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河南省2株牛肠道病毒全基因组序列测定与分析
1
作者 钱明珠 王申锋 +3 位作者 常晓冉 胡俊英 朱红标 王新平 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第3期548-558,共11页
为了解牛肠道病毒(bovine enteroviruses,BEV)的分子特征和遗传特性,进一步研究病毒的毒株差异与分子流行病学,设计5对特异性引物,应用PCR扩增与序列测定技术,对BEVHeN-B78株(EV-E)和HeN-YR91株(EV-F)的全长基因组序列进行扩增、序列测... 为了解牛肠道病毒(bovine enteroviruses,BEV)的分子特征和遗传特性,进一步研究病毒的毒株差异与分子流行病学,设计5对特异性引物,应用PCR扩增与序列测定技术,对BEVHeN-B78株(EV-E)和HeN-YR91株(EV-F)的全长基因组序列进行扩增、序列测定,将序列拼接校对后获得2株BEV的全基因组序列,并分析其同源性。结果表明,BEV HeN-B78株(登录号MN598013)基因组序列全长为7453 nt,其中编码区全长6523 nt,5′UTR长812 nt,3′UTR长118 nt。BEV HeN-YR91(登录号MN598018)株基因组序列全长为7460 nt,其中编码区全长6502 nt,5′UTR长825 nt,3′UTR长133 nt。全基因组序列的同源性分析显示,HeN-B78株与其他EV-E参考株的相似性为75.9%~88.0%;HeN-YR91株与其他EV-F参考株的同源性为74.6%~82.4%。病毒分离株的全基因组、VP1~VP4、2B、2C、3A~3D基因的系统进化树分析结果均显示,HeN-B78株与其他EV-E处于同一分支,而HeN-YR91株与EV-F处于同一分支。综上,河南省牛场存在E种和F种两种肠道病毒感染,丰富了国内牛肠道病毒的基因库。 展开更多
关键词 河南省 牛肠道病毒 全基因组 序列测定与分析
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信阳市罗山县鸡滑液囊支原体PCR检测及VlhA基因序列分析
2
作者 李迎晓 尹磊 +2 位作者 胡玉曼 赵瑜 焦凤超 《家禽科学》 2025年第2期19-25,共7页
为了解信阳市罗山县MS流行状况和流行株的分子特征,本研究应用PCR方法对罗山县部分蛋鸡养殖场进行鸡滑液囊支原体病原检测,并对阳性样品VlhA基因进行序列分析。结果表明,从48份样品检测出3份MS阳性样品;VlhA基因序列分析表明,3个流行株... 为了解信阳市罗山县MS流行状况和流行株的分子特征,本研究应用PCR方法对罗山县部分蛋鸡养殖场进行鸡滑液囊支原体病原检测,并对阳性样品VlhA基因进行序列分析。结果表明,从48份样品检测出3份MS阳性样品;VlhA基因序列分析表明,3个流行株与国内流行的K基因型MS参考株具有高度相似性;VlhA基因推导氨基酸序列分析表明,3个流行株与国内流行的MS具有高度同源性;氨基酸变异位点分析发现,H2 MS阳性样品在第43、45位出现突变与缺失。研究结果为罗山地区MS流行病学研究提供了一定的参考。 展开更多
关键词 鸡滑液囊支原体 PCR检测 VlhA基因 序列分析能
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基于分析与设计序列迭代方法的三维声子晶体拓扑优化及参数分析
3
作者 王燕 朱奕筱 +1 位作者 吴圣川 亢战 《振动与冲击》 北大核心 2025年第4期97-104,共8页
在常规的声子晶体拓扑优化中,内层的多波矢特征值分析和外层的单胞布局设计变量寻优构成双层嵌套问题,两个层次嵌套式迭代求解导致三维拓扑优化设计面临计算量剧增的难题。为提高优化设计的效率,将用于结构固有频率优化问题的分析与设... 在常规的声子晶体拓扑优化中,内层的多波矢特征值分析和外层的单胞布局设计变量寻优构成双层嵌套问题,两个层次嵌套式迭代求解导致三维拓扑优化设计面临计算量剧增的难题。为提高优化设计的效率,将用于结构固有频率优化问题的分析与设计序列迭代的思想拓展至三维声波声子晶体的拓扑优化,通过将内层特征值问题转化为单次逆迭代获得拓扑优化中间结果对应的逐次近似能带结构,并根据优化结果进行参数化建模以研究三维声子晶体拓扑优化解的带隙特性。通过参数化扫掠,给出了不同参数下的相对带隙和带隙上下界。进一步总结了不同参数对声子晶体带隙的影响,为三维声波声子晶体构型设计提供指导。 展开更多
关键词 三维声波声子晶体 拓扑优化 分析与设计序列迭代方法 参数化建模 相对带隙
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猪肺炎支原体贵州株的P97基因序列分析
4
作者 岳筠 郭小江 +4 位作者 王婕 李群 罗小芬 赵超 程振涛 《贵州畜牧兽医》 2025年第5期28-30,共3页
