条斑紫菜（Porphyra yezoensis）EST序列中微卫星位点的计算机筛查及相关分析 被引量：1

1

作者 王孟强 胡景杰 +3 位作者 庄昀筠 刘玮 杨春 茅云翔 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期234-234,共1页

利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签（EST），进行简单重复序列（SSR）即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性，当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时，这种SSR就可作为... 利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签（EST），进行简单重复序列（SSR）即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性，当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时，这种SSR就可作为遗传标记看待。对21954条EST序列的分析发现其中1162条EST含有微卫星序列，对这1162条EST序列进行聚类，其中984条可聚类为112条重叠群（contig），其余178条不与其他序列聚类，共计得到非冗余基因290条。在筛查到的所有微卫星类型中，GC／CG型和GA／TC型最为丰富。GC含量丰富的微卫星类型，在各种不同碱基长度的微卫星中都占多数。 展开更多

关键词 EST序列 微卫星位点 条斑紫菜 相关分析 筛查 计算机 SSR标记 表达序列标签

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利用DNA池和变性高效液相色谱分析bcr和abl基因序列标签位点多态性 被引量：1

2

作者 田红 刘道明 +2 位作者 徐兵 郑维扬 周淑芸 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2005年第3期468-471,共4页

为了探讨bcr和abl基因的单核苷酸多态性(SNP)与慢性髓细胞性白血病(CML)的关系,利用DNA池(DNApooling)结合变性高效液相色谱(dHPLC)技术对bcr和abl基因上的9个序列标签位点(sequencetaggedsite,STS)进行序列变异的筛查分析,并通过测序... 为了探讨bcr和abl基因的单核苷酸多态性(SNP)与慢性髓细胞性白血病(CML)的关系,利用DNA池(DNApooling)结合变性高效液相色谱(dHPLC)技术对bcr和abl基因上的9个序列标签位点(sequencetaggedsite,STS)进行序列变异的筛查分析,并通过测序对筛查结果进行验证。研究结果表明,在9个STS片段中检出了4个片段中的多态性位点和3个片段中与参考序列不一致的变异。结论:U07000片段中的SNP在慢性髓性细胞白血病病人和对照人群中的基因频率分布有显著差异。 展开更多

关键词 序列标签位点 单核苷酸多态性 变性高效液相色谱 DNA池 慢性髓细胞性白血病

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新疆向日葵自交系序列标签位点SSR多态标记库的构建研究 被引量：1

3

作者 刘胜利 段维 +2 位作者 王鹏 柳延涛 王沛政 《畜禽业》 2017年第12期39-40,共2页

随机合成了500对向日葵SSR引物,利用这些标记对16份新疆食葵和油葵自交系进行了多态筛选。结果表明62对标记在16份向日葵基因组中扩增呈现稳定多态,扩增产物条带清晰、稳定和易读,占所合成引物数量的12.4%。这些标记可以作为新疆向日葵... 随机合成了500对向日葵SSR引物,利用这些标记对16份新疆食葵和油葵自交系进行了多态筛选。结果表明62对标记在16份向日葵基因组中扩增呈现稳定多态,扩增产物条带清晰、稳定和易读,占所合成引物数量的12.4%。这些标记可以作为新疆向日葵自交系和品种等真伪鉴定、杂种优势群划分分析等优先选用引物。 展开更多

关键词 向日葵 序列标签位点 多态性

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男性不育和性发育异常病例中27个序列标签位点的应用价值 被引量：1

4

作者 王红丹 李永乐 +2 位作者 汪济海 苏俊祥 冯战启 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2021年第6期813-817,共5页

