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基于SLAF-Seq技术的辣椒抗炭疽病QTL定位分析及SSR分子标记开发 被引量：1
1
作者 李怡斐 段敏杰 +3 位作者 黄任中 黄启中 王春萍 张世才 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期633-642,共10页
【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SL... 【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SLAF-Seq技术进行分子标记开发,构建高密图遗传连锁图谱。结合表型数据,利用复合区间作图法(CIM)对辣椒果实转色期的炭疽病抗性进行QTL分析。利用Microsatellite(MISA)在定位区间识别SSR位点。【结果】从亲本和子代样品共获得423351627条Reads,其中,来自PPTC26-3-1-1-1-1-1和1287分别为8130516和6621396条,F2代群体120个子代样品的平均Reads数量为34049987个。构建包含4671个SNP分子标记、分布于12个连锁群、总图距为1567.53 cM、平均图距为0.34 cM的辣椒高密度遗传图谱,检测到1个炭疽病抗性相关的QTL(CaR10.1),位于10号连锁群上187930592~189766111 bp物理区间内。共有23个基因定位在关联区域内,根据基因功能注释,其中1个基因编码假定晚疫病抗性蛋白同源物R1B-23异构体X2,1个基因编码PPR蛋白,可能与辣椒果实转色期炭疽病抗性相关。在关联到的QTL区间内开发出SSR分子标记T482,在F2代群体中的验证结果显示,T482引物在F2代群体单株中扩增结果与表型鉴定结果一致。F2代群体抗病和中抗单株中有53株具有抗病亲本的条带,有25株同时具有抗病亲本和感病亲本的条带;F2代群体感病单株中,有42株具有感病亲本的条带。【结论】构建高密度遗传连锁图谱,将辣椒果实转色期炭疽病抗性定位于10号连锁群,在关联区间开发出SSR分子标记T482,可初步鉴别辣椒果实转色期炭疽病抗性,同时结合针刺接种法鉴定,可提高鉴定的准确率。 展开更多
关键词 辣椒 SLAF-Seq 遗传图谱 炭疽病 QTL ssr分子标记
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基于微卫星分子标记的福建省灰茶尺蠖遗传分化分析
2
作者 陈钰洁 史凡 +4 位作者 江晨楠 高晓寒 林伊缤 李文韬 陈李林 《茶叶学报》 2025年第1期55-64,共10页
【目的】灰茶尺蠖Ectropis grisescens Warren作为茶园常见的食叶性害虫,广泛分布于福建省各产茶区并造成了一定的经济损失。开发并设计关于灰茶尺蠖微卫星位点的引物,以及对福建省不同地理种群的遗传差异进行研究,以了解其种群发生规律... 【目的】灰茶尺蠖Ectropis grisescens Warren作为茶园常见的食叶性害虫,广泛分布于福建省各产茶区并造成了一定的经济损失。开发并设计关于灰茶尺蠖微卫星位点的引物,以及对福建省不同地理种群的遗传差异进行研究,以了解其种群发生规律,为其可持续防控技术的开发提供参考。【方法】应用MISA软件检索灰茶尺蠖基因组和转录组序列,并对位点分布规律进行整理描述。再通过Primer 3和TBtools软件设计引物并进行模拟扩增,最终使用3种引物荧光标记法得到5对具有多态性的微卫星位点,并对福建省4个灰茶尺蠖地理种群的分化程度进行分析。【结果】灰茶尺蠖SSR位点数量巨大,重复类型较多,重复基元均呈现明显的AT偏向性。4个地理种群在5个位点中均有部分位点存在显著偏离哈迪-温伯格平衡现象。【结论】4个地理种群中,泉州种群分化差异最大,宁德种群有明显分化,三明种群与南平种群之间差异较小。 展开更多
关键词 灰茶尺蛾 微卫星分子标记 遗传多样性 种群分化 地理种群
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基于ISSR分子标记的青梅品种群遗传多样性分析 被引量：1
3
作者 李刘敏 王雪颖 +3 位作者 沈孝鑫 滕诗羽 胡晓波 陈发兴 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第2期203-211,共9页
