鸡PPARγ基因转录本5的两个上游开放阅读框功能分析

1

作者 王宁 娄钰琦 +5 位作者 褚衍凯 黄佳新 徐海冬 罗昊玉 娄明 牟芳 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期70-78,共9页

前期研究发现,鸡PPARγ基因转录本5(c PPARγ5)的5’非翻译区(5’untranslated region,5’UTR)存在两个上游开放阅读框(uORF1和uORF2)。为揭示这两个uORFs在鸡PPARγ基因表达转录后调控作用,试验使用报告基因、定点突变、q RT-PCR和West... 前期研究发现,鸡PPARγ基因转录本5(c PPARγ5)的5’非翻译区(5’untranslated region,5’UTR)存在两个上游开放阅读框(uORF1和uORF2)。为揭示这两个uORFs在鸡PPARγ基因表达转录后调控作用,试验使用报告基因、定点突变、q RT-PCR和Western blot等技术,分析两个uORFs对报告基因活性及PPARγmRNA和蛋白表达的影响。结果表明,与野生型相比,uORF1和uORF2分别突变和同时突变均显著促进报告基因活性及PPARγm RNA和蛋白表达(P<0.05)。mRNA稳定性分析发现,两个uORFs突变对报告基因mRNA稳定性无显著影响。启动子活性分析发现,c PPARγ的5’UTR区具有启动子活性。研究结果表明,cPPARγ5的两个u ORFs抑制其翻译。 展开更多

关键词 鸡 PPARΓ基因 5’非翻译区 上游开放阅读框 翻译抑制

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人类珠蛋白相关基因上游开放阅读框的变异分析 被引量：3

2

作者 叶宇华 张倩倩 +4 位作者 钟建美 黎倚红 张立 喻秋霞 徐湘民 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期232-240,共9页

β-地中海贫血症是一种珠蛋白生成障碍的常染色体隐性遗传病。而γ珠蛋白基因的开放表达和胎儿血红蛋白的合成,是缓解β地中海贫血病人临床表型的一个重要因素。本研究针对202个血红蛋白相关调控基因或mi RNA,对1802个β-地中海贫血症... β-地中海贫血症是一种珠蛋白生成障碍的常染色体隐性遗传病。而γ珠蛋白基因的开放表达和胎儿血红蛋白的合成,是缓解β地中海贫血病人临床表型的一个重要因素。本研究针对202个血红蛋白相关调控基因或mi RNA,对1802个β-地中海贫血症患者进行了目标区域捕获测序。通过生物信息学的分析,检测出了所有捕获区域内的突变。进一步对位于5′端非编码区(5′untranslated region,5′UTR)的突变进行系统扫描,共计寻找到41个影响u ORF(upstream open reading frame,u ORF)有或无的功能性突变。从中选取了CHTOP基因(chr1:153606541 C>T)和TGFB1基因(chr19:41859418 G>A)的两个突变,通过定点诱变和双荧光素酶报告实验,在体外证实这两个突变均可显著地改变下游基因的表达。该研究结果为β-地中海贫血症临床表型的精确诊断提供了潜在的筛查靶点。 展开更多

关键词 Β-地中海贫血 突变 5′端非编码区 上游开放阅读框

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用带有猪IL-15基因和PRRSV的ORF5基因的质粒免疫小鼠可提高免疫效果

3

《中国猪业》 2011年第11期69-69,共1页

猪PRRSV的开放阅读框5（ORF5）编码了主要的衣壳糖蛋白GP5。GP5蛋白作为一个候选基因可预防PRRSV感染。在本研究中，重组构建了表达GP5基因和IL-15基因的质粒。小鼠用质粒进行免疫，

关键词 PRRSV感染 orf5基因 免疫效果 免疫小鼠 质粒 GP5蛋白 猪 开放阅读框

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不同非洲猪瘟病毒株j5R基因及其编码蛋白的比较 被引量：12

4

作者 孙怀昌 Linda KDixon R M E Parkhouse 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 1999年第2期117-119,共3页