目的:探讨27个序列标签位点(STS)检测在男性不育和性发育异常疾病中的应用价值。方法:收集2019年10月至2020年8月到河南省人民医院就诊的不育、性发育异常、性功能异常、尿道下裂、两性畸形等或超声提示胎儿生殖器官发育异常的91例患者... 目的:探讨27个序列标签位点(STS)检测在男性不育和性发育异常疾病中的应用价值。方法:收集2019年10月至2020年8月到河南省人民医院就诊的不育、性发育异常、性功能异常、尿道下裂、两性畸形等或超声提示胎儿生殖器官发育异常的91例患者(其中社会性别为女性5例,社会性别为男性85例,胎儿1例)。采用琼脂糖凝胶电泳检测技术对样本进行Y染色体无精子因子(AZF)微缺失检测;运用27个STS,采用复合荧光多重PCR毛细管电泳DNA片段分析技术对AZF微缺失与性染色体倍型拓展检测;G显带染色体核型分析技术对样本进行核型分析;比较基因组杂交芯片(aCGH)分析验证2例特殊病例。结果:琼脂糖凝胶电泳检测显示AZF微缺失总体异常检出率为11.0%,运用27个STS进行的AZF微缺失与性染色体倍型拓展检测方法显示总体异常检出率为26.4%。G显带染色体核型分析结合aCGH检测结果与运用27个STS进行的AZF微缺失与性染色体倍型拓展检测结果相互印证。结论:运用27个STS对AZF微缺失和性染色体数目等异常进行同时检测,提高了检出率,能更好地指导临床诊疗。 展开更多

关键词 序列标签位点 AZF微缺失 不育 性发育异常

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X染色体长臂末端28个新序列标签位点的分离

5

作者 秦学斌 孔建 +3 位作者 黄涛 张军 沈岩 吴冠芸 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第1期1-5,共5页

用脉冲场凝胶电泳分离回收覆盖脆性X位点的酵母人工染色体YAC209G4中475kb片段，经MboⅠ完全酶解为平均长度400bp的片段，与pBSⅡKS质粒载体重组，共得到3500个重组作，筛选出60个含单拷贝序列插入片段的克隆。经序列测定，并与基因数... 用脉冲场凝胶电泳分离回收覆盖脆性X位点的酵母人工染色体YAC209G4中475kb片段，经MboⅠ完全酶解为平均长度400bp的片段，与pBSⅡKS质粒载体重组，共得到3500个重组作，筛选出60个含单拷贝序列插入片段的克隆。经序列测定，并与基因数据库分析比较，其中28个序列被基因数据库接受为新的序列标签位点，GenBank收录号为U26560-U26587。根据其中3个新序列标签的核普酸顺序设计PCR引物，在人基因组DNA中扩增出相应的特异片段。 展开更多

关键词 序列标签位点 脆性X综合征 染色体

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应用Hapmap数据库分析HBG1-HBD基因间序列单倍型及标签SNP的挑选 被引量：1

6

作者 韩文平 黄盛文 +4 位作者 黄凌 王偲颖 韩媛媛 王予川 安邦权 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2016年第12期1281-1285,共5页

目的 HBG1-HBD基因间序列在γ珠蛋白基因表达有重要作用,文中分析中国北京汉族人群HBG1-HBD基因间序列的单倍型并挑选标签SNP(tag SNP)。方法从Hapmap数据库中下载HBG1-HBD基因间序列上中国北京汉族人群的所有SNP数据。应用Haploview 4.... 目的 HBG1-HBD基因间序列在γ珠蛋白基因表达有重要作用,文中分析中国北京汉族人群HBG1-HBD基因间序列的单倍型并挑选标签SNP(tag SNP)。方法从Hapmap数据库中下载HBG1-HBD基因间序列上中国北京汉族人群的所有SNP数据。应用Haploview 4.0软件对HBG1-HBD基因间序列的SNP位点进行连锁不平衡分析,在此基础上构建HBG1-HBD基因间序列范围的单倍域及单倍型。用MEGA5.10软件对单倍型进行聚类分析,根据SNP之间的r2值挑选出可代表不同类型单倍型的tag SNP。结果在中国北京汉族人群中,HBG1-HBD基因间序列中共有2个单倍域(Block1和Block2),分别有7种和3种单倍型,发生频率均>1%。通过聚类分析将Block1的单倍型分为2组,可通过相互代表的11个tag SNP进行分组,11个SNP依次为:rs3813727、rs10837643、rs4320977、rs4283007、rs4402323、rs4910543、rs4910736、rs2105819、rs968857、rs968856、rs10768687。结论获得了中国北京汉族人群中HBG1-HBD基因间序列的单倍型及tag SNP,为研究HBG1-HBD基因间序列的单倍型与γ珠蛋白基因表达的相关性打下了基础。 展开更多

