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引物延伸/变性高效液相色谱检测HBV拉米夫定耐药突变 被引量:5
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作者 毛雄英 王卫华 +2 位作者 沈广宇 张建英 陈辉 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期172-174,共3页
目的建立引物延伸/变性高效液相色谱(DHPLC)技术检测HBV拉米夫定耐药突变的方法。方法本法只需单条引物一次延伸反应便可检测野生株YMDD型、突变株YIDD和YVDD型。其中,突变株YVDD型被延伸1个碱基(G),突变株YIDD型被延伸4个碱基(ATTG/ATC... 目的建立引物延伸/变性高效液相色谱(DHPLC)技术检测HBV拉米夫定耐药突变的方法。方法本法只需单条引物一次延伸反应便可检测野生株YMDD型、突变株YIDD和YVDD型。其中,突变株YVDD型被延伸1个碱基(G),突变株YIDD型被延伸4个碱基(ATTG/ATCG),野生株YMDD型被延伸3个碱基(ATG),延伸产物用DHPLC检测长度;构建野生株YMDD型、突变株YIDD型和YVDD型质粒,对方法进行检验;用商品试剂和临床标本对方法进行验证。结果野生株YMDD型、突变株YIDD型和YVDD型克隆质粒验证结果完全符合;临床56例标本的检测结果与商品化试剂(熔解曲线法)结果完全符合。结论引物延伸/DHPLC检测HBV基因拉米夫定耐药突变是一个高特异性、高可靠性的方法。 展开更多
关键词 变性高效液相色谱 引物延伸 突变检测 拉米夫定耐药
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用Cy5-ddNTP结合修饰引物延伸测定人类3种SNP(英文) 被引量:6
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作者 宋沁馨 周国华 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期569-572,共4页
目的:建立一种简便快速的分析方法检测人类基因中的单核苷酸多态性(SNP)。方法:在适当的dNTPs和Cy5荧光染色标记的ddNTPs存在的情况下,利用修饰引物从SNP位点进行特异性碱基延伸,延伸产物通过芯片电泳来检测。修饰引物的3′端第三个碱... 目的:建立一种简便快速的分析方法检测人类基因中的单核苷酸多态性(SNP)。方法:在适当的dNTPs和Cy5荧光染色标记的ddNTPs存在的情况下,利用修饰引物从SNP位点进行特异性碱基延伸,延伸产物通过芯片电泳来检测。修饰引物的3′端第三个碱基处人为导入一个错配碱基来改善引物延伸反应的开关特性。结果:测定了人类p53、CK20、CK30基因上3种SNP的可能形态(野生型、突变型和杂合型),所有样本在芯片电泳中100 s左右被准确检测。结论:该方法简便易行,可用于快速检测已知的SNP。 展开更多
关键词 SNP CyS-ddNTP 芯片电泳 修饰引物延伸
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改良扩增前引物延伸技术检测痕量DNA 被引量:3
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作者 陈玲 王慧君 刘超 《医学研究生学报》 CAS 2007年第4期442-442,444,共2页
关键词 改良的扩增前引物延伸反应 全基因组扩增 痕量DNA检测
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基于引物延伸反应进行SNP基因分型的电化学方法 被引量:4
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作者 屈瑜 楚霞 +2 位作者 徐湘民 沈国励 俞汝勤 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第1期23-27,共5页
引物延伸反应的高特异性使其成为单核苷酸多态性(SNP)基因分型的最常用方法.本文利用引物延伸反应,通过二茂铁标记的dUTP将二茂铁引入到延伸的产物中,用一条捕获探针将延伸产物捕获到电极表面,用差分脉冲伏安法对电极表面的二茂铁进行检... 引物延伸反应的高特异性使其成为单核苷酸多态性(SNP)基因分型的最常用方法.本文利用引物延伸反应,通过二茂铁标记的dUTP将二茂铁引入到延伸的产物中,用一条捕获探针将延伸产物捕获到电极表面,用差分脉冲伏安法对电极表面的二茂铁进行检测,从而实现了SNP基因分型.考察了延伸反应的退火温度、聚合酶用量以及DNA杂交温度等因素的影响.应用该方法对β-地中海贫血基因密码子28位单碱基突变进行检测,获得了满意的基因分型结果.该方法检测限可达到0.86fmol/L,是一种简便、快速且灵敏的SNP分型方法. 展开更多
关键词 引物延伸反应 单核苷酸多态性 基因分型 二茂铁
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液相芯片技术联合等位基因特异性引物延伸反应检测结核分枝杆菌耐多药突变 被引量:4
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作者 李婧婵 姜春来 +1 位作者 于源华 宋海鹏 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2016年第3期165-168,共4页
目的建立一种耐多药结核分枝杆菌检测方法。方法设计并构建含有kat G315、rpo B526、rpo B531耐药基因突变位点的质粒;通过PCR扩增及纯化、等位基因特异性引物延伸反应(ASPE)、荧光微球杂交反应及液相芯片系统Luminex 200检测;并对该... 目的建立一种耐多药结核分枝杆菌检测方法。方法设计并构建含有kat G315、rpo B526、rpo B531耐药基因突变位点的质粒;通过PCR扩增及纯化、等位基因特异性引物延伸反应(ASPE)、荧光微球杂交反应及液相芯片系统Luminex 200检测;并对该方法反应条件进行探索及方法学评价。结果 ASPE反应中Tsp DNA聚合酶最适浓度为0.025 U/μL,杂交荧光微球浓度为每μL 100个,链霉亲和素藻红蛋白浓度及杂交时间分别为2μg/m L和20 min;所建立方法的检测灵敏度最低可达1ng/m L;当质粒浓度为1.5×105ng/m L时,批间和批内变异系数(CV)分别为6.48%~12.15%和0.35%~6.92%;当质粒浓度为2 ng/m L时,批间和批内变异系数(CV)分别为5.73%~10.77%和0.97%~8.91%;特异性引物探针与其他突变位点均无交叉反应。结论液相芯片技术联合等位基因特异性引物延伸反应检测耐多药结核分枝杆菌灵敏且具有成本低、高通量等特点,极具临床应用潜力。 展开更多