为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性... 为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性引物,共扩增得到91个基因位点,其中多态性位点72个,占79.12%。Popgene软件分析结果表明,11个青梅品种的Nei′s遗传多样性指数平均值为0.2576,有效等位基因数平均值为1.4257,Shannon′s信息多样性指数平均值为0.3933。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,11个青梅品种可以分为3大类,第一大类包括‘灯架山1号’‘灯架山2号’‘小喜村3号’和‘白粉梅’;第二大类包括‘小喜村1号’‘小喜村2号’‘红梅’‘大水梅’‘青梅1号梨子叶’和‘翁种’;第三大类只有‘原生种’1个品种。11个青梅品种的遗传一致度为0.6154~0.8242,遗传距离为0.1934~0.4855。福建永泰‘小喜村1号’和‘小喜村2号’的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;福建永泰‘灯架山1号’与福建诏安元山‘大水梅’的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。 展开更多
关键词 青梅 简单重复序列区间 分子标记 亲缘关系 遗传多样性
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扇穗茅全长转录组SSR特征分析及分子标记开发
4
作者 富贵 刘玉萍 +2 位作者 苏旭 曲荣举 才让扎西 《草业学报》 北大核心 2025年第7期107-119,共13页
扇穗茅是青藏高原特有的一种具有重要生态和经济价值的禾本科草本植物,开发稳定高效的微卫星(SSR)分子标记可为其遗传多样性、系统发育和物种分布格局等研究提供重要的技术手段。本研究基于Pacbio测序平台获得扇穗茅全长转录组30624条Un... 扇穗茅是青藏高原特有的一种具有重要生态和经济价值的禾本科草本植物,开发稳定高效的微卫星(SSR)分子标记可为其遗传多样性、系统发育和物种分布格局等研究提供重要的技术手段。本研究基于Pacbio测序平台获得扇穗茅全长转录组30624条Unigene序列,利用MISA软件搜索到14089个SSR重复序列,SSR发生频率为33.85%;通过对SSR位点特征分析发现,SSR位点包含6种核苷酸重复类型,其中单、二、三核苷酸占所有核苷酸类型的97.35%,为主要重复类型;3种主导基序类型中,三核苷酸所形成的基元类型数目最多,共检测到10个基元类型,其中CCG/CGG基元类型占优,共形成1736个SSR位点,占三核苷酸总SSR位点的31.32%;随机挑选12个不同居群的扇穗茅样本对合成的160对引物进行PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测,最终获得扩增稳定、具特异性的15对SSR引物。基于扇穗茅27个居群、81个个体,对15对SSR引物多态性进行了分析,共扩增出132个观测等位基因,平均每对引物扩增出8.8个观测等位基因,有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、多态性信息含量(PIC)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)平均值分别为4.7799、1.6959、0.7270、0.8575和0.7648。基于Nei’s遗传距离利用UPGMA方法进行聚类分析,结果表明,扇穗茅居群间和居群内个体间存在明显的系统亲缘关系,不同居群间遗传距离可能和地理距离相关。本研究开发的15对SSR引物遗传多样性丰富,可为扇穗茅种质资源遗传变异研究提供更加有效的标记选择。 展开更多
关键词 扇穗茅 转录组 ssr 分子标记
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基于果实性状和ISSR分子标记的荔枝种质遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
5
作者 刘小英 吴碧君 +3 位作者 曾丽兰 张游南 林革 刘国强 《南方农业学报》 北大核心 2025年第7期2216-2229,共14页
【目的】基于果实性状和ISSR分子标记对34份荔枝种质开展遗传多样性及聚类分析,并构建DNA指纹图谱,以期为荔枝种质资源分类鉴定、评价和创新利用提供理论参考。【方法】以我国34份荔枝种质资源为研究对象,对其平均单果重、可溶性固形物... 【目的】基于果实性状和ISSR分子标记对34份荔枝种质开展遗传多样性及聚类分析,并构建DNA指纹图谱,以期为荔枝种质资源分类鉴定、评价和创新利用提供理论参考。【方法】以我国34份荔枝种质资源为研究对象,对其平均单果重、可溶性固形物含量、果形、龟裂片形状、缝合线是否明显等果实性状进行观测,并进行变异分析、多样性分析及相关分析,分别基于果实形状和ISSR分子标记进行聚类分析。最后基于ISSR分子标记检测结果构建DNA指纹图谱。【结果】34份荔枝种质的单果重17.0~57.5 g,可溶性固形物含量13.0%~20.7%,果形有心形、近圆球形、卵圆形、椭圆形、歪心形,龟裂片形状有隆起、锥尖状突起、平滑,缝合线明显或不明显。