关键词 HAPMAP HBG1-HBD基因间序列 单倍型 标签SNP位点

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极大节旋藻（Arthrospiramaxima）高分子量基因组文库构建及其应用 被引量：4

7

作者 茅云翔 凌娜 +2 位作者 王广策 隋正红 张学成 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期191-196,共6页

构建了极大节旋藻fosmid文库。该文库含有4300个克隆，重组率是100％，插入片段集中在30～36kh之间，平均为33kb，覆盖率为节旋藻基因组的25．8倍。随机挑选100个克隆进行双末端测序，得到110个序列，经生物信息学分析筛查到67条功能基... 构建了极大节旋藻fosmid文库。该文库含有4300个克隆，重组率是100％，插入片段集中在30～36kh之间，平均为33kb，覆盖率为节旋藻基因组的25．8倍。随机挑选100个克隆进行双末端测序，得到110个序列，经生物信息学分析筛查到67条功能基因序列。选取了14对特异的末端序列作为序列标签位点并设计引物，采用STS-PCR反应池法通过多轮筛选，得到127个阳性克隆，按照相互位置关系，绘制了4个连续的克隆重叠群。该研究为深入了解极大节旋藻分子遗传特性和绘制物理图谱奠定了基础。 展开更多

关键词 极大节旋藻 FOSMID文库 序列标签位点(sis) 功能基因 重叠群 物理图谱

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普通小麦近缘物种黑麦1R、簇毛麦1V及鹅观草1Rk^(#1)染色体特异分子标记的筛选 被引量：10

8

作者 王春梅 冯祎高 +5 位作者 庄丽芳 曹亚萍 亓增军 别同德 曹爱忠 陈佩度 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1741-1747,共7页

为筛选普通小麦近缘物种黑麦1R、簇毛麦1V及鹅观草1Rk#1染色体特异分子标记,根据已定位于普通小麦第一部分同源群的EST序列设计104对STS引物,对中国春、鹅观草、黑麦及簇毛麦进行多态性分析。在104对STS引物中,有53对在对照普通小麦中... 为筛选普通小麦近缘物种黑麦1R、簇毛麦1V及鹅观草1Rk#1染色体特异分子标记,根据已定位于普通小麦第一部分同源群的EST序列设计104对STS引物,对中国春、鹅观草、黑麦及簇毛麦进行多态性分析。在104对STS引物中,有53对在对照普通小麦中国春与鹅观草、黑麦及簇毛麦之间存在多态性。利用普通小麦-黑麦1R^7R二体异附加系筛选出5对黑麦1R染色体特异标记,分别是CINAU 19-500、CINAU20-950、CINAU21-1500、CINAU22-310和CINAU23-2000;利用普通小麦-簇毛麦1V^7V二体异附加系筛选出5对簇毛麦1V染色体特异标记,分别是CINAU23-1700、CINAU24-1050、CINAU25-1650、CINAU26-500和CINAU27-620;利用鹅观草二体异附加系DA1Rk#1、异代换系DS1Rk#1(1A)、端体系DA1Rk#1L、易位系T1Rk#1S.W、长臂缺失系Del1Rk#1L筛选出5对鹅观草1Rk#1特异标记,分别是CINAU27-960、CINAU28-1360、CINAU29-480、CINAU30-560和CINAU31-520。研究表明,可以利用普通小麦的EST序列设计PCR引物,转化成STS标记,筛选普通小麦近缘物种黑麦、簇毛麦及鹅观草等染色体特异的分子标记,快速检测和追踪导入普通小麦背景中的黑麦1R、簇毛麦1V及鹅观草1Rk#1染色体或染色体片段,为深入研究普通小麦远缘杂种材料提供新的工具。 展开更多

