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叶绿体序列和核微卫星显示同域分布润楠属物种杂交严重
1
作者 蒋凯 王正伟 陈小勇 《广西植物》 北大核心 2025年第3期555-566,共12页
樟科润楠属(Machilus Nees)植物为常绿乔木,是亚热带常绿阔叶林常见的优势种,具有重要的经济价值,但属内分类和种间系统进化关系存在较大争议。为了解其可能的原因,该文选择12个同域分布的润楠属物种,采用72个叶绿体DNA序列片段和10个... 樟科润楠属(Machilus Nees)植物为常绿乔木,是亚热带常绿阔叶林常见的优势种,具有重要的经济价值,但属内分类和种间系统进化关系存在较大争议。为了解其可能的原因,该文选择12个同域分布的润楠属物种,采用72个叶绿体DNA序列片段和10个核微卫星位点进行分析。结果表明:(1)72个叶绿体DNA序列片段共44025 bp的序列上仅有48个变异位点,多态性极低。(2)10个核微卫星标记在12个润楠属物种中通用性好、多态性高,不同物种间共享大量等位基因,独有等位基因少。(3)基于叶绿体DNA不能得到支持率高的一致系统进化树,微卫星标记支持建润楠(M.oreophila)、狭叶润楠(M.rehderi)和红楠(M.thunbergii)的分类地位,但其他物种间关系混乱且核-质系统进化关系冲突,其原因可能是种间频繁的杂交渐渗模糊了种间的界限。后续需综合形态学和多种分子标记,开发有效的分析工具,以理解润楠属内复杂的系统进化关系。 展开更多
关键词 润楠属 叶绿体序列 核微卫星 系统进化 渐渗杂交
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黑叶猴全基因组微卫星序列分布特征研究
2
作者 赵娟娟 黄小龙 +2 位作者 蒙秉顺 王作波 晏玉莹 《中国动物保健》 2025年第7期156-158,共3页
本研究基于雄性黑叶猴(Trachypithecusfrancoisi)全基因组序列(RefSeq编号:GCF_009764315.1),系统分析了微卫星序列(SSR)的分布特征、丰度、密度及其与基因组组成的关联。结果表明,黑叶猴全基因组共检测到1403902个微卫星,占基因组总长... 本研究基于雄性黑叶猴(Trachypithecusfrancoisi)全基因组序列(RefSeq编号:GCF_009764315.1),系统分析了微卫星序列(SSR)的分布特征、丰度、密度及其与基因组组成的关联。结果表明,黑叶猴全基因组共检测到1403902个微卫星,占基因组总长的0.909%,其中单碱基重复为主要类型(59.87%),性染色体SSR数量显著高于常染色体。染色体长度与SSR数量呈强正相关(P<0.0001,R=0.9130),但SSR丰度、密度与GC含量无显著关联。本研究为灵长类基因组进化及微卫星功能解析提供了基础数据。 展开更多
关键词 黑叶猴 全基因组 微卫星序列 分布特征
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杨树锈菌表达序列微卫星分析及EST-SSR标记开发 被引量：6
3
作者 万志兵 王小龙 +3 位作者 管宏伟 仰皖旭 尹佟明 张新叶 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期76-80,88,共6页
通过对64 498条杨树锈菌EST进行拼接,得到1 998个拼接片段(contigs),发现了604个SSR位点。在拼接片段中SSR平均密度为每736.6 bp含有1个SSR。在SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的44.70%。在二碱基重复中,最主要的优势重复... 通过对64 498条杨树锈菌EST进行拼接,得到1 998个拼接片段(contigs),发现了604个SSR位点。在拼接片段中SSR平均密度为每736.6 bp含有1个SSR。在SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的44.70%。在二碱基重复中,最主要的优势重复单元是AC和AT,三碱基中AGT和AAG为优势重复单元,四碱基、五碱基重复类型中,(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T,研究还发现杨树锈菌表达序列中微卫星丰度很高。杨树锈菌突变频率很高,由试验结果推测杨树锈菌基因中含有的微卫星序列是杨树锈菌基因变异的一个重要驱动力。杨树锈菌EST序列中高度变异的微卫星(长度大于20 bp)约占15.07%。针对检测到的微卫星位点,共设计了455对引物,并选取了30个SSR引物对对杨树锈菌基因组DNA进行PCR扩增,其中有27个引物对扩增成功,占90.0%。扩增产物电泳结果显示,有21个引物对扩增出的谱带在预期片段大小范围之内,有8个引物对在杨树锈菌DNA中检测到了多态性,多态性引物对占26.7%。 展开更多