果实性状的Shannon-Weaver多样性指数为0.67~1.97,其中缝合线是否明显最低,可溶性固形物含量最高。单果重与可溶性固形物含量呈极显著负相关(P<0.01),果形与龟裂片形状呈显著正相关(P<0.05)。基于果实性状的聚类结果显示,在欧氏距离为8时,供试材料被分为四大类,果实性状聚类结果与荔枝种质的果实缝合线是否明显相关性较强,其次是按果形和龟裂片形状进行聚类,且各类群包含不同地区的种质,说明聚类结果与地理分布无明显相关性。17条ISSR引物共扩增出191条条带,其中多态性条带165条,平均多态性比率86.39%,引物UBC835、UBC846和UBC879多态性比率高达100.00%;等位基因数(Na)为1.6875~2.0000,平均为1.8422,有效等位基因数(Ne)为1.2498~1.7177,平均为1.4470,Nei’s基因多样性指数(H')为0.16~0.40,平均为0.26,Shannon’s信息指数(I)为0.2616~0.5746,平均为0.4015。基于ISSR分子标记的聚类结果显示,34份荔枝种质的遗传相似系数为0.5916~0.8691,平均为0.7359,在遗传相似系数0.7100时,供试材料被分成四大类,各类群均包含多个地区的荔枝种质,聚类结果与地理分布无明显相关性,而与果实成熟期存在一定的相关性。ISSR引物UBC857可用于构建34份荔枝种质资源的DNA指纹图谱。【结论】34份荔枝种质果实性状遗传多样性较丰富,但遗传相似系数较高,遗传基础较狭窄。基于果实性状的聚类结果与ISSR分子标记的聚类结果仅部分相同,均与地理分布无明显相关性,分别与荔枝种质的果实缝合线是否明显和果实成熟期存在相关性。引物UBC857可鉴别34份荔枝种质资源。 展开更多
关键词 荔枝 果实性状 Issr分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱
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利用SSR分子标记构建杂交水稻乐优966指纹图谱及纯度鉴定
6
作者 范家萌 吴晓亮 +4 位作者 汪文杰 张雨 徐四静 王兆贤 陈德胜 《农业科技通讯》 2025年第10期73-75,154,共4页
本试验以高产优质杂交水稻乐优966及其亲本为材料,根据《主要农作物品种真实性和纯度SSR分子标记检测稻》(GB/T 39917-2021)中要求的48对引物,构建该品种SSR分子标记指纹图谱,然后根据指纹图谱数据筛选该品种具有双亲互补带型的标记位... 本试验以高产优质杂交水稻乐优966及其亲本为材料,根据《主要农作物品种真实性和纯度SSR分子标记检测稻》(GB/T 39917-2021)中要求的48对引物,构建该品种SSR分子标记指纹图谱,然后根据指纹图谱数据筛选该品种具有双亲互补带型的标记位点进行纯度鉴定。结果表明,在28个标记位点上父母本呈互补带型,多态率占58.3%。其中有12个标记位点上双亲带型差异10 bp以上,可以混合多重毛细管电泳。经过筛选得知RM17、RM493、RM424引物稳定、带型清晰易判读,可以作为乐优966纯度鉴定的引物。利用3个引物对乐优966进行纯度鉴定,SSR分子标记鉴定结果与鉴定田表型鉴定结果近似,在允许误差范围内。综上可知,通过RM17、RM493、RM424这3个引物可以准确快速地鉴定乐优966的种子纯度,为乐优966生产制种及推广提供依据。 展开更多
关键词 杂交水稻 乐优996 ssr分子标记 指纹图谱 纯度鉴定
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雌雄防己生物性状差异及利用SSR分子标记进行雌雄防己早期性别鉴定研究
7
作者 闫国跃 董志鹏 +4 位作者 白燕远 李耀燕 苏梦雪 陈清 谢阳姣 《中华中医药学刊》 北大核心 2025年第1期64-68,共5页
目的观察雌雄防己生物性状差异并筛选鉴定雌雄防己的简单重复序列(Simple Sequence Repeats,SSR)位点,为明确防己雌雄差异及早期鉴定防己性别提供方法和依据。方法以人工迁地种植4年的防己为实验材料,对其生物性状差异进行观测和分析,... 目的观察雌雄防己生物性状差异并筛选鉴定雌雄防己的简单重复序列(Simple Sequence Repeats,SSR)位点,为明确防己雌雄差异及早期鉴定防己性别提供方法和依据。方法以人工迁地种植4年的防己为实验材料,对其生物性状差异进行观测和分析,并利用SSR分子标记鉴定技术挖掘雌雄防己特异SSR位点并验证,筛选获得可用于早期鉴定雌雄防己的SSR标记位点。结果雌性防己株型较大,分枝较多,所测雌雄防己数值型表型性状在0.05显著水平下均无显著差异;粉防己碱和防己诺林碱及药材直径、表面颜色、断面颜色在雌雄防己间差异不显著,但雌性防己药材相较于雄性体轻质脆,粉性更低。用微卫星识别工具(MIcroSAtellite identification tool,MISA)挖掘SSR分子标记位点,共得标记位点38956个,其中雄性植株获得25632个位点,雌性植株获得30389个位点,通过对比雌雄防己特异SSR位点,共获得98个鉴别防己雌雄的优选位点,经验证基于该类位点两端保守序列设计的引物能够有效鉴定防己性别。结论雌雄防己表型性状及药材性状有一定的差异,但整体质量性状差异不明显;研究筛选的SSR分子标记差异基因位点能够在早期鉴定防己的性别,可为防己的种植产业发展提供有效依据。 展开更多