关键词 染色体特异分子标记 表达序列标签 位点标签序列 黑麦(Secale cereale) 簇毛麦(Haynaldia villosa) 鹅观草 (Roegneria kamofi) 小麦(Triticum aestivum)

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SSR和STS标记在花生栽培品种鉴定中的应用研究 被引量：22

9

作者 张建成 王传堂 杨新道 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 2006年第2期215-219,共5页

采用10份花生品种材料,对通过数据库查询设计合成的SSR引物和其他作者发表的SSR引物及STS引物进行了评估,并基于品种间简单匹配系数做了聚类分析。获得62个能产生多态性片段的SSR和STS引物对,总共获得427条带,其中291条(68.1%)为多态性... 采用10份花生品种材料,对通过数据库查询设计合成的SSR引物和其他作者发表的SSR引物及STS引物进行了评估,并基于品种间简单匹配系数做了聚类分析。获得62个能产生多态性片段的SSR和STS引物对,总共获得427条带,其中291条(68.1%)为多态性带。平均每对引物产生6.88条带,4.69条为多态性带;多态性条带比率为16.7%～100%,PIC值为0.254～0.952,平均为0.760。9对SSR/STS引物,即Lec1、Ah426、Ah44、SsS14、SHPAL1、PG71、PG43、PM36、PG22,对所采用的10份花生品种区分率达到100%。说明SSR和STS标记应用于花生品种鉴定有效。 展开更多

关键词 花生 栽培种 微卫星 序列标签位点 多态性

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簇毛麦6V染色体短臂特异分子标记的开发和应用 被引量：12

10

作者 王春梅 别同德 +2 位作者 陈全战 曹爱忠 陈佩度 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1595-1600,共6页

为开发簇毛麦6V染色体短臂特异的分子标记,并利用这些标记对缺失系进行鉴定,选用11个RGA和17对STS引物进行多态性分析,其中1个RGA引物和1对STS引物在对普通小麦扬麦5号、簇毛麦及普通小麦-簇毛麦6VS/6AL易位系进行多态性分析时,分别检... 为开发簇毛麦6V染色体短臂特异的分子标记,并利用这些标记对缺失系进行鉴定,选用11个RGA和17对STS引物进行多态性分析,其中1个RGA引物和1对STS引物在对普通小麦扬麦5号、簇毛麦及普通小麦-簇毛麦6VS/6AL易位系进行多态性分析时,分别检测到一条约1000bp和约800bp的多态性片段,将这两个标记转化为稳定的特异性分子标记,分别命名为CINAU17-1086和CINAU18-723。运用这两对引物对一系列材料进行扩增,只有含6V染色体短臂的材料才能扩增出相应的特异条带,表明这两个标记均位于簇毛麦6VS上。进一步利用簇毛麦6VS缺失添加系、易位系将CINAU17-1086标记定位在簇毛麦6VSFL0.58与FL0.70之间,将CINAU18-723标记定位在簇毛麦6VSFL0.45与着丝粒之间。利用这两个特异标记对通过花粉辐射获得的部分簇毛麦6VS结构变异材料进行PCR鉴定,其结果与细胞学鉴定结果一致。CINAU17-1086和CINAU18-723标记可用来快速检测和追踪导入普通小麦背景中的簇毛麦6VS染色体片段,并对缺失系的断点进行了初步界定。 展开更多

关键词 簇毛麦 抗病基因类似物(RGA) 位点标签序列(STS) 染色体特异分子标记 缺失系

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利用SSR标记对新疆部分向日葵自交系材料进行群体结构划分及聚类分析 被引量：3

11

作者 刘胜利 段维 +2 位作者 王鹏 柳延涛 王沛政 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期223-233,共11页