关键词 表达序列标签 ssr标记 杨树锈菌 微卫星变异
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线尾锥齿鲷全基因组微卫星开发与多态性标记筛选
4
作者 张梦远 牛素芳 +3 位作者 吴仁协 邓文健 黄慧 李倩倩 《水产科技情报》 2025年第5期286-294,共9页
为开发线尾锥齿鲷(Pentapodus setosus)高多态性微卫星(SSR)分子标记,并为金线鱼科鱼类相关研究提供分子标记资源与参考数据,基于高通量测序,共获得191662条线尾锥齿鲷基因组序列,总长度为83980748 bp,从中检测到42291条包含微卫星位点... 为开发线尾锥齿鲷(Pentapodus setosus)高多态性微卫星(SSR)分子标记,并为金线鱼科鱼类相关研究提供分子标记资源与参考数据,基于高通量测序,共获得191662条线尾锥齿鲷基因组序列,总长度为83980748 bp,从中检测到42291条包含微卫星位点的序列,最终开发出35800个微卫星标记。从二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基重复型微卫星序列中挑选出250个位点进行多态性检测,其中44个位点具有多态性;基于三引物法,33个多态性微卫星位点可在群体中稳定扩增出特异性等位基因条带,其中二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基重复型微卫星序列分别有3、3、7、16和4个多态性微卫星位点。群体遗传学检测结果显示,33个位点的等位基因数(N_(a))为2~21(均值7.758),观察杂合度(H_(o))为0.094~1.000(均值0.675),期望杂合度(He)为0.091~0.936(均值0.712),多态信息含量(P_(IC))为0.627~0.931(均值0.809),表明所开发的33个微卫星位点均具有较高的多态性。经过Bonferroni校正(邦费罗尼校正)后,有30个位点符合哈迪-温伯格平衡,其中18个位点具有较低的无效等位基因频率、较高的多态信息含量和中高分辨能力,是线尾锥齿鲷资源评估等相关研究的理想分子标记。该研究从线尾锥齿鲷基因组中鉴定出大量具有不同重复型的有效微卫星位点,为该物种的遗传资源进化与管理、群体遗传学分析和适应性进化研究提供了重要的分子标记。 展开更多
关键词 线尾锥齿鲷 微卫星(ssr) 分子标记 多态性 基因组
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麻叶绣线菊叶绿体微卫星特征分析 被引量：1
5
作者 冉小艳 赵芳 +3 位作者 刘美 龙雨欣 何雨洁 赵月梅 《安徽农学通报》 2025年第1期67-72,共6页
为研究麻叶绣线菊叶绿体基因组简单重复序列(SSR)的特征,本研究基于GenBank数据库中收录的麻叶绣线菊叶绿体基因组序列,利用REPuter软件和MISA软件分析其叶绿体基因组特征、散在重复序列和叶绿体微卫星(cpSSR)特征。结果表明,麻叶绣线... 为研究麻叶绣线菊叶绿体基因组简单重复序列(SSR)的特征,本研究基于GenBank数据库中收录的麻叶绣线菊叶绿体基因组序列,利用REPuter软件和MISA软件分析其叶绿体基因组特征、散在重复序列和叶绿体微卫星(cpSSR)特征。结果表明,麻叶绣线菊的叶绿体全基因组序列长度为155932 bp,是典型的四分体结构;共识别出43个散在重复序列,其中回文重复最多,互补重复最少。其叶绿体全基因组序列上共识别出57个cpSSR位点,主要分布于大单拷贝区。cpSSR重复碱基组成有4种类型,分别为单碱基、二碱基、四碱基和五碱基,其中单碱基重复序列最多,有45个,占重复序列总数的78.95%;以五碱基最少,仅1个,占重复序列总数的1.75%。cpSSR长度区间为10~19 bp,其中10 bp长度最多,占比43.86%;麻叶绣线菊叶绿体cpSSR的拷贝数在3~19,其中以拷贝数为10的序列最多,有25个,占重复序列总数的43.86%。本试验探究了麻叶绣线菊叶绿体微卫星的分布规律和特点,为绣线菊属植物的物种鉴定、群体遗传和系统发育研究提供参考。 展开更多
关键词 麻叶绣线菊 叶绿体基因组 散在重复序列 微卫星
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脆蜜金柑果肉转录组SSR分布及其序列特征分析
6
作者 黄秋岚 田程飘 +3 位作者 刘功德 毛立彦 邓小红 龙凌云 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期583-591,共9页