为了解猪肺炎支原体贵州株(Mhp GZ-BJ)的基因进化变异情况,对其P97基因进行PCR扩增,与pMD19-T载体连接、转化、双酶切、测序筛选出阳性重组质粒,将检测序列用Seqman软件进行拼接,应用生物学软件对检测序列和参考序列进行同源性分析和遗... 为了解猪肺炎支原体贵州株(Mhp GZ-BJ)的基因进化变异情况,对其P97基因进行PCR扩增,与pMD19-T载体连接、转化、双酶切、测序筛选出阳性重组质粒,将检测序列用Seqman软件进行拼接,应用生物学软件对检测序列和参考序列进行同源性分析和遗传进化分析。结果:Mhp P97基因扩增片段约936 bp,目的基因克隆测序为936 bp,与预期相符。Mhp GZ-BJ与国内4株参考株P97基因序列的同源性较高(98.1%~99.2%),与国外5株参考株序列的同源性较低(92.3%~93.3%)。结论:Mhp GZ-BJ株与国内参考株亲缘关系较近,但发生了一定程度的进化变异。 展开更多
关键词 猪肺炎支原体 贵州分离株 P97基因 基因克隆 序列分析
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基于中断时间序列分析的综合防控措施对医院感染发生率变化趋势的影响 被引量：1
5
作者 徐榕徽 杨晓文 陈利民 《护理研究》 北大核心 2025年第6期936-940,共5页
目的:基于中断时间序列分析探究新型冠状病毒感染综合防控措施对医院感染发生率变化趋势的影响。方法:选取2018年2月—2022年1月在山西省某三级甲等综合医院住院的2301例医院感染病人为研究对象,将2018年2月—2020年1月定义为疫情防控前... 目的:基于中断时间序列分析探究新型冠状病毒感染综合防控措施对医院感染发生率变化趋势的影响。方法:选取2018年2月—2022年1月在山西省某三级甲等综合医院住院的2301例医院感染病人为研究对象,将2018年2月—2020年1月定义为疫情防控前,2020年2月—2022年1月定义为疫情防控期,疫情防控前采用常规医院感染控制方法,疫情防控期采取综合防控措施。采用中断时间序列分析方法分析综合防控措施实施前后医院感染率的变化趋势。结果:分段线性回归模型显示,β_(1)=0.000,P=0.939;β_(2)=-0.032,P=0.773;β_(3)=-0.025,P=0.015。神经外科、重症监护室的β_(1)、β_(2)和β_(3)均无统计学意义(均P>0.05);血液科β_(1)、β_(2)均无统计学意义(P>0.05),但β_(3)有统计学意义(P=0.008);胃肠外科的β_(1)、β_(3)均有统计学意义(P<0.05),而β_(2)无统计学意义(P=0.141);神经内科β_(1)、β_(2)均有统计学意义(P<0.05),而β_(3)无统计学意义(P=0.271)。结论:新型冠状病毒感染综合防控措施对医院感染主要产生了长期效应,医院感染发生率逐步降低,但不同科室的医院感染受影响情况存在一定差异。 展开更多
关键词 医院感染 新型冠状病毒感染 疫情防控 中断时间序列分析 防控措施
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基于双指标序列分析法和聚类分析法的洋甘菊红外指纹图谱研究 被引量：1
6
作者 杨青青 刘婷 +2 位作者 张明惠 马璇 姚军 《化学与生物工程》 北大核心 2025年第1期62-68,共7页
采用傅立叶变换红外光谱仪采集了不同温度、不同部位、不同批次洋甘菊药材的红外光谱及二阶导数红外光谱,并结合双指标序列分析法、聚类分析法对不同批次洋甘菊药材进行了全面评价。结果表明,从洋甘菊红外光谱中确定了19个共有峰,根据... 采用傅立叶变换红外光谱仪采集了不同温度、不同部位、不同批次洋甘菊药材的红外光谱及二阶导数红外光谱,并结合双指标序列分析法、聚类分析法对不同批次洋甘菊药材进行了全面评价。结果表明,从洋甘菊红外光谱中确定了19个共有峰,根据不同温度下各特征吸收峰的变化,推测温度可能影响洋甘菊中黄酮类、酯类、糖(苷)类物质;洋甘菊花、茎的红外光谱具有一定的相似性和差异性,根据特征吸收峰强度推测花中黄酮类、酚酸类含量较高;不同批次洋甘菊的峰位、峰强度存在一定相似性和差异性,二阶导数红外光谱可以分离出红外光谱中一些相互重叠的吸收峰;不同批次洋甘菊样品间共有峰率为60.00%~100.00%,变异峰率为0.00~47.62%;当欧氏距离为5~10时,16批次洋甘菊药材可聚为3类,其中S1、S4、S5、S6、S7、S10、S12聚为一类,S3、S8、S9、S11、S13、S15、S16聚为一类,S2、S14聚为一类。该方法通过不同角度对洋甘菊药材的差异进行分析评价,具有一定的可行性,为药材的质量控制提供了新方法。 展开更多
关键词 洋甘菊 红外光谱 双指标序列分析法 聚类分析法
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海南杂草稻的落粒基因SH4和qSH1落粒SNP位点的序列分析
7
作者 夏启玉 孔华 +6 位作者 邹玲敏 吴清娟 姜晓琦 贺萍萍 曹扬 张雨良 赵辉 《热带作物学报》 北大核心 2025年第7期1584-1593,共10页
