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河南省2株牛肠道病毒全基因组序列测定与分析
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作者 钱明珠 王申锋 +3 位作者 常晓冉 胡俊英 朱红标 王新平 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第3期548-558,共11页
为了解牛肠道病毒(bovine enteroviruses,BEV)的分子特征和遗传特性,进一步研究病毒的毒株差异与分子流行病学,设计5对特异性引物,应用PCR扩增与序列测定技术,对BEVHeN-B78株(EV-E)和HeN-YR91株(EV-F)的全长基因组序列进行扩增、序列测... 为了解牛肠道病毒(bovine enteroviruses,BEV)的分子特征和遗传特性,进一步研究病毒的毒株差异与分子流行病学,设计5对特异性引物,应用PCR扩增与序列测定技术,对BEVHeN-B78株(EV-E)和HeN-YR91株(EV-F)的全长基因组序列进行扩增、序列测定,将序列拼接校对后获得2株BEV的全基因组序列,并分析其同源性。结果表明,BEV HeN-B78株(登录号MN598013)基因组序列全长为7453 nt,其中编码区全长6523 nt,5′UTR长812 nt,3′UTR长118 nt。BEV HeN-YR91(登录号MN598018)株基因组序列全长为7460 nt,其中编码区全长6502 nt,5′UTR长825 nt,3′UTR长133 nt。全基因组序列的同源性分析显示,HeN-B78株与其他EV-E参考株的相似性为75.9%~88.0%;HeN-YR91株与其他EV-F参考株的同源性为74.6%~82.4%。病毒分离株的全基因组、VP1~VP4、2B、2C、3A~3D基因的系统进化树分析结果均显示,HeN-B78株与其他EV-E处于同一分支,而HeN-YR91株与EV-F处于同一分支。综上,河南省牛场存在E种和F种两种肠道病毒感染,丰富了国内牛肠道病毒的基因库。 展开更多
关键词 河南省 牛肠道病毒 全基因组 序列测定与分析
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斜带石斑鱼神经坏死病毒基因组RNA1和RNA2序列测定及分析 被引量:9
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作者 陈晓艳 翁少萍 +3 位作者 吕玲 黄剑南 殷志新 何建国 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期73-77,共5页
根据GenBank数据库公布的鱼类神经坏死病毒(nervousnecrosisvirus,NNV)同源序列设计了7对特异性引物,采用RT_PCR方法扩增出目的片断,将PCR产物测序和分析。斜带石斑鱼Epinepheluscoioides神经坏死病毒(orange_spottedNNV,OGNNV)基因... 根据GenBank数据库公布的鱼类神经坏死病毒(nervousnecrosisvirus,NNV)同源序列设计了7对特异性引物,采用RT_PCR方法扩增出目的片断,将PCR产物测序和分析。斜带石斑鱼Epinepheluscoioides神经坏死病毒(orange_spottedNNV,OGNNV)基因组由两个片断(RNA1和RNA2)组成,RNA1由3103个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码982个氨基酸;RNA2由1433个核苷酸组成,含有一个开放阅读框,编码338个氨基酸。OGNNV基因组与新加坡GGNNV(greasygrouperNNV)的基因组有高度的相似性。分析病毒的RNA2序列发现:OGNNV与DGNNV(dragongrouperNNV)、RGNNV(redspottedNNV)和GGNNV的亲缘关系很近,并且具有相同的中和位点;分析病毒的RNA1序列,发现在OGNNV的RNA1序列中同样可以找到依赖RNA的RNA聚合酶的6个模序(motif)。根据同源性比较和系统进化分析,OGNNV属于RGNNV血清型的成员。 展开更多
关键词 斜带石斑鱼Epinephelus coioides神经坏死病毒 基因组序列测定与分析 β诺达病毒
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1株H12N7亚型禽流感病毒全基因组测定及遗传演化分析 被引量:1
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作者 谭丹 崔鹏飞 +8 位作者 黄建龙 王昌建 李文辉 范仲鑫 张芳 何世成 唐小明 刘道新 邓国华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1844-1850,共7页
2011年冬对湖南环洞庭湖地区散养鸭群进行禽流感病毒(AIV)感染情况调查时从一鸭场环境粪便拭子中分离一株H12N7亚型AIV,命名为A/Environment/Hunan/S4484/2011(H12N7),对其进行全基因序列测定及分析。结果显示该毒株HA基因裂解位点无多... 2011年冬对湖南环洞庭湖地区散养鸭群进行禽流感病毒(AIV)感染情况调查时从一鸭场环境粪便拭子中分离一株H12N7亚型AIV,命名为A/Environment/Hunan/S4484/2011(H12N7),对其进行全基因序列测定及分析。结果显示该毒株HA基因裂解位点无多个连续的碱性氨基酸(PQAQDR↓GLF),具有低致病性AIV的特征,对其全基因进行遗传进化分析表明8个基因片段来源非常复杂,与周边国家野禽中分离的毒株相似性很高,可能有共同的祖先来源,同时提示该毒株可能是不同亚型禽流感毒株之间基因交换所形成的重组体。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H12N7亚型 序列测定与分析