【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列(SSR)的分布情况及序列特征,为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料,通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转... 【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列(SSR)的分布情况及序列特征,为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料,通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转录组测序,高质量测序数据经严格过滤、拼接及组装后,使用MISA对转录组测序得到的Unigenes进行SSR位点检索,并分析其分布情况及序列特征。【结果】脆蜜金柑果肉转录组测序数据经质控及组装后共获得32257条Unigenes,Unigenes总长度为63342722 bp;经MISA搜索,鉴定出22447个SSR位点,分布在11119条Unigenes上,SSR发生频率为34.47%,平均分布距离为2.82 kb。在22447个SSR位点中,以单核苷酸重复类型数量最多(14002个),占62.38%;其次是二核苷酸重复类型(3949个)和三核苷酸重复类型(3980个),分别占17.59%和17.73%。从22447个SSR位点共搜索出116种重复基元种类,且以A/T、AG/CT和AT/AT这3种重复基元的数量占绝对优势(合计占73.99%);A/T是单核苷酸重复基元中的绝对优势基元,占59.41%;AG/CT是二核苷酸重复基元中的优势基元,占8.87%;AAT/ATT是三核苷酸重复基元中的优势基元,占4.55%。SSR重复基元出现频次从5次到44次均有分布,以出现频次大于10次的SSR重复基元数量最多(10395个,占46.31%),其次是出现频次为10次的SSR重复基元(4997个,占22.26%)。脆蜜金柑果肉转录组SSR位点的平均基序长度为29.63 bp,以基序长度在12~20 bp的SSR位点数量最多(12692个,占56.54%),呈中度多态性。采用Primer3设计SSR引物,共有17118个SSR位点可设计出引物,成功率为76.26%。【结论】脆蜜金柑果肉转录组SSR位点数量庞大,基元类型丰富,呈中度以上多态性,可用于开发SSR分子标记,为金柑及其他柑橘属植物的遗传图谱绘制、病害抗病分析及种质资源鉴定等研究提供技术支撑。 展开更多
关键词 脆蜜金柑 转录组 简单重复序列(ssr) 序列特征 重复基元
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基于表达序列标签的微卫星标记(EST-SSRs)研究进展 被引量：90
7
作者 李永强 李宏伟 +1 位作者 高丽锋 何蓓如 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 2004年第1期91-95,共5页
作为一种新型分子标记 ,EST SSR来自表达基因 ,因而除具备传统基因组来源的SSR标记所有优势外 ,可能与基因功能表达具有直接或间接关系 ,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。本文综述了近几年来EST SSR用于遗传图谱构建、基因定位。
关键词 表达序列标签 微卫星标记 EST-ssrS 分子标记 表达基因 遗传
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基于甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列的微卫星位点鉴定和SSR标记开发 被引量：3
8
作者 徐志军 赵胜 +3 位作者 胡小文 孔冉 苏俊波 刘洋 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期722-729,共8页
分子标记缺乏是制约甘蔗分子标记技术发展的重要因素。本研究利用甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列,使用MISA软件分别鉴定出512835和97839个微卫星位点,分别占割手密基因组(AP85-441)和甘蔗基因组(R570)高质量参考序列的0.32%和0.35%。... 分子标记缺乏是制约甘蔗分子标记技术发展的重要因素。本研究利用甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列,使用MISA软件分别鉴定出512835和97839个微卫星位点,分别占割手密基因组(AP85-441)和甘蔗基因组(R570)高质量参考序列的0.32%和0.35%。在2个基因组序列中,优势重复单元均为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,各重复单元均以AT富集的基元为主。割手密和甘蔗基因组序列中分别有472117和89748个位点可以开发SSR标记。对割手密、甘蔗与高粱基因进行同源性分析,分别鉴定出16691个和13271个对应到高粱1~10号染色体上的同源基因,利用基因序列中的SSR位点,开发出13224和7624对SSR引物。