种子的落粒性是导致杂草稻在水稻田不断自我繁衍和扩散的主要原因。SH4和qSH1基因被认为是控制水稻种子落粒的主效基因,本研究旨在测定海南杂草稻的SH4和qSH1的落粒SNP位点的基因型。本研究以临高县和崖州区水稻田中的杂草稻为研究材料... 种子的落粒性是导致杂草稻在水稻田不断自我繁衍和扩散的主要原因。SH4和qSH1基因被认为是控制水稻种子落粒的主效基因,本研究旨在测定海南杂草稻的SH4和qSH1的落粒SNP位点的基因型。本研究以临高县和崖州区水稻田中的杂草稻为研究材料,采集13块水稻田中的杂草稻及其对应栽培稻种子,从中选择144株表型有差异的杂草稻种子及13株对应栽培稻种子进行萌发种植,测定它们的种子落粒率,并对SH4和qSH1的落粒SNP位点进行PCR扩增及序列分析。结果表明:SH4基因的落粒SNP位点为野生落粒型G的杂草稻有77株,突变难落粒型T的杂草稻有48株,杂合型G/T的有19株;所有栽培稻的SH4的落粒SNP位点均为T。落粒率测定发现,SH4基因的落粒SNP位点为G和G/T的96株杂草稻都具有极高的落粒率,而SH4基因的落粒SNP位点为T的48株杂草稻中,40株为中度落粒率,8株为低落粒率。所有杂草稻和栽培稻样品的qSH1落粒SNP位点均为野生落粒型G。以上结果表明,海南杂草稻和栽培稻之间的落粒率差异与qSH1基因的落粒SNP位点无关,而与SH4基因的落粒SNP位点显著相关;SH4基因的落粒SNP位点均为T型的杂草稻和栽培稻间的落粒率差异可能由其他未知的基因或位点的差异导致。本研究结果可为海南杂草稻种子落粒的分子机制提供分子依据。 展开更多
关键词 杂草稻 SH4 qSH1 落粒SNP位点 序列分析
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大气颗粒物影响慢性肾脏病患者日住院人次的时间序列分析
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作者 吴瑞凯 张莹 +2 位作者 马龙 杨浩峰 苏德奇 《海军军医大学学报》 北大核心 2025年第6期775-783,共9页
目的探讨大气颗粒物与慢性肾脏病(CKD)住院风险的相关性及其滞后效应。方法收集2019年1月1日-2020年12月31日乌鲁木齐市9所医院CKD日住院人次数据,以及同期大气污染和气象数据。采用广义相加模型,控制长期趋势、气象因素和“星期几效应... 目的探讨大气颗粒物与慢性肾脏病(CKD)住院风险的相关性及其滞后效应。方法收集2019年1月1日-2020年12月31日乌鲁木齐市9所医院CKD日住院人次数据,以及同期大气污染和气象数据。采用广义相加模型,控制长期趋势、气象因素和“星期几效应”等潜在混杂因素后,探讨PM_(2.5)和PM_(10)浓度与CKD住院风险的关系,分析单独滞后0~7 d(lag0~lag7)和累积滞后0~7 d(lag01~lag07)的影响,并对性别、年龄、季节进行亚组分析。在单一污染物模型基础上纳入其他污染物(一次最多纳入2个污染物),构建双污染物模型来评价模型的稳定性。结果PM_(2.5)浓度每升高10μg/m^(3),单独滞后在lag2时CKD住院风险最高(RR=1.014,95%CI 1.006~1.023),累积滞后在lag04时CKD住院风险最高(RR=1.018,95%CI 1.007~1.029)。而PM_(10)浓度每升高10μg/m^(3),单独滞后在lag0、累积滞后在lag07时CKD住院风险最高(RR=1.012,95%CI 1.007~1.017;RR=1.024,95%CI 1.016~1.032)。性别分层中,PM_(2.5)浓度每升高10μg/m^(3),累积滞后在lag04时男性CKD住院风险最高(RR=1.023,95%CI 1.008~1.038);PM_(10)浓度每升高10μg/m^(3),单独滞后在lag0时男性CKD住院风险最高(RR=1.013,95%CI 1.006~1.020),单独滞后在lag1时女性CKD住院风险最高(RR=1.013,95%CI 1.006~1.020)。年龄分层中,PM_(2.5)浓度每升高10μg/m^(3),单独滞后在lag3、累积滞后在lag04时<65岁人群CKD住院风险最高(RR=1.016,95%CI 1.007~1.026;RR=1.022,95%CI 1.010~1.035);PM_(10)浓度每升高10μg/m^(3),累积滞后在lag07时<65岁、≥65岁人群CKD住院风险最高(RR=1.027,95%CI 1.017~1.037;RR=1.015,95%CI 1.001~1.028)。季节分层中,冷季PM_(2.5)浓度每升高10μg/m^(3),单独滞后在lag3、累积滞后在lag07时CKD住院风险最高(RR=1.020,95%CI 1.011~1.029;RR=1.025,95%CI 1.011~1.038)。冷季PM_(10)浓度每升高10μg/m^(3),单独滞后在lag2时CKD住院风险最高(RR=1.013,95%CI 1.007~1.019),暖季PM_(10)浓度每升高10μg/m^(3),单独滞后在lag7时CKD住院风险最高(RR=1.015,95%CI 1.006~1.024)。双污染物模型中,PM_(2.5)调整PM_(10)、SO_(2)、O_(3)、CO,PM_(10)调整NO_(2)、SO_(2)、O_(3)、CO后,对CKD住院风险的影响效应仍具有统计学意义(P<0.05)。结论大气颗粒物PM_(2.5)和PM_(10)浓度升高会导致CKD住院风险增加,且存在滞后效应;男性、年龄<65岁和寒冷季节(采暖期)中人群对PM_(2.5)和PM_(10)的暴露更为敏感。 展开更多
关键词 大气污染 气象因素 慢性肾脏病 住院 时间序列分析 广义相加模型
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星康吉鳗LH基因的克隆、序列特征分析及原核表达 被引量：1
9
