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基于开放读码框架的GEP遗传算子 被引量:2
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作者 陈威虎 向凌云 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2016年第18期57-61,126,共6页
基因表达式编程(GEP)采用的已有单点重组、两点重组、插串等遗传操作有很大概率发生在基因的非编码区,导致搜索过程中遗传操作前后的基因解码成相同的表达式树,这在一定程度上影响了GEP的搜索性能。为解决这一问题,提出了一类基于开放... 基因表达式编程(GEP)采用的已有单点重组、两点重组、插串等遗传操作有很大概率发生在基因的非编码区,导致搜索过程中遗传操作前后的基因解码成相同的表达式树,这在一定程度上影响了GEP的搜索性能。为解决这一问题,提出了一类基于开放读码框架的遗传算子,这类算子从基因的编码区中选取作用点,以保证遗传操作将改变编码区中的基因片段,从而使遗传操作后的基因能解码成不同的表达式树。实验结果表明,与已有的同类遗传算子相比,提出的遗传算子缩短了GEP算法进化代数,提高了算法的成功率。 展开更多
关键词 基因表达式编程 开放读码框架 遗传算子
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上海及新疆地区猪戊型肝炎病毒开放阅读码框架2序列的克隆与分析
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作者 张维谊 鞠厚斌 +2 位作者 刘健 刘佩红 周锦萍 《中国动物传染病学报》 CAS 2010年第4期26-31,共6页
通过已建立的动物戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)RT-nPCR方法,检测上海地区和新疆地区猪群样品。扩增HEV开放读码框架2(open reading frame 2,ORF2)保守区,产物为507 bp。经克隆、测序,获得20株上海株、3株新疆株序列,采用分... 通过已建立的动物戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)RT-nPCR方法,检测上海地区和新疆地区猪群样品。扩增HEV开放读码框架2(open reading frame 2,ORF2)保守区,产物为507 bp。经克隆、测序,获得20株上海株、3株新疆株序列,采用分子生物学软件与47株已知HEV进行同源性、进化关系分析。结果23株序列从同源性比对和进化关系分析均属HEVⅣ型,上海株间507 bp的核苷酸同源性为94.1%~100.0%,与上海猪源(DQ450072)、日本人源Japan1(AB369690)亲缘关系近;3株新疆株507 bp间的核苷酸同源性为86.1%~98.2%,与新疆猪源China SW1(AY594199)、中国人源T1株(AJ272108)亲缘关系近;上海株与新疆株间的核苷酸同源性为82.6%~100.0%,提示上海株与新疆株间存在差异。23株HEV在时间和地域关系分析,提示不同年份的新疆株存在差异,同年份不同猪场的新疆株进化关系存在差异,不同年份、不同区县的上海株进化关系也存在差异。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒 开放读码框架2 序列分析
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RT-nPCR检测屠宰场胆汁中猪戊型肝炎病毒 被引量:6
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作者 张维谊 刘健 +1 位作者 鞠厚斌 周锦萍 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2009年第11期29-31,共3页
关键词 戊型肝炎病毒 PCR检测 屠宰场 中猪 胆汁 开放读码框架 virus ORF2
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L1-ORF2对GES-1细胞衰老的影响及分子调控机制研究 被引量:1
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作者 李英男 王卫华 +1 位作者 王昌正 吴本俨 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期479-483,共5页
目的探讨长散在核元件1读码框2基因(L1-ORF2)对GES-1细胞衰老的影响及分子调控机制。方法采用高糖诱导法构建GES-1细胞衰老模型,构建L1-ORF2 si RNA载体,脂质体法将其瞬时转染正常及衰老的GES-1细胞,转染48h后用细胞计数法绘制细胞生长... 目的探讨长散在核元件1读码框2基因(L1-ORF2)对GES-1细胞衰老的影响及分子调控机制。方法采用高糖诱导法构建GES-1细胞衰老模型,构建L1-ORF2 si RNA载体,脂质体法将其瞬时转染正常及衰老的GES-1细胞,转染48h后用细胞计数法绘制细胞生长曲线,流式细胞仪分析细胞周期,β-半乳糖苷酶染色检测细胞衰老情况,Western blotting检测转染细胞中L1-ORF2、P53、P21蛋白表达水平。结果成功构建了稳定的GES-1细胞衰老模型及L1-ORF2si RNA载体。与转染了阴性对照载体的细胞相比,转染L1-ORF2 si RNA载体的正常及衰老GES-1细胞的L1-ORF2表达均下降(P<0.05)。与转染阴性对照载体的衰老GES-1细胞相比,转染L1-ORF2 si RNA载体的衰老GES-1细胞增殖速度变快(P<0.05),G0/G1期比例明显减少(34.2%vs 39.3%,P<0.05),β-半乳糖苷酶染色比例下降(56%vs 69%,P<0.05),而转染阴性对照载体和L1-ORF2 si RNA载体的正常GES-1细胞相比则无明显差异(P>0.05)。P53蛋白仅在衰老GES-1细胞中有表达,在正常GES-1细胞中无表达,而P21蛋白在正常和衰老的GES-1细胞中均有表达,且后者表达更高(P<0.05)。与转染阴性对照载体的细胞相比,转染L1-ORF2 si RNA载体的GES-1细胞P53、P21蛋白表达量明显下降(P<0.05)。结论L1-ORF2 si RNA载体可使正常及衰老的GES-1细胞中L1-ORF2表达下调,促进衰老GES-1细胞的生长和增殖,而对正常GES-1细胞无明显影响。P53、P21蛋白参与了L1-ORF2调控细胞衰老的过程。 展开更多