【目的】序列位置标签(Sequence Tagged Site,STS)为一段短的DNA序列,在其生物染色体上只出现一次,适宜于作为作物基因组的一种地标。【方法】研究随机选取向日葵500对序列标签位点SSR引物,利用其中62对具有多态SSR标记对136份新疆食葵... 【目的】序列位置标签(Sequence Tagged Site,STS)为一段短的DNA序列,在其生物染色体上只出现一次,适宜于作为作物基因组的一种地标。【方法】研究随机选取向日葵500对序列标签位点SSR引物,利用其中62对具有多态SSR标记对136份新疆食葵和油葵自交系进行PCR多态扩增和筛选。【结果】62对序列标签位点SSR标记在136份向日葵中扩增表现稳定多态,占所选引物数量的12.4%,扩增产物条带清晰、稳定和易读。136份向日葵群体基因型依据△K的变化,可以分为2大类群。其中73份油葵自交系材料中,70%自交系材料被分配到第1大群,油葵资源材料主要归类在第1大群。30份油葵保持系中只有4份保持系被分配到第2大群,其余保持系均在第1大群。而在43份油葵恢复系中有25份分配到第1大群,其余分配到其它群中,表明油葵恢复系遗传多样性较为丰富。在55份食葵自交系中,仅有21%食葵被分到第1大群,食葵资源材料主要属于第2大群。【结论】食葵的遗传多样性较油葵的遗传多样性丰富,食葵和油葵资源材料间有部分基因相互交叉渗透,为新疆向日葵核心种质的构建和资源的合理利用提供理论支持。 展开更多

关键词 向日葵 序列标签位点 群体结构 聚类分析

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簇毛麦1V染色体臂的EST-STS标记的开发与应用 被引量：1

12

作者 赵万春 董剑 +4 位作者 高翔 陈其皎 李晓燕 石引岗 陈良国 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期393-397,共5页

为了给小麦远缘亲本的研究和利用提供参考,根据已定位于普通小麦1DS和1BL上的EST序列设计96对STS引物,对中国春、簇毛麦、中国春-簇毛麦的1V附加系和易位系进行多态性分析,开发出4个簇毛麦1V染色体臂的STS标记。其中,BE499250-STS和BE59... 为了给小麦远缘亲本的研究和利用提供参考,根据已定位于普通小麦1DS和1BL上的EST序列设计96对STS引物,对中国春、簇毛麦、中国春-簇毛麦的1V附加系和易位系进行多态性分析,开发出4个簇毛麦1V染色体臂的STS标记。其中,BE499250-STS和BE591682-STS/RsaⅠ为共显性标记,可以扩增出1条1VS片段,同时还可以扩增出1条1DS片断,能将1DS和1AS、1BS区分开来;BE581358-STS/HaeⅢ和BE585781-STS/RsaⅠ是显性标记,能分别扩增出2条和1条1VL片段,但扩增的小麦染色体片段不能区分1DL和1A、1B。这些标记已成功地应用于小麦-簇毛麦整臂互补易位系T1DL.1V#3S和T1DSo1V.3L的筛选。 展开更多

关键词 小麦 簇毛麦 1V染色体臂 表达序列标签 位点标签序列 特异分子标记

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对无精子症和严重少精子症患者Y染色体畸变和微缺失的研究及评估 被引量：5

13

作者 金辛良 徐丹枫 +6 位作者 朱晓明 谭剑敏 周伟民 张涛亮 许嘉骏 高赟 闵志廉 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期460-462,共3页

目的研究无精子症和少精子症患者染色体畸变及Y染色体(Yq11区)无精子症因子(azoospermicfac-tor,AZF)微缺失情况,建立Y染色体微缺失的临床筛查方法。对原发性无精子及少弱精症患者与AZF微缺失的关系。方法对145例患者(无精子症102例,严... 目的研究无精子症和少精子症患者染色体畸变及Y染色体(Yq11区)无精子症因子(azoospermicfac-tor,AZF)微缺失情况,建立Y染色体微缺失的临床筛查方法。对原发性无精子及少弱精症患者与AZF微缺失的关系。方法对145例患者(无精子症102例,严重少精子症43例)经染色体核型分析及AZF的3个位点8对引物PCR扩增,检测染色体畸变和Y染色体微缺失率。选取6个Y染色体特异性序列标签位点(STS),用PCR技术检测145例精子发生障碍患者AZF区微缺失情况。结果145例中染色体核型异常12例,占8.3%。AZF区微缺失21例,缺失率为14.5%。无精子症和严重少精子症AZF缺失率分别为14.70%和11.62%。145例中AZF区微缺失21例,表现为无精子症。缺失均在AZFc区,7例为DAZ(sY254、sY255)缺失,另2例为DNA加sY157缺失。结论染色体畸变和Y染色体微缺失是导致无精子症和严重少精子症的主要原因之一。无精子症缺失率高于严重少精子症患者。AZF3个位点8对引物PCR扩增可作为Y染色体微缺失的临床筛查方法。 展开更多

