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新疆加工番茄条斑坏死病原黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因的克隆和序列分析 被引量:19
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作者 常波 向本春 +1 位作者 刘升学 韩盛 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 2006年第4期410-414,共5页
从表现花叶、畸形以及坏死症状的加工番茄病株上获得黄瓜花叶病毒分离物,用1对CMV CP基因引物进行RT-PCR,扩增得到了776bp的特异性核苷酸片段。将PCR产物插入到克隆载体PUCm-T中转化大肠杆菌DHSa。经限制酶酶切鉴定,重组克隆中含有与... 从表现花叶、畸形以及坏死症状的加工番茄病株上获得黄瓜花叶病毒分离物,用1对CMV CP基因引物进行RT-PCR,扩增得到了776bp的特异性核苷酸片段。将PCR产物插入到克隆载体PUCm-T中转化大肠杆菌DHSa。经限制酶酶切鉴定,重组克隆中含有与PCR产物大小相同的776bp的插入片段。cDNA全序列分析表明,重组克隆含1个开放阅读框架(ORF),长度为657nt,编码218个氨基酸组成的蛋白。与国内外报道的CMV株系序列比较,所测得的CMV新疆分离物与CMV亚组Ⅰ的核苷酸同源性高达91.0%-98.9%.而与CMV亚组Ⅱ的核苷酸同源性仅在76.4%-78.2%,所测得的CMV新疆分离物与CMV亚组Ⅰ的氨基酸同源性高达94.2%-98.6%;而与CMV亚组Ⅱ的核苷酸同源性仅在79.9%~83.5%.CMV亚组Ⅰ的株系较CMV亚组Ⅱ株系同源关系更密切,所以CMV新疆分离物应该归属于CMV亚组Ⅰ。 展开更多
关键词 加工番茄 黄瓜花叶病毒 外壳蛋白基因克隆 序列比较分析
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犬细小病毒南京株(CPV-GN)衣壳蛋白vp2基因的克隆与序列分析 被引量:3
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作者 李希阳 缪勤 +2 位作者 张汇东 张洪英 张海彬 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期596-600,614,共6页
通过对结构蛋白vp2基因序列的分析可以对犬细小病毒进行分型的确定。本文以常规PCR技术扩增犬细小病毒南京株CPV-GN衣壳蛋白VP2基因,并将之插入到pMD 18-T中,构建克隆载体pMD-vp2。经测序,目的片段长1548 bp,编码516个氨基酸与CPV-d、CP... 通过对结构蛋白vp2基因序列的分析可以对犬细小病毒进行分型的确定。本文以常规PCR技术扩增犬细小病毒南京株CPV-GN衣壳蛋白VP2基因,并将之插入到pMD 18-T中,构建克隆载体pMD-vp2。经测序,目的片段长1548 bp,编码516个氨基酸与CPV-d、CPV-15、CPV-N等其它标准株和参考株进行序列比较,CPV-GN株vp2基因第1276碱基处发生了A→G替换,使天冬酰氨426变为天门冬氨酸,从而确定CPV-GN株为CPV-2b亚型;与其它CPV参考株CPV-2b亚型进行序列比较,CPV-GN株vp2基因第18、354、405、1465和1543碱基处的突变是独有的,在这几处分别发生了T→A、A→G、G→A、G→A和T→A替换前三处替换并未改变所编码的氨基酸,而第1465位的G→A点突变使缬氨酸489变为异亮氨酸,第1543位的T→A点突变使丝氨酸515变为苏氨酸,推测这两处的突变很可能与该病毒株的毒力特性有关。 展开更多
关键词 CPV-GN VP2基因 序列分析比较
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16S rRNA基因序列法鉴定幽门螺杆菌细菌种属 被引量:1
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作者 金恩鸿 朴諄娘 +1 位作者 金东春 鞠重基 《中兽医学杂志》 2015年第7期9-10,共2页
目的:应用分子生物学方法(16Sr RNA基因核酸碱基序列比较分析法)鉴定感染幽门螺杆菌细菌种属.方法:13C呼气试验阳性志愿者同意情况之下进行采样,分离和培养,通过快速尿素酶试验初步鉴定,利用聚合酶扩增反应获得的plasmid DNA送到Bionee... 目的:应用分子生物学方法(16Sr RNA基因核酸碱基序列比较分析法)鉴定感染幽门螺杆菌细菌种属.方法:13C呼气试验阳性志愿者同意情况之下进行采样,分离和培养,通过快速尿素酶试验初步鉴定,利用聚合酶扩增反应获得的plasmid DNA送到Bioneer公司进行分析.反馈结果用Seq MAN(Version5.00;DNASTAR,Inc,Madison,WI,USA)系统分析,利用Gen Bank等数据库比较核酸碱基序列分析.结果:鉴定出12种幽门螺杆菌菌株结论:相同性99%.以上,判定是幽门螺杆菌的同一种属细菌. 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 16S r RNA核酸碱基序列比较分析
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高体(鱼师)(Seriola dumerili)线粒体全基因组测定及结构特征分析 被引量:2
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作者 王开杰 徐永江 +3 位作者 崔爱君 柳学周 姜燕 王滨 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期120-132,共13页