关键词 长核苷酸元件 开放读码框架 细胞衰老 RNA干扰
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PIC猪经口、鼻途径感染猪瘟石门毒株及兔化弱毒株后病毒的组织嗜性及动态分布规律研究 被引量:1
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作者 姚俊 高林 +4 位作者 熊和丽 肖雷 李富祥 杨荣丽 李华春 《上海畜牧兽医通讯》 2014年第5期2-5,共4页
猪瘟(classical swine fever,CSF)是由猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)引起的一种高度接触性、症状差异极大的传染病〔1〕。病原属黄病毒科(Flaviviridae)瘟病毒属(Pestivirus)成员,只有一个血清型〔1〕。瘟病毒属... 猪瘟(classical swine fever,CSF)是由猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)引起的一种高度接触性、症状差异极大的传染病〔1〕。病原属黄病毒科(Flaviviridae)瘟病毒属(Pestivirus)成员,只有一个血清型〔1〕。瘟病毒属(Pestivirus)是一群小的、有囊膜的、正链单股RNA病毒,其基因组大小约12.5kb,编码1个大的单一开放读码框架(ORF), 展开更多
关键词 PIC 瘟病毒属 组织嗜性 FLAVIVIRIDAE 开放读码框架 分布规律研究 swine 症状差异 CSFV 黄病毒科
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鸡痘病毒282E_4株基因组末端非必需区的序列测定与分析
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作者 金宁一 司兴奎 +3 位作者 顾万钧 郭志儒 罗坤石 毅殷震 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 1999年第9期46-51,共6页
将鸡痘病毒(fowlpox virus, FPV)282E4 株73kb 的Bam HI片段经亚克隆后,获得pUFa、pKSFb、pUFc和pUFd 四个重组策粒。采用ABI377DNA测序仪荧光标记法对上述质粒进行了序... 将鸡痘病毒(fowlpox virus, FPV)282E4 株73kb 的Bam HI片段经亚克隆后,获得pUFa、pKSFb、pUFc和pUFd 四个重组策粒。采用ABI377DNA测序仪荧光标记法对上述质粒进行了序列测定, 并应用DNAsis V70 同GenBank 中已知的FPV序列和痘苗病毒(vaccinia virus, VV) 的Copenhagen 株的全序列进行同源性比较。此外, 对所测序列的开放读码框架(open reading fram es,ORF) 的氨基酸序列同上述VV株中所有ORF的氨基酸序列进行了同源性比较,并对各ORF编码蛋白的疏水性、等电点。 展开更多
关键词 鸡痘病毒 序列分析 开放读码框架 FPV ORF
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登革病毒感染小鼠模型研究进展
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作者 王娟 高娜 +1 位作者 吴娜 安静 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2011年第19期3470-3472,共3页
登革病毒(DENV)是黄病毒属的单股正链RNA病毒,其基因组全长约为10.7 kb,包含一个开放读码框架,编码3种结构蛋白和7种非结构蛋白。依据E蛋白的抗原性不同,DENV分为4个血清型(DENV 1~4)。DENV主要以埃及伊蚊和白纹伊蚊为传播媒介,引... 登革病毒(DENV)是黄病毒属的单股正链RNA病毒,其基因组全长约为10.7 kb,包含一个开放读码框架,编码3种结构蛋白和7种非结构蛋白。依据E蛋白的抗原性不同,DENV分为4个血清型(DENV 1~4)。DENV主要以埃及伊蚊和白纹伊蚊为传播媒介,引起登革热(DF)和登革出血热(DHF)。 展开更多
关键词 登革病毒感染 小鼠模型 单股正链RNA病毒 非结构蛋白 开放读码框架 登革出血热 黄病毒属 传播媒介
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HBV感染患者PreS基因和P基因的检测及其相关性研究
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作者 戚国祥 王书奎 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期944-947,共4页
关键词 HBV感染患者 P基因区 PreS基因 相关性 C基因区 检测 HBV携带者 开放读码框架
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副粘病毒新成员尼—帕病毒的分子特征
9
作者 邱昌庆 《畜牧兽医科技信息》 2001年第5期21-21,共1页
最近,一种称之为尼帕病毒(Nipab Virus,NV)的新副粘病毒出现在马来西亚和新加坡,该病毒感染猪引起呼吸道综合征并感染与猪群接近的人群,引起致死性脑炎,从而造成该地区的极大恐慌。初步的研究表明NV在抗原性上和遗传上与亨德拉病毒(Herd... 最近,一种称之为尼帕病毒(Nipab Virus,NV)的新副粘病毒出现在马来西亚和新加坡,该病毒感染猪引起呼吸道综合征并感染与猪群接近的人群,引起致死性脑炎,从而造成该地区的极大恐慌。初步的研究表明NV在抗原性上和遗传上与亨德拉病毒(Herdra vivus,HV)相关。美国人兽共患病专家对NV的N、P/C、F和G基因测序分析,并于HV及副粘病毒的其他成员做比较,发现NV的基因间区与HV的一致。 展开更多
关键词 副粘病毒 新成员 呼吸道综合征 尼帕病毒 亨德拉病 病毒感染 基因间区 测序分析 抗原性 开放读码框架
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