根据非洲猪瘟病毒ＭａｌａｗｉＬＩＬ２０／１株ｊ５Ｒ阅读框Ｃ端抗原决定簇序列制备的合成肽能被不同毒株感染康复猪的免疫血清识别。多聚酶链反应研究表明，９个不同毒株的ｊ５Ｒ基因长度略有差异；蛋白转印杂交试验证明，这种基因长... 根据非洲猪瘟病毒ＭａｌａｗｉＬＩＬ２０／１株ｊ５Ｒ阅读框Ｃ端抗原决定簇序列制备的合成肽能被不同毒株感染康复猪的免疫血清识别。多聚酶链反应研究表明，９个不同毒株的ｊ５Ｒ基因长度略有差异；蛋白转印杂交试验证明，这种基因长度的差异导致相应蛋白多肽的长度多样性。这些结果进一步证明，长度多样性是非洲猪瘟病毒基因及其编码蛋白较为普遍的特点。 展开更多

关键词 非洲猪瘟病毒 j5R阅读框 长度多样性 j5R基因

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丙型肝炎病毒NS5A蛋白功能的研究进展

5

作者 周友乾 尹凤鸣 冯经华 《临床肝胆病杂志》 CAS 2009年第2期148-151,共4页

关键词 丙型肝炎病毒NS5A 蛋白功能 非结构蛋白 包膜蛋白E1 开放阅读框 HCV 肝脏疾病 感染人数

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美国新开发新城疫-H5亚型禽流感二联疫苗

6

作者 吕玲（编译） 《中国家禽》 北大核心 2009年第17期67-67,共1页

美国马里兰大学的科学家先前通过反向遗传系统开发出了低毒力的新城疫（ND）疫苗。最近他们采用该体系构建了2个重组新城疫病毒（NDV）表达来自H5N1高致病性禽流感病毒（HPAIV）A／Vietnam／1203／2004。一个表达HA基因的开放阅读框（OR... 美国马里兰大学的科学家先前通过反向遗传系统开发出了低毒力的新城疫（ND）疫苗。最近他们采用该体系构建了2个重组新城疫病毒（NDV）表达来自H5N1高致病性禽流感病毒（HPAIV）A／Vietnam／1203／2004。一个表达HA基因的开放阅读框（ORF），另一个将ORF的跨膜区采用NDVF基因进行替换。HAORF的插入不会影响NDV载体的毒力。 展开更多

关键词 新城疫病毒 二联疫苗 H5亚型禽流感 开发 美国 高致病性禽流感病毒 马里兰大学 开放阅读框

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欧洲型PRRSVGD2023株的全长基因序列测定与分析

7

作者 王紫荷 吕丁丁 +5 位作者 闫才杰 韩峰 李铎 李玉博 孙刘妹 张振东 《动物医学进展》 北大核心 2025年第11期17-24,共8页

为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒1(PRRSV 1)的遗传变异与演化情况,试验使用分段引物对广东省一规模化猪场PRRSV 1的强阳性样品进行全长基因组的扩增、测序与拼接,并与国内外常见参考毒株进行了同源性比对及遗传演化分析。结果表明,GD2... 为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒1(PRRSV 1)的遗传变异与演化情况,试验使用分段引物对广东省一规模化猪场PRRSV 1的强阳性样品进行全长基因组的扩增、测序与拼接,并与国内外常见参考毒株进行了同源性比对及遗传演化分析。结果表明,GD2023全长基因组为14979 bp(不含poly A),与PRRSV 1及PRRSV 2经典毒株LV、VR2332核苷酸同源性分别为86.7%、60.6%,全长核苷酸遗传进化树分析显示与国内外PRRSV 1毒株处于大的分支,表明GD2023属于PRRSV 1。ORF5遗传进化树分析显示GD2023与PRRSV 1变异株Lena处于同一分支,与SL-01亲缘关系最近。对nsp2与GP5进行氨基酸序列比对分析,结果发现nsp2存在43个氨基酸的缺失(aa289、aa320-360和aa420),缺失模式为1+41+1;GP5蛋白的信号肽、潜在糖基化位点及中和表位均存在不同程度的变异。重组分析显示GD2023未发生任何重组。说明国内PRRSV 1正在发生不同程度的变异与演化,临床上需加强对该类型毒株的关注与监测。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 欧洲型 全基因组测序与分析 遗传与演化 阅读框5

