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条斑紫菜藻红、藻蓝蛋白α和β亚基基因序列测定及分析 被引量：2
1
作者 蔡春尔 贾睿 +3 位作者 李春霞 陆秀芬 张璐 何培民 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期62-68,共7页
为了获得江苏吕泗的条斑紫菜藻红蛋白α(Pea)和β(Peb)亚基、藻蓝蛋白α(Pca)和β(Pcb)亚基基因的DNA序列,本文对其基因进行了克隆、序列测定及分析.根据已发表的基因序列(DQ666487.1)设计引物,对提取自条斑紫菜叶状体的DNA进行PCR和电... 为了获得江苏吕泗的条斑紫菜藻红蛋白α(Pea)和β(Peb)亚基、藻蓝蛋白α(Pca)和β(Pcb)亚基基因的DNA序列,本文对其基因进行了克隆、序列测定及分析.根据已发表的基因序列(DQ666487.1)设计引物,对提取自条斑紫菜叶状体的DNA进行PCR和电泳鉴定,产物经测序证实获得藻红蛋白序列1 357 bp(HM008263.1)和藻蓝蛋白序列1 335 bp(HM008262.1).上述两段序列与已报道的条斑紫菜相关序列(DQ666487.1)同源性均为99%,与其它几种紫菜相关序列同源性为88%～98%.两段序列均采用多顺反子转录策略,排布顺序为5′Untranslated Regions(UTR)-Peb-间隔区-Pea-3′UTR和5′UTR-Pcb-间隔区-Pca-3′UTR.文中对基因翻译所得氨基酸序列做了理化参数、功能位点及空间构型的预测.基于对序列开放阅读框、启动子、Shine-Dalgarno(SD)序列的分析,本文对条斑紫菜分类地位进行了讨论. 展开更多
关键词 条斑紫菜 藻红蛋白 藻蓝蛋白 序列测定及结构分析
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淋巴囊肿病毒锌指蛋白基因lcn140的原核表达与结构分析 被引量：1
2
作者 闫秀英 孙修勤 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期1219-1223,共5页
应用生物信息学分析方法,预测到中国牙鲆淋巴囊肿病毒分离株(LCDV-cn)的lcn140基因编码锌指蛋白。为了进一步研究lcn140基因的功能,本文对lcn140基因进行了原核表达与结构分析。首先将lcn140基因克隆到pET24a(+)原核载体,再以E.coliBL21... 应用生物信息学分析方法,预测到中国牙鲆淋巴囊肿病毒分离株(LCDV-cn)的lcn140基因编码锌指蛋白。为了进一步研究lcn140基因的功能,本文对lcn140基因进行了原核表达与结构分析。首先将lcn140基因克隆到pET24a(+)原核载体,再以E.coliBL21(DE3)为宿主菌表达目的蛋白;通过生物信息学软件分析,了解其结构与序列特征。结果表明,lcn140基因在原核载体中得到成功表达,表达的his标签融合蛋白主要以包涵体形式存在;在结构和序列方面,lcn140基因编码C3H1型锌指蛋白,其含有4个C3H1锌指结构和4段简单重复序列。该结果为LCDV-cn的发生、发展提供了分子基础。 展开更多
关键词 淋巴囊肿病毒 lcn140基因 锌指蛋白 原核表达 序列和结构分析
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生物序列的语义分析与第二密码规则的探索(续)
3
作者 沈世镒 余涛 +1 位作者 开波 阮吉寿 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2004年第6期862-870,共9页
本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结... 本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结构序列的核心词词典,并由此讨论数据库的复杂性问题、同源蛋白质的分类、预测与比对等问题。 展开更多
关键词 生物序列结构的语义分析 第二密码规则 蛋白质一级序列结构数据库的组合图论分析 非线性复杂与核心词词典
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生物序列的语义分析与第二密码规则的探索
4
作者 沈世镒 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2004年第5期665-674,679,共11页
生物序列(如DNA、RNA与蛋白质一级结构序列等)都是由一系列小分子团(如核苷酸、氨基酸等)排列组成,如把这些小分子团作为符号单元,那么这些生物序列就是生物序列就是生物学的语言文字,对这些语言文字的结构分析为生物序列的语义分析。... 生物序列(如DNA、RNA与蛋白质一级结构序列等)都是由一系列小分子团(如核苷酸、氨基酸等)排列组成,如把这些小分子团作为符号单元,那么这些生物序列就是生物序列就是生物学的语言文字,对这些语言文字的结构分析为生物序列的语义分析。生物序列语义分析的内容包括词法与语法的分析,它们是在分子水平基础上的生物语言分析,有关的变化规则我们称之为生物序列中的第二密码规则。本文以Swiss-Prot数据库为基础,利用频率统计、组合分析与信息的度量关系等数学工具,分析蛋白质一级结构序列中的词法规则,给出了关于蛋白质一级结构序列的几种稳定性的度量指标及其相应的稳定性理论,并探讨了它们在蛋白质演变与蛋白质工程中可能产生的应用。 展开更多