作者 陈彦 史宝 +5 位作者 王成刚 薄万军 晏科文 陶美君 赵新宇 马晓东 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第3期40-52,共13页
促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)在鱼类配子成熟、排卵和类固醇激素合成方面发挥重要作用。通过同源克隆获得星康吉鳗(Conger myriaster)LH基因CDS区序列,利用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的结构与特征,并成功构建原核表达... 促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)在鱼类配子成熟、排卵和类固醇激素合成方面发挥重要作用。通过同源克隆获得星康吉鳗(Conger myriaster)LH基因CDS区序列,利用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的结构与特征,并成功构建原核表达重组质粒对LH蛋白进行表达。克隆获得LH基因CDS区为423 bp,编码140个氨基酸。分析LH蛋白理化性质可知,其相对分子质量为15.56 kDa,理论等电点为5.85;经亲疏水性分析发现,LH蛋白为亲水性蛋白;对信号肽和跨膜区分析结果显示,其前1~22个氨基酸为信号肽,无跨膜区;经结构域分析,其存在保守性较强的GHB结构域(由27~132位的105个氨基酸组成);亚细胞定位分析表明,LH蛋白主要定位于细胞核;对糖基化位点及磷酸化位点分析发现,其存在1个N-糖基化位点和3个O-糖基化位点,共含有17个潜在的磷酸化位点;LH蛋白二级结构主要含有α-螺旋(13.6%)、β-折叠(25%)和无规则卷曲(61.4%);通过三级结构分析发现,其与日本鳗鲡(Anguilla japonica)LH蛋白三级结构较为相似,与人(Homo sapiens)LH蛋白的三级结构存在一定差异。多序列比对及系统发育树分析结果显示,LH与欧洲鳗鲡(A.anguilla)、花鳗鲡(A.marmorata)和日本鳗鲡进化关系较近,同源性分别为92.14%、91.43%和90.71%。构建的重组质粒pET-28a-LH在Rosetta(DE3)感受态细胞中成功表达,其表达的可溶性LH重组融合蛋白条带在SDS-PAGE电泳检测及Western Blot结果中约为26.5 kDa,与预期表达的分子量相符。该研究为揭示星康吉鳗LH基因的分子特征及蛋白功能奠定了基础,为后续星康吉鳗人工繁育技术的优化提供了理论参考。 展开更多
关键词 星康吉鳗 促黄体生成素基因 基因克隆 序列特征分析 原核表达
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15株四川地区猪圆环病毒3型全基因序列的克隆与分析
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作者 肖璐 周泷 +11 位作者 吴学婧 于吉锋 谢晶 李兴玉 叶勇刚 魏勇 林毅 曹冶 潘梦 叶健强 毛从剑 康润敏 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期171-180,共10页
为了解四川省地区猪圆环病毒3型(PCV3)流行毒株的分子及遗传变异规律,试验采用生物学软件,设计3对特异性引物对从四川地区部分养殖场猪群中收集的15份PCV3阳性样品进行分段扩增、全基因序列遗传变异分析。结果表明:PCR分段扩增分别得到... 为了解四川省地区猪圆环病毒3型(PCV3)流行毒株的分子及遗传变异规律,试验采用生物学软件,设计3对特异性引物对从四川地区部分养殖场猪群中收集的15份PCV3阳性样品进行分段扩增、全基因序列遗传变异分析。结果表明:PCR分段扩增分别得到大小为623、803和753 bp的条带,阳性克隆菌测序结果与GenBank中PCV3的同源性均大于98.6%;15株样品毒株的全基因核苷酸序列的同源性为98.1%~99.8%,推导氨基酸序列的同源性为95.8%~99.2%,由Cap基因的遗传进化分析发现从四川地区获取的15株PCV3毒株属于3a和3b两个亚群。说明四川地区流行的PCV3毒株至少存在3a和3b 2个亚群,该亚群的变异程度低、较为保守。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型(PCV3) 序列分析 遗传变异 流行病学
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丽江猪HMOX 2基因扩增、序列分析及组织表达研究
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作者 李天秀 李昕鹏 +3 位作者 董新星 兰国湘 严达伟 朱家位 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第5期2219-2231,共13页
