开花是高等植物从营养生长到生殖生长转变的重要发育过程,该过程受内外多种因素调控,该过程中成花素FLOWERING LOCUS T(FT)蛋白的诱导极其关键。苎麻和大蒜分别为短日照和长日照经济作物,对比研究两者FT基因家族特征,有助于理解植物的...开花是高等植物从营养生长到生殖生长转变的重要发育过程,该过程受内外多种因素调控,该过程中成花素FLOWERING LOCUS T(FT)蛋白的诱导极其关键。苎麻和大蒜分别为短日照和长日照经济作物,对比研究两者FT基因家族特征,有助于理解植物的开花进化。研究基于苎麻和大蒜基因组注释,筛选出2个苎麻FT家族基因和11个大蒜FT家族基因。结合模式植物拟南芥AtFT蛋白和水稻Hd3a蛋白进行保守序列比对分析,发现苎麻FT蛋白进化过程中高度保守,而大蒜的11个FT蛋白发生了广泛的氨基酸序列变异,仅有4个蛋白Asa2G02821.1、Asa6G00732.1、Asa7G06383.1和Asa7G06386.1保存了开花调节功能所必需的完整关键氨基酸序列。利用MAGA软件将该15个蛋白分为3类,其中苎麻蛋白Bnt01G000036、Bnt02G002054和大蒜Asa2G02821.1、Asa6G00732.1、Asa8G04470.1、Asa0G05138.1蛋白以及AtFT/Hd3a蛋白同属一个亚家族,推测他们是AtFT/Hd3a的直系同源蛋白,可能与苎麻和大蒜的开花控制相关。研究首次揭示了苎麻和大蒜的FT基因家族进化特征,为系统分析该两个经济作物的开花进化机制奠定了基础。此外,研究也在苎麻和大蒜中鉴定到AtFT/Hd3a的直系同源基因,为开展该两个经济作物的开花时间改良研究提供了基因资源。展开更多
为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础,从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的dbEST数据库下载46665条香蕉EST序列,经生物信息学方法分析发掘E...为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础,从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的dbEST数据库下载46665条香蕉EST序列,经生物信息学方法分析发掘EST-SNP位点,并对其所在核酸序列进行功能注释分析。通过对46665条EST进行拼接,共得到3490条重叠群(contigs),在含有4条以上重叠群中发现有39条重叠群中含有SNP位点,从中筛选出127个候选SNP位点,其碱基突变类型中转换、颠换分别占SNP位点总数的63.78%、36.22%。通过序列比对分析发现了34个与香蕉相关基因,证明NCBI中的香蕉EST数据库数据量大,能够发掘出SNP标记对香蕉进行品种鉴定、分类和遗传多样性分析。展开更多
小麦线条花叶病毒(WSMV)是我国进境植物检疫性有害生物。2018年5月秦皇岛海关利用反转录PCR(RT-PCR)和双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA),从加拿大进口的大麦中检出WSMV。同时利用实时荧光定量PCR (Real time RT-qPCR)和序列比对分...小麦线条花叶病毒(WSMV)是我国进境植物检疫性有害生物。2018年5月秦皇岛海关利用反转录PCR(RT-PCR)和双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA),从加拿大进口的大麦中检出WSMV。同时利用实时荧光定量PCR (Real time RT-qPCR)和序列比对分析方法进行了验证。这是我国首次在进境加拿大大麦中截获WSMV。展开更多
文摘开花是高等植物从营养生长到生殖生长转变的重要发育过程,该过程受内外多种因素调控,该过程中成花素FLOWERING LOCUS T(FT)蛋白的诱导极其关键。苎麻和大蒜分别为短日照和长日照经济作物,对比研究两者FT基因家族特征,有助于理解植物的开花进化。研究基于苎麻和大蒜基因组注释,筛选出2个苎麻FT家族基因和11个大蒜FT家族基因。结合模式植物拟南芥AtFT蛋白和水稻Hd3a蛋白进行保守序列比对分析,发现苎麻FT蛋白进化过程中高度保守,而大蒜的11个FT蛋白发生了广泛的氨基酸序列变异,仅有4个蛋白Asa2G02821.1、Asa6G00732.1、Asa7G06383.1和Asa7G06386.1保存了开花调节功能所必需的完整关键氨基酸序列。利用MAGA软件将该15个蛋白分为3类,其中苎麻蛋白Bnt01G000036、Bnt02G002054和大蒜Asa2G02821.1、Asa6G00732.1、Asa8G04470.1、Asa0G05138.1蛋白以及AtFT/Hd3a蛋白同属一个亚家族,推测他们是AtFT/Hd3a的直系同源蛋白,可能与苎麻和大蒜的开花控制相关。研究首次揭示了苎麻和大蒜的FT基因家族进化特征,为系统分析该两个经济作物的开花进化机制奠定了基础。此外,研究也在苎麻和大蒜中鉴定到AtFT/Hd3a的直系同源基因,为开展该两个经济作物的开花时间改良研究提供了基因资源。
文摘为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础,从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的dbEST数据库下载46665条香蕉EST序列,经生物信息学方法分析发掘EST-SNP位点,并对其所在核酸序列进行功能注释分析。通过对46665条EST进行拼接,共得到3490条重叠群(contigs),在含有4条以上重叠群中发现有39条重叠群中含有SNP位点,从中筛选出127个候选SNP位点,其碱基突变类型中转换、颠换分别占SNP位点总数的63.78%、36.22%。通过序列比对分析发现了34个与香蕉相关基因,证明NCBI中的香蕉EST数据库数据量大,能够发掘出SNP标记对香蕉进行品种鉴定、分类和遗传多样性分析。
文摘小麦线条花叶病毒(WSMV)是我国进境植物检疫性有害生物。2018年5月秦皇岛海关利用反转录PCR(RT-PCR)和双抗体夹心酶联免疫吸附法(DAS-ELISA),从加拿大进口的大麦中检出WSMV。同时利用实时荧光定量PCR (Real time RT-qPCR)和序列比对分析方法进行了验证。这是我国首次在进境加拿大大麦中截获WSMV。
