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猪非典型瘟病毒广西流行株的鉴定与遗传进化分析
被引量：
1
1
作者
谢守玉
魏园园
+6 位作者
谢颖
黄张玲
周明旭
颜健华
梁凤
李军
熊毅
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期418-425,共8页
为了解猪非典型瘟病毒(APPV)广西流行株的遗传进化特点,本研究从广西3个地区共采集23份患先天性震颤(CT)症状的新生仔猪脑、肝脏、脾脏、肾脏等组织样品,采用荧光定量RT-PCR (RT-q PCR)检测APPV,经RT-PCR分段扩增APPV阳性样品的全基因...
为了解猪非典型瘟病毒(APPV)广西流行株的遗传进化特点,本研究从广西3个地区共采集23份患先天性震颤(CT)症状的新生仔猪脑、肝脏、脾脏、肾脏等组织样品,采用荧光定量RT-PCR (RT-q PCR)检测APPV,经RT-PCR分段扩增APPV阳性样品的全基因组序列,结果显示,检出18份APPV阳性样品,RT-PCR分段扩增并经测序拼接后共获得4条APPV广西流行株全基因组序列,结合Gen Bank登录的共有9条APPV广西流行株全基因组序列,采用BLAST及Bio Edit软件分析APPV广西流行株全基因组序列的相似性;利用Mega 7.0软件绘制ORF、N^(pro)、E^(rns)及E2基因的系统发育树;通过Bepipred 2.0软件预测APPV囊膜糖蛋白E^(rns)、E2蛋白的线性抗原表位;利用Net NGlyc 1.0在线软件预测APPV E^(rns)、E2蛋白N-糖基化位点;利用RDP5和Sim Plot软件分析APPV广西流行株全基因组的重组性。相似性结果显示,9条APPV广西流行株全基因组序列与Gen Bank中APPV流行株全基因组序列的相似性最高为89.9%~99.8%,且这些流行株分别来源于河北、湖北、湖南、四川、广西及广东等地;APPV广西流行株之间及与国内外APPV参考株全基因组序列的相似性分别为79.4%~99.6%及77.1%~98.3%,表明APPV广西流行株基因组进化来源广泛且复杂,并且APPV广西流行株之间的差异较大。遗传进化分析显示,ORF系统发育树分为3个基因型,APPV广西流行株GX01-2019属于I-2基因亚型,GX02-2018株属于I-3基因亚型,GX02-2019株属于Ⅱ基因型,其余则属于I-1基因亚型,N^(pro)、E^(rns)、E2基因的系统发育趋势与ORF基本一致。表明APPV广西流行株以I基因型为主,且无时间地域分布特点,并具有生物遗传多样性特征;抗原表位和N-糖基化位点预测结果显示,E^(rns)蛋白主要含aa7~aa14、aa24~aa36、aa39~aa66等7个抗原表位,E2蛋白主要含aa5~aa9、aa16~aa25、aa35~aa111等5个抗原表位;APPV广西流行株E^(rns)蛋白N-糖基化位点分别为^(12)NSTG^(15)、^(43)NETI^(46)及^(64)NYTC^(67),E2蛋白N-糖基化位点分别为51NG(D或E)S(T)L54和64NTSS(I)67;重组分析结果显示,广西流行株APPV_China/GX-WZ/2017有重组信号,主要亲本为广西GX01-2018株,二者相似性为99.7%,次要亲本为韩国的KU16-2株,二者相似性为100%。本研究为广西地区APPV分子流行病学研究和遗传进化分析提供了基础数据。
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关键词
猪非典型瘟病毒
广西流行株
遗传进化
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职称材料
传染性法氏囊病病毒广西流行毒株的分离鉴定及其遗传进化分析
被引量：
2
2
作者
何秀苗
官丁明
+3 位作者
韦平
禤金彩
屈祖平
秦爱建
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第8期650-653,659,共5页
为了解传染性法氏囊病病毒(IBDV)广西流行株的遗传变异规律,本研究通过鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)接种的方法对2006年～2007年间采集自广西各鸡场的疑似传染性法氏囊病(IBD)的病料进行病毒分离,设计针对VP2高变区(vVP2)的引物对分离物通过RT-...
