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异源双链泳动分析法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的研究
被引量：
7
1
作者
王旌
赵蓉
+1 位作者
童晓维
朱剑锋
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第11期1030-1035,共6页
背景 目前对流行性角膜结膜炎致病腺病毒的分型多采用直接DNA测序法,而异源双链泳动分析（HMA）法可对腺病毒进行基因分型,且更符合成本-效益原则,HMA法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的应用尚少有研究.目的 将流行性角膜结膜炎致病...
背景 目前对流行性角膜结膜炎致病腺病毒的分型多采用直接DNA测序法,而异源双链泳动分析（HMA）法可对腺病毒进行基因分型,且更符合成本-效益原则,HMA法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的应用尚少有研究.目的 将流行性角膜结膜炎致病腺病毒六邻体蛋白编码区内保守区的测序结果与HMA的结果进行对照,评价HMA法在流行性角膜结膜炎病原体检查中的有效性和可行性.方法 在知情同意的情况下收集2010年1月至2012年12月在上海市眼病防治中心和上海市急性出血性结膜炎防控办公室下属红眼病监测站点就诊的可疑流行性角膜结膜炎患者214例,取患者结膜囊的结膜拭子标本214份.使用QIA-amp minikit提取结膜拭子标本中的病毒DNA,然后通过PCR法扩增病毒DNA六邻体蛋白编码区内366 bp的保守序列,并对该片段进行基因测序,确定是否为腺病毒及其分型.采用HMA法同时对PCR扩增产物进行分析,将HMA结果与基因测序法进行比较.结果 使用QIA-amp minikit提取的病毒基因组DNA经质量分数1％琼脂糖凝胶电泳可见边界清楚的长约35 kb的金黄色荧光条带,无拖尾现象,DNA吸光度比值（A260/A280）约为1.7.214例患者中,经PCR检测确定为腺病毒感染者109例,经基因测序确定为腺病毒l型（AdVl）者4例,AdV2者33例,AdV3者15例,AdV4者12例,AdV8者19例,AdV19者15例,AdV37者8例.HMA法可以鉴别AdV1、AdV2、AdV3、AdV8、AdV19和AdV37,其结果与基因测序结果一致.AdV4的DNA突变点为59.6％,超过10％,不适合HMA法.结论 针对六邻体蛋白编码区内保守区域的基因测序是腺病毒分型的重要方法之一,可以快速确定流行性角膜结膜炎是否系腺病毒感染引起,并可以确定腺病毒分型.HMA的结果与基因测序相一致,可作为大规模分子流行病学调查的检测工具.
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关键词
角膜结膜炎/流行性
腺病毒感染
异源双链核苷酸/遗传学
碱基序列
聚合酶链反应
异源
双链
泳动实验
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职称材料
二核苷酸微卫星PCR扩增的影子带及其来源
被引量：
9
2
作者
王吉振
王爱国
+4 位作者
储明星
李宁
傅金恋
易建红
高福才
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第3期241-246,共6页
2个绵羊二核苷酸微卫星BM143和BMS2508的PCR扩增产物在非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳(nPAGE)中形成滞后于主带的影子带。影子带比主带小2 bp。实际上主带由两部分组成:表明微卫星正确大小的PCR特异扩增的高浓度条带(特异扩增带)和比...
