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刚地弓形虫非洲分离株的PCR-RFLP和微卫星基因分型研究进展(英文)
被引量:
1
1
作者
Faustina PAPPOE
王林
+6 位作者
Dorcas OBIRI-YEBOAH
陈鹤
程维晟
王晓玮
刘芳
罗庆礼
沈继龙
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期903-910,共8页
刚地弓形虫(T.gondii)的遗传多样性与地理区域相关。北美和欧洲的弓形虫基因型以II型和III型为主。南美洲以非典型基因型为主。亚洲弓形虫的优势基因型主要为Chinese 1型(ToxoDB#9)和I型。目前关于非洲弓形虫基因型的研究较少。本文对...
刚地弓形虫(T.gondii)的遗传多样性与地理区域相关。北美和欧洲的弓形虫基因型以II型和III型为主。南美洲以非典型基因型为主。亚洲弓形虫的优势基因型主要为Chinese 1型(ToxoDB#9)和I型。目前关于非洲弓形虫基因型的研究较少。本文对源于北非、西非、东非和中非地区弓形虫的多位点PCR-RFLP和微卫星分型以及非洲地区弓形虫群体遗传结构进行了综述。从17例患者中分离出弓形虫,非典型基因型13株(76.5%),主要为Africa 1 9株(69.2%);I型1株(5.9%)以及混合基因型3株(17.6%)。从1660饲养动物中分离出314株,其中II型134株(42.7%),III型103株(32.8%),非典型基因型61株(19.4%),I型6株(1.9%)和混合基因型10株(3.2%)。人畜弓形虫基因型的比例为分别为:II型40.5%(134/331),III型31.1%(103/331),非典型基因型22.3%(74/331),I型2.1%(7/331)和混合基因型3.9%(13/331)。典型基因型占73.7%。综上可知,非洲弓形虫基因型包括典型和非典型基因型,前者在非洲人群与动物中均有较高的感染率。
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关键词
刚地弓形虫
种群结构
非洲
PCR-RFLP
微卫星
基因
分型
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职称材料
基于多距离测度异质集成学习的结肠病理图像细粒度分类研究
2
作者
梁美彦
范莹莹
王琳
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2024年第S01期349-355,共7页
结肠病理学图像的细粒度分类对癌症治疗和预后评估都具有重要意义。然而,结肠病理学图像尤其是其组织学亚型图像在形态上极为相似,通过人工的方法进行高精度识别面临着巨大的挑战。而基于单个模型的计算机辅助诊断方法容易产生预测偏差...
结肠病理学图像的细粒度分类对癌症治疗和预后评估都具有重要意义。然而,结肠病理学图像尤其是其组织学亚型图像在形态上极为相似,通过人工的方法进行高精度识别面临着巨大的挑战。而基于单个模型的计算机辅助诊断方法容易产生预测偏差。为此,提出了多距离测度异质集成学习的细粒度分类方法对结肠病理学微卫星状态进行分型预测。该方法分别通过余弦距离、曼哈顿距离与欧氏距离在潜在空间上度量每个基学习器输出的置信分数与理想解的差距,来集成不同基学习器的预测,再通过融合这些距离来提高模型的整体决策性能。实验结果表明,该方法在结肠病理学图像细粒度分类任务上,分类准确率、精确率、召回率与F-1分值都达到了94%以上,为病理学图像的亚型分类提供了新的视角。
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关键词
集成学习
细粒度分类
距离测度
病理图像
微卫星分型
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职称材料
中国南方地区马尔尼菲青霉分子流行病学初步研究
被引量:
3
3
作者
赵亮
唐秀文
+6 位作者
王梅竹
曹煜
牟丽丽
金方
李小玲
陈玉如
康颖倩
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期36-39,11,共5页
目的分离及鉴定贵州、广西、广东各地临床分离的马尔尼菲青霉(Penicillium marneffei,PM),通过微卫星基因多态性分析进行分子流行病学初步研究。方法从贵州、广西、广东地区临床病人标本中分离马尔尼菲青霉,通过形态学及ITS序列进行鉴定...
目的分离及鉴定贵州、广西、广东各地临床分离的马尔尼菲青霉(Penicillium marneffei,PM),通过微卫星基因多态性分析进行分子流行病学初步研究。方法从贵州、广西、广东地区临床病人标本中分离马尔尼菲青霉,通过形态学及ITS序列进行鉴定,运用多位点微卫星分型法(multilocus microsatellite typing,MLMT)和SPSS18.0软件对分离的马尔尼菲青霉进行基因多态性及其相关性分析。结果贵州、广西和广东共收集鉴定马尔尼菲青霉临床株50株,3个微卫星位点PMMI、PMMII、PMMIII分别检测到29、9和8种等位基因,50株菌共分为47个微卫星型(PMMT);聚类分析将贵州及广西、广东地区马尔尼菲青霉分为6大类(Cluster1-Cluster 6)。结论贵州、广西、广东地区的马尔尼菲青霉具有较高的基因多态性,我国南方地区相邻省份马尔尼菲青霉的种群基因结构与地域分布之间存在着一定的相关性。
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关键词
马尔尼菲青霉菌
多位点
微卫星
基因
分型
分子流行病学
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职称材料
中国和巴西临床新生隐球菌格鲁比变种菌株的种群和基因型比较分析
被引量:
1
4
作者
朱键
刘莹
+1 位作者
大楠悦子
三上襄
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期206-209,共4页
目的了解新生隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neoformans var.grubii)临床菌株在国内和巴西多位点微卫星位点定型(multilocus microsatellite typing MLMT)的种群分布特征,探讨并分析两国新生隐球菌格鲁比变种MLMT基因型差异。方法对已...