关键词 防己 性状差异 ssr分子标记
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基于SSR标记的象草F_(1)代杂种分子鉴定及表型变异分析
8
作者 张献芳 聂刚 +3 位作者 黄思源 余帅 左粟田 张新全 《草业学报》 北大核心 2025年第11期114-124,共11页
采用传统杂交方法,以象草品种“GM1”为母本、新品系“F-B”为父本进行杂交,获得536个杂种后代,并从中选取150个有代表性的F_(1)代株系群体进行变异分析。本研究结合表型性状和SSR分子标记,对这些后代进行杂种鉴定及表型变异分析,旨在... 采用传统杂交方法,以象草品种“GM1”为母本、新品系“F-B”为父本进行杂交,获得536个杂种后代,并从中选取150个有代表性的F_(1)代株系群体进行变异分析。本研究结合表型性状和SSR分子标记,对这些后代进行杂种鉴定及表型变异分析,旨在为象草种质创新和品种改良提供技术支撑。结果表明:1)F_(1)代群体较亲本表型变异丰富,其中叶长明显强于亲本,具有明显的杂种优势,性状存在显著差异,变异系数为5.90%~21.05%;2)筛选出的14对SSR引物共扩增得到219条清晰条带,其中多态性条带118条,多态性比率(PPB)54.18%;每个SSR位点的多态信息含量(PIC)为29.59%~44.63%,均值为35.40%;3)对亲本及杂交F_(1)代进行聚类分析可知,基于表型数据的聚类分析将杂交后代分为3类;基于SSR分子标记的聚类分析将杂交后代分为4类,SSR分子标记进一步证实了母本在遗传上的主导地位;4)利用特异性引物可以准确鉴定出真杂种,鉴定率高达98%,大部分真杂种条带为双亲互补型,部分为父本型,表明F_(1)代中存在父母本的遗传信息。通过对150个F_(1)代株系群体的表型性状和筛选出的15对SSR核心引物分析,能有效鉴定杂种的真实性,为后续杂交育种选育新品系提供后备材料。 展开更多
关键词 象草 杂种F_(1)代 杂种鉴定 ssr分子标记 表型分析 遗传多样性
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基于转录组数据的连翘SSR分子标记开发
9
作者 马致静 刘灵娣 +3 位作者 温春秀 赵敏 李晓东 姜涛 《特产研究》 2025年第2期11-17,共7页
为开发连翘简单重复序列(Simple sequencerepeats,SSR)分子标记,并应用SSR分子标记进行连翘种质的亲缘关系分析,本研究利用MISA软件分析连翘转录组数据,随机筛选设计SSR引物,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳开发连翘SSR分子标记。研究分析显示,... 为开发连翘简单重复序列(Simple sequencerepeats,SSR)分子标记,并应用SSR分子标记进行连翘种质的亲缘关系分析,本研究利用MISA软件分析连翘转录组数据,随机筛选设计SSR引物,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳开发连翘SSR分子标记。研究分析显示,共获得217959条Unigene序列,平均序列长度为1169bp,N50达到1754bp;对Unigene序列进行分析,发现了54809个SSR位点,位点发生频率13.44%,平均分布距离8.69 kb;连翘转录组SSR信息中,单碱基重复比例最高(49.18%),其次为双碱基重复(29.67%);连翘转录组中单个SSR位点信息中共包含561种重复基原,A/T(48.61%)、AG/TC(30.61%)分别为优势重复基原类型;序列长度在10~27bp之间的SSR位点占SSR位点总数的96.30%。聚丙烯凝胶电泳筛选获得10对条带清晰、稳定性强且多态性明显的引物。利用10对引物对6份连翘种质进行遗传多样性分析,扩增得到25个等位基因,有效等位基因数平均值为1.86。本研究通过聚丙烯凝胶电泳开发出10对连翘SSR分子标记,能有效区分不同连翘种质资源,同时验证了SSR分子标记是连翘遗传多样性分析的一种高效、稳定的技术手段。 展开更多
关键词 连翘 转录组 ssr分析 分子标记 种质资源
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基于ISSR分子标记的新疆西天山栒子属种质资源遗传多样性分析
10