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2020-2024年北京地区PRRSV-2流行病学调查和遗传进化分析

8

作者 郭生革 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第10期50-57,共8页

为了分析2020—2024年北京市猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和遗传变异特征,本试验从北京市8个地区的不同规模猪场采集了6127份临床样本,利用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)技术检测PRRSV感染情况,通过PCR扩增获... 为了分析2020—2024年北京市猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和遗传变异特征,本试验从北京市8个地区的不同规模猪场采集了6127份临床样本,利用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)技术检测PRRSV感染情况,通过PCR扩增获得PRRSV的开放阅读框5(ORF5)序列,并基于ORF5基因进行同源性分析和遗传进化分析。结果显示,2020—2024年北京地区样本PRRSV总检出率为16.35%(1002/6127),不同年度的PRRSV检出率呈逐年下降趋势;不同地区的PRRSV检出率介于10.31%~22.84%,其中延庆区的检出率最高;不同样本类型的PRRSV检出率不同,其中肺脏样本的检出率最高,为22.54%(222/985),环境样本的检出率较低,为3.72%(16/430),种公猪精液中未检出PRRSV。本试验测序获得26个PRRSV ORF5基因序列,通过系统进化分析发现,北京地区检测到的PRRSV毒株主要属于谱系1.8(NADC30-like)和1.5(NADC34-like),占比分别为42.31%(11/26)和34.62%(9/26),此外,谱系5(VR2332-like)和谱系8(HP-PRRSVlike)也有少量分离毒株分布。本试验揭示了北京市PRRSV-2的流行特性和遗传多样性,为制定针对性防控措施提供了科学依据。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) 开放阅读框5(orf5) 流行病学 遗传进化分析

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细胞质雄性不育表型及不育机制研究进展

9

作者 王雪松 邹益 +2 位作者 王杰 聂丽云 武志强 《广西植物》 北大核心 2025年第3期483-499,共17页

植物线粒体基因组内特殊的开放阅读框(open reading frame,ORF)导致植物不产生雄配子或产生的雄配子无法正常受精,这种现象被称为细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility,CMS)。CMS材料雄配子稳定败育的特性使其在杂交种商业化生产... 植物线粒体基因组内特殊的开放阅读框(open reading frame,ORF)导致植物不产生雄配子或产生的雄配子无法正常受精,这种现象被称为细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterility,CMS)。CMS材料雄配子稳定败育的特性使其在杂交种商业化生产中一直扮演着重要角色,有效降低了制种成本,提高了杂交种纯度。随着对CMS现象研究的深入,新的CMS材料通过各种手段被不断创制出来,相关的不育基因也逐渐被定位和克隆。该文首先概述了目前对CMS基因进化的研究和常用CMS材料及其相关CMS基因的挖掘情况,随后总结了CMS材料在物质能量代谢、激素水平等方面的表型特点。同时整合了当前对CMS分子机制的几种假说,并结合实验证据提出对CMS分子机制的观点。以期在总结当前细胞质雄性不育研究的基础上对未来更加深入的理论和实验研究提供参考。 展开更多

关键词 细胞质雄性不育 线粒体基因组 活性氧(ROS) 开放阅读框(orf) CMS分子机制

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猫杯状病毒实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立

10

作者 李静怡 熊雷 +4 位作者 黄莉璎 刘晓鹏 杨盛奋 金京勋 王弋 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第12期64-72,共9页

为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显... 为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显示,建立的RT-qPCR检测FCV参考株具有良好的线性关系(R^(2)=0.9995),最低检测限为1×10^(2)TCID_(50)/mL,对其他相关病毒无有效响应,组内变异系数和组间变异系数均小于1%。应用该方法检测33份临床样本,阳性率为51.5%。由此可见,本试验建立的RT-qPCR敏感性、特异性和重复性均良好,可为FCV的早期快速诊断和疫病防控等提供检测手段。 展开更多

关键词 猫杯状病毒(FCV) 肽核酸(PNA) 分子信标荧光探针 实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR) 开放阅读框(orf)

