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结构类似模板增强的端到端多域蛋白质组装方法
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作者 朱海涛 夏瑜豪 张贵军 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2024年第8期1825-1831,共7页
使用同源模板能够有效的提升蛋白质结构预测的精度,然而,对于部分多域蛋白,PDB中可用的同源模板较少,这可能会影响预测精度.为了进一步提高多域蛋白质的建模精度,本文提出了基于结构类似模板结合同源模板的端到端多域组装方法MTDA.首先... 使用同源模板能够有效的提升蛋白质结构预测的精度,然而,对于部分多域蛋白,PDB中可用的同源模板较少,这可能会影响预测精度.为了进一步提高多域蛋白质的建模精度,本文提出了基于结构类似模板结合同源模板的端到端多域组装方法MTDA.首先,搜索序列数据库生成多序列比对,以及分别搜索PDB100和MPDB生成同源模板和结构类似模板;进而提取序列特征、模板特征和单域特征;然后通过一个基于EfficientNetV2架构和注意力机制相结合的神经网络来预测多域蛋白质的域间方位从而直接将多个单域结构组装为全链结构.在125个测试蛋白和65个人类蛋白上的实验结果表明,MTDA优于仅使用同源模板的端到端组装方法E2EDA以及全链建模方法AlphaFold2. 展开更多
关键词 多域蛋白质 模板 深度学习 结构域组装 域间方位预测
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远程模板检测算法及其在蛋白质结构预测中的应用
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作者 梁方 徐旭瑶 +2 位作者 赵凯龙 赵炫锋 张贵军 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2024年第S01期167-173,共7页
在从传统力场驱动的蛋白质结构预测到当前数据驱动的AI结构建模的发展历程中,蛋白质结构模板检测是蛋白质结构预测中的关键环节,如何检测高精度蛋白质结构远程模板对提升结构的预测精度具有重要的研究意义。该研究提出了一种基于自适应... 在从传统力场驱动的蛋白质结构预测到当前数据驱动的AI结构建模的发展历程中,蛋白质结构模板检测是蛋白质结构预测中的关键环节,如何检测高精度蛋白质结构远程模板对提升结构的预测精度具有重要的研究意义。该研究提出了一种基于自适应特征向量提取的远程同源模板检测算法ASEalign。首先,采用多特征信息融合的深度学习技术预测蛋白质接触图;然后,设计了融合接触图、二级结构、序列谱谱比对和溶剂可及性等多维度特征打分函数,并通过自适应地提取接触图矩阵中的特征值和特征向量进行模板比对;最后,将检测出的高质量模板输入AlphaFold2中进行结构建模。在135个蛋白质的测试集上的结果表明,ASEalign相于主流的模板检测算法HHsearch精度提升了11.5%;同时,结构建模的精度优于AlphaFold2。 展开更多
关键词 模板检测 模板 接触图预测 深度学习 二级结构
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钢板弹簧建模模块LeafSpring的研究及其应用 被引量:7
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作者 李杰 朱毅杰 刘煜 《科学技术与工程》 2011年第30期7555-7559,7569,共6页
LeafSpring是ADAMS中的一个专用模块,应用其可以快速建立钢板弹簧多体动力学模型。为更好应用LeafSpring,总结了其主要特点,分析了其建模基本原理,说明了其建模步骤。应用LeafSpring,在ADAMS/Car中建立了2片簧钢板弹簧多体动力学模型。... LeafSpring是ADAMS中的一个专用模块,应用其可以快速建立钢板弹簧多体动力学模型。为更好应用LeafSpring,总结了其主要特点,分析了其建模基本原理,说明了其建模步骤。应用LeafSpring,在ADAMS/Car中建立了2片簧钢板弹簧多体动力学模型。通过对模型的必要修改,实现了钢板弹簧垂向刚度特性的仿真测试。通过与实际钢板弹簧刚度特性比较,验证了所建模型的有效性。 展开更多
关键词 ADAMS 钢板弹簧 建模模板 多体动力学
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基于CATIA的飞机工装标准件库开发与应用 被引量:5
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作者 陆旻 卫炜 +2 位作者 安鲁陵 黄斌达 王岩 《航空制造技术》 2015年第S1期24-27,共4页
在飞机工装设计过程中,标准件的设计存在着大量的重复劳动。为了提高设计效率和设计标准化程度,研究了标准件的模板建模技术,利用Oracle数据库,开发基于CATIA的飞机工装标准件库。该工装标准件库在开发的复合材料工装数字化设计系统中应... 在飞机工装设计过程中,标准件的设计存在着大量的重复劳动。为了提高设计效率和设计标准化程度,研究了标准件的模板建模技术,利用Oracle数据库,开发基于CATIA的飞机工装标准件库。该工装标准件库在开发的复合材料工装数字化设计系统中应用,取得了满意的效果。 展开更多
关键词 CATIA 飞机工装标准件库 模板技术 ORACLE 数据库
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Multiple templates-based homology modeling and docking analysis of angiotensin Ⅱ type 1 receptor
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作者 谢云丰 蒋玉仁 +2 位作者 潘亚飞 陈丹 李传俊 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS 2012年第11期3033-3039,共7页