【目的】旨在扩增并探究丽江猪血红素加氧酶2(HMOX2)基因编码区(CDS)序列特征,分析在丽江猪不同生长阶段、不同组织中的表达情况,为利用HMOX 2基因进行分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用PCR扩增丽江猪HMOX 2基因序列,采用生物信... 【目的】旨在扩增并探究丽江猪血红素加氧酶2(HMOX2)基因编码区(CDS)序列特征,分析在丽江猪不同生长阶段、不同组织中的表达情况,为利用HMOX 2基因进行分子标记辅助育种奠定基础。【方法】利用PCR扩增丽江猪HMOX 2基因序列,采用生物信息学软件分析其理化性质和密码子偏好性,预测其蛋白结构;采用实时荧光定量PCR检测HMOX 2基因在2月龄丽江猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌,以及2、4、6月龄丽江猪皮下脂肪中的表达水平,并对HMOX 2基因在2月龄丽江猪和杜洛克猪皮下脂肪中的表达水平进行比较分析。【结果】丽江猪HMOX 2基因CDS序列长为951 bp,编码316个氨基酸,密码子偏好以C或G结尾。丽江猪HMOX 2基因与黄牛、水牛、山羊和绵羊的相似性较高(90.1%~91.2%),与原鸡的相似性最低(71.3%)。在6个地方猪种中,除八眉猪和荣昌猪外,丽江猪HMOX 2基因与中国地方猪相似性为100%,与5个外种猪的相似性均为99.8%。与杜洛克猪相比,丽江猪HMOX 2基因CDS区存在两处碱基同义突变。HMOX2蛋白属于稳定的跨膜亲水性蛋白,无信号肽,具有1个跨膜结构,主要在细胞质中发挥作用,含21个磷酸化位点和33个糖基化位点。二级结构主要由α-螺旋(54.43%)和无规则卷曲(42.00%)组成。蛋白互作网络分析表明,HMOX2蛋白可能与FECH、HMOX1等10个蛋白互作,主要在脂质代谢中发挥作用。实时荧光定量PCR结果表明,HMOX 2基因在丽江猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪中均有表达,且在皮下脂肪中随月龄增长表达量增加。与杜洛克猪相比,丽江猪HMOX 2基因在皮下脂肪中的表达量显著高于杜洛克猪(P<0.05)。【结论】本研究成功扩增了丽江猪HMOX 2基因并分析了其分子特征,其在肺脏、肝脏和皮下脂肪等7个组织中均有表达,在皮下脂肪组织中随月龄增长表达量显著增加。研究结果可为进一步探究HMOX 2基因在丽江猪脂肪沉积中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 丽江猪 血红素加氧酶2基因 序列分析 组织表达
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辣椒脉斑驳病毒贵州烟草株系的分子鉴定和基因组序列分析
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作者 张长城 姜军 +8 位作者 潘首慧 薛原 张权 李梓阔 汪汉成 史彩华 方守国 章松柏 李熙全 《河南农业科学》 北大核心 2025年第8期102-110,共9页
为明确贵州烟草新病毒病害的病原及其分子特征、传播方式和致病性状,有效防控该病毒病,利用病毒检测试纸条、电镜观察、间接ELISA、RT-PCR和dsRNA技术等方法对病原进行检测和鉴定;通过RT-PCR扩增病原的全基因组序列,借助系统发育树和重... 为明确贵州烟草新病毒病害的病原及其分子特征、传播方式和致病性状,有效防控该病毒病,利用病毒检测试纸条、电镜观察、间接ELISA、RT-PCR和dsRNA技术等方法对病原进行检测和鉴定;通过RT-PCR扩增病原的全基因组序列,借助系统发育树和重组分析解析病原进化关系及可能存在的重组事件;通过生物学接种病原至本氏烟和云烟87,观察是否发病及发病症状。结果表明,在病株汁液中电镜观察到(12~14)nm×(700~900)nm的线性病毒粒子;马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)检测试纸条检测结果呈阳性,但PVY特异性引物RT-PCR检测呈阴性;通过dsRNA技术获取病原基因组的随机克隆片段,经测序为辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV)基因组片段;灌根、摩擦、介体均能传播该病毒株系,其侵染本氏烟的典型症状为褪绿、黄化、疱斑、叶缘下卷和植株矮化,侵染云烟87品种的典型症状为斑驳、疱斑和叶缘下卷;该株系的基因组序列全长为9782 nt(登录号:OP378160),与同以烟草为寄主的ChiVMV YN-tobacco在系统发育关系上最为接近;进一步的重组分析显示,该株系可能为重组分离物。综上所述,贵州烟草新病害病原为ChiVMV的一个株系,命名为ChiVMV贵州烟草株系(GZ-tobacco),该株系能够引起烟草典型病毒病症状。 展开更多
关键词 烟草 辣椒脉斑驳病毒 株系 分子鉴定 生物学特性 序列分析
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淇河鲫Runx2b基因克隆、序列分析及时空表达
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作者 闪金研 连凯琪 +5 位作者 马峻 刘玉玲 聂竹兰 李斌顺 彭仁海 魏杰 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第6期2717-2728,共12页
