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题名马铃薯甲虫基因组SSR位点分析及引物效率的验证
被引量：5
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作者
刘旸
付开赟
吐尔逊
何江
郭文超
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机构
石河子大学农学院
新疆农业科学院植物保护研究所/农业部西北荒漠绿洲作物有害生物综合治理重点实验室
新疆农业科学院微生物应用研究所
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出处
《环境昆虫学报》
CSCD
北大核心
2018年第3期633-644,共12页
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基金
国家自然科学基金地区科学基金项目(31360442)
国家自然科学基金面上项目(31272047)
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文摘
SSR作为一种微卫星分子标记方法,被广泛用于遗传多样性相关的研究,而SSR引物是否高效是影响整个实验结果的重要因素。本研究利用生物信息学手段,对马铃薯甲虫基因组数据进行分析,搜索基因组SSR位点,并设计引物和验证SSR引物的效率。最终在马铃薯甲虫基因组中共检测出SSR位点81 937个,且这些位点中以单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复为主;从SSR位点的平均分布距离来看,单、三、四核苷酸重复在马铃薯甲虫基因组中平均分布距离较小,分别为2.21 kb、8.39 kb、36.21 kb。马铃薯甲虫基因组SSR位点中,优势基序总数为68 388个,比例高达83.46%,其中,单核苷酸以A/T重复基序占绝对优势,二核苷酸重复的SSR位点中,以AG/CT重复基序为主,三核苷酸重复的位点中,以AAT/ATT重复基序为主;在ClassⅠ长度的SSR位点中,以二核苷酸、三核苷酸重复的数量最多,比例高达82.32%;最后设计19对SSR引物测试效率,其中14对成功扩增条带,11对为多态性引物,其平均多态性条带6.27条。多态性引物的PIC值在0.375-0.794,平均值为0.600,大于平均值的引物为6对,占有效扩增引物的54.5%。研究表明,利用生物信息发掘SSR位点的方法简便高效,这为后续进一步利用SSR引物研究马铃薯甲虫的遗传多样性,及在其它昆虫中开发SSR引物开发奠定研究基础。
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关键词
马铃薯甲虫
基因组
SSR位点分析
引物效率
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Keywords
Corolado potato beetle
genome
SSR loci
the efficiency of primers
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分类号
Q963
[生物学—昆虫学]
S433.5
[农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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题名3类苹果资源遗传多样性的SSR对比分析
被引量：8
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作者
李政
左力辉
杨敏生
张军
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机构
河北农业大学林学院/林木种质资源与森林保护重点实验室
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出处
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期50-56,共7页
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基金
国家林业局科技发展中心资助项目(XPC-201505)
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文摘
以18个新疆野苹果优系、23个鲜食苹果品种和7个苹果砧木品种为材料,对3类苹果资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析,并对不同SSR引物的效率值进行对比分析,同时应用定位到17条染色体的80对SSR引物对3类苹果进行分析。总计扩增出254个位点,多态性位点百分率为99.61%,平均每对引物扩增位点8.47个。3类苹果多态位点百分比高低关系为新疆野苹果>砧木苹果>鲜食苹果;Neis基因多样性、Shannons指数和有效等位基因的高低关系为砧木苹果>新疆野苹果>鲜食苹果。聚类结果显示,48个品种分为鲜食苹果、新疆野苹果和苹果砧木3类,在0.68处,鲜食苹果和新疆野苹果聚到一起,说明二者有相对较近的遗传关系。新疆野苹果遗传多样性较高,鲜食苹果最低;鲜食苹果起源于新疆野苹果;不同引物的遗传参数差异较大,选择的引物效率值不同,说明引物选择的重要性。
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关键词
苹果
SSR
遗传多样性
引物效率
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Keywords
apple
SSR
genetic diversity
primer efficiency
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分类号
S661.1
[农业科学—果树学]
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