为快速有效鉴别(鱼师)属鱼类物种、加强(鱼师)鱼遗传多样性管理与种质资源保护,通过Illumina测序技术,获得了东海海域养殖高体(鱼师)(Seriola dumerili)线粒体基因组全序列(16 530bp),碱基组成为A (26.83%)、G (17.6%)、C (30.04%)和T (... 为快速有效鉴别(鱼师)属鱼类物种、加强(鱼师)鱼遗传多样性管理与种质资源保护,通过Illumina测序技术,获得了东海海域养殖高体(鱼师)(Seriola dumerili)线粒体基因组全序列(16 530bp),碱基组成为A (26.83%)、G (17.6%)、C (30.04%)和T (25.53%), A+T含量为52.36%,且非编码控制区(D-loop)A+T富含61.64%,表现明显的AT偏好性。与其他硬骨鱼一样,高体(鱼师)线粒体基因组包含13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除ND6、tRNA^(Gln)、tRNA^(Ala)、tRNA^(Asn)、tRNA^(Cys)、tRNA^(Tyr)、tRNA^(Ser)、tRNA^(Glu)、tRNA^(Pro)基因外,其余均位于H链编码;蛋白编码基因中,除COⅠ、COⅡ和ND5的起始密码子分别为ATC、ATA和ATA外,其余10个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG,以典型的TAA和TAG为终止密码子,在ND4和Cytb中存在不完全密码子T;除tRNA^(Ser)-GCT外,其余21个tRNA均为典型三叶草二级结构。比较中国和日本海域高体(鱼师)线粒体基因组发现, CO Ⅰ、CO Ⅱ和ND5蛋白编码基因在起止位置、片段长度及起止密码子上存在显著差异。此外,与同属的黄条(Seriola aureovittata)和五条(鱼师)(Seriola quinqueradiata)的线粒体基因组13个蛋白编码基因进行两两对比分析,结果表明3种(鱼师)属鱼类的蛋白编码基因的相似性在85%~100%之间。基于线粒体基因组全序列构建的系统发育树,成功将高体(鱼师)与其他(鱼师)属鱼类有效区分,高体(鱼师)与长鳍(鱼师)同属一支,亲缘关系最近;黄条(鱼师)和五条(鱼师)聚为一支,亲缘关系最近。 展开更多
关键词 高体(鱼师) 线粒体基因组 序列比较分析 系统发育分析
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RNA二级结构预测方法综述 被引量:24
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作者 邹权 郭茂祖 张涛涛 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期331-337,共7页
RNA二级结构预测是计算分子生物学中的一个重要领域.本文介绍了RNA二级结构的预测方法,包括该问题的数学模型、主要算法思想以及每种算法对应的软件.在tRNA和RNase P RNA数据库中随机选取了几组样例对目前主要的7种软件进行测试,同时对... RNA二级结构预测是计算分子生物学中的一个重要领域.本文介绍了RNA二级结构的预测方法,包括该问题的数学模型、主要算法思想以及每种算法对应的软件.在tRNA和RNase P RNA数据库中随机选取了几组样例对目前主要的7种软件进行测试,同时对每种软件的优缺点进行了详细比较.实验证明,当存在同源序列时,Pfold的效果优于其它软件.最后,在总结分析现有算法的基础上探讨了该领域进一步的研究方向. 展开更多
关键词 RNA二级结构预测 最小自由能 比较序列分析 假结
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猪的凸隆病毒感染
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作者 李秉鸿 《畜牧兽医科技信息》 1998年第22期8-9,共2页
凸隆病毒(Torovirus)是一类新属,分类归冠状病毒科(Coronaviridae)巢穴病毒目(Nidovirales)。目前只发现两种:感染牛的凸隆病毒(BpTV)命名为布雷达病毒(Breda);感染马(ETV)的叫伯尔尼病毒(Berne),均是以首次发现病毒的地点命名。该病毒... 凸隆病毒(Torovirus)是一类新属,分类归冠状病毒科(Coronaviridae)巢穴病毒目(Nidovirales)。目前只发现两种:感染牛的凸隆病毒(BpTV)命名为布雷达病毒(Breda);感染马(ETV)的叫伯尔尼病毒(Berne),均是以首次发现病毒的地点命名。该病毒引起家畜的严重腹泻。最近荷兰学者A·Kro- 展开更多
关键词 冠状病毒科 反转录PCR 序列比较分析 首次发现 布雷达 N蛋白基因 病毒目 伯尔尼 中和抗体 病毒感染
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感染PRRS病毒仔猪的神经毒性
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作者 李秉鸿 《畜牧兽医科技信息》 1999年第18期7-7,共1页
最近K.O.Rossow等观察并报导了免疫仔猪受PRRSV活疫苗感染后的神经毒性。这些新生仔猪经病毒分离法、荧光抗体检验、血清学、免疫组织化学和原位杂交法诊断其受PRRS病毒感染并使用了弱毒活疫苗。用限制性酶切分析法和对PRRS病毒的ORF<... 最近K.O.Rossow等观察并报导了免疫仔猪受PRRSV活疫苗感染后的神经毒性。这些新生仔猪经病毒分离法、荧光抗体检验、血清学、免疫组织化学和原位杂交法诊断其受PRRS病毒感染并使用了弱毒活疫苗。用限制性酶切分析法和对PRRS病毒的ORF<sub>5</sub>%、ORF<sub>6</sub> 展开更多
关键词 PRRS病毒 神经毒性 活疫苗 序列分析比较 新生仔猪 脑膜脑炎 PRRSV 限制性酶切 原位杂交法 抗巨噬细胞抗体
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