作者 阿克居力得孜·努尔改里得 李茹雪 +2 位作者 杨禧雨 陆彪 周龙 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第5期905-915,共11页
为探究新疆西天山栒子属各居群之间的遗传多样性水平及亲缘关系,利用ISSR分子标记对新疆西天山15个野生居群112份栒子属植物进行遗传多样性分析。研究发现,15条ISSR引物共扩增出166个条带,其中多态性条带143个,平均多态性条带比例为86.2... 为探究新疆西天山栒子属各居群之间的遗传多样性水平及亲缘关系,利用ISSR分子标记对新疆西天山15个野生居群112份栒子属植物进行遗传多样性分析。研究发现,15条ISSR引物共扩增出166个条带,其中多态性条带143个,平均多态性条带比例为86.29%,新疆西天山15个野生居群112份栒子属植物的Nei′s基因多样性指数和香农信息指数分别为0.2124和0.3254,各居群间遗传分化系数为0.4259,基因流为0.6740,表明栒子属野生居群水平的遗传分化程度极大且各居群间存在一定的基因交流。新疆西天山栒子属植物在整体水平上的遗传差异明显,遗传多样性较高。在居群水平上,特克斯县北山毛溜沟居群的遗传多样性最为丰富。聚类结果显示,绝大部分地理位置相近的居群聚为一类,但也有部分地理位置相近的居群并没有聚在一起。本研究结果可为新疆西天山栒子属种质资源的有效保护及开发利用提供重要参考依据。 展开更多
关键词 新疆西天山 栒子属 遗传多样性 Issr分子标记
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基于SSR分子标记的新育种方法在新塔棉11号选育中的应用
11
作者 曹娟 李天义 +7 位作者 张朝晖 田西京 余智斌 韦继超 王宁 张逸彬 李军华 石建斌 《农业科技通讯》 2025年第11期182-186,共5页
为有效解决棉花高品质与丰产之间难以有机结合的技术难题,以优质丰产多抗协同改良为主攻目标,建立了基于分子标记的优质丰产复合育种新技术,该育种技术结合了棉花亲本“遗传背景分子鉴定、亲本来源表型性状优势互补、优良性状亲本创制... 为有效解决棉花高品质与丰产之间难以有机结合的技术难题,以优质丰产多抗协同改良为主攻目标,建立了基于分子标记的优质丰产复合育种新技术,该育种技术结合了棉花亲本“遗传背景分子鉴定、亲本来源表型性状优势互补、优良性状亲本创制”等选育技术与后代群体多逆境生态穿梭鉴定技术。通过该技术选育出的棉花新品种有效聚合了多个亲本的优质、高产、抗病、宜机采等优良性状基因,在纤维品质、抗病性、籽棉和皮棉产量方面表现突出,为培育早熟优质、高产稳产、抗病宜机采的棉花新品种提供了一种新方法。本文作者以新塔棉11号的选育为例对该育种技术进行了介绍。 展开更多
关键词 陆地棉 新塔棉11号 分子标记辅助选择 育种方法
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运用SRAP和SSR分子标记鉴定铁皮石斛与金钗石斛F1代杂种的真实性 被引量：1
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作者 杜俊峰 袁瑗 +1 位作者 邓春莉 任羽 《现代园艺》 2025年第2期6-8,共3页
为了鉴定铁皮石斛和金钗石斛杂交F1代杂种的真实性,运用SRAP和SSR分子标记鉴定F1代。结果表明,从20对SR AP引物和10对SSR引物中各选出1对用于22株F1代鉴定,鉴定结果为21株是真杂交种,真杂交种率为95.4%。由此可知,用SSR和SRAP标记鉴定... 为了鉴定铁皮石斛和金钗石斛杂交F1代杂种的真实性,运用SRAP和SSR分子标记鉴定F1代。结果表明,从20对SR AP引物和10对SSR引物中各选出1对用于22株F1代鉴定,鉴定结果为21株是真杂交种,真杂交种率为95.4%。由此可知,用SSR和SRAP标记鉴定石斛杂交后代可行,对加快石斛育种的速度,缩短育种的时间年限和石斛的种质资源保护具有重要意义。 展开更多
关键词 ssr分子标记 SRAP分子标记 铁皮石斛 金钗石斛 杂种鉴定
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利用SSR分子标记分析玉米种质资源的遗传多样性
13
作者 闫雪纯 马昕 兰进好 《青岛农业大学学报(自然科学版)》 2025年第1期7-13,共7页
种质资源的遗传多样性是育种工作的重要物质基础,在玉米新品种选育和品种改良中发挥着十分重要的作用。为确保种质资源的合理利用,利用40对SSR引物对342份玉米新种质进行了遗传多样性分析。结果表明:共检测出205个等位基因位点,每对引... 种质资源的遗传多样性是育种工作的重要物质基础,在玉米新品种选育和品种改良中发挥着十分重要的作用。为确保种质资源的合理利用,利用40对SSR引物对342份玉米新种质进行了遗传多样性分析。结果表明:共检测出205个等位基因位点,每对引物可检测到的等位基因数在2~8个之间,平均为5.125个;有效等位基因数为1.656~7.664,平均为4.658;多态性信息含量为0.318~0.855,平均为0.722。通过邻接法聚类分析,将342份玉米种质划分为6个类群,其中来源明确的玉米种质和标杆自交系的类群归属与系谱完全吻合。该批种质材料研究结果可以为玉米育种中种质创新、组合选配提供丰富的种质资源和有用的遗传信息。 展开更多
