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基于微卫星分子标记的福建省灰茶尺蠖遗传分化分析
1
作者 陈钰洁 史凡 +4 位作者 江晨楠 高晓寒 林伊缤 李文韬 陈李林 《茶叶学报》 2025年第1期55-64,共10页
【目的】灰茶尺蠖Ectropis grisescens Warren作为茶园常见的食叶性害虫,广泛分布于福建省各产茶区并造成了一定的经济损失。开发并设计关于灰茶尺蠖微卫星位点的引物,以及对福建省不同地理种群的遗传差异进行研究,以了解其种群发生规律... 【目的】灰茶尺蠖Ectropis grisescens Warren作为茶园常见的食叶性害虫,广泛分布于福建省各产茶区并造成了一定的经济损失。开发并设计关于灰茶尺蠖微卫星位点的引物,以及对福建省不同地理种群的遗传差异进行研究,以了解其种群发生规律,为其可持续防控技术的开发提供参考。【方法】应用MISA软件检索灰茶尺蠖基因组和转录组序列,并对位点分布规律进行整理描述。再通过Primer 3和TBtools软件设计引物并进行模拟扩增,最终使用3种引物荧光标记法得到5对具有多态性的微卫星位点,并对福建省4个灰茶尺蠖地理种群的分化程度进行分析。【结果】灰茶尺蠖SSR位点数量巨大,重复类型较多,重复基元均呈现明显的AT偏向性。4个地理种群在5个位点中均有部分位点存在显著偏离哈迪-温伯格平衡现象。【结论】4个地理种群中,泉州种群分化差异最大,宁德种群有明显分化,三明种群与南平种群之间差异较小。 展开更多
关键词 灰茶尺蛾 微卫星分子标记 遗传多样性 种群分化 地理种群
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基于SLAF-Seq技术的辣椒抗炭疽病QTL定位分析及SSR分子标记开发 被引量：1
2
作者 李怡斐 段敏杰 +3 位作者 黄任中 黄启中 王春萍 张世才 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期633-642,共10页
【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SL... 【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SLAF-Seq技术进行分子标记开发,构建高密图遗传连锁图谱。结合表型数据,利用复合区间作图法(CIM)对辣椒果实转色期的炭疽病抗性进行QTL分析。利用Microsatellite(MISA)在定位区间识别SSR位点。【结果】从亲本和子代样品共获得423351627条Reads,其中,来自PPTC26-3-1-1-1-1-1和1287分别为8130516和6621396条,F2代群体120个子代样品的平均Reads数量为34049987个。构建包含4671个SNP分子标记、分布于12个连锁群、总图距为1567.53 cM、平均图距为0.34 cM的辣椒高密度遗传图谱,检测到1个炭疽病抗性相关的QTL(CaR10.1),位于10号连锁群上187930592~189766111 bp物理区间内。共有23个基因定位在关联区域内,根据基因功能注释,其中1个基因编码假定晚疫病抗性蛋白同源物R1B-23异构体X2,1个基因编码PPR蛋白,可能与辣椒果实转色期炭疽病抗性相关。在关联到的QTL区间内开发出SSR分子标记T482,在F2代群体中的验证结果显示,T482引物在F2代群体单株中扩增结果与表型鉴定结果一致。F2代群体抗病和中抗单株中有53株具有抗病亲本的条带,有25株同时具有抗病亲本和感病亲本的条带;F2代群体感病单株中,有42株具有感病亲本的条带。【结论】构建高密度遗传连锁图谱,将辣椒果实转色期炭疽病抗性定位于10号连锁群,在关联区间开发出SSR分子标记T482,可初步鉴别辣椒果实转色期炭疽病抗性,同时结合针刺接种法鉴定,可提高鉴定的准确率。 展开更多
关键词 辣椒 SLAF-Seq 遗传图谱 炭疽病 QTL ssr分子标记
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扇穗茅全长转录组SSR特征分析及分子标记开发
3
作者 富贵 刘玉萍 +2 位作者 苏旭 曲荣举 才让扎西 《草业学报》 北大核心 2025年第7期107-119,共13页