对开发的引物分别以割手密和甘蔗基因组为模板进行e-PCR检测,这些引物在割手密基因组中以多位点扩增为主,在2个基因组中的有效标记比例分别为79.35%和36.13%、79.01%和93.36%。部分SSR引物在基因组中表现出特异性扩增,有1368对仅在AP85-441中单扩增,有1420对仅在R570序列中单扩增,共有752对SSR引物可在2个基因组中单扩增,且这些SSR的扩增位点和来源基因均分布于所在基因组的全部染色体上。在禾本科作物基因组中e-PCR检测表明,开发的单扩增SSR标记具有较好的特异性。本研究鉴定的SSR位点,有助于进一步丰富甘蔗的分子标记;开发的3540对SSR引物对于栽培种甘蔗遗传图谱构建中遗传来源区分和同源连锁群确定具有重要的参考意义。 展开更多
关键词 甘蔗 微卫星序列 同源基因 ssr标记 特异扩增
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保罗蓝睡莲花器官转录组SSR的分布及其序列特征分析 被引量：1
9
作者 毛立彦 黄秋伟 +8 位作者 於艳萍 丁丽琼 蔡元保 黄歆怡 覃茜 苏群 农晓慧 朱天龙 龙凌云 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期775-784,共10页
【目的】通过解析保罗蓝睡莲花转录组数据的SSR位点特征信息,开发新的与表型相关的SSR标记,为睡莲种质资源评价、新品种选育提供科学依据。【方法】以热带睡莲保罗蓝不同花器官部位(雌蕊、雄蕊、花瓣)的转录组数据为背景材料,用MISA软... 【目的】通过解析保罗蓝睡莲花转录组数据的SSR位点特征信息,开发新的与表型相关的SSR标记,为睡莲种质资源评价、新品种选育提供科学依据。【方法】以热带睡莲保罗蓝不同花器官部位(雌蕊、雄蕊、花瓣)的转录组数据为背景材料,用MISA软件检索序列的SSR位点,采用Excel对位点特征进行分析作图,Primer 3.0软件设计引物,TP-M13-SSR PCR筛选引物。【结果】在花器官转录组的39079条Unigenes中共检测到12365个SSR位点,位点发生频率为31.64%,平均每5.79 kb出现1个SSR位点。SSR位点的重复类型主要为二核苷酸重复碱基,占SSR位点总数的71.85%,优势重复类型为AG/CT,占碱基总数的61.34%;其次为三核苷酸重复碱基,为26.10%,优势重复类型是AAG/CTT,占比8.30%。SSR碱基重复次数在5~20次,序列长度为12~30 bp,平均长度18.38 bp。引物设计获得9212对引物,从中随机挑选100对进行PCR扩增验证,筛选出9对多态性好的引物,可将12份睡莲种质在遗传相似系数为0.735时聚为3支。【结论】热带睡莲保罗蓝花器官转录组中的SSR位点分布频率高、类型丰富,多态性较高,具较大的应用潜力。开发的9对SSR引物可将12份种质有效分开,进一步丰富了睡莲现有SSR标记,可为睡莲属植物的遗传多样性分析和分子辅助育种提供科学参考。 展开更多
关键词 热带睡莲 转录组 ssr 序列特征
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牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析 被引量：44
10
作者 戚文华 蒋雪梅 +2 位作者 肖国生 黄小云 杜联明 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1724-1733,共10页
本研究利用MSDB v2.4搜索牛和绵羊全基因组中完整型微卫星序列,并对其进行生物信息学分析。牛基因组共统计了806 272个微卫星位点,其微卫星数量最多的是第1条染色体,其次是第2、3、4、5、6条染色体,数量较少的是第25和28条染色体。绵羊... 本研究利用MSDB v2.4搜索牛和绵羊全基因组中完整型微卫星序列,并对其进行生物信息学分析。牛基因组共统计了806 272个微卫星位点,其微卫星数量最多的是第1条染色体,其次是第2、3、4、5、6条染色体,数量较少的是第25和28条染色体。绵羊基因组共统计了682 891个位点,其微卫星数量最多的也是第1条染色体,其次是第2、3条染色体和X性染色体,数量较少的是第24、25、26条染色体。通过检验表明,牛和绵羊染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性(r>0.80,P=0.000)。牛和绵羊基因组中单碱基重复类型微卫星数量最多(45.33%vs 44.42%),其次依次是二碱基>三碱基>五碱基>四碱基>六碱基重复类型。牛和绵羊基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AGC、ACG、AAC、AAT、AAAT、AAAC和AAAG,而其数量较少的是C、CG、AGT、CCG、ACT、AACG、AAGC、AACC、AACT、ACCG、AGCT、AGCG、CCGG和CCCG。 展开更多
