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全基因组混合模型关联分析的极速回归扫描法研究
被引量：
3
1
作者
赵敬丽
李淑玲
+1 位作者
高进
杨润清
《东北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第7期58-66,共9页
在全基因组混合模型关联分析(GWMMAS)中,利用剩余多基因遗传力代替方差比值(剩余多基因方差/误差方差),将多基因遗传力求解限制在(0,1)区间内。引入R语言Rcpp Armadillo程序包中的极速线性模型拟合函数(fast Lm Pure函数)快速估计单核...
在全基因组混合模型关联分析(GWMMAS)中,利用剩余多基因遗传力代替方差比值(剩余多基因方差/误差方差),将多基因遗传力求解限制在(0,1)区间内。引入R语言Rcpp Armadillo程序包中的极速线性模型拟合函数(fast Lm Pure函数)快速估计单核苷酸多态性(SNP)效应和完整LMM最大似然值。从由GBLUP估计的性状基因组遗传力出发,逐个高通量SNP的GWMMAS约需4次全基因组回归扫描。当仅关注EMMAX法估计的大效应或高显著水准标记时,GWMMAS运行时间缩短在两次扫描之内。与采用lm函数优化剩余多基因方差比的Fa ST-LMM法相比,极速回归扫描法可成倍提高GWMMAS计算效率。计算机模拟试验证实新方法统计和计算效率,运用极速回归扫描法可高效定位与牙鲆生长性状相关基因位点。
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关键词
全
基因
组混合模型关联分析
极速线性模型拟合函数
微效多基因遗传力
最大似然估计
基因
组回归扫描
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职称材料
题名
全基因组混合模型关联分析的极速回归扫描法研究
被引量：
3
1
作者
赵敬丽
李淑玲
高进
杨润清
机构
南京农业大学无锡渔业学院
东北农业大学生命科学学院
中国水产科学研究院生物技术研究中心
出处
《东北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第7期58-66,共9页
基金
中国水产科学研究院基本科研业务费专项资金资助项目(2017A001)
国家鲆鲽类产业技术体系(CARS-50-G02)
文摘
在全基因组混合模型关联分析(GWMMAS)中,利用剩余多基因遗传力代替方差比值(剩余多基因方差/误差方差),将多基因遗传力求解限制在(0,1)区间内。引入R语言Rcpp Armadillo程序包中的极速线性模型拟合函数(fast Lm Pure函数)快速估计单核苷酸多态性(SNP)效应和完整LMM最大似然值。从由GBLUP估计的性状基因组遗传力出发,逐个高通量SNP的GWMMAS约需4次全基因组回归扫描。当仅关注EMMAX法估计的大效应或高显著水准标记时,GWMMAS运行时间缩短在两次扫描之内。与采用lm函数优化剩余多基因方差比的Fa ST-LMM法相比,极速回归扫描法可成倍提高GWMMAS计算效率。计算机模拟试验证实新方法统计和计算效率,运用极速回归扫描法可高效定位与牙鲆生长性状相关基因位点。
关键词
全
基因
组混合模型关联分析
极速线性模型拟合函数
微效多基因遗传力
最大似然估计
基因
组回归扫描
Keywords
genome-wide mixed model association study
fastlmpure function
polygenic heritabilities
maximum likelihood estimation
genomic regression scan
分类号
Q348 [生物学—遗传学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
全基因组混合模型关联分析的极速回归扫描法研究
赵敬丽
李淑玲
高进
杨润清
《东北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
3
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