扇穗茅是青藏高原特有的一种具有重要生态和经济价值的禾本科草本植物,开发稳定高效的微卫星(SSR)分子标记可为其遗传多样性、系统发育和物种分布格局等研究提供重要的技术手段。本研究基于Pacbio测序平台获得扇穗茅全长转录组30624条Un... 扇穗茅是青藏高原特有的一种具有重要生态和经济价值的禾本科草本植物,开发稳定高效的微卫星(SSR)分子标记可为其遗传多样性、系统发育和物种分布格局等研究提供重要的技术手段。本研究基于Pacbio测序平台获得扇穗茅全长转录组30624条Unigene序列,利用MISA软件搜索到14089个SSR重复序列,SSR发生频率为33.85%;通过对SSR位点特征分析发现,SSR位点包含6种核苷酸重复类型,其中单、二、三核苷酸占所有核苷酸类型的97.35%,为主要重复类型;3种主导基序类型中,三核苷酸所形成的基元类型数目最多,共检测到10个基元类型,其中CCG/CGG基元类型占优,共形成1736个SSR位点,占三核苷酸总SSR位点的31.32%;随机挑选12个不同居群的扇穗茅样本对合成的160对引物进行PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测,最终获得扩增稳定、具特异性的15对SSR引物。基于扇穗茅27个居群、81个个体,对15对SSR引物多态性进行了分析,共扩增出132个观测等位基因,平均每对引物扩增出8.8个观测等位基因,有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、多态性信息含量(PIC)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)平均值分别为4.7799、1.6959、0.7270、0.8575和0.7648。基于Nei’s遗传距离利用UPGMA方法进行聚类分析,结果表明,扇穗茅居群间和居群内个体间存在明显的系统亲缘关系,不同居群间遗传距离可能和地理距离相关。本研究开发的15对SSR引物遗传多样性丰富,可为扇穗茅种质资源遗传变异研究提供更加有效的标记选择。 展开更多
关键词 扇穗茅 转录组 ssr 分子标记
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雌雄防己生物性状差异及利用SSR分子标记进行雌雄防己早期性别鉴定研究
4
作者 闫国跃 董志鹏 +4 位作者 白燕远 李耀燕 苏梦雪 陈清 谢阳姣 《中华中医药学刊》 北大核心 2025年第1期64-68,共5页
目的观察雌雄防己生物性状差异并筛选鉴定雌雄防己的简单重复序列(Simple Sequence Repeats,SSR)位点,为明确防己雌雄差异及早期鉴定防己性别提供方法和依据。方法以人工迁地种植4年的防己为实验材料,对其生物性状差异进行观测和分析,... 目的观察雌雄防己生物性状差异并筛选鉴定雌雄防己的简单重复序列(Simple Sequence Repeats,SSR)位点,为明确防己雌雄差异及早期鉴定防己性别提供方法和依据。方法以人工迁地种植4年的防己为实验材料,对其生物性状差异进行观测和分析,并利用SSR分子标记鉴定技术挖掘雌雄防己特异SSR位点并验证,筛选获得可用于早期鉴定雌雄防己的SSR标记位点。结果雌性防己株型较大,分枝较多,所测雌雄防己数值型表型性状在0.05显著水平下均无显著差异;粉防己碱和防己诺林碱及药材直径、表面颜色、断面颜色在雌雄防己间差异不显著,但雌性防己药材相较于雄性体轻质脆,粉性更低。用微卫星识别工具(MIcroSAtellite identification tool,MISA)挖掘SSR分子标记位点,共得标记位点38956个,其中雄性植株获得25632个位点,雌性植株获得30389个位点,通过对比雌雄防己特异SSR位点,共获得98个鉴别防己雌雄的优选位点,经验证基于该类位点两端保守序列设计的引物能够有效鉴定防己性别。结论雌雄防己表型性状及药材性状有一定的差异,但整体质量性状差异不明显;研究筛选的SSR分子标记差异基因位点能够在早期鉴定防己的性别,可为防己的种植产业发展提供有效依据。 展开更多
关键词 防己 性状差异 ssr分子标记
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利用SSR分子标记构建杂交水稻乐优966指纹图谱及纯度鉴定
5
作者 范家萌 吴晓亮 +4 位作者 汪文杰 张雨 徐四静 王兆贤 陈德胜 《农业科技通讯》 2025年第10期73-75,154,共4页
本试验以高产优质杂交水稻乐优966及其亲本为材料,根据《主要农作物品种真实性和纯度SSR分子标记检测稻》(GB/T 39917-2021)中要求的48对引物,构建该品种SSR分子标记指纹图谱,然后根据指纹图谱数据筛选该品种具有双亲互补带型的标记位... 本试验以高产优质杂交水稻乐优966及其亲本为材料,根据《主要农作物品种真实性和纯度SSR分子标记检测稻》(GB/T 39917-2021)中要求的48对引物,构建该品种SSR分子标记指纹图谱,然后根据指纹图谱数据筛选该品种具有双亲互补带型的标记位点进行纯度鉴定。结果表明,在28个标记位点上父母本呈互补带型,多态率占58.3%。其中有12个标记位点上双亲带型差异10 bp以上,可以混合多重毛细管电泳。经过筛选得知RM17、RM493、RM424引物稳定、带型清晰易判读,可以作为乐优966纯度鉴定的引物。利用3个引物对乐优966进行纯度鉴定,SSR分子标记鉴定结果与鉴定田表型鉴定结果近似,在允许误差范围内。综上可知,通过RM17、RM493、RM424这3个引物可以准确快速地鉴定乐优966的种子纯度,为乐优966生产制种及推广提供依据。 展开更多
关键词 杂交水稻 乐优996 ssr分子标记 指纹图谱 纯度鉴定
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基于转录组数据的连翘SSR分子标记开发