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植物CMS不育基因的研究进展 被引量：2

11

作者 杨慧丽 杨露 +3 位作者 张怀胜 林亚楠 李冰 薛亚东 《广东农业科学》 CAS 2018年第10期9-16,共8页

植物细胞质雄性不育是指植物的生殖器官不能产生雄配子,而雌器官发育正常,可接受外来花粉正常结实的一种生物学现象。细胞质雄性不育是由核基因和线粒体基因互作共同起作用,影响了植物花药的绒毡层和正在进行减数分裂的细胞,从而导致植... 植物细胞质雄性不育是指植物的生殖器官不能产生雄配子,而雌器官发育正常,可接受外来花粉正常结实的一种生物学现象。细胞质雄性不育是由核基因和线粒体基因互作共同起作用,影响了植物花药的绒毡层和正在进行减数分裂的细胞,从而导致植物体花粉产生败育。在生产上细胞质雄性不育对于作物杂种优势的利用、杂交种的制种都有重要意义。雄性不育现象无论是在遗传方向还是分子水平上一直以来都是科学家们研究的热点,深入研究细胞质雄性不育的机制有利于更有效地在生产上加以利用。对近年来植物细胞质雄性不育中发现的细胞质雄性不育基因的来源及分类、细胞质雄性不育与杂种优的相互关系、细胞质雄性不育的机理及目前发现的细胞质雄性不育基因进行概述,并探讨了植物细胞质雄性不育研究的发展前景。 展开更多

关键词 细胞质雄性不育 杂种优势 线粒体基因 细胞核基因 开放阅读框(orf) 基因重组

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黄颡鱼生长激素cDNA序列克隆及其序列分析 被引量：5

12

作者 孙玉华 谢从新 《水利渔业》 北大核心 2006年第3期10-13,共4页

采用RT-PCR方法,首次从黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)脑垂体总RNA中克隆出生长激素(growth hormone,GH)cDNA的开放阅读框ORF(open reading frame)序列,长603nt,推导的GH前体由200个氨基酸组成。以生长激素氨基酸序列为分子标记,比较... 采用RT-PCR方法,首次从黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)脑垂体总RNA中克隆出生长激素(growth hormone,GH)cDNA的开放阅读框ORF(open reading frame)序列,长603nt,推导的GH前体由200个氨基酸组成。以生长激素氨基酸序列为分子标记,比较了包括黄颡鱼在内的鲇形目6科9种鱼类的生长激素氨基酸序列同源性,并用PHYLIP软件构建了鲇形目6科9种鱼类的系统发育树,可识别3个大的单系类群,即类群Ⅰ:鲇科Siluridae;类群Ⅱ:芒鲇科Pangasiidae+(鱼尝科Bagridae+异囊鲇科Heteropneustidae);类群Ⅲ:鱼回科Ictaluridae+胡子鲇科Clariidae。 展开更多

关键词 黄颖鱼 鲇形目 生长激素eDNA 开放阅读框orf

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2007年-2010年江苏省高致病性PRRSV分离株遗传特征分析 被引量：1

13

作者 杨建泉 钱琨 +3 位作者 顾丙泉 王明珍 金文杰 秦爱建 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2011年第11期52-57,共6页

为了了解江苏省高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,本研究在2007年-2010年从江苏不同地区采集病料,利用RT-PCR方法进行病毒检测。结果发现江苏地区所有毒株都属于美洲型毒株,且Nsp2基因都存在不连续的30个氨基酸的缺... 为了了解江苏省高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,本研究在2007年-2010年从江苏不同地区采集病料,利用RT-PCR方法进行病毒检测。结果发现江苏地区所有毒株都属于美洲型毒株,且Nsp2基因都存在不连续的30个氨基酸的缺失,缺失氨基酸的位置为481位和533位～561位。病毒分离株PRRSV RD2007的全基因组序列变异分析结果表明,江苏分离株RD2007与国内其他高致病性毒株JXA1、HUN4、HEB1、HUB1及SY0608有很高的同源性,其中全序列与JXA1同源性高达99.1%,同时ORF5基因与国内高致病性代表毒株具有共同的变异特征。试验结果提示江苏省流行毒株与国内其他高致病性PRRSV可能来源于共同的祖先。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 反转录-多聚酶链反应 非结构蛋白2 开放阅读框5