目的了解新生隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neoformans var.grubii)临床菌株在国内和巴西多位点微卫星位点定型(multilocus microsatellite typing MLMT)的种群分布特征,探讨并分析两国新生隐球菌格鲁比变种MLMT基因型差异。方法对已鉴定的69株新生隐球菌格鲁比变种进行DNA提取,采用3个微卫星位点(CNG1、CNG2、CNG3)的正反序列引物对相应的微卫星位点基因片段进行扩增后测序;测序后计算出每一菌株位点基序重复数(CNG1对应TA重复,CNG2对应GA重复,CNG3对应CAT重复);结合不同基序重复数判定各菌株的基因型。应用SPSS 11.5统计软件进行统计学分析。结果在33株被MLMT基因分型的国内新生隐球菌grubii变种菌株中有5种基因型被鉴定,其中29株为MLMT-17,占87.88%;而在36株巴西临床菌株中有10种基因型被鉴定,其中19株为MLMT-13,占52.78%。结论两国间新生隐球菌格鲁比变种临床菌株的主要基因型分布存在显著差异。巴西临床菌株的基因型分布表现为多样性。
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关键词
新生隐球菌变种格鲁比
临床菌株
多位点
微卫星
灶
分型
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职称材料
题名
刚地弓形虫非洲分离株的PCR-RFLP和微卫星基因分型研究进展(英文)
被引量:
1
1
作者
Faustina PAPPOE
王林
Dorcas OBIRI-YEBOAH
陈鹤
程维晟
王晓玮
刘芳
罗庆礼
沈继龙
机构
安徽医科大学病原生物学教研室
Department of Microbiology and Immunology
安徽中医学院第一附属医院检验中心
安徽医科大学第一附属医院
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期903-910,共8页
基金
Funded by the National Basic Science Research Program of China(Grant No.2010CB530001)
the National Natural Science Foundation of China(Grant No.81471983)~~
文摘
刚地弓形虫(T.gondii)的遗传多样性与地理区域相关。北美和欧洲的弓形虫基因型以II型和III型为主。南美洲以非典型基因型为主。亚洲弓形虫的优势基因型主要为Chinese 1型(ToxoDB#9)和I型。目前关于非洲弓形虫基因型的研究较少。本文对源于北非、西非、东非和中非地区弓形虫的多位点PCR-RFLP和微卫星分型以及非洲地区弓形虫群体遗传结构进行了综述。从17例患者中分离出弓形虫,非典型基因型13株(76.5%),主要为Africa 1 9株(69.2%);I型1株(5.9%)以及混合基因型3株(17.6%)。从1660饲养动物中分离出314株,其中II型134株(42.7%),III型103株(32.8%),非典型基因型61株(19.4%),I型6株(1.9%)和混合基因型10株(3.2%)。人畜弓形虫基因型的比例为分别为:II型40.5%(134/331),III型31.1%(103/331),非典型基因型22.3%(74/331),I型2.1%(7/331)和混合基因型3.9%(13/331)。典型基因型占73.7%。综上可知,非洲弓形虫基因型包括典型和非典型基因型,前者在非洲人群与动物中均有较高的感染率。
关键词
刚地弓形虫
种群结构
非洲
PCR-RFLP
微卫星
基因
分型
Keywords
Toxoplasma gondii
population structure
Africa
PCR-RFLP
microsatellite genotyping
分类号
R382.5 [医药卫生—医学寄生虫学]
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职称材料
题名
基于多距离测度异质集成学习的结肠病理图像细粒度分类研究
2
作者
梁美彦
范莹莹
王琳
机构
山西大学物理电子工程学院
山西白求恩医院(山西医学科学院同济山西医院)
华中科技大学同济医学院附属同济医院
出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2024年第S01期349-355,共7页
基金
国家自然科学基金(11804209)
山西省自然科学基金(201901D211173,202103021223411)
山西省高等学校科技创新资助项目(2019L0064)。
文摘
结肠病理学图像的细粒度分类对癌症治疗和预后评估都具有重要意义。然而,结肠病理学图像尤其是其组织学亚型图像在形态上极为相似,通过人工的方法进行高精度识别面临着巨大的挑战。而基于单个模型的计算机辅助诊断方法容易产生预测偏差。为此,提出了多距离测度异质集成学习的细粒度分类方法对结肠病理学微卫星状态进行分型预测。该方法分别通过余弦距离、曼哈顿距离与欧氏距离在潜在空间上度量每个基学习器输出的置信分数与理想解的差距,来集成不同基学习器的预测,再通过融合这些距离来提高模型的整体决策性能。实验结果表明,该方法在结肠病理学图像细粒度分类任务上,分类准确率、精确率、召回率与F-1分值都达到了94%以上,为病理学图像的亚型分类提供了新的视角。
关键词
集成学习
细粒度分类
距离测度
病理图像
微卫星分型
Keywords
Ensemble learning
Fine-grained classification
Distance measure
Pathology images
Microsatellite subtyping
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
中国南方地区马尔尼菲青霉分子流行病学初步研究