6
作者 马致静 刘灵娣 +3 位作者 温春秀 赵敏 李晓东 姜涛 《特产研究》 2025年第2期11-17,共7页
为开发连翘简单重复序列(Simple sequencerepeats,SSR)分子标记,并应用SSR分子标记进行连翘种质的亲缘关系分析,本研究利用MISA软件分析连翘转录组数据,随机筛选设计SSR引物,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳开发连翘SSR分子标记。研究分析显示,... 为开发连翘简单重复序列(Simple sequencerepeats,SSR)分子标记,并应用SSR分子标记进行连翘种质的亲缘关系分析,本研究利用MISA软件分析连翘转录组数据,随机筛选设计SSR引物,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳开发连翘SSR分子标记。研究分析显示,共获得217959条Unigene序列,平均序列长度为1169bp,N50达到1754bp;对Unigene序列进行分析,发现了54809个SSR位点,位点发生频率13.44%,平均分布距离8.69 kb;连翘转录组SSR信息中,单碱基重复比例最高(49.18%),其次为双碱基重复(29.67%);连翘转录组中单个SSR位点信息中共包含561种重复基原,A/T(48.61%)、AG/TC(30.61%)分别为优势重复基原类型;序列长度在10~27bp之间的SSR位点占SSR位点总数的96.30%。聚丙烯凝胶电泳筛选获得10对条带清晰、稳定性强且多态性明显的引物。利用10对引物对6份连翘种质进行遗传多样性分析,扩增得到25个等位基因,有效等位基因数平均值为1.86。本研究通过聚丙烯凝胶电泳开发出10对连翘SSR分子标记,能有效区分不同连翘种质资源,同时验证了SSR分子标记是连翘遗传多样性分析的一种高效、稳定的技术手段。 展开更多
关键词 连翘 转录组 ssr分析 分子标记 种质资源
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基于SSR标记的象草F_(1)代杂种分子鉴定及表型变异分析
7
作者 张献芳 聂刚 +3 位作者 黄思源 余帅 左粟田 张新全 《草业学报》 北大核心 2025年第11期114-124,共11页
采用传统杂交方法,以象草品种“GM1”为母本、新品系“F-B”为父本进行杂交,获得536个杂种后代,并从中选取150个有代表性的F_(1)代株系群体进行变异分析。本研究结合表型性状和SSR分子标记,对这些后代进行杂种鉴定及表型变异分析,旨在... 采用传统杂交方法,以象草品种“GM1”为母本、新品系“F-B”为父本进行杂交,获得536个杂种后代,并从中选取150个有代表性的F_(1)代株系群体进行变异分析。本研究结合表型性状和SSR分子标记,对这些后代进行杂种鉴定及表型变异分析,旨在为象草种质创新和品种改良提供技术支撑。结果表明:1)F_(1)代群体较亲本表型变异丰富,其中叶长明显强于亲本,具有明显的杂种优势,性状存在显著差异,变异系数为5.90%~21.05%;2)筛选出的14对SSR引物共扩增得到219条清晰条带,其中多态性条带118条,多态性比率(PPB)54.18%;每个SSR位点的多态信息含量(PIC)为29.59%~44.63%,均值为35.40%;3)对亲本及杂交F_(1)代进行聚类分析可知,基于表型数据的聚类分析将杂交后代分为3类;基于SSR分子标记的聚类分析将杂交后代分为4类,SSR分子标记进一步证实了母本在遗传上的主导地位;4)利用特异性引物可以准确鉴定出真杂种,鉴定率高达98%,大部分真杂种条带为双亲互补型,部分为父本型,表明F_(1)代中存在父母本的遗传信息。通过对150个F_(1)代株系群体的表型性状和筛选出的15对SSR核心引物分析,能有效鉴定杂种的真实性,为后续杂交育种选育新品系提供后备材料。 展开更多
关键词 象草 杂种F_(1)代 杂种鉴定 ssr分子标记 表型分析 遗传多样性
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线尾锥齿鲷全基因组微卫星开发与多态性标记筛选
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作者 张梦远 牛素芳 +3 位作者 吴仁协 邓文健 黄慧 李倩倩 《水产科技情报》 2025年第5期286-294,共9页
