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基于Solexa高通量测序的黄曲条跳甲转录组学研究
被引量：
16
1
作者
贺华良
宾淑英
+1 位作者
吴仲真
林进添
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期1-11,共11页
黄曲条跳甲Phyllotretastriolata(Fabricius)是十字花科蔬菜的重要害虫。为深入了解其遗传信息,本研究应用新一代高通量测序技术Illumina'sSolexa平台对黄曲条跳甲成虫的转录组进行测序,并结合SOAPdenovo拼接聚类等分析软件,获取大...
黄曲条跳甲Phyllotretastriolata(Fabricius)是十字花科蔬菜的重要害虫。为深入了解其遗传信息,本研究应用新一代高通量测序技术Illumina'sSolexa平台对黄曲条跳甲成虫的转录组进行测序,并结合SOAPdenovo拼接聚类等分析软件,获取大量的EST和挖掘功能基因。本文最终获得了4924条序列重叠群(contig),其中包含2209种与黑腹果蝇Drosophilamelanogaster蛋白基因具直系同源的独立基因(unigene)和610种黄曲条跳甲物种特有的unigene。结合GeneOntology(GO)数据库进行分析,发现大部分的unigene具结合能力(bindingcapability)和催化活性(catalyticactivity);上百种unigene可聚类于生物学过程分类中的配子发生、生殖腺发育和交配行为等重要功能。另外,结合KEGGPathway数据库分析发现,共有363种unigene参与或涉及了40种代谢路径,其中生物钟调控路径和植物次生代谢物路径等相关基因的发现,有助于深入研究黄曲条跳甲行为发生的内在机理。Solexa高通量测序技术作为昆虫功能基因组研究的重要手段,为发掘黄曲条跳甲功能基因发挥了重要作用,也为在分子水平上研发黄曲条跳甲的防治新策略提供了更翔实的基因信息。
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关键词
黄曲条跳甲
Solexa测序
序列重叠群
独立基因
转录组
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题名
基于Solexa高通量测序的黄曲条跳甲转录组学研究
被引量：
16
1
作者
贺华良
宾淑英
吴仲真
林进添
机构
仲恺农业工程学院外来有害生物预警与控制研究所
出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期1-11,共11页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(31101500)
文摘
黄曲条跳甲Phyllotretastriolata(Fabricius)是十字花科蔬菜的重要害虫。为深入了解其遗传信息,本研究应用新一代高通量测序技术Illumina'sSolexa平台对黄曲条跳甲成虫的转录组进行测序,并结合SOAPdenovo拼接聚类等分析软件,获取大量的EST和挖掘功能基因。本文最终获得了4924条序列重叠群(contig),其中包含2209种与黑腹果蝇Drosophilamelanogaster蛋白基因具直系同源的独立基因(unigene)和610种黄曲条跳甲物种特有的unigene。结合GeneOntology(GO)数据库进行分析,发现大部分的unigene具结合能力(bindingcapability)和催化活性(catalyticactivity);上百种unigene可聚类于生物学过程分类中的配子发生、生殖腺发育和交配行为等重要功能。另外,结合KEGGPathway数据库分析发现,共有363种unigene参与或涉及了40种代谢路径,其中生物钟调控路径和植物次生代谢物路径等相关基因的发现,有助于深入研究黄曲条跳甲行为发生的内在机理。Solexa高通量测序技术作为昆虫功能基因组研究的重要手段,为发掘黄曲条跳甲功能基因发挥了重要作用,也为在分子水平上研发黄曲条跳甲的防治新策略提供了更翔实的基因信息。
关键词
黄曲条跳甲
Solexa测序
序列重叠群
独立基因
转录组
Keywords
Phyllotreta striolata
Illumina＇s Solexa sequencing technology
contig
unigene
transcriptome
分类号
Q966 [生物学—昆虫学]
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作者
出处
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被引量
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1
基于Solexa高通量测序的黄曲条跳甲转录组学研究
贺华良
宾淑英
吴仲真
林进添
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012
16
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