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弧菌16S rRNA基因特异引物设计及海洋弧菌菌群结构分析
被引量：
3
1
作者
孙颖
刘泳
+2 位作者
王华磊
陈吉祥
杨官品
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第S1期122-130,共9页
弧菌是海水中最常见的细菌类群之一。弧菌属的一些种是致病菌,能引起海洋生物弧菌病,给养殖业造成损失。根据已有弧菌16S核糖体RNA基因(16S rDNA)序列,设计了3条弧菌属特异引物VF169、VR744和VR1150,与细菌16S rDNA通用引物VF27一起,组...
弧菌是海水中最常见的细菌类群之一。弧菌属的一些种是致病菌,能引起海洋生物弧菌病,给养殖业造成损失。根据已有弧菌16S核糖体RNA基因(16S rDNA)序列,设计了3条弧菌属特异引物VF169、VR744和VR1150,与细菌16S rDNA通用引物VF27一起,组成VF169/VR744、VF169/VR1150和VF27/VR744 3引物对。从海水中直接提取浮游生物总DNA,用VF169/VR744,VF169/VR1150和VF169/VR744(巢式)以及VF27/VR744引物分别扩增弧菌16SrDNA片段并克隆,分别构建了弧菌16S rDNA片段变异类型文库。从各文库中分别随机选取一定数量的克隆测序,共获得72条序列。系统学分析表明所有72个序列都与已知的弧菌属细菌的序列聚类,具有很高的相似性,证明所设计的引物能用于海水样品弧菌菌群分析。另外,VF27/VR744既具有对海洋弧菌的高度特异性,也具有恰当的海洋弧菌覆盖面,是1对选择扩增海水中弧菌16S rDNA的较理想引物。从获得序列的分布情况看,胶州湾存在较高的弧菌多样性,其中,类灿烂弧菌菌群(Vibrio splendidus-related group)是优势类群。
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关键词
弧菌
16S
RRNA基因
弧菌
属特异引物
弧菌菌群结构
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题名
弧菌16S rRNA基因特异引物设计及海洋弧菌菌群结构分析
被引量：
3
1
作者
孙颖
刘泳
王华磊
陈吉祥
杨官品
机构
中国海洋大学海洋生命学院
出处
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第S1期122-130,共9页
基金
国际自然科学基金(瑞典)课题(A/3224-1)资助
文摘
弧菌是海水中最常见的细菌类群之一。弧菌属的一些种是致病菌,能引起海洋生物弧菌病,给养殖业造成损失。根据已有弧菌16S核糖体RNA基因(16S rDNA)序列,设计了3条弧菌属特异引物VF169、VR744和VR1150,与细菌16S rDNA通用引物VF27一起,组成VF169/VR744、VF169/VR1150和VF27/VR744 3引物对。从海水中直接提取浮游生物总DNA,用VF169/VR744,VF169/VR1150和VF169/VR744(巢式)以及VF27/VR744引物分别扩增弧菌16SrDNA片段并克隆,分别构建了弧菌16S rDNA片段变异类型文库。从各文库中分别随机选取一定数量的克隆测序,共获得72条序列。系统学分析表明所有72个序列都与已知的弧菌属细菌的序列聚类,具有很高的相似性,证明所设计的引物能用于海水样品弧菌菌群分析。另外,VF27/VR744既具有对海洋弧菌的高度特异性,也具有恰当的海洋弧菌覆盖面,是1对选择扩增海水中弧菌16S rDNA的较理想引物。从获得序列的分布情况看,胶州湾存在较高的弧菌多样性,其中,类灿烂弧菌菌群(Vibrio splendidus-related group)是优势类群。
关键词
弧菌
16S
RRNA基因
弧菌
属特异引物
弧菌菌群结构
Keywords
Vibrio
16S rRNA gene(rDNA)
Vibrio-specific primer
Vibrio community structure
分类号
S941 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
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1
弧菌16S rRNA基因特异引物设计及海洋弧菌菌群结构分析
孙颖
刘泳
王华磊
陈吉祥
杨官品
《中国海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010
3
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