关键词 液相芯片技术 等位基因特异性引物延伸反应 结核分枝杆菌 耐多药性
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单细胞扩增前引物延伸多基因位点检测研究 被引量:3
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作者 袁淑慧 金帆 黄荷凤 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 2002年第3期145-148,共4页
目的 :考察单细胞扩增前引物延伸 (PEP)全基因组扩增 ,后续巢式 PCR同步检测β地中海贫血突变基因 CD17、nt- 2 8及连锁基因 (ATTTT)、18和 2 1号染色体短串联重复序列 D18S5 1、D2 1S11和 D2 1S14 11、囊性纤维病 CFΔ F5 0 8及连锁基... 目的 :考察单细胞扩增前引物延伸 (PEP)全基因组扩增 ,后续巢式 PCR同步检测β地中海贫血突变基因 CD17、nt- 2 8及连锁基因 (ATTTT)、18和 2 1号染色体短串联重复序列 D18S5 1、D2 1S11和 D2 1S14 11、囊性纤维病 CFΔ F5 0 8及连锁基因 (GATT)、杜氏肌营养不良症 DMD基因外显子 17和 4 8以及 Y染色体性别决定基因 SRY的可行性。方法 :显微操作获取单个淋巴细胞和胚胎细胞 ,PEP全基因组扩增 ,后续特异性巢式 PCR,检测上述 10个基因位点的单细胞扩增成功率、假阳性率、假阴性率。结果 :上述 10个位点的单个淋巴细胞扩增成功率、假阳性率和假阴性率分别为 89.5 %、0 .4 8%和 2 .5 0 % ,单个胚胎细胞扩增成功率和假阳性率分别为 85 .5 6 %和 3.0 %。结论 :单细胞 PEP后续巢式 PCR同步检测上述 10个基因位点有较高的扩增成功率和很低的假阳性率和假阴性率 ,具有应用于植入前遗传学诊断的实际可行性。 展开更多
关键词 单细胞扩增前引物延伸 多基因位点检测 PEP 淋巴细胞 卵裂球 基因诊断 Β地中海贫血
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基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术在新生儿β-地中海贫血筛查中的应用 被引量:7
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作者 黄盛文 许吟 +2 位作者 吴娴 周曼 刘兴梅 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2015年第5期341-343,共3页
目的建立基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术的β-地中海贫血(β-地贫)基因突变检测方法,探讨其在新生儿β-地贫筛查中的临床价值。方法收集新生儿脐血DNA样本515例,针对中国人群中常见的10种β-地贫基因突变类型... 目的建立基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术的β-地中海贫血(β-地贫)基因突变检测方法,探讨其在新生儿β-地贫筛查中的临床价值。方法收集新生儿脐血DNA样本515例,针对中国人群中常见的10种β-地贫基因突变类型,分别设计一套PCR引物和延伸反应引物。待测样本经PCR和延伸反应后,所得产物用Sequenom Mass Array飞行时间质谱仪进行检测,根据质谱图中的峰值确定每份样本的基因型,并用反向点杂交进行验证。结果 515份样本10个突变位点的总判读成功率为99.55%,检测结果与反向点杂交结果完全一致;共检出β-地贫14例,均为突变杂合子,阳性检出率为2.72%;其中,基因型CD41-42/N 6例,CD17/N 5例,IVS-Ⅱ-654/N 2例,CD71-72/N 1例。结论 MALDI-TOF MS技术准确性高,检测时间短,通量高,适用于新生儿β-地贫筛查。 展开更多
关键词 Β-地中海贫血 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 引物延伸 新生儿筛查
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基于通用质粒标准品的实时荧光定量PCR检测组织因子剪接异构体F3tv1及F3tv2 被引量:1
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作者 穆原 周红 +2 位作者 胥亚 张晓蕾 王婷 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期485-488,共4页
目的建立基于通用质粒标准品的实时荧光定量PCR(qPCR)法检测人组织因子(TF)两种剪接异构体(F3tv1和F3tv2)。方法设计基因特异性上游引物与通用下游引物,通过引物末端延伸法将2种扩增产物进行序列简并,用于构建通用质粒标准品。用qPCR法... 目的建立基于通用质粒标准品的实时荧光定量PCR(qPCR)法检测人组织因子(TF)两种剪接异构体(F3tv1和F3tv2)。方法设计基因特异性上游引物与通用下游引物,通过引物末端延伸法将2种扩增产物进行序列简并,用于构建通用质粒标准品。用qPCR法检测人白血病细胞株THP-1、Jurkat及外周血单核细胞中F3tv1与F3tv2的表达,分析该法的线性范围与特异性。结果所建qPCR方法对F3tv1与F3tv2扩增特异,线性范围均为108~101copies/μL。THP-1与外周血单核细胞中F3tv1相对表达量分别为(5.70×10-4)±(2.62×10-5)与(1.79×10-4)±(4.37×10-5);F3tv2分别为(4.94×10-5)±(2.19×10-6)与(2.98±2.18)×10-6,Jurkat细胞株F3tv1与F3tv2均未检出。结论建立的qPCR方法可对TF两种剪接异构体同时进行精确、定量地检测,为深入研究TF的选择性剪接调控机制提供实验依据。 展开更多
关键词 组织因子 选择性剪接 引物末端延伸 实时荧光定量PCR
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