为开发线尾锥齿鲷(Pentapodus setosus)高多态性微卫星(SSR)分子标记,并为金线鱼科鱼类相关研究提供分子标记资源与参考数据,基于高通量测序,共获得191662条线尾锥齿鲷基因组序列,总长度为83980748 bp,从中检测到42291条包含微卫星位点... 为开发线尾锥齿鲷(Pentapodus setosus)高多态性微卫星(SSR)分子标记,并为金线鱼科鱼类相关研究提供分子标记资源与参考数据,基于高通量测序,共获得191662条线尾锥齿鲷基因组序列,总长度为83980748 bp,从中检测到42291条包含微卫星位点的序列,最终开发出35800个微卫星标记。从二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基重复型微卫星序列中挑选出250个位点进行多态性检测,其中44个位点具有多态性;基于三引物法,33个多态性微卫星位点可在群体中稳定扩增出特异性等位基因条带,其中二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基重复型微卫星序列分别有3、3、7、16和4个多态性微卫星位点。群体遗传学检测结果显示,33个位点的等位基因数(N_(a))为2~21(均值7.758),观察杂合度(H_(o))为0.094~1.000(均值0.675),期望杂合度(He)为0.091~0.936(均值0.712),多态信息含量(P_(IC))为0.627~0.931(均值0.809),表明所开发的33个微卫星位点均具有较高的多态性。经过Bonferroni校正(邦费罗尼校正)后,有30个位点符合哈迪-温伯格平衡,其中18个位点具有较低的无效等位基因频率、较高的多态信息含量和中高分辨能力,是线尾锥齿鲷资源评估等相关研究的理想分子标记。该研究从线尾锥齿鲷基因组中鉴定出大量具有不同重复型的有效微卫星位点,为该物种的遗传资源进化与管理、群体遗传学分析和适应性进化研究提供了重要的分子标记。 展开更多
关键词 线尾锥齿鲷 微卫星(ssr) 分子标记 多态性 基因组
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运用SRAP和SSR分子标记鉴定铁皮石斛与金钗石斛F1代杂种的真实性 被引量：1
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作者 杜俊峰 袁瑗 +1 位作者 邓春莉 任羽 《现代园艺》 2025年第2期6-8,共3页
为了鉴定铁皮石斛和金钗石斛杂交F1代杂种的真实性,运用SRAP和SSR分子标记鉴定F1代。结果表明,从20对SR AP引物和10对SSR引物中各选出1对用于22株F1代鉴定,鉴定结果为21株是真杂交种,真杂交种率为95.4%。由此可知,用SSR和SRAP标记鉴定... 为了鉴定铁皮石斛和金钗石斛杂交F1代杂种的真实性,运用SRAP和SSR分子标记鉴定F1代。结果表明,从20对SR AP引物和10对SSR引物中各选出1对用于22株F1代鉴定,鉴定结果为21株是真杂交种,真杂交种率为95.4%。由此可知,用SSR和SRAP标记鉴定石斛杂交后代可行,对加快石斛育种的速度,缩短育种的时间年限和石斛的种质资源保护具有重要意义。 展开更多
关键词 ssr分子标记 SRAP分子标记 铁皮石斛 金钗石斛 杂种鉴定
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利用SSR分子标记分析玉米种质资源的遗传多样性
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作者 闫雪纯 马昕 兰进好 《青岛农业大学学报(自然科学版)》 2025年第1期7-13,共7页
种质资源的遗传多样性是育种工作的重要物质基础,在玉米新品种选育和品种改良中发挥着十分重要的作用。为确保种质资源的合理利用,利用40对SSR引物对342份玉米新种质进行了遗传多样性分析。结果表明:共检测出205个等位基因位点,每对引... 种质资源的遗传多样性是育种工作的重要物质基础,在玉米新品种选育和品种改良中发挥着十分重要的作用。为确保种质资源的合理利用,利用40对SSR引物对342份玉米新种质进行了遗传多样性分析。结果表明:共检测出205个等位基因位点,每对引物可检测到的等位基因数在2~8个之间,平均为5.125个;有效等位基因数为1.656~7.664,平均为4.658;多态性信息含量为0.318~0.855,平均为0.722。通过邻接法聚类分析,将342份玉米种质划分为6个类群,其中来源明确的玉米种质和标杆自交系的类群归属与系谱完全吻合。该批种质材料研究结果可以为玉米育种中种质创新、组合选配提供丰富的种质资源和有用的遗传信息。 展开更多
关键词 玉米 种质资源 ssr分子标记 遗传多样性
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白桫椤微卫星标记引物开发及其多态性特征研究
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作者 杨光磊 王紫娟 《西南林业大学学报(自然科学)》 北大核心 2025年第5期87-93,共7页