关键词 玉米 种质资源 ssr分子标记 遗传多样性
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基于ISSR分子标记的钻天柳遗传多样性分析
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作者 张煜 高金辉 +4 位作者 薛永辉 江振 张国财 张和阳 张厚良 《林业科技》 2025年第4期33-39,共7页
2021-2022年在大、小兴安岭设置18个天然分布点及样地,采集50株钻天柳样本。利用改进的CTAB方法提取叶片的基因组DNA,通过ISSR-PCR扩增筛选引物并确定最佳退火温度。结果表明,提取的基因组DNA符合要求,确定了10条引物及相应退火温度。... 2021-2022年在大、小兴安岭设置18个天然分布点及样地,采集50株钻天柳样本。利用改进的CTAB方法提取叶片的基因组DNA,通过ISSR-PCR扩增筛选引物并确定最佳退火温度。结果表明,提取的基因组DNA符合要求,确定了10条引物及相应退火温度。钻天柳居群种群遗传多样性相对丰富,多态条带百分率平均值为91.91%,物种水平为92.22%,有一定遗传变异,且海拔548 m时Shannon信息指数、Nei's基因多样性指数达到最高值。种群间遗传分化系数GST=0.2303,遗传分化明显有基因流,5个天然居群亲缘关系较近,遗传相似度0.8867~0.9651,遗传距离0.0355~0.1203,29株个体分为4大组群。研究认为钻天柳遗传多样性源于遗传变异,其繁育系统和种子传播方式影响遗传结构,地理隔离影响不显著。 展开更多
关键词 钻天柳 Issr分子标记 遗传多样性 遗传结构
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基于SSR分子标记的不同蕨麻品种种子纯度与真实性鉴定
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作者 王秀梅 李军乔 +1 位作者 罗永欣 吕博文 《种子》 北大核心 2025年第3期75-81,92,共8页
为提高蕨麻品种纯度,保持和恢复优良品种的种性,以提纯复壮后的青海蕨麻2号、青海蕨麻3号和蕨麻4号(品系)为材料,采用常规方法及SSR分子标记技术对蕨麻种子形态特征及种子纯度进行鉴定分析。结果表明,青海蕨麻2号提纯复壮后种子形态、... 为提高蕨麻品种纯度,保持和恢复优良品种的种性,以提纯复壮后的青海蕨麻2号、青海蕨麻3号和蕨麻4号(品系)为材料,采用常规方法及SSR分子标记技术对蕨麻种子形态特征及种子纯度进行鉴定分析。结果表明,青海蕨麻2号提纯复壮后种子形态、块根直径、百粒重、商品率、单产、生活力、发芽率、发芽势和纯度分别增加181.23%、84.33%、40.51%、50.00%、73.71%、2.99%、1.76%、1.00%和181.23%;青海蕨麻3号提纯复壮后种子形态、块根直径、百粒重、商品率、单产、生活力、发芽率、发芽势和纯度分别增加13.92%、46.90%、161.60%、5.00%、94.73%、1.00%、1.23%、3.00%和13.92%;蕨麻4号提纯复壮后种子形态、块根直径、百粒重、商品率、单产、生活力、发芽率、发芽势和纯度分别增加49.71%、191.33%、33.05%、8.00%、42.20%、2.93%、4.60%、2.00%和49.71%。从蕨麻已知的40对引物中筛选出多态性较丰富的8条核心引物进行SSR标记,结果表明,P12、P14、P25、P28可以用来鉴定种子纯度,P12引物中青海蕨麻2号、青海蕨麻3号和蕨麻4号的种子纯度分别为90.00%、94.00%、92.00%;SSR分子标记鉴定结果与田间鉴定结果一致,该鉴定方法操作简单,能够替代传统杂交种子纯度和真实性鉴定方法。 展开更多
关键词 蕨麻 种子形态 ssr分子标记 种子纯度 真实性
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基于ISSR分子标记的金花菌遗传多样性分析
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作者 吴凤 黄显雅 +3 位作者 秦玉燕 周海兰 蒋越华 李菊馨 《南方农业学报》 北大核心 2025年第7期2230-2238,共9页
