肝炎低病毒血症患者血浆HBV DNA精准检测 被引量:1
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作者 范子豪 田原 +6 位作者 徐玲 曹亚玲 陈思思 潘桢桢 张向颖 段钟平 任锋 《临床检验杂志》 CAS 2022年第2期87-91,共5页
目的建立基于微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术检测HBV DNA的方法,并实现对乙型肝炎低病毒血症患者HBV DNA的精准检测。方法构建pUC57-HBV质粒作为阳性对照质粒,设计合成HBV DNA ddPCR引物及探针,以梯度稀释的阳性对照质... 目的建立基于微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术检测HBV DNA的方法,并实现对乙型肝炎低病毒血症患者HBV DNA的精准检测。方法构建pUC57-HBV质粒作为阳性对照质粒,设计合成HBV DNA ddPCR引物及探针,以梯度稀释的阳性对照质粒为模板进行ddPCR检测,完成标准曲线构建和检出限分析,并进行检测的重复性和特异性分析。收集首都医科大学附属北京佑安医院19例乙型肝炎低病毒血症患者的血浆样本(HBV DNA<10 IU/mL),提取HBV DNA后进行ddPCR检测。结果建立的基于ddPCR技术检测HBV DNA的方法检测下限低至1 copy/μL(阳性质粒稀释法);对3种不同拷贝的阳性对照质粒(1×10^(2)、1×10^(1)、1×10^(0) copies/μL)重复检测的变异系数分别为18.8%、9.9%、9.7%,且具有100%特异性;应用该方法在低于临床检测下限的乙型肝炎低病毒血症患者中,以1 copy/μL为临界值,HBV DNA的阳性检出率为68.42%。结论建立的ddPCR检测低病毒载量HBV DNA检测方法能够高灵敏和高特异地对乙型肝炎低病毒血症患者HBV DNA实现绝对定量。 展开更多
关键词 数字pcr 乙型肝炎病毒 低病毒血症 HBV DNA 精准检测
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多重微滴式数字PCR定量检测市售核桃乳中核桃、大豆源性成分 被引量:22
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作者 杨硕 江丰 +5 位作者 刘艳 李诗瑶 王鸣秋 马弋 林敏 张莉 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第16期280-286,共7页
目的:为市售核桃乳中核桃源及主要掺杂物种大豆两种源性成分建立准确、快速定量检测方法。方法:从植物组织(核桃、大豆)或是植物蛋白饮料(核桃乳饮料)提取核酸后,主要采用多重微滴式数字聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)... 目的:为市售核桃乳中核桃源及主要掺杂物种大豆两种源性成分建立准确、快速定量检测方法。方法:从植物组织(核桃、大豆)或是植物蛋白饮料(核桃乳饮料)提取核酸后,主要采用多重微滴式数字聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,测算单位质量核桃和大豆的目的基因拷贝数比值,建立基因拷贝数与质量之间的关系,进而利用该比例关系换算出植物蛋白饮料中核桃和大豆的投料量,以实现对植物蛋白饮料中植物源性成分的定量检测。结果:基于多重微滴式数字PCR定量检测市售产品中大豆和核桃源性组分的方法,引物探针特异性好,目标物种间无交叉反应;灵敏度高,核桃中掺杂大豆的质量检测限为0.5%,相对误差为5.6%。将单一源性5种不同质量下靶基因拷贝数之比与5种不同比例混合源性靶基因拷贝数之比通过重复3次检测,综合比较并拟合后得到单位质量下拷贝数(C_(大豆)/C_(核桃)=1.771 1)的换算比例值。在从商品超市中抽取的11份不同品牌的核桃乳中(仅含核桃一种植物源成分),多重微滴式数字PCR方法检测显示:11份样品均检出核桃源性成分,6份样品检出大豆源性成分,其中4份样品中大豆与核桃质量之比高于10%,判断存在掺杂使假;2份样品大豆与核桃质量之比低于0.2%,极低的检出量推断为工艺沾染。结论:采用多重微滴式数字PCR准确、快速的定量方法可作为鉴别核桃乳中掺杂使假问题的有效手段。 展开更多
关键词 核桃乳 多重数字pcr 投料比 掺杂使假
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