利用磁珠富集法对白桫椤微卫星序列进行收集,通过引物设计及筛选,对开发的引物进行了多态性分析与验证,进一步开展遗传多样性评估,旨在开发适用于白桫椤种质资源研究的高效分子标记。结果表明:成功获得40条引物序列,其中完美型重复序列2... 利用磁珠富集法对白桫椤微卫星序列进行收集,通过引物设计及筛选,对开发的引物进行了多态性分析与验证,进一步开展遗传多样性评估,旨在开发适用于白桫椤种质资源研究的高效分子标记。结果表明:成功获得40条引物序列,其中完美型重复序列29条(72.5%),非完美型9条(22.5%),复合型2条(5%)。筛选出的23对多态性引物,149条为多态性条带,多态性条带比率为96.13%,观测等位基因(Na)平均值为1.878,有效等位基因数(Ne)平均值为1.422,Nei's基因多样性指数(H)平均值为0.272,Shannon's信息指数(I)平均值为0.423,期望杂合度(He)平均值为0.272,多态性信息含量(PIC)范围为0.152~0.917,平均值为0.671。基于SSR标记可将参试材料按地理来源分为2个居群,此次开发的SSR引物可用性较高,为今后评估白桫椤遗传多样性和分子育种等工作提供了新的分子标记工具。 展开更多
关键词 白桫椤 引物 微卫星 磁珠富集 分子标记 居群
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基于SSR分子标记的不同蕨麻品种种子纯度与真实性鉴定
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作者 王秀梅 李军乔 +1 位作者 罗永欣 吕博文 《种子》 北大核心 2025年第3期75-81,92,共8页
为提高蕨麻品种纯度,保持和恢复优良品种的种性,以提纯复壮后的青海蕨麻2号、青海蕨麻3号和蕨麻4号(品系)为材料,采用常规方法及SSR分子标记技术对蕨麻种子形态特征及种子纯度进行鉴定分析。结果表明,青海蕨麻2号提纯复壮后种子形态、... 为提高蕨麻品种纯度,保持和恢复优良品种的种性,以提纯复壮后的青海蕨麻2号、青海蕨麻3号和蕨麻4号(品系)为材料,采用常规方法及SSR分子标记技术对蕨麻种子形态特征及种子纯度进行鉴定分析。结果表明,青海蕨麻2号提纯复壮后种子形态、块根直径、百粒重、商品率、单产、生活力、发芽率、发芽势和纯度分别增加181.23%、84.33%、40.51%、50.00%、73.71%、2.99%、1.76%、1.00%和181.23%;青海蕨麻3号提纯复壮后种子形态、块根直径、百粒重、商品率、单产、生活力、发芽率、发芽势和纯度分别增加13.92%、46.90%、161.60%、5.00%、94.73%、1.00%、1.23%、3.00%和13.92%;蕨麻4号提纯复壮后种子形态、块根直径、百粒重、商品率、单产、生活力、发芽率、发芽势和纯度分别增加49.71%、191.33%、33.05%、8.00%、42.20%、2.93%、4.60%、2.00%和49.71%。从蕨麻已知的40对引物中筛选出多态性较丰富的8条核心引物进行SSR标记,结果表明,P12、P14、P25、P28可以用来鉴定种子纯度,P12引物中青海蕨麻2号、青海蕨麻3号和蕨麻4号的种子纯度分别为90.00%、94.00%、92.00%;SSR分子标记鉴定结果与田间鉴定结果一致,该鉴定方法操作简单,能够替代传统杂交种子纯度和真实性鉴定方法。 展开更多
关键词 蕨麻 种子形态 ssr分子标记 种子纯度 真实性
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基于简化基因组测序宽鳍鱲的微卫星分子标记及遗传多样性分析 被引量：1
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作者 覃宁 张桂蓉 +1 位作者 马徐发 魏开建 《贵州农业科学》 CAS 2024年第8期78-83,共6页
【目的】建立基于简化基因组测序(2b-RAD)宽鳍鱲(Zacco platypus)的微卫星分子标记,并进行遗传多样性分析,为有效开展宽鳍鱲品种间遗传多样性分析和分子育种,挖掘和利用宽鳍鱲种质资源提供参考。【方法】利用限制性内切酶EcoRⅠ打断基因... 【目的】建立基于简化基因组测序(2b-RAD)宽鳍鱲(Zacco platypus)的微卫星分子标记,并进行遗传多样性分析,为有效开展宽鳍鱲品种间遗传多样性分析和分子育种,挖掘和利用宽鳍鱲种质资源提供参考。【方法】利用限制性内切酶EcoRⅠ打断基因组DNA,每个样本分别进行物理打碎,选取300~700 bp插入片段文库,利用Illumina HiSeq PE150测序平台进行双末端(Paired-End)测序获得海量遗传多态性标签序列。【结果】2b-RAD筛选宽鳍鱲的微卫星位点得到两端各留100 bp作为引物的SSR数量为41018个,带有引物片段的SSR数量为1522个,片段引物的设计率为37.1%,构建的文库质量较高,测序深度达高准确度下的分型标准。在筛选的64个微卫星位点中,有14个位点(21.88%)具有多态性,由于存在无效等位基因,有3个位点(Zpla08、Zpla09和Zpla10)显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),因此选用其中的11个微卫星位点分析宽鳍鱲群体遗传多样性。基于11个微卫星DNA位点的分析表明,宽鳍鱲7个群体的平均等位基因数(N_(A))为3.66,平均Shannon;s信息指数(I)为0.689,平均观测杂合度(H_(O))为0.315,平均期望杂合度(H_(E))为0.354,平均多态信息含量(PIC)为0.409。【结论】基于简化基因组测序(2b-RAD)开发宽鳍鱲的微卫星分子标记可用于评估野生宽鳍鱲种群的遗传多样性、遗传结构和物种鉴定。宽鳍鱲基因组DNA 14个微卫星位点中有11个微卫星位点具有中高多态性,3个位点(Zpla08、Zpla09、Zpla10)偏离Hardy-Weinberg平衡,在群体遗传研究中应慎用。 展开更多