【目的】基于ISSR分子标记对不同地理来源的金花菌进行遗传多样性分析,为金花菌菌种资源的分类鉴定、评价及挖掘利用提供科学依据。【方法】利用ISSR分子标记对湖南益阳、陕西咸阳、广西横州和广西梧州4个不同地理来源的61株金花菌菌株... 【目的】基于ISSR分子标记对不同地理来源的金花菌进行遗传多样性分析,为金花菌菌种资源的分类鉴定、评价及挖掘利用提供科学依据。【方法】利用ISSR分子标记对湖南益阳、陕西咸阳、广西横州和广西梧州4个不同地理来源的61株金花菌菌株进行遗传多样性分析;使用NSYSpc 2.10e计算不同菌株之间的遗传相似系数并进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,使用PopGene 1.32计算遗传多样性相关参数。【结果】使用11条ISSR引物共扩增获得168个位点,其中多态性位点158个,多态性比例为94.0%。UPGMA聚类分析结果显示,61株金花菌菌株之间的遗传相似系数在0.48~1.00;当遗传相似系数为0.60时,61株金花菌菌株被分为5个类群,类群Ⅰ为冠突曲霉(Aspergillus cristatus),类群Ⅱ为谢瓦氏曲霉(Aspergillus chevalieri),类群Ⅲ为假灰绿曲霉(Aspergillus pseudoglaucus),类群Ⅳ为Aspergillus cibarius,类群Ⅴ为赤曲霉(Aspergillus ruber)。4个地理群体的Nei’s遗传一致度在0.7409~0.9967,平均值为0.8607;遗传距离在0.0033~0.3000,平均值为0.1560;其中,陕西咸阳群体与湖南益阳群体之间的遗传距离最小,Nei’s遗传一致度最高,而广西梧州群体与湖南益阳群体之间的遗传距离最大,Nei’s遗传一致度最低。61株金花菌菌株的平均Nei’s基因多样性指数(H')为0.2622,平均Shannon’s信息指数(I)为0.4082,群体间遗传分化系数为0.4228,群体基因流值为0.6825。【结论】金花菌菌株具有丰富的遗传多样性,ISSR类群划分与金花菌菌种分类具有一定关联,同一菌种的遗传多样性与地理来源之间不存在明显的相关性。 展开更多
关键词 金花菌 曲霉属 冠突曲霉 Issr分子标记 遗传多样性
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小麦抗条锈基因Yr5、Yr9和Yr18分子标记的特异性评估 被引量：1
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作者 孙振宇 黄亮 +1 位作者 黄苗苗 刘太国 《麦类作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期45-51,共7页
Yr5、Yr9(1B/1R)、Yr18基因的自身性状或连锁性状在中国小麦育种中具有重要的应用前景。本研究运用以Avocet S为背景的单基因近等基因系及其对应基因的载体品种,对Yr5基因的连锁标记STS9/10,Yr9(1B/1R)基因的分子标记AF1/4、D15、20H,Y... Yr5、Yr9(1B/1R)、Yr18基因的自身性状或连锁性状在中国小麦育种中具有重要的应用前景。本研究运用以Avocet S为背景的单基因近等基因系及其对应基因的载体品种,对Yr5基因的连锁标记STS9/10,Yr9(1B/1R)基因的分子标记AF1/4、D15、20H,Yr18基因的分子标记csLV34、cssfr1~cssfr5进行有效性验证。结果表明,Yr5基因的特异性分子标记STS9/10、Yr9(1B/1R)基因的特异性分子标记AF1/4、D15和20H均能够准确识别不同遗传背景材料中的相应抗性基因;Yr18基因分子标记cssfr2能够准确检测Yr18的非载体材料,并检测出Avocet S*6/Yr5、Avocet S*6/Yr24、Avocet S*6/Yr27三个材料具有Yr18的等位变异。这说明Yr5基因的连锁标记STS9/10,Yr9(1B/1R)基因的分子标记AF1/4、D15、20H能对目的基因进行有效检测,Yr18基因的几个分子标记结合使用不仅能够对目的基因进行有效检测,而且能够识别该位点的等位变异。 展开更多
关键词 抗条锈基因 分子标记 特异性
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基于SSR分子标记的新疆83个常规陆地棉品种亲缘关系分析
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作者 牛清东 杨延龙 《中国棉花》 2025年第7期32-37,共6页