被引量:
3
3
作者
赵亮
唐秀文
王梅竹
曹煜
牟丽丽
金方
李小玲
陈玉如
康颖倩
机构
贵阳医学院微生物学教研室暨蛋白组学重点实验室
广西壮族自治区龙潭医院检验科
贵阳医学院附属医院皮肤性病专科
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期36-39,11,共5页
基金
国家自然基金地方项目(31060006及3126002号)
贵州省卫生厅科学技术基金项目(gzwkj2011-1-060)
+1 种基金
贵州省社会发展科技攻关项目(黔科合SY字[2011]3017号)
贵阳市科技局社会发展与民生计划(筑科合同[2011103]16号)~~
文摘
目的分离及鉴定贵州、广西、广东各地临床分离的马尔尼菲青霉(Penicillium marneffei,PM),通过微卫星基因多态性分析进行分子流行病学初步研究。方法从贵州、广西、广东地区临床病人标本中分离马尔尼菲青霉,通过形态学及ITS序列进行鉴定,运用多位点微卫星分型法(multilocus microsatellite typing,MLMT)和SPSS18.0软件对分离的马尔尼菲青霉进行基因多态性及其相关性分析。结果贵州、广西和广东共收集鉴定马尔尼菲青霉临床株50株,3个微卫星位点PMMI、PMMII、PMMIII分别检测到29、9和8种等位基因,50株菌共分为47个微卫星型(PMMT);聚类分析将贵州及广西、广东地区马尔尼菲青霉分为6大类(Cluster1-Cluster 6)。结论贵州、广西、广东地区的马尔尼菲青霉具有较高的基因多态性,我国南方地区相邻省份马尔尼菲青霉的种群基因结构与地域分布之间存在着一定的相关性。
关键词
马尔尼菲青霉菌
多位点
微卫星
基因
分型
分子流行病学
Keywords
Penicillium marneffei
Multilocus Microsatellite Typing
molecular epidemiology
分类号
R3 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
中国和巴西临床新生隐球菌格鲁比变种菌株的种群和基因型比较分析
被引量:
1
4
作者
朱键
刘莹
大楠悦子
三上襄
机构
贵阳医学院附属医院消化内科
日本千叶 日本千叶大学真菌医学研究中心
出处
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期206-209,共4页
基金
日本文部省资助项目(2008)~~
文摘
目的了解新生隐球菌格鲁比变种(Cryptococcus neoformans var.grubii)临床菌株在国内和巴西多位点微卫星位点定型(multilocus microsatellite typing MLMT)的种群分布特征,探讨并分析两国新生隐球菌格鲁比变种MLMT基因型差异。方法对已鉴定的69株新生隐球菌格鲁比变种进行DNA提取,采用3个微卫星位点(CNG1、CNG2、CNG3)的正反序列引物对相应的微卫星位点基因片段进行扩增后测序;测序后计算出每一菌株位点基序重复数(CNG1对应TA重复,CNG2对应GA重复,CNG3对应CAT重复);结合不同基序重复数判定各菌株的基因型。应用SPSS 11.5统计软件进行统计学分析。结果在33株被MLMT基因分型的国内新生隐球菌grubii变种菌株中有5种基因型被鉴定,其中29株为MLMT-17,占87.88%;而在36株巴西临床菌株中有10种基因型被鉴定,其中19株为MLMT-13,占52.78%。结论两国间新生隐球菌格鲁比变种临床菌株的主要基因型分布存在显著差异。巴西临床菌株的基因型分布表现为多样性。
关键词
新生隐球菌变种格鲁比
临床菌株
多位点
微卫星
灶
分型
Keywords
Cryptococcus neoformans vat. grubii
clinical strains
multilocus microsatellite typing
分类号
R372 [医药卫生—病原生物学]
R397.5 [医药卫生—基础医学]
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出处
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被引量
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1
刚地弓形虫非洲分离株的PCR-RFLP和微卫星基因分型研究进展(英文)
Faustina PAPPOE
王林
Dorcas OBIRI-YEBOAH
陈鹤
程维晟
王晓玮
刘芳
罗庆礼
沈继龙
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
1
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职称材料
2
基于多距离测度异质集成学习的结肠病理图像细粒度分类研究
梁美彦
范莹莹
王琳
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2024
0
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职称材料
3
中国南方地区马尔尼菲青霉分子流行病学初步研究
赵亮
唐秀文
王梅竹
曹煜
牟丽丽
金方
李小玲
陈玉如
康颖倩
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
3
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职称材料
4
中国和巴西临床新生隐球菌格鲁比变种菌株的种群和基因型比较分析
朱键
刘莹
大楠悦子
三上襄
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
1
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