关键词 宽鳍鱲 简化基因组测序 微卫星分子标记 微卫星位点 遗传多样性 等位基因
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基于SSR分子标记的新疆83个常规陆地棉品种亲缘关系分析
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作者 牛清东 杨延龙 《中国棉花》 2025年第7期32-37,共6页
采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0... 采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0343132)对样品SSR数据位点进行两两比较,分别利用Powermarker V3.25、NTSYSpc-2.10e、Structure 2.3.4、GenALEx 6.502进行SSR多态性分析、亲缘关系分析、群体结构分析和主成分分析。结果表明,60对SSR引物共扩增出153个等位变异,平均等位变异数为2.55,平均多态性信息含量为0.32。83份品种两两比较共产生了3403个组合,差异位点范围为0~47,位点差异大于2的组合有3290个,占组合数的96.7%。亲缘关系分析、群体结构分析和主坐标分析的分类结果基本一致,83份样品被划分为2个群体pop1和pop2,pop2包含pop2A和pop2B亚群。亲缘关系分析显示,棉种样品间的相似系数在0.503~1.000,平均值为0.690,说明棉种样品间遗传背景较窄、亲缘关系较近。主坐标分析结果显示:pop1共有样品15份,均为早熟品种;pop2A共有样品52份,其中含早熟品种29份、早中熟品种23份;pop2B共有样品16份,其中有早熟品种9份、早中熟品种7份,并没有明显的地理分类特征。这些结果可为新疆棉花品种选育和管理提供参考。 展开更多
关键词 陆地棉 简单重复序列(simple repeated sequence ssr) 分子标记 亲缘关系 近似品种 群体结构分析 主成分分析 多态性
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微卫星(SSR)分子标记在杂交水稻不育系不同株系遗传差异分析中的应用 被引量：5
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作者 欧立军 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第5期45-46,共2页
以杂交水稻两用核不育系628S衍生的5个株系为材料,用SSR分子标记进行遗传差异分析。供试材料中株系11S和628S带型相同,即基因型相同,其植株形态差异为表现型差异;株系21S、20S、6S、29S则各有特异谱带,其形态差异为基因型差异。试验表明... 以杂交水稻两用核不育系628S衍生的5个株系为材料,用SSR分子标记进行遗传差异分析。供试材料中株系11S和628S带型相同,即基因型相同,其植株形态差异为表现型差异;株系21S、20S、6S、29S则各有特异谱带,其形态差异为基因型差异。试验表明SSR分子标记能鉴别真正可遗传的基因型差异,可在杂交水稻三系辅助育种中充分利用。 展开更多
关键词 杂交水稻 不育系 株系 遗传差异 ssr分子标记
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一种新颖的末位标记可变的杏种质分子身份证构建方法 被引量：1
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作者 苑克俊 牛庆霖 《中国果树》 2025年第4期42-50,共9页
针对前期研究中使用5个SSR标记构建杏种质分子身份证时,有2份种质不能区分的问题,研究了用2个SSR标记UDP98-409和UDAp-471替换分子身份证中图谱特征条带数少的末位标记BPPCT 011。基于等位基因两位特征数字的发现和分子身份证保持适当... 针对前期研究中使用5个SSR标记构建杏种质分子身份证时,有2份种质不能区分的问题,研究了用2个SSR标记UDP98-409和UDAp-471替换分子身份证中图谱特征条带数少的末位标记BPPCT 011。基于等位基因两位特征数字的发现和分子身份证保持适当长度的需要,创建了一种新颖的前4个SSR标记为固定标记、末位标记可变的分子身份证构建方法,其等位基因以图谱特征条带数值的后两位数字作代码,不需要转换为其他数字或字母代码,方法简单易行。