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广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒的限制性片段长度多态性分析

14

作者 周丽萍 罗满林 +1 位作者 刘镇明 贺东生 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2008年第11期13-15,共3页

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 限制性片段长度多态性分析 广东省 RNA病毒 结构蛋白 orf5 开放阅读框 核衣壳蛋白

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2019-2021年鸭坦布苏病毒广西流行毒株遗传多样性分析 被引量：3

15

作者 熊陈勇 尹彦文 +11 位作者 施开创 李军 郑敏 韦显凯 冯淑萍 龙凤 屈素洁 陆文俊 周洪槿 黄海莲 谢守玉 黎宗强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第8期3099-3111,共13页

【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定... 【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定量RT-PCR方法检测DTMUV,根据毒株检测年限和来源地选取部分阳性样品进行DTMUV全序列扩增及测序,并进行序列相似性、重要蛋白关键氨基酸位点、系统发育、全序列重组及遗传进化速率分析。【结果】共获得8株DTMUV全序列,基因组全长为10992 bp,为广西毒株。广西毒株之间开放阅读框(ORF)及E、NS5基因的核苷酸序列相似性分别为97.9%~99.8%、97.0%~99.9%和97.8%~99.9%,氨基酸序列相似性分别为99.1%~99.9%、99.0%~100%和99.3%~99.9%;与国内外参考毒株的核苷酸序列相似性分别为86.4%~99.3%、85.8%~99.5%和87.1%~99.2%,氨基酸序列相似性分别为96.0%~99.8%、94.8%~100%和97.5%~99.9%,且与水禽源TMUV相似性高于其他宿主源。与疫苗株FX2010相比,DTMUV广西毒株E蛋白共有11个氨基酸位点发生变异,其中第43、150、153、326、403、464及487位为广西毒株独特的氨基酸突变。ORF遗传进化分析结果显示,广西毒株均分布于2.1亚群,而源自广西的GX2011和GX2015株隶属于2.2亚群,表明DTMUV广西流行毒株进化趋势不完全一致;E、NS5基因系统发育趋势与ORF相似。重组分析结果表明,GXBH01-2019、GXZS02-2020、ziYY150901及HB2016株检测有重组信号。E、NS5基因的遗传进化速率估算分别为1.31×10^(-3)和1.30×10^(-3)替换/(位点·年),表明二者进化较为同步。【结论】当前DTMUV广西流行毒株表现为与主要流行毒株亲缘性较近,E蛋白发生特有氨基酸突变,进化趋势不一致,存在重组现象等分子特征,结果为制定有效防控措施提供了基础数据。 展开更多

关键词 鸭坦布苏病毒(DTMUV) 开放阅读框(orf) E基因 NS5基因 遗传多样性

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猪繁殖与呼吸综合征免疫学研究进展

16

作者 焦凤超 李迎晓 《上海畜牧兽医通讯》 2009年第1期19-20,共2页

关键词 猪繁殖与呼吸综合征 免疫学 病毒结构蛋白 囊膜糖蛋白 接触性传染病 orf2 PRRSV 开放阅读框

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家禽疫苗免疫策略可能加快禽流感病毒进化

17

《中国家禽》 北大核心 2011年第21期66-66,共1页

为更好地了解H5N1亚型高致病性禽流感（HPAI）的病原在采取不周免疫策略的国家进化情况，OIE／FAO新城疫和禽流感意大利参考实验室深入分析了埃及2006-2010年流行毒株，并比较了埃及、印度尼西亚（进行疫苗免疫）与尼日利亚、土耳其、... 为更好地了解H5N1亚型高致病性禽流感（HPAI）的病原在采取不周免疫策略的国家进化情况，OIE／FAO新城疫和禽流感意大利参考实验室深入分析了埃及2006-2010年流行毒株，并比较了埃及、印度尼西亚（进行疫苗免疫）与尼日利亚、土耳其、泰国（不进行免疫）的分离毒株差异。他们收集了751个禽流感病毒（AIV）血凝素完整开放阅读框的序列（埃及309个， 展开更多

关键词 高致病性禽流感 免疫策略 病毒进化 家禽疫苗 H5N1亚型 印度尼西亚 开放阅读框 禽流感病毒

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