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基于消息传递接口的大规模生物网络比对并行化算法
1
作者
束俊辉
张武
+1 位作者
薛倩斐
谢江
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2014年第11期3117-3120,共4页
为有效降低生物网络比对算法的时间复杂度,提出一种基于可扩展的蛋白质相互作用网络比对(SPINAL)算法的消息传递接口(MPI)并行化实现方法。该方法将MPI并行化思想运用在SPINAL算法中,在多核环境中采用并行排序代替算法原本的排序方式,...
为有效降低生物网络比对算法的时间复杂度,提出一种基于可扩展的蛋白质相互作用网络比对(SPINAL)算法的消息传递接口(MPI)并行化实现方法。该方法将MPI并行化思想运用在SPINAL算法中,在多核环境中采用并行排序代替算法原本的排序方式,并结合负载均衡策略合理分配任务。实验结果表明,与未使用并行排序以及负载均衡策略相比,该方法在处理大规模生物网络比对时能有效地缩短计算时间,提高运算效率,对于不同组比对数据都有较为稳定的优化保障,具有良好的可扩展性。
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关键词
生物
网络
比对
并行网络比对
可扩展的蛋白质相互作用
网络
比对
并行
排序
消息传递接口
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职称材料
题名
基于消息传递接口的大规模生物网络比对并行化算法
1
作者
束俊辉
张武
薛倩斐
谢江
机构
上海大学计算机工程与科学学院
上海大学高性能计算中心
出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2014年第11期3117-3120,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(91330116)
高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(20113108120022)
上海市科学技术委员会重点科研项目(11510500300)
文摘
为有效降低生物网络比对算法的时间复杂度,提出一种基于可扩展的蛋白质相互作用网络比对(SPINAL)算法的消息传递接口(MPI)并行化实现方法。该方法将MPI并行化思想运用在SPINAL算法中,在多核环境中采用并行排序代替算法原本的排序方式,并结合负载均衡策略合理分配任务。实验结果表明,与未使用并行排序以及负载均衡策略相比,该方法在处理大规模生物网络比对时能有效地缩短计算时间,提高运算效率,对于不同组比对数据都有较为稳定的优化保障,具有良好的可扩展性。
关键词
生物
网络
比对
并行网络比对
可扩展的蛋白质相互作用
网络
比对
并行
排序
消息传递接口
Keywords
biological networks alignment
parallel networks alignment
Scalable Protein Interaction Network Alignment（SPINAL）
parallel sorting
Message Passing Interface（MPI）
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
基于消息传递接口的大规模生物网络比对并行化算法
束俊辉
张武
薛倩斐
谢江
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2014
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