对于前4个SSR标记,其图谱带型采用每个标记的两个等位基因代码编码;对于末位标记,基于前4个SSR标记可区分多数种质、末位标记仅需区分少数几种种质的特点,其图谱带型以1个等位基因代码和1个SSR标记代码的组合作为编码;对于前4个SSR标记已区分的种质,其分子身份证末位标记以0000作为编码。新方法分子身份证长度基于试验结果确定为5个标记长度和20位数字长度,能根据需要增加末位标记区分少数种质,且5个标记不受连锁遗传影响,前4个标记的图谱带型还能区分纯合和杂合基因型,是一个理想方案。由于其前4个标记分子身份证编码以及末位标记1个等位基因分子身份证编码使用的是原始的等位基因特征数字,故称之为“等位基因特征数字编码法”。利用该方法成功鉴别包括5个新品种在内的25份种质,试验结果可为利用分子鉴定进行立园、满园、国华、玉华、夏华等杏新品种的品种权保护提供依据。新方法也可在其他果树和农作物上参考应用。 展开更多
关键词 杏 种质 品种 ssr标记 编码方法 分子身份证
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小型猪微卫星标记的遗传多样性 被引量：2
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作者 涂尾龙 张莺莺 +4 位作者 黄济 刁玉段 周杰珂 谈永松 王洪洋 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第23期174-181,共8页
挖掘五指山猪、巴马猪、近交陆川猪和藏香猪中全基因组SSR,比较分析4个猪种中SSR分布特性并进行功能性SSR注释,为小型猪种质资源的保存及利用提供分子标记。选取4个品种猪各15头,分别构建全基因组SSR文库并进行测序,结合生物信息学分析... 挖掘五指山猪、巴马猪、近交陆川猪和藏香猪中全基因组SSR,比较分析4个猪种中SSR分布特性并进行功能性SSR注释,为小型猪种质资源的保存及利用提供分子标记。选取4个品种猪各15头,分别构建全基因组SSR文库并进行测序,结合生物信息学分析方法,统计不同类型SSR(双、三、四、五、六核苷酸)的数量、SSR重复单元的分布模式、SSR的长度多态性并对功能性SSR进行注释,比较分析4个小型猪品种中全基因组的SSR特性。对猪参考基因组和4个猪种全基因组SSR统计发现,五指山猪中SSR的数量最多,巴马猪和近交陆川猪其次,藏香猪中最少,且每个品种中双、三、四核苷酸SSR的数量占比最多,与猪参考基因组中不同类型SSR的占比结果相似。SSR重复单元的分布模式显示,4个猪种中双、五核苷酸SSR中重复单元的分布模式相同,藏香猪中三、四核苷酸SSR中重复单元的分布模式与其他3个猪种不同,而六核苷酸SSR中重复单元的分布模式在4个猪种中完全不同。SSR的长度多态性分析表明,五指山猪、巴马猪、近交陆川猪和藏香猪中分别有19957、14099、20671、14120个长度多态性>1的SSR定位到猪参考基因组,其中,有2518个SSR共同存在于4个品种中,而特异存在于4个猪种中的SSR分别有5173、2802、5969、4463个。此外,对SSR进行注释发现,多态性SSR可能影响FGF23、MYF6、IGF1R和LEPROT等与猪的生长发育相关基因的编码区和调控区。本试验首次构建猪全基因组SSR文库并测序,在全基因组水平上比较分析4个小型猪品种的SSR,揭示了不同小型猪品种间SSR重复单元的分布模式存在差异,并对品种间共有及特异的SSR进行挖掘和注释,发现了可能与小型猪的生长发育相关具有长度多态性的SSR。本研究挖掘得到的SSR补充了猪基因组遗传变异信息和小型猪分子标记,建立的SSR分析方法可为不同物种、品种间SSR分析及鉴定工作提供参考。 展开更多
关键词 微卫星 重复单元 长度多态性 小型猪 分子标记
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291个葡萄品种SSR分子指纹数据集 被引量：1
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作者 武亚敬 冀晓昊 +8 位作者 于祎飞 时梦 王孝娣 王宝亮 刘凤之 李明亮 王贺 刘俊 王海波 《农业大数据学报》 2025年第1期112-117,共6页
中国在全球葡萄产业中占据重要地位,栽培面积和产量均居世界前列。作为果树产业的关键分支,葡萄产业对于农民的增收和乡村振兴起到了支柱作用。国外品种的引进和自主培育极大地丰富了我国的葡萄品种储备,为产业发展奠定了基础。但品种... 中国在全球葡萄产业中占据重要地位,栽培面积和产量均居世界前列。作为果树产业的关键分支,葡萄产业对于农民的增收和乡村振兴起到了支柱作用。国外品种的引进和自主培育极大地丰富了我国的葡萄品种储备,为产业发展奠定了基础。但品种增多也带来了品种同质化及鉴定困难,传统的形态特征鉴定方法已不再适应当前的需求。本研究对291份鲜食葡萄种质资源提取DNA,利用30对荧光标记的SSR分子标记进行了PCR和荧光毛细管电泳检测,构建品种分子指纹图谱。本研究构建的分子指纹图谱数据库共包含8730条信息,进一步分析表明,所选用的30个引物位点平均基因型个数为10.7个,杂合度范围为0.21到0.62,平均杂合度为0.38。依据30个引物位点基因型个数,216个品种被推测为二倍体,75个为多倍体,发现二倍体品种间的相似度普遍较低,而多倍体品种的相似度则相对较高。这项研究的成果不仅为葡萄品种鉴定提供了准确依据,而且为种质资源的亲缘关系分析提供了数据支撑,对葡萄产业理论研究和实际应用均具有重要意义。 展开更多