关键词 生物序列结构的语义分析 第二密码规则 蛋白质~级序列结构数据库的信息、统计分析 稳定性度量与原理
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濒危赤水凤仙花叶绿体基因组特征及系统发育分析
5
作者 兰文香 莫清 +1 位作者 黄海泉 黄美娟 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1927-1936,共10页
【目的】研究赤水凤仙花的叶绿体基因组结构特征与系统发育位置,以期为赤水凤仙花植物种质资源保护、遗传多样性和系统发育研究提供科学依据。【方法】以中国特有种——赤水凤仙花为材料,基于赤水凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息... 【目的】研究赤水凤仙花的叶绿体基因组结构特征与系统发育位置,以期为赤水凤仙花植物种质资源保护、遗传多样性和系统发育研究提供科学依据。【方法】以中国特有种——赤水凤仙花为材料,基于赤水凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件对叶绿体基因组进行组装,注释,基因特征、序列重复和系统发育分析。【结果】(1)赤水凤仙花叶绿体基因组呈典型的四分体结构,总GC含量为37%,长152892 bp;共编码120个基因,包括95个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和17个tRNA基因。(2)共检测到87个SSR序列,以A、T组成为主;检测到20327个密码子,其中亮氨酸(Leu)最多,色氨酸(Trp)最少。(3)凤仙花属分为2个亚属,为棒凤仙花亚属与凤仙花亚属,赤水凤仙花为棒凤仙花亚属,且与太子凤仙花亲缘关系最近。【结论】赤水凤仙花为典型的四分体结构,SSR序列以A/T单碱基为主;系统发育分析结果将其归为棒凤仙花亚属。 展开更多
关键词 赤水凤仙花 叶绿体基因组 序列结构与特征分析 系统发育分析
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不同软段长度PBT-co-PCT-b-PEG嵌段共聚物的结构与性能 被引量：4
6
作者 张勇 冯庆玲 +1 位作者 崔福斋 冯增国 《高分子材料科学与工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第1期180-183,187,共5页
用熔融缩聚法合成了一系列具有相同软段摩尔含量,不同软段长度的聚对苯二甲酸丁二醇酯(PBT)-co-聚对苯二甲酸环己烷二甲醇酯(PCT)-b-聚乙二醇(PEG)嵌段共聚物(PBCG)。NMR分析表明,共聚物软段质量百分含量随PEG分子量(Mn(PEG))增加而增... 用熔融缩聚法合成了一系列具有相同软段摩尔含量,不同软段长度的聚对苯二甲酸丁二醇酯(PBT)-co-聚对苯二甲酸环己烷二甲醇酯(PCT)-b-聚乙二醇(PEG)嵌段共聚物(PBCG)。NMR分析表明,共聚物软段质量百分含量随PEG分子量(Mn(PEG))增加而增加,随PCT摩尔百分数(MPCT)增加而减小;结构中两种硬段呈无规分布,Mn(PEG)一定,随MPCT增加,PBT平均序列长度减小,而PCT平均序列长度增加。硬段熔点及结晶度在MPCT为20%～30%处达到最小值。TGA分析显示,向体系中引入PCT可提高共聚物热稳定性。 展开更多
关键词 聚醚酯弹性体 序列结构分析 缩聚 热分析 力学性能
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濒危植物峨眉凤仙花叶绿体基因组分析 被引量：4
7
作者 赵秋燕 曹孟会 +6 位作者 李新艺 周敏 魏春梅 张茜 瞿素萍 黄海泉 黄美娟 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期174-182,共9页
[目的]对峨眉凤仙花(Impatiens omeiana Hook.f.)叶绿体基因组的结构特征及系统发育进行研究,为其资源保护及开发利用提供理论依据。[方法]基于峨眉凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件,对叶绿体基因组进行组装、注释、基因特征... [目的]对峨眉凤仙花(Impatiens omeiana Hook.f.)叶绿体基因组的结构特征及系统发育进行研究,为其资源保护及开发利用提供理论依据。[方法]基于峨眉凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件,对叶绿体基因组进行组装、注释、基因特征、序列重复和系统发育分析。