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利用real-time RT-PCR研究大型蚤对铜绿微囊藻毒素合成基因转录水平影响
被引量：
3
1
作者
宋瑞峰
王国祥
+4 位作者
徐瑶
邵继海
王中杰
刘洋
李仁辉
《湖泊科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期150-154,共5页
近年来关于浮游动物与微囊藻相互作用的研究逐渐被关注,其中有的研究认为浮游动物能够诱导产毒细胞毒素含量的变化.微囊藻毒素是由微囊藻毒素合成基因编码翻译的,目前关于浮游动物对微囊藻毒素合成基因相对表达的影响并无报道,本文首次...
近年来关于浮游动物与微囊藻相互作用的研究逐渐被关注,其中有的研究认为浮游动物能够诱导产毒细胞毒素含量的变化.微囊藻毒素是由微囊藻毒素合成基因编码翻译的,目前关于浮游动物对微囊藻毒素合成基因相对表达的影响并无报道,本文首次通过实时定量逆转录PCR方法研究铜绿微囊藻PCC7806产毒相关基因mcyB和mcyD在大型蚤胁迫下相对表达变化.结果显示微囊藻mcyB、mcyD基因相对表达均有上调,表明铜绿微囊藻PCC7806通过上调产毒基因的转录水平达到对大型蚤的诱导防御,从而为浮游动物与微囊藻相互作用研究提供新的依据.
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关键词
REAL-TIME
RT-PCR
微囊藻产毒基因
大型蚤
诱导防御
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职称材料
产毒微囊藻基因型及胞内外毒素含量的SVM预测
被引量：
1
2
作者
刘琦
卫鹏
+2 位作者
戴伟
毕相东
马志宏
《环境科学与技术》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期100-106,共7页
根据2021年5-8月淡水养殖池塘3个平行位点逐月实测数据,文章构建了基于支持向量机(SVM)的产毒微囊藻SNP/InDel基因型及胞内外毒素含量的预测模型。分析了各水化指标与产毒微囊藻6种基因型及胞内外毒素含量的相关系数,对原始数据归一化,...
根据2021年5-8月淡水养殖池塘3个平行位点逐月实测数据,文章构建了基于支持向量机(SVM)的产毒微囊藻SNP/InDel基因型及胞内外毒素含量的预测模型。分析了各水化指标与产毒微囊藻6种基因型及胞内外毒素含量的相关系数,对原始数据归一化,以径向基函数为核函数,通过5折交叉验证确定模型最优参数,建立了用水化指标预测产毒微囊藻6种基因型的6个模型,以及用水化指标、6种基因型预测胞内外毒素含量的2个模型。结果表明:每项水化指标都至少与1种产毒微囊藻基因型或1项毒素含量的相关系数大于0.3。在8个预测模型中,对训练集预测的均方误差均小于0.07,对训练集预测的决定系数均大于0.9,平均的测试集均方误差为0.054。可见,利用SVM预测养殖池塘中产毒微囊藻SNP/InDel基因型及胞内外毒素含量是可行的,且精度较高。
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关键词
SVM回归
产
毒
微囊
藻
基因
型
微囊
藻
毒
素
相关系数
预测模型
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职称材料
题名
利用real-time RT-PCR研究大型蚤对铜绿微囊藻毒素合成基因转录水平影响
被引量：
3
1
作者
宋瑞峰
王国祥
徐瑶
邵继海
王中杰
刘洋
李仁辉
机构
南京师范大学地理科学学院
中国科学院水生生物研究所
出处
《湖泊科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2011年第1期150-154,共5页
基金
国家水专项太湖课题(2009ZX07101-013-02)
中国科学院百人计划项目(082303-1-501)联合资助
文摘
近年来关于浮游动物与微囊藻相互作用的研究逐渐被关注,其中有的研究认为浮游动物能够诱导产毒细胞毒素含量的变化.微囊藻毒素是由微囊藻毒素合成基因编码翻译的,目前关于浮游动物对微囊藻毒素合成基因相对表达的影响并无报道,本文首次通过实时定量逆转录PCR方法研究铜绿微囊藻PCC7806产毒相关基因mcyB和mcyD在大型蚤胁迫下相对表达变化.结果显示微囊藻mcyB、mcyD基因相对表达均有上调,表明铜绿微囊藻PCC7806通过上调产毒基因的转录水平达到对大型蚤的诱导防御,从而为浮游动物与微囊藻相互作用研究提供新的依据.
关键词
REAL-TIME
RT-PCR
微囊藻产毒基因
大型蚤
诱导防御
Keywords
real-time RT-PCR
mcy gene clusters
Daphnia
induced defence
分类号
Q943 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
产毒微囊藻基因型及胞内外毒素含量的SVM预测
被引量：
1
2
作者
刘琦
卫鹏
戴伟
毕相东
马志宏
机构
天津市水产生态及养殖重点实验室
天津农学院基础科学学院
天津农学院水产学院
出处
《环境科学与技术》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期100-106,共7页
基金
国家自然科学基金面上项目(32172978,31772857)
甘肃省科技计划项目民生科技专项(21CX6NP223)
+1 种基金
天津市教委科技计划项目(2020ZD06)
中央引导地方科技发展专项(21ZYCGSN00500)。
文摘
根据2021年5-8月淡水养殖池塘3个平行位点逐月实测数据,文章构建了基于支持向量机(SVM)的产毒微囊藻SNP/InDel基因型及胞内外毒素含量的预测模型。分析了各水化指标与产毒微囊藻6种基因型及胞内外毒素含量的相关系数,对原始数据归一化,以径向基函数为核函数,通过5折交叉验证确定模型最优参数,建立了用水化指标预测产毒微囊藻6种基因型的6个模型,以及用水化指标、6种基因型预测胞内外毒素含量的2个模型。结果表明:每项水化指标都至少与1种产毒微囊藻基因型或1项毒素含量的相关系数大于0.3。在8个预测模型中,对训练集预测的均方误差均小于0.07,对训练集预测的决定系数均大于0.9,平均的测试集均方误差为0.054。可见,利用SVM预测养殖池塘中产毒微囊藻SNP/InDel基因型及胞内外毒素含量是可行的,且精度较高。
关键词
SVM回归
产
毒
微囊
藻
基因
型
微囊
藻
毒
素
相关系数
预测模型
Keywords
support vector machine regression
toxic Microcystis genotype
microcystin
correlation coefficient
prediction model
分类号
X171.5 [环境科学与工程—环境科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用real-time RT-PCR研究大型蚤对铜绿微囊藻毒素合成基因转录水平影响
宋瑞峰
王国祥
徐瑶
邵继海
王中杰
刘洋
李仁辉
《湖泊科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2011
3
在线阅读
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职称材料
2
产毒微囊藻基因型及胞内外毒素含量的SVM预测
刘琦
卫鹏
戴伟
毕相东
马志宏
《环境科学与技术》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
统计分析
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