关键词 葡萄 品种鉴定 ssr分子标记 遗传多样性
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基于SSR分子标记的枣品种鉴定及DNA分子身份证构建 被引量：5
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作者 包文慧 包杭盖 +4 位作者 武阳 路东晔 张玉平 白玉娥 潘青华 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期175-185,共11页
【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证,为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料,筛选SSR荧光标记引物,采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增... 【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证,为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料,筛选SSR荧光标记引物,采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子量和等位基因,获得相应的扩增带型,从而对每个枣种质材料进行标记并构建供试样品的DNA分子身份证。【结果】基于SSR分子标记技术,筛选出19对SSR引物用于103个枣品种遗传多样性分析,并筛选了7对核心基因组合构建DNA分子身份证。结果表明:19对引物对103个枣品种样品经SSR-PCR扩增后共检测到了156个等位标记点,每对引物平均8.211个,有效等位基因(Ne)变化范围为1.263~12.568,平均为3.467;Shannon’s信息指数(I)分布范围0.547~2.664,平均为1.351;多态信息含量PIC值变幅在0.32~0.917,平均值为0.603,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)范围分别为0.208~0.920和0.133~0.990,Ho和He的平均值为0.639和0.637,显示出有较高的杂合度;遗传相似系数为0.85~0.98,且在相似系数为0.85处时被分为两大类。【结论】北京地区京枣31和京枣311、马牙枣和牙枣等栽培品种的遗传背景较狭窄,遗传相似度较高,不同品系间基因交流较少;京枣60、朗家园枣、北京蜂蜜罐、北京泡泡枣、京枣28等枣的亲缘关系较远,遗传多样性丰富。本研究结果为枣品种鉴定和培育新品种提供了重要依据。 展开更多
关键词 枣 ssr分子标记 遗传多样性 DNA分子身份证
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一种新的分子标记方法——随机微卫星扩增多态DNA(RMAPD) 被引量：18
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作者 蓝贤勇 陈宏 +2 位作者 张永德 孙维斌 雷初朝 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期78-84,共7页
随机微卫星扩增多态DNA(RMAPD)是利用随机引物和微卫星的上游或下游引物一起作为该扩增的引物,在TaqDNA聚合酶、MgC l2、dNTPs和模板DNA等共同作用下进行PCR扩增的一种新型分子标记方法。其核心是RMAPD引物的有效性问题。通过对西农萨... 随机微卫星扩增多态DNA(RMAPD)是利用随机引物和微卫星的上游或下游引物一起作为该扩增的引物,在TaqDNA聚合酶、MgC l2、dNTPs和模板DNA等共同作用下进行PCR扩增的一种新型分子标记方法。其核心是RMAPD引物的有效性问题。通过对西农萨能奶山羊群体RMAPD电泳检测、数据统计分析及验证实验等证明RMAPD的引物是有效的。通过与微卫星和RAPD标记比较,发现RMAPD标记在扩增引物、扩增程序和重复性等方面区别于微卫星和RAPD标记;它是RAPD标记的一种广义的延伸,但又不完全等同于RAPD标记。因此,确定RMAPD是一种新的分子标记方法。该方法也具有DNA标记的特点,在群体遗传结构和亲缘关系分析以及标记辅助选择等动物遗传育种领域具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 RMAPD RAPD 微卫星标记 RAMP 分子标记
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