2个绵羊二核苷酸微卫星BM143和BMS2508的PCR扩增产物在非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳(nPAGE)中形成滞后于主带的影子带。影子带比主带小2 bp。实际上主带由两部分组成:表明微卫星正确大小的PCR特异扩增的高浓度条带(特异扩增带)和比特异扩增带小2 bp的PCR非特异扩增的低浓度条带(非特异扩增带)。本试验初步证明影子带是微卫星的一条特异扩增带和一条非特异扩增带错配形成的异源双链。本研究结果表明,影子带的出现并不改变特异扩增带在nPAGE中的正常迁移率。
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关键词
二
核苷
酸
微卫星
聚合酶链式反应
影子带
非特异扩增带
特异扩增带
异源
双链
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职称材料
题名
异源双链泳动分析法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的研究
被引量：
7
1
作者
王旌
赵蓉
童晓维
朱剑锋
机构
上海市眼病防治中心
出处
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第11期1030-1035,共6页
基金
上海市卫生局青年课题项目（2010Y135）
文摘
背景 目前对流行性角膜结膜炎致病腺病毒的分型多采用直接DNA测序法,而异源双链泳动分析（HMA）法可对腺病毒进行基因分型,且更符合成本-效益原则,HMA法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的应用尚少有研究.目的 将流行性角膜结膜炎致病腺病毒六邻体蛋白编码区内保守区的测序结果与HMA的结果进行对照,评价HMA法在流行性角膜结膜炎病原体检查中的有效性和可行性.方法 在知情同意的情况下收集2010年1月至2012年12月在上海市眼病防治中心和上海市急性出血性结膜炎防控办公室下属红眼病监测站点就诊的可疑流行性角膜结膜炎患者214例,取患者结膜囊的结膜拭子标本214份.使用QIA-amp minikit提取结膜拭子标本中的病毒DNA,然后通过PCR法扩增病毒DNA六邻体蛋白编码区内366 bp的保守序列,并对该片段进行基因测序,确定是否为腺病毒及其分型.采用HMA法同时对PCR扩增产物进行分析,将HMA结果与基因测序法进行比较.结果 使用QIA-amp minikit提取的病毒基因组DNA经质量分数1％琼脂糖凝胶电泳可见边界清楚的长约35 kb的金黄色荧光条带,无拖尾现象,DNA吸光度比值（A260/A280）约为1.7.214例患者中,经PCR检测确定为腺病毒感染者109例,经基因测序确定为腺病毒l型（AdVl）者4例,AdV2者33例,AdV3者15例,AdV4者12例,AdV8者19例,AdV19者15例,AdV37者8例.HMA法可以鉴别AdV1、AdV2、AdV3、AdV8、AdV19和AdV37,其结果与基因测序结果一致.AdV4的DNA突变点为59.6％,超过10％,不适合HMA法.结论 针对六邻体蛋白编码区内保守区域的基因测序是腺病毒分型的重要方法之一,可以快速确定流行性角膜结膜炎是否系腺病毒感染引起,并可以确定腺病毒分型.HMA的结果与基因测序相一致,可作为大规模分子流行病学调查的检测工具.
关键词
角膜结膜炎/流行性
腺病毒感染
异源双链核苷酸/遗传学
碱基序列
聚合酶链反应
异源
双链
泳动实验
Keywords
Keratoconjunctivitis/epidemiology
Adenovirus infection
Nucleic acid heteroduplexes/genetics
Base sequence
Polymerase chain reaction
Heteroduplex mobility assay
分类号
R772.2 [医药卫生—眼科]
R777.31 [医药卫生—眼科]
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职称材料
题名
二核苷酸微卫星PCR扩增的影子带及其来源
被引量：
9
2
作者
王吉振
王爱国
储明星
李宁
傅金恋
易建红
高福才
机构
中国农业大学动物科技学院
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
中国农业大学农业生物技术国家重点实验室
河北省任丘市畜牧水产局
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第3期241-246,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(30300248
30140004和39770541)
文摘
2个绵羊二核苷酸微卫星BM143和BMS2508的PCR扩增产物在非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳(nPAGE)中形成滞后于主带的影子带。影子带比主带小2 bp。实际上主带由两部分组成:表明微卫星正确大小的PCR特异扩增的高浓度条带(特异扩增带)和比特异扩增带小2 bp的PCR非特异扩增的低浓度条带(非特异扩增带)。本试验初步证明影子带是微卫星的一条特异扩增带和一条非特异扩增带错配形成的异源双链。本研究结果表明,影子带的出现并不改变特异扩增带在nPAGE中的正常迁移率。
关键词
二
核苷
酸
微卫星
聚合酶链式反应
影子带
非特异扩增带
特异扩增带
异源
双链
Keywords
dinucleotide microsatellite
polymerase chain reaction
shadow band
nonspecific band
specific band
heteroduplex
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
异源双链泳动分析法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的研究
王旌
赵蓉
童晓维
朱剑锋
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
二核苷酸微卫星PCR扩增的影子带及其来源
王吉振
王爱国
储明星
李宁
傅金恋
易建红
高福才
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007
9
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