关键词 牛 绵羊 基因组 微卫星序列 生物信息学
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刺参(Apostichopus japonicus)EST序列中微卫星分布分析及其标记的筛选 被引量：20
11
作者 孙国华 杨建敏 +3 位作者 宋志乐 孙孝德 王卫军 张宇 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期133-139,共7页
利用微卫星查找软件对现已公布的6632条刺参ESTs的数据库中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行筛选,进而对其微卫星的丰度和分布进行比较研究。共发现微卫星序列416个,占整个ESTs数据库的6.48%;其中含双碱基重复序列146个,数量最... 利用微卫星查找软件对现已公布的6632条刺参ESTs的数据库中2—6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行筛选,进而对其微卫星的丰度和分布进行比较研究。共发现微卫星序列416个,占整个ESTs数据库的6.48%;其中含双碱基重复序列146个,数量最多,占ESTs数据库中发现微卫星序列总数的65.86%;三、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的26.68%、1.68%、0.24%、5.53%。对含有SSR位点符合微卫星引物设计的EST序列利用Primer软件结合人工方法设计合成引物21对,其中13对有扩增产物且均为多态位点。扩增产物变性聚丙烯酰胺胶电泳,统计每个微卫星标记等位基因数目,计算等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度等统计学指标的评价。结果表明,在13个微卫星位点上,等位基因的数目从3到8不等,等位基因长度从175—382bp,观测杂合度和期望杂合度分别为0.158—0.650和0.198—0.841,所筛选微卫星标记可于遗传分析。 展开更多
关键词 刺参 微卫星 表达序列标签 等位基因
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微卫星序列及其应用 被引量：76
12
作者 罗文永 胡骏 李晓方 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期615-619,共5页
微卫星序列广泛存在于各类真核生物基因组中,一般为散在分布的中等程度重复序列。不同物种中,微卫星序列的含量以及占优势的微卫星序列类型各不相同。复制时,微卫星序列易于发生长度突变,这种突变与微卫星序列的复制滑移有关,同时也受... 微卫星序列广泛存在于各类真核生物基因组中,一般为散在分布的中等程度重复序列。不同物种中,微卫星序列的含量以及占优势的微卫星序列类型各不相同。复制时,微卫星序列易于发生长度突变,这种突变与微卫星序列的复制滑移有关,同时也受多种因素的影响。微卫星序列可能是原微卫星序列通过复制滑移使序列长度扩增形成的。进化过程中,微卫星序列的长度变化维持在一定的范围内。由于微卫星标记多态性高、重复性好,并且操作简单,因此在基因的定位、人类疾病诊断及预测、亲权分析、品种鉴定、进化研究,以及动植物分子标记辅助选择育种研究等领域中都有着重要的应用价值。 展开更多
关键词 微卫星序列 DNA滑移 基因组 多态性
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稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布 被引量：20
13
作者 李成云 李进斌 +2 位作者 周晓罡 董爱荣 许明辉 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期269-273,共5页
利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度... 利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。 展开更多
关键词 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记 水稻
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拟南芥叶绿体DNA全序列微卫星分布规律的分析 被引量：15
14
作者 王化坤 乔玉山 +2 位作者 娄晓鸣 薛华柏 章镇 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期845-850,共6页