【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_06841... 【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号:NC_068415.1)结合本地基因组数据进行BLAST比对设计引物,通过PCR分段克隆Runx2b基因,并分别通过DNAStar和Mega 11.0软件进行序列相似性比对及系统发育树构建。通过ORF finder和ProtParam等在线网站进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测Runx2b基因在淇河鲫不同发育时期和不同组织中的表达水平。【结果】测序拼接比对后得到Runx2b-A和Runx2b-B基因,其CDS区均为1 392 bp,编码463个氨基酸。两基因的CDS序列相似性为95.33%,Runx2b-A和Runx2b-B氨基酸序列均与银鲫对应的氨基酸序列相似性最高,分别为98.0%和99.1%。系统进化树分析显示,淇河鲫与银鲫亲缘关系最近。生物信息学分析表明,两个Runx2b蛋白分子式分别为C_(2206)H_(3409)N_(637)O_(685)S_(18)和C_(2196)H_(3395)N_(633)O_(695)S_(16),均属于亲水性不稳定蛋白,且蛋白质结构主要以无规则卷曲为主,两个蛋白质序列中都存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。实时荧光定量PCR检测结果表明,Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫整个肌间刺发育阶段整体表达趋势较为一致,肌间刺发育前期(1~5 dph)表达量较高,在肌间刺开始发育后(5~13 dph)表达量逐渐降低,在后期表达量出现上升趋势,尤其在肌间刺发育晚期(25~45 dph)仍有较高的表达量;Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫脑、肝脏、背部肌肉、尾部肌肉等9个组织中均有表达,二者均在脑和肝脏中表达量较高,且显著高于其他组织(P<0.05),二者在尾部肌肉中的相对表达量均显著高于背部(P<0.05),但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达水平。【结论】本研究成功克隆获得两条淇河鲫同源基因Runx2b-A和Runx2b-B的CDS序列,二者氨基酸序列与鲤科鱼类的相似较高,蛋白质序列中存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。淇河鲫两个Runx2b基因表达具有广泛的组织分布,但在不同组织中呈现差异表达,具有不同的表达模式;在不同发育时期整体表达趋势较为一致,在肌间刺发育晚期仍有较高的表达量,可为后续深入研究肌间刺发育机制和创制无肌间刺淇河鲫奠定基础。 展开更多
关键词 淇河鲫 Runx2b基因 克隆 序列分析 时空表达
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赤羽病毒N基因的序列分析及原核表达
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作者 马勇杰 王凯茸 +3 位作者 刘建行 张淑霞 张琪 许信刚 《动物医学进展》 北大核心 2025年第11期50-55,共6页
为了研究赤羽病毒(AKAV)N基因的遗传变异情况,并利用原核表达技术制备检测抗原。参照GenBank上已发布的赤羽病毒N基因组序列,设计引物,将AKAV的RNA反转录后通过PCR方法对目的基因进行了扩增,将目的片段测序之后进行蛋白理化性质、基因... 为了研究赤羽病毒(AKAV)N基因的遗传变异情况,并利用原核表达技术制备检测抗原。参照GenBank上已发布的赤羽病毒N基因组序列,设计引物,将AKAV的RNA反转录后通过PCR方法对目的基因进行了扩增,将目的片段测序之后进行蛋白理化性质、基因序列分析以及原核表达。结果表明,成功扩增出大小为717 bp的赤羽病毒N基因,编码的蛋白属于稳定蛋白,无跨膜区、无信号肽,偏碱性的亲水蛋白,核苷酸序列分析显示该毒株的N基因序列与NCBI上已经公布的基因序列同源性为82.7%~97.9%。构建pET28a-N的原核表达质粒并转化BL21菌株,成功表达出27 ku重组N蛋白,Western blot鉴定表明该蛋白能与阳性血清发生结合。试验结果为进一步研制赤羽病毒疫苗及ELISA诊断试剂盒奠定了基础。 展开更多
关键词 赤羽病毒 序列分析 核衣壳基因 原核表达
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葡萄双生病毒A的序列分析及检测
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作者 王澍 刘保军 +3 位作者 张李娅 单佳祁 李克梅 白剑宇 《新疆农业科学》 北大核心 2025年第4期887-893,共7页