为了解传染性法氏囊病病毒(IBDV)广西流行株的遗传变异规律,本研究通过鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)接种的方法对2006年～2007年间采集自广西各鸡场的疑似传染性法氏囊病(IBD)的病料进行病毒分离,设计针对VP2高变区(vVP2)的引物对分离物通过RT-PCR进行鉴定及序列分析。共分离出9个IBDV毒株,其ELD50在105/0.2mL～106.5/0.2mL之间。分离株vVP2序列通过具有分型意义的酶切位点和关键位点氨基酸分析,证实9个分离株均属于vvIBDV。同源性分析表明,9个分离株之间在核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.2%～100%和95.2%～100%,与vvIBDV参考株同源性分别为93.8%～98.2%和92.4%～98.6%,而与常用疫苗株Bursine-2、B87(in),变异株GLS,经典毒株,中等偏强毒力株YL052的同源性仅有90%左右。遗传进化分析发现,分离株与vvIBDV参考株同处于1个大分支,与DV86和OKYM株的亲缘关系最近,与2000年～2005年间广西分离的vvIBDV株距离较远,它们之间形成了明显的分群。研究表明,近2年来广西仍然存在vvIBDV的流行。
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关键词
传染性法氏囊病
广西流行株
超强毒
株
RT-PCR
VP2基因高变区
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职称材料
题名
猪非典型瘟病毒广西流行株的鉴定与遗传进化分析
被引量：
1
1
作者
谢守玉
魏园园
谢颖
黄张玲
周明旭
颜健华
梁凤
李军
熊毅
机构
广西动物疫病预防控制中心
广西农业职业技术大学
广西大学
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期418-425,共8页
基金
国家自然科学基金(31660713)。
文摘
为了解猪非典型瘟病毒(APPV)广西流行株的遗传进化特点,本研究从广西3个地区共采集23份患先天性震颤(CT)症状的新生仔猪脑、肝脏、脾脏、肾脏等组织样品,采用荧光定量RT-PCR (RT-q PCR)检测APPV,经RT-PCR分段扩增APPV阳性样品的全基因组序列,结果显示,检出18份APPV阳性样品,RT-PCR分段扩增并经测序拼接后共获得4条APPV广西流行株全基因组序列,结合Gen Bank登录的共有9条APPV广西流行株全基因组序列,采用BLAST及Bio Edit软件分析APPV广西流行株全基因组序列的相似性;利用Mega 7.0软件绘制ORF、N^(pro)、E^(rns)及E2基因的系统发育树;通过Bepipred 2.0软件预测APPV囊膜糖蛋白E^(rns)、E2蛋白的线性抗原表位;利用Net NGlyc 1.0在线软件预测APPV E^(rns)、E2蛋白N-糖基化位点;利用RDP5和Sim Plot软件分析APPV广西流行株全基因组的重组性。相似性结果显示,9条APPV广西流行株全基因组序列与Gen Bank中APPV流行株全基因组序列的相似性最高为89.9%~99.8%,且这些流行株分别来源于河北、湖北、湖南、四川、广西及广东等地;APPV广西流行株之间及与国内外APPV参考株全基因组序列的相似性分别为79.4%~99.6%及77.1%~98.3%,表明APPV广西流行株基因组进化来源广泛且复杂,并且APPV广西流行株之间的差异较大。遗传进化分析显示,ORF系统发育树分为3个基因型,APPV广西流行株GX01-2019属于I-2基因亚型,GX02-2018株属于I-3基因亚型,GX02-2019株属于Ⅱ基因型,其余则属于I-1基因亚型,N^(pro)、E^(rns)、E2基因的系统发育趋势与ORF基本一致。表明APPV广西流行株以I基因型为主,且无时间地域分布特点,并具有生物遗传多样性特征;抗原表位和N-糖基化位点预测结果显示,E^(rns)蛋白主要含aa7~aa14、aa24~aa36、aa39~aa66等7个抗原表位,E2蛋白主要含aa5~aa9、aa16~aa25、aa35~aa111等5个抗原表位;APPV广西流行株E^(rns)蛋白N-糖基化位点分别为^(12)NSTG^(15)、^(43)NETI^(46)及^(64)NYTC^(67),E2蛋白N-糖基化位点分别为51NG(D或E)S(T)L54和64NTSS(I)67;重组分析结果显示,广西流行株APPV_China/GX-WZ/2017有重组信号,主要亲本为广西GX01-2018株,二者相似性为99.7%,次要亲本为韩国的KU16-2株,二者相似性为100%。本研究为广西地区APPV分子流行病学研究和遗传进化分析提供了基础数据。
关键词
猪非典型瘟病毒
广西流行株
遗传进化
Keywords
atypical porcine pestivirus
Guangxi epidemic strains
genetic evolution
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
传染性法氏囊病病毒广西流行毒株的分离鉴定及其遗传进化分析
被引量：
2
2
作者
何秀苗
官丁明
韦平
禤金彩
屈祖平
秦爱建
机构
广西民族大学
广西大学
扬州大学
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第8期650-653,659,共5页
基金
广西自然科学基金项目(桂科自0728058)
广西科技攻关项目(2007A04024)
+1 种基金
广西民族大学引进人才启动基金项目(0409025)
扬州大学江苏省动物预防医学重点实验室开放课题(K06012)
文摘
为了解传染性法氏囊病病毒(IBDV)广西流行株的遗传变异规律,本研究通过鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)接种的方法对2006年～2007年间采集自广西各鸡场的疑似传染性法氏囊病(IBD)的病料进行病毒分离,设计针对VP2高变区(vVP2)的引物对分离物通过RT-PCR进行鉴定及序列分析。共分离出9个IBDV毒株,其ELD50在105/0.2mL～106.5/0.2mL之间。分离株vVP2序列通过具有分型意义的酶切位点和关键位点氨基酸分析,证实9个分离株均属于vvIBDV。同源性分析表明,9个分离株之间在核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.2%～100%和95.2%～100%,与vvIBDV参考株同源性分别为93.8%～98.2%和92.4%～98.6%,而与常用疫苗株Bursine-2、B87(in),变异株GLS,经典毒株,中等偏强毒力株YL052的同源性仅有90%左右。遗传进化分析发现,分离株与vvIBDV参考株同处于1个大分支,与DV86和OKYM株的亲缘关系最近,与2000年～2005年间广西分离的vvIBDV株距离较远,它们之间形成了明显的分群。研究表明,近2年来广西仍然存在vvIBDV的流行。
关键词
传染性法氏囊病
广西流行株
超强毒
株
RT-PCR
VP2基因高变区
Keywords
infectious bursal disease
Guangxi strain
very virulent IBDV
RT-PCR
hypervariable region ofVP2
分类号
S855.3 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
猪非典型瘟病毒广西流行株的鉴定与遗传进化分析
谢守玉
魏园园
谢颖
黄张玲
周明旭
颜健华
梁凤
李军
熊毅
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
传染性法氏囊病病毒广西流行毒株的分离鉴定及其遗传进化分析
何秀苗
官丁明
韦平
禤金彩
屈祖平
秦爱建
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009
2
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