为进一步以拟南芥为模板,开发果树通用的叶绿体微卫星或称简单序列重复(chloroplast simple sequence repeat,cpSSR)引物,对拟南芥叶绿体DNA全序列cpSSR进行了统计分析.结果表明,拟南芥cpSSR以单碱基重复为主,占总数的78.6%,二碱基重复... 为进一步以拟南芥为模板,开发果树通用的叶绿体微卫星或称简单序列重复(chloroplast simple sequence repeat,cpSSR)引物,对拟南芥叶绿体DNA全序列cpSSR进行了统计分析.结果表明,拟南芥cpSSR以单碱基重复为主,占总数的78.6%,二碱基重复占总数的19%,三碱基重复占2.4%,三碱基以上重复为零.在单碱基重复中,又以A和T重复为主,占98.5%.二碱基重复全部为AT重复.单碱基重复中的纯粹重复41个,占总数的62.1%.间断重复数为23个,占总数的34.8%.复合重复数仅为2个. 展开更多
关键词 拟南芥 叶绿体 DNA全序列 微卫星分布
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大豆对斜纹夜蛾抗生性基因的微卫星标记(SSR)的研究 被引量：14
15
作者 王慧 喻德跃 +1 位作者 吴巧娟 盖钧镒 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期91-95,共5页
以皖 8 2 - 1 78(抗 )×通山薄皮黄豆甲 (感 )组合衍生的重组近交系群体为材料 ,以幼虫重为抗性鉴定指标 ,对大豆抗斜纹夜蛾的基因 (QTL)进行SSR分子标记研究。从大豆公共连锁图谱(Creganetal.,1 999) 7个与抗虫性可能有关的连锁群... 以皖 8 2 - 1 78(抗 )×通山薄皮黄豆甲 (感 )组合衍生的重组近交系群体为材料 ,以幼虫重为抗性鉴定指标 ,对大豆抗斜纹夜蛾的基因 (QTL)进行SSR分子标记研究。从大豆公共连锁图谱(Creganetal.,1 999) 7个与抗虫性可能有关的连锁群上选取了 1 0 3对SSR引物 ,鉴定亲本和RIL家系DNA ,其中 1 8对引物在RIL家系间表现出多态性。应用t测验和方差分析法分析SSR标记与性状的连锁 ,并以R2 表示标记对性状变异的解释率。结果在D2、C2、H连锁群上分别找到一个与大豆对斜纹夜蛾抗性有关的SSR标记 ,即Satt1 35、Satt36 3、Satt4 42 ,单个标记对抗性变异的解释率分别为 5 .5 7%、2 .89%、8.7%。 展开更多
关键词 大豆 斜纹夜蛾 抗生性 基因 ssr 微卫星标记 性状 变异
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诸氏鲻虾虎鱼转录组序列中微卫星标记的初步筛选及特征分析 被引量：16
16
作者 蔡磊 余露军 +3 位作者 陈小曲 叶惠欣 陈琳 李建军 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期146-151,共6页
旨在为大规模开发诸氏鲻虾虎鱼微卫星标记,采用高通量测序技术,对诸氏鲻虾虎鱼肝脏转录组进行了测序。结果共获得47 979条Unigenes,利用微卫星查找程序在47 979条Unigenes中共获得6 225个微卫星位点(12.97%),平均每7.02 kb就出现1个微... 旨在为大规模开发诸氏鲻虾虎鱼微卫星标记,采用高通量测序技术,对诸氏鲻虾虎鱼肝脏转录组进行了测序。结果共获得47 979条Unigenes,利用微卫星查找程序在47 979条Unigenes中共获得6 225个微卫星位点(12.97%),平均每7.02 kb就出现1个微卫星位点。6 225个微卫星位点由226种重复基序组成,主要分布在三、四和五碱基重复类型中。在数量上,单碱基重复类型微卫星位点最多,占42.49%,二碱基和三碱基重复类型所占比例相似,分别为25.22%和26.27%,四、五、六重复类型较少,合计占6.03%。单碱基重复序列中最多的类型为A/T,二碱基重复序列中以AG/CT重复单元为主,三碱基重复序列中以AGC/TCG为优势类型。挑选部分二、三和四单元重复类型微卫星序列,共设计76对引物,可稳定扩增出目的条带的有55对,其中32对具有多态性。结果表明,利用诸氏鲻虾虎鱼转录组数据可快速大量开发微卫星标记。 展开更多
关键词 诸氏鲻虾虎鱼 转录组序列 微卫星 筛选 分布特征
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灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成 被引量：12
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作者 刘林 李成云 +5 位作者 杨静 业艳芬 李进斌 周晓罡 王云月 朱有勇 《西南农业学报》 CSCD 2006年第1期131-135,共5页
本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹... 本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。 展开更多