【目的】研究新疆吐鲁番市葡萄双生病毒A(Grapevine geminivirus A)的田间侵染状况,检测采集71份疑似葡萄病毒样本,为明确葡萄双生病毒A的发生、分布及其分子检测提供理论指导。【方法】依据高通量测序结果,验证样本中葡萄双生病毒A,测... 【目的】研究新疆吐鲁番市葡萄双生病毒A(Grapevine geminivirus A)的田间侵染状况,检测采集71份疑似葡萄病毒样本,为明确葡萄双生病毒A的发生、分布及其分子检测提供理论指导。【方法】依据高通量测序结果,验证样本中葡萄双生病毒A,测定GGVA的全基因序列,以葡萄双生病毒A的全基因序列为靶标设计特异性引物进行疑似葡萄病毒样本的检测。【结果】测定GGVA的全基因组序列,获得GGVA-QKT分离株,其核苷酸同源性为94.3%~99.3%,与已公布的分离株具有高度同源性,其中与来自以色列(KX618694.1)、(NC_031340.1)的2个GGVA分离株亲缘关系最近。【结论】71份不同葡萄样本均有感染双生病毒A,其中,新疆鄯善县检出率最高,检出率为30.55%,新疆托克逊县检出率最低,检出率为9.10%。该病毒在新疆吐鲁番市葡萄种植区普遍发生。 展开更多
关键词 葡萄病毒 DNA病毒 序列分析 检测
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DRG改革对中医医院中医药服务的影响——基于间断时间序列分析 被引量：4
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作者 吴琼 张自严 +1 位作者 冯丹 胡正东 《中国卫生事业管理》 北大核心 2025年第1期74-78,共5页
目的:探讨DRG改革对中医医院医疗服务的影响,为推广DRG支付改革在中医医疗机构的广泛应用,推进中医药事业传承创新发展提供政策支持。方法:收集2022年8月~2023年12月湖南省长沙市某省级三甲中医医院病案信息系统的相关数据指标,采用间... 目的:探讨DRG改革对中医医院医疗服务的影响,为推广DRG支付改革在中医医疗机构的广泛应用,推进中医药事业传承创新发展提供政策支持。方法:收集2022年8月~2023年12月湖南省长沙市某省级三甲中医医院病案信息系统的相关数据指标,采用间断时间序列分析评估DRG实施前后次均费用、中药费占比、中医诊疗费占比、中医疗法使用率、中草药使用率、非手术治疗率等指标的变化趋势,并评估年龄亚组相关指标的变化情况。结果:DRG实施后次均住院费用呈下降趋势(P<0.05),中药费占比、中医诊疗费占比回升(P<0.05),中医疗法使用率、中草药使用率等指标趋势向好。按年龄亚组分析与整体保持一致,且“一老一小”人群中医药服务提升效果更好。结论:DRG支付有利于控制中医医院医疗费用不合理增长,各地应因地制宜有序推进中医DRG支付改革。在中医医疗机构系数设置时,予以适度倾斜。推行中医优势病种疗效价值付费,充分发挥中医药特色,并针对不同人群采取差异化的健康管理策略。 展开更多
关键词 DRG 中医医院 中医药服务 间断时间序列分析
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鸡TRIM32的序列分析及功能初步研究
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作者 黄心钰 张俊生 +5 位作者 卢军 张淼湘 林宏文 黄小武 焦培荣 郭剑英 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第5期122-129,共8页
本研究克隆鸡TRIM32(ChTRIM32)基因序列,分析其基因序列及其与不同物种TRIM32基因的同源性和遗传演化关系,预测其结构域及蛋白质二级结构,表达鸡TRIM32蛋白,并探究鸡TRIM32在天然免疫信号通路中的作用。试验结果表明:鸡TRIM32基因开放... 本研究克隆鸡TRIM32(ChTRIM32)基因序列,分析其基因序列及其与不同物种TRIM32基因的同源性和遗传演化关系,预测其结构域及蛋白质二级结构,表达鸡TRIM32蛋白,并探究鸡TRIM32在天然免疫信号通路中的作用。试验结果表明:鸡TRIM32基因开放阅读框为1944 bp,编码647个氨基酸,其蛋白质分子质量约为71.84 kDa;鸡TRIM32蛋白包含1个N端RING-HC结构域、1个B-box1结构域和6个重复的C端NHL结构;鸡TRIM32与火鸡、美洲雕、天鹅、枭鹦、鸿雁、绿头鸭、野猪、人、家鼠、狗、水牛、斑马鱼TRIM32的氨基酸序列同源性分别为97.2%、92.6%、91.9%、91.7%、91.6%、88.8%、75.0%、74.8%、74.7%、74.2%、74.0%、63.9%;鸡TRIM32与其他鸟类TRIM32的亲缘关系最近,与哺乳动物TRIM32的亲缘关系较远,与鱼类TRIM32的亲缘关系最远;鸡TRIM32蛋白质二级结构包含无规则卷曲(38.64%)、α-螺旋(29.37%)、延伸链(22.87%)、β-转角(9.12%);构建pCAGGS-ChTRIM32真核表达质粒;H5N1亚型禽流感病毒(DK212株)感染DF1细胞后,鸡TRIM32基因及其他抗病毒基因(IFN-β、IL-6、OAS、Mx)表达水平上调;过表达鸡TRIM32能增强鸡STING对IFN-β启动子的激活作用。本文成功鉴定并克隆了鸡TRIM32基因,预测了鸡TRIM32蛋白的结构域与二级结构,并研究了鸡TRIM32在天然免疫信号通路中的功能,为进一步探究鸡TRIM32在鸡抗病毒天然免疫信号通路中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 鸡TRIM32基因 序列分析 天然免疫信号通路
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出院人次中医药激励政策对“国考”指标协同改善研究——基于间断时间序列分析