Using the latest reported homologous Chemokine receptors (PDB ID: 3ODU, 3OE0 and 3OE6) as templates, twenty models of angiotensin II (Ang II) type 1 (AT1) receptor (known as p30556) were generated by multiple... Using the latest reported homologous Chemokine receptors (PDB ID: 3ODU, 3OE0 and 3OE6) as templates, twenty models of angiotensin II (Ang II) type 1 (AT1) receptor (known as p30556) were generated by multiple templates homology modeling. According to the results of the initial validation of these twenty models, the model 0020 was finally chosen as the best one for further studies. Then, a 2 ns molecular dynamic (MD) simulation for model 0020 was conducted in normal saline (0.9%, w/F) under periodical boundary conditions, which was followed by docking studies of model 0020 with several existing AT1 receptor blockers (ARBs). The docking results reveal that model 0020 possesses good affinities with these docked ARBs which are in accordance with both the IC50 inhibitor values and their curative effects. The results also show more potent interactions between the model 0020 and its ARBs than those of ever reported results, such as hydrogen bonds, hydrophobic interactions, and especially cation-n interactions and π-π interactions which have never been reported before. This may reveal that the structure of the model 0020 is quite close to its real crystal structure and the model 0020 may have the potential to be used for structure based drug design: 展开更多
关键词 angiotensin II type 1 receptor DOCKING homology modeling molecular dynamics
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Modeling porous structure of oil-pressboard interface and its effect on electric field distribution
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作者 司马文霞 姜赤龙 +1 位作者 毛文奇 唐信 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS CSCD 2015年第1期338-343,共6页
The oil-pressboard insulation is a typical composite insulation system widely used in the design and manufactory of large power apparatus. The implement of oil-pressboard insulation may lead to surface electrification... The oil-pressboard insulation is a typical composite insulation system widely used in the design and manufactory of large power apparatus. The implement of oil-pressboard insulation may lead to surface electrification and discharge at the interface under certain condition. It is of significant importance to take an insight into the phenomenon occurring at the interface. Through experiment, the pressboard is found as a porous material. The interface changes abruptly from bulk pressboard to the bulk oil as a result of the porous structure. A new model is proposed which divides the interface into bulk oil region, transition region, and bulk pressboard region. The width of the transition region is decided according to the microtome figure. The effective permittivity of the transition region is calculated using a new model based on fractal theory. The model is validated and compared with previous calculation model. The effect of the existence of transition region on the electric field distribution is discussed. 展开更多
关键词 oil-pressboard interface transition region effective permittivity fractal electric field distribution
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