采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0... 采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0343132)对样品SSR数据位点进行两两比较,分别利用Powermarker V3.25、NTSYSpc-2.10e、Structure 2.3.4、GenALEx 6.502进行SSR多态性分析、亲缘关系分析、群体结构分析和主成分分析。结果表明,60对SSR引物共扩增出153个等位变异,平均等位变异数为2.55,平均多态性信息含量为0.32。83份品种两两比较共产生了3403个组合,差异位点范围为0~47,位点差异大于2的组合有3290个,占组合数的96.7%。亲缘关系分析、群体结构分析和主坐标分析的分类结果基本一致,83份样品被划分为2个群体pop1和pop2,pop2包含pop2A和pop2B亚群。亲缘关系分析显示,棉种样品间的相似系数在0.503~1.000,平均值为0.690,说明棉种样品间遗传背景较窄、亲缘关系较近。主坐标分析结果显示:pop1共有样品15份,均为早熟品种;pop2A共有样品52份,其中含早熟品种29份、早中熟品种23份;pop2B共有样品16份,其中有早熟品种9份、早中熟品种7份,并没有明显的地理分类特征。这些结果可为新疆棉花品种选育和管理提供参考。 展开更多
关键词 陆地棉 简单重复序列(simple repeated sequence ssr) 分子标记 亲缘关系 近似品种 群体结构分析 主成分分析 多态性
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ISSR分子标记在筒管玉丝瓜纯度鉴定中的应用
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作者 李瑞霞 钱春桃 +4 位作者 吴凌晨 王立安 陶启威 倪维晨 席庆 《农业与技术》 2025年第16期19-22,共4页
种质资源是农作物新品种选育的重要物质基础,地方特色品种是种质资源的重要组成,开展地方特色品种提纯复壮及纯度鉴定,对地方品种资源保护和开发具有重要意义。本研究通过对地方特色丝瓜品种进行提纯复壮,并利用ISSR分子标记技术对提纯... 种质资源是农作物新品种选育的重要物质基础,地方特色品种是种质资源的重要组成,开展地方特色品种提纯复壮及纯度鉴定,对地方品种资源保护和开发具有重要意义。本研究通过对地方特色丝瓜品种进行提纯复壮,并利用ISSR分子标记技术对提纯后的“筒管玉”丝瓜进行纯度鉴定。从45个ISSR引物中筛选出能稳定扩增的10条引物;利用10条引物对100株“筒管玉”丝瓜单株样品进行PCR扩增,10条引物共鉴定出9个丝瓜杂株,表明提纯后的“筒管玉”丝瓜纯度在90%以上。通过对鉴定的差异单株分析,筛选出848和8662组引物可用于“筒管玉”丝瓜纯度的快速鉴定。 展开更多
关键词 Issr分子标记 丝瓜 纯度鉴定
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一种新颖的末位标记可变的杏种质分子身份证构建方法 被引量：1
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作者 苑克俊 牛庆霖 《中国果树》 2025年第4期42-50,共9页
针对前期研究中使用5个SSR标记构建杏种质分子身份证时,有2份种质不能区分的问题,研究了用2个SSR标记UDP98-409和UDAp-471替换分子身份证中图谱特征条带数少的末位标记BPPCT 011。基于等位基因两位特征数字的发现和分子身份证保持适当... 针对前期研究中使用5个SSR标记构建杏种质分子身份证时,有2份种质不能区分的问题,研究了用2个SSR标记UDP98-409和UDAp-471替换分子身份证中图谱特征条带数少的末位标记BPPCT 011。基于等位基因两位特征数字的发现和分子身份证保持适当长度的需要,创建了一种新颖的前4个SSR标记为固定标记、末位标记可变的分子身份证构建方法,其等位基因以图谱特征条带数值的后两位数字作代码,不需要转换为其他数字或字母代码,方法简单易行。对于前4个SSR标记,其图谱带型采用每个标记的两个等位基因代码编码;对于末位标记,基于前4个SSR标记可区分多数种质、末位标记仅需区分少数几种种质的特点,其图谱带型以1个等位基因代码和1个SSR标记代码的组合作为编码;对于前4个SSR标记已区分的种质,其分子身份证末位标记以0000作为编码。新方法分子身份证长度基于试验结果确定为5个标记长度和20位数字长度,能根据需要增加末位标记区分少数种质,且5个标记不受连锁遗传影响,前4个标记的图谱带型还能区分纯合和杂合基因型,是一个理想方案。由于其前4个标记分子身份证编码以及末位标记1个等位基因分子身份证编码使用的是原始的等位基因特征数字,故称之为“等位基因特征数字编码法”。利用该方法成功鉴别包括5个新品种在内的25份种质,试验结果可为利用分子鉴定进行立园、满园、国华、玉华、夏华等杏新品种的品种权保护提供依据。新方法也可在其他果树和农作物上参考应用。 展开更多
关键词 杏 种质 品种 ssr标记 编码方法 分子身份证
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