关键词 微卫星或简单重复序列 频率 分布 分子标记
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铁皮石斛微卫星SSR设计与应用 被引量：9
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作者 肖冬长 张智俊 管雨 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期88-92,共5页
通过Websat对来源于NCBI公共数据库的2 447条石斛属(Dendrobium)核苷酸序列进行简单重复序列SSR的搜索,剔除冗余序列后,找到124个SSR位点。利用primer3.0软件设计引物75对,并通过改良的方法提取铁皮石斛DNA作为模板,对铁皮石斛(Dendrobi... 通过Websat对来源于NCBI公共数据库的2 447条石斛属(Dendrobium)核苷酸序列进行简单重复序列SSR的搜索,剔除冗余序列后,找到124个SSR位点。利用primer3.0软件设计引物75对,并通过改良的方法提取铁皮石斛DNA作为模板,对铁皮石斛(Dendrobium officinaleKimuraetMigo)的SSR引物进行筛选,选出21对有较清晰且稳定的目标扩增产物的引物,对8个种源的铁皮石斛进行多态性分析和聚类分析,得到8个种源的铁皮石斛进行遗传多样性和亲缘关系。 展开更多
关键词 铁皮石斛 微卫星 ssr 多态性
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水稻细菌性条斑病抗性微卫星(SSR)标记的筛选及其在标记辅助选择中的应用 被引量：7
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作者 陈志伟 吴为人 +1 位作者 周元昌 景艳军 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2004年第2期202-205,共4页
为了标记辅助选择的需要,在利用RFLP和AFLP标记对控制水稻细菌性条斑病(简称细条病)的数量性状基因座(QTL)进行定位的基础上,进一步筛选了与3个效应较大的QTL连锁的SSR标记,并应用于把高抗细条病的品种Acc8558中的抗病基因导入到高感细... 为了标记辅助选择的需要,在利用RFLP和AFLP标记对控制水稻细菌性条斑病(简称细条病)的数量性状基因座(QTL)进行定位的基础上,进一步筛选了与3个效应较大的QTL连锁的SSR标记,并应用于把高抗细条病的品种Acc8558中的抗病基因导入到高感细条病的品种珍汕97B中的回交育种中.通过4次回交和1次自交,育成了5个遗传背景基本上与珍汕97B相同,导入了来自Acc8558的不同抗病区段的株系.本研究证明了将标记辅助选择技术应用于旨在改良单个数量性状的回交育种的可行性.这些抗病区段导入系为抗细条病QTL的精细定位以及研究不同QTL间的互作提供了条件. 展开更多
关键词 水稻 细菌性条斑病 抗性 微卫星标记 ssr 标记辅助选择
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乌鳢和斑鳢EST序列微卫星信息分析 被引量：7
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作者 谢楠 刘凯 +2 位作者 冯晓宇 姚桂桂 潘彬斌 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2016年第3期16-22,共7页
乌鳢（Channa argus,♂）、斑鳢（Channa maculatus,♀）是杂交鳢＂杭鳢1号＂的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析,结果表明,通过转录组测序获得乌鳢EST序列5... 乌鳢（Channa argus,♂）、斑鳢（Channa maculatus,♀）是杂交鳢＂杭鳢1号＂的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析,结果表明,通过转录组测序获得乌鳢EST序列59 959条,长度45 mb,发现15 428个SSR,出现频率为25.73%;获得斑鳢EST序列44 337条,长度27 mb,发现8 439个SSR,出现频率为19.03%。在乌鳢和斑鳢EST-SSR中,重复单元以1～2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值要低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低。 展开更多
关键词 乌鳢(Channa argus) 斑鳢(Channa maculatus) EST序列 微卫星
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