关键词 严重少精子症 染色体畸变 患者 Y染色体微缺失 PCR技术检测 染色体核型异常 PCR扩增 无精子症因子 factor 序列标签位点 精子发生障碍 筛查方法 AZF区 缺失率 弱精症 原发性 分析及 特异性 DNA 临床 引物

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Klotho基因真核表达载体的构建及其在TCMK-1细胞中的稳定表达

14

作者 沈玥 路丽明 +5 位作者 钱盈盈 关雪晶 齐渊元 倪兆慧 钱家麒 严玉澄 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期567-572,共6页

目的构建小鼠Klotho基因真核表达载体,进而获得稳定表达Klotho分子的小鼠肾上皮细胞株TCMK-1。方法应用PCR方法扩增带有FLAG标签的Klotho编码基因,并克隆至载体pCD-CXIN(CMVMCS-IRES-Neomycin)的相应位点;经酶切及测序鉴定重组质粒,脂... 目的构建小鼠Klotho基因真核表达载体,进而获得稳定表达Klotho分子的小鼠肾上皮细胞株TCMK-1。方法应用PCR方法扩增带有FLAG标签的Klotho编码基因,并克隆至载体pCD-CXIN(CMVMCS-IRES-Neomycin)的相应位点;经酶切及测序鉴定重组质粒,脂质体转染TCMK-1细胞,通过G418筛选得到稳定表达Klotho分子的TCMK-1细胞株;Real-Time PCR检测Klotho mRNA水平,Western blotting检测Klotho蛋白的表达。结果将带有FLAG标签的Klotho基因重组表达载体转染至TCMK-1细胞后,经G418筛选获得TCMK-1细胞株。与对照组相比,Klotho mRNA和蛋白表达均显著升高。结论成功构建了Klotho基因的重组表达载体,并获得了稳定表达Klotho基因的TCMK-1细胞株,为进一步研究Klotho基因和蛋白在小鼠肾上皮细胞中的作用奠定了基础。 展开更多

关键词 KLOTHO 内部核糖体进入位点序列 FLAG标签 TCMK-1细胞

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整合玉米基因表达与遗传分析资料发掘耐渍性候选基因 被引量：4

15

作者 尤莉 邱法展 +1 位作者 张祖新 刘瑞响 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期9-13,共5页

对用cDNA microarray技术鉴定所得的玉米自交系Hz32(耐)与Mo17(敏)的根系在淹水胁迫早期响应的88个3倍差异表达ESTs进行电子定位,其中47条ESTs可分别排列到玉米10条染色体上;ESTs电子定位结果与玉米耐渍性QTLs图谱的整合发现,10条ESTs... 对用cDNA microarray技术鉴定所得的玉米自交系Hz32(耐)与Mo17(敏)的根系在淹水胁迫早期响应的88个3倍差异表达ESTs进行电子定位,其中47条ESTs可分别排列到玉米10条染色体上;ESTs电子定位结果与玉米耐渍性QTLs图谱的整合发现,10条ESTs落入耐渍性QTLs区段内,并分别位于第1、2、4、5、9和10号染色体上。对这些ESTs的功能分析,推测其中3个基因为玉米耐渍性重要候选基因。整合基因差异表达与QTLs定位资料对筛选和发掘重要数量性状的侯选基因具有一定的指导作用。 展开更多

关键词 表达序列标签(EST) 数量性状位点(QTL) 耐渍性 基因表达

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