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鸭Ⅰ型禽副粘病毒YH_(99)V株HN基因的克隆和序列分析 被引量:1
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作者 云涛 何永强 +4 位作者 刘光清 梁华丽 倪征 华炯钢 李双茂 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期663-667,共5页
在浙江地区进行鸭病病因的调查过程中,从患病鸭群中分离到一株引起鸭产蛋锐减而不死亡的病毒,经鉴定该病毒属于禽副粘病毒Ⅰ型,命名为YH_(99)V株。以YH_(99)V株的基因组RNA为模板,通过RT-PCR一步法扩增出其HN基因的cDNA片段,然后将其克... 在浙江地区进行鸭病病因的调查过程中,从患病鸭群中分离到一株引起鸭产蛋锐减而不死亡的病毒,经鉴定该病毒属于禽副粘病毒Ⅰ型,命名为YH_(99)V株。以YH_(99)V株的基因组RNA为模板,通过RT-PCR一步法扩增出其HN基因的cDNA片段,然后将其克隆至pMD18-T载体中,对其进行序列测定。测序后拼接出HN基因的序列长度为1785bp,该基因的ORF总长为1734bp,编码577个氨基酸。将YH_(99)V株HN基因序列和推导的氨基酸序列与新城疫毒株的HN基因相应序列比较后发现,它们的核苷酸序列同源性分别在82.1%~99.7%,氨基酸序列同源性为87.2%~99.5%。在同源性比较的基础上,进一步绘制了Ⅰ型禽副粘病毒株HN基因的系统发育树。这对于Ⅰ型禽副粘病毒毒力基因的功能分析和该病的分子流行病调查有着重要的意义。 展开更多
关键词 Ⅰ型禽副粘病毒 HN基因 序列测定与分析
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鸡马立克氏病病毒LMS分离株基因组重复区的测定及分析 被引量:1
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作者 成云 张艳萍 +3 位作者 李志杰 郑永胜 谭成章 刘长军 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期492-494,共3页
为分析鸡马立克氏病病毒(MDV)LMS分离株的分子遗传特性,本研究对该分离株基因组重复区(包括连接长重复区和短重复区的α样序列)进行了测定。LMS分离株基因组的长重复区为11 746 bp,α样序列为997 bp,短重复区为12 431 bp。在重复区内,... 为分析鸡马立克氏病病毒(MDV)LMS分离株的分子遗传特性,本研究对该分离株基因组重复区(包括连接长重复区和短重复区的α样序列)进行了测定。LMS分离株基因组的长重复区为11 746 bp,α样序列为997 bp,短重复区为12 431 bp。在重复区内,预测存在43个ORF,与参考病毒株序列相比存在5个变异较大的ORF。重复区的遗传进化分析表明,LMS分离株与国内814株和欧洲pC12-130株亲缘关系较近。LMS分离株在短重复区潜伏相关转录本(LATs)编码序列的预测转录起始位点位置存在缺失;LMS分离株在α样序列内存在一个新的短重复序列。 展开更多
关键词 鸡马立克氏病病毒 序列测定与分析 重复区 α样序列
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犬细小病毒山东流行株分离鉴定及其全基因组测序分析 被引量:2
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作者 于永乐 宫文妮 +4 位作者 杨海燕 赵秀美 张传美 张洪亮 单虎 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2014年第8期6-9,共4页
为了解山东地区犬细小病毒的流行及其变异情况,应用F81细胞从山东地区送检的发病犬粪便中分离出4株细小病毒,根据PCR和电镜技术对其进行鉴定,并对分离株的全基因组进行克隆测序与序列分析。结果表明:所分离到的4株病毒均能在F81细胞上... 为了解山东地区犬细小病毒的流行及其变异情况,应用F81细胞从山东地区送检的发病犬粪便中分离出4株细小病毒,根据PCR和电镜技术对其进行鉴定,并对分离株的全基因组进行克隆测序与序列分析。结果表明:所分离到的4株病毒均能在F81细胞上产生明显的细胞病变,经PCR及电镜观察鉴定为犬细小病毒,分别命名为QN1/QN2/QN3/QN4株。全基因组分析结果显示,除QN3株的基因组全长为4 756 nt外,其余3株均为4 757 nt;4个分离株之间全序列核苷酸同源性为99.31%,与GenBank登录的10株具有代表性的CPV核苷酸序列比对,同源性为98.2%-99.9%;VP2基因的核苷酸序列同源性为98.5%-99.9%,氨基酸序列同源性为98.1%-100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,同属于NewCPV-2a亚型。 展开更多
关键词 犬细小病毒 分离鉴定 全基因组 序列测定与分析
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