[结果]峨眉凤仙花完整的叶绿体基因组长度为152 527bp,共有130个基因,包括86个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和36个tRNA基因,GC含量为37%,且具有保守的四分体结构,包括大单拷贝区、小单拷贝区各1个和2个相同的反向重复区域,其长度分别为83 150、17 903、25 737 bp,其中13个基因有1个内含子,2个基因有2个内含子。特征分析表明:峨眉凤仙花叶绿体全基因组中共检测到76个SSR序列,且多以A/T单核苷酸序列为主,其长度为10-91 bp;检测到50 842个密码子,其中以亮氨酸(Leu)最多,色氨酸(Tyr)最少;密码子偏好性分析显示33个RSCU≥1的密码子多数以A/U结尾。通过邻接法(NJ)构建系统发育树发现,峨眉凤仙花与贵州凤仙花亲缘关系最近,均属于棒凤仙花亚属植物。[结论]峨眉凤仙花叶绿体基因组呈典型的四分体结构,SSR序列以A/T单碱基为主;系统发育分析结果将其归为棒凤仙花亚属,上述结果为峨眉凤仙花系统发育学地位及物种鉴定工作提供了重要的分子信息。 展开更多
关键词 峨眉凤仙花 叶绿体基因组 序列结构与特征分析 系统发育
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聚(对苯二甲酸丁二醇酯-co-对苯二甲酸环己烷二甲醇酯)-b-聚乙二醇嵌段共聚物的合成与表征 被引量：12
8
作者 张勇 吴春红 +3 位作者 冯增国 刘凤香 张爱英 王连才 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2004年第2期376-381,共6页
用熔融缩聚法合成了一系列聚 (对苯二甲酸丁二醇酯 -co-对苯二甲酸环己烷二甲醇酯 ) -b-聚乙二醇嵌段共聚物 ( PBCG) ,用 NMR,GPC,DSC,TGA及力学性能测试等方法表征了材料的结构与性能 .GPC分析显示 ,共聚物分子量均具有较为对称的单峰... 用熔融缩聚法合成了一系列聚 (对苯二甲酸丁二醇酯 -co-对苯二甲酸环己烷二甲醇酯 ) -b-聚乙二醇嵌段共聚物 ( PBCG) ,用 NMR,GPC,DSC,TGA及力学性能测试等方法表征了材料的结构与性能 .GPC分析显示 ,共聚物分子量均具有较为对称的单峰分布 ,多分散性指数低于 1 .70 .1 3C NMR谱结果表明 ,随 PCT摩尔分数 ( x PCT)从 1 0 %增至 60 % ,PBT平均序列长度由 4.0 2降到 1 .41 ;而 PCT平均序列长度则由 1 .1 7升至 2 .5 0 ,二者呈无规分布 .受硬段平均序列长度及结晶能力影响 ,硬段熔点及结晶度在 x PCT为 2 0 %～ 3 0 %处均达到最小值 ,可能是硬段间形成共晶所致 .TGA分析显示 ,引入芳香族聚酯组分 PCT确可提高材料的热稳定性 .力学性能测试说明 ,降低结晶度有利于提高材料的断裂延伸率 ,相反 ,则有助于增强弹性模量 。 展开更多
关键词 聚(对苯二甲酸丁二醇酯-co-对苯二甲酸环己烷二甲醇酯)-b-聚乙二醇 嵌段共聚物 合成 结构表征 熔融缩聚法 力学性能 热分析 序列结构分析
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鲍曼不动杆菌UDP-葡萄糖4-差向异构酶Gne1的表征
9
作者 张展 冯雁 +1 位作者 李谦 崔莉 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期742-750,共9页
异源表达鲍曼不动杆菌AB0057的UDP-葡萄糖4-差向异构酶并表征其酶学性质以及分析其结构与功能。将异构酶基因构建到pET-28a表达载体并在大肠埃希菌BL21(DE3)中异源表达,使用高效液相色谱检测酶活力及表征酶学性质。系统发育分析、序列... 异源表达鲍曼不动杆菌AB0057的UDP-葡萄糖4-差向异构酶并表征其酶学性质以及分析其结构与功能。将异构酶基因构建到pET-28a表达载体并在大肠埃希菌BL21(DE3)中异源表达,使用高效液相色谱检测酶活力及表征酶学性质。系统发育分析、序列比对、同源建模与分子对接分析其结构与关键催化位点。结果显示,重组酶Gne1获得可溶性表达,质量约为38.9 kD,催化最适温度为44℃,最适pH为6.0,米氏常数K_(M)与催化常数k_(cat)分别为(1.227±0.0824)mmol/L和(82.64±3.562)×10^(-3)·min^(-1)。该酶属于NADB_Rossmann超家族并分属于UDP_G4E_1_SDR_e亚组,分别具有典型GXGXXG基序与YXXXK基序。N端结构域与NAD结合,而C端结构域用来结合底物,催化关键位点为S125和Y150。本研究验证了Gne1的差向异构酶活性,阐释了其序列特点和结构特征,揭示了其与底物、辅因子的结合模式,分析了关键催化位点。为蛋白质工程改造提高酶活力进而利用生物酶法合成稀有功能糖提供了理论依据。 展开更多
关键词 差向异构酶 酶学性质表征 序列及结构分析 稀有功能糖合成
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