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作者 赵玉洋 吴春华 +4 位作者 陈岩 郝晋 徐丹 韩芳 孔令芳 《中国医院管理》 北大核心 2025年第5期63-66,共4页
目的评价出院人次中医药激励政策对住院中医“国考”指标协同改善的初步效果。方法选取某三级甲等中医综合医院2018年10月—2021年10月的分月病案首页明细数据,采用中断时间序列分析方法,以新冠疫情开始时间(2019年12月)、出院绩效方案... 目的评价出院人次中医药激励政策对住院中医“国考”指标协同改善的初步效果。方法选取某三级甲等中医综合医院2018年10月—2021年10月的分月病案首页明细数据,采用中断时间序列分析方法,以新冠疫情开始时间(2019年12月)、出院绩效方案正式施行时间(2020年9月)作为2个中断点,分析中断点前后出院患者中药饮片使用率、出院患者中医非药物疗法使用率、以中医为主治疗的出院患者占比、住院医疗服务收入占比变化趋势。结果尽管受新冠疫情影响,方案施行后,以中医为主治疗的出院患者占比、出院患者中药饮片使用率、出院患者中医非药物疗法使用率及医疗服务收入占比4项指标均呈正向增长趋势。结论样本医院在出院绩效奖金修订方案增设中医药奖励模块,有效激励了医务人员应用中医药的积极性,使得中药饮片使用率、中医非药物疗法使用率、以中医为主治疗的出院患者占比和医疗服务收入占比均呈上升趋势,表明中医药激励政策对中医医院国考指标具有积极影响。 展开更多
关键词 国家三级公立中医医院绩效考核 出院人次 中医药激励政策 间断时间序列分析
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火龙果叶绿体基因组结构与序列分析
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作者 吴民富 李莎 +3 位作者 谭艺涵 罗林 吴民华 黄琼林 《中国南方果树》 北大核心 2025年第2期103-107,113,共6页
为解析火龙果Selenicereus undatus叶绿体基因组结构和序列特征,并探讨其系统进化关系,运用高通量测序技术开展火龙果叶绿体基因组测序,使用生物学信息技术对其组装和注释,分析其密码子偏好性、简单重复序列、与近缘物种间序列变异的关... 为解析火龙果Selenicereus undatus叶绿体基因组结构和序列特征,并探讨其系统进化关系,运用高通量测序技术开展火龙果叶绿体基因组测序,使用生物学信息技术对其组装和注释,分析其密码子偏好性、简单重复序列、与近缘物种间序列变异的关系,并构建系统进化树。结果表明,火龙果叶绿体基因组133071 bp,呈环状双链四段式结构,包括大单拷贝区(LSC)68001 bp,小单拷贝区(SSC)21716 bp和两个12477 bp的反向重复区(IR)。火龙果叶绿体基因组共注释到基因118个,其中蛋白编码基因76个,rRNA基因4个、tRNA基因38个。火龙果叶绿体基因组密码子偏好以A/U(T)结尾,在检测到的66个简单重复序列(SSR)中,大多数是A/T碱基形成的单核苷酸重复基序。序列对比和系统进化分析显示,火龙果与同科的硫磺团扇和长枪团扇具有较近的亲缘关系。本研究首次测得火龙果叶绿体基因组全序列,明确其叶绿体基因组结构和序列特征,为火龙果的种植栽培和资源开发等研究提供了基因组信息。 展开更多
关键词 火龙果 叶绿体 基因组 序列分析 系统进化关系
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沙蒿PP2C 2基因的序列分析及其在干旱胁迫下的表达模式
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作者 刘若琪 郭思雨 +1 位作者 罗曼 马玉花 《广西植物》 北大核心 2025年第9期1668-1678,共11页
2C类蛋白磷酸酶(PP2C)在植株生长发育、细胞周期调节、信号传导及应对环境胁迫方面发挥着重要作用。该研究以干旱荒漠地区强耐旱和多功能植物沙蒿(Artemisia desertorum)为试验材料,通过对沙蒿PP2C 2基因进行扩增,基于生物信息学分析沙... 2C类蛋白磷酸酶(PP2C)在植株生长发育、细胞周期调节、信号传导及应对环境胁迫方面发挥着重要作用。该研究以干旱荒漠地区强耐旱和多功能植物沙蒿(Artemisia desertorum)为试验材料,通过对沙蒿PP2C 2基因进行扩增,基于生物信息学分析沙蒿PP2C2基因序列,预测蛋白结构,分析沙蒿PP2C 2基因在不同水分胁迫条件下的表达模式及其对沙蒿耐旱的调控作用。结果表明:(1)沙蒿PP2C 2基因的开放阅读框(ORF)为1404 bp,编码467个氨基酸,与小蓬草(Erigeron canadensis)等植物PP2C基因同源性较高。(2)PP2C2蛋白定位于细胞核中,无信号肽,为非分泌蛋白,其二级结构主要由无规则卷曲组成,具有较强的亲水性,无跨膜螺旋区,含多个修饰位点。(3)qRT-PCR结果显示,PP2C 2基因表达随着干旱胁迫程度的加剧而变化,整体呈现上调表达的趋势,复水后表达量下调。该研究初步发现PP2C 2基因在沙蒿耐旱机制方面发挥的重要作用,为深入解析沙蒿的耐旱机制及潜在的基因工程应用提供了理论参考。 展开更多
关键词 沙蒿 PP2C 2基